Chiến tranh Mậu Thìn và sự chấm dứt của Mạc phủ Tokugawa

Vào cuối thế kỷ 19, chế độ phong kiến ở đa phần các quốc gia phương Đông rơi vào tình trạng suy yếu trầm trọng, phần lớn là do chính sách bế quan tỏa cảng, bài trừ phương Tây. Nhật Bản cũng không phải là ngoại lệ, quốc đảo này khi ấy đang bước vào giai đoạn cuối của thời kỳ Mạc phủ Tokugawa - người Nhật gọi thời kỳ này là Mạc mạt (Bakumatsu). Về lý mà nói thì Mạc phủ Tokugawa đã có công ổn định đất nước và thực sự chấm dứt thời Chiến Quốc, nhưng chính sách bài trừ phương Tây của Mạc phủ lại khiến Nhật Bản trở nên lạc hậu, kém phát triển và nghèo đói. Tuy rằng Nhật Bản không hẳn là hoàn toàn tuyệt giao với phương Tây (họ vẫn giao thương với người Hà Lan) nhưng các Tướng Quân (Shogun) cũng chẳng mặn mà gì lắm với việc giao thiệp với phương Tây. Chính vì lẽ đó mà tình trạng lạc hậu của Nhật Bản kéo dài cho đến tận năm 1853 (năm được coi là bắt đầu Mạc mạt) mới tạm chấm dứt khi chính sách bế quan tỏa cảng Sakoku (Tỏa Quốc) kết thúc. Tuy thế, sự yếu kém của Mạc phủ đã lộ rõ khi Mạc phủ liên tục ký kết những hiệp ước với Mỹ, Anh, Pháp, Hà Lan,... nhưng lại hoàn toàn bất lợi cho Nhật. Điều này đã khiến người dân trở nên cực kỳ bất mãn.

Mặt khác, triều đình Nhật Bản, đứng đầu là Thiên Hoàng, từ lâu đã nung nấu ý định lấy lại quyền lực thực sự từ tay tầng lớp võ sĩ, đã nắm bắt ngay cơ hội này. Và như chúng ta đã biết, cuộc Duy Tân Minh Trị kéo dài từ năm 1866-1869 đã thực sự thay đổi hoàn toàn bộ mặt nước Nhật. Nhưng cuộc Duy Tân Minh Trị này đã không thể thành công triệt để nếu không chấm dứt được hoàn toàn chế độ Mạc phủ đã cũ nát, bởi vì thế, một cuộc chiến đã xảy ra, giữa hai phe - ủng hộ Thiên Hoàng và ủng hộ Mạc phủ. Cuộc chiến diễn ra từ năm 1868 đến năm 1869 và được gọi là Chiến tranh Boshin (Mậu Thìn).

Mạc mạt là danh từ để chỉ những năm cuối cùng của thời kỳ Edo (thời kỳ của Mạc phủ Tokugawa - đóng ở Edo). Thực ra mà nói thì sự suy tàn của Mạc phủ đã bắt đầu khá lâu từ trước đó, không phải đến tận năm 1853 mới bắt đầu, nhưng năm 1853 là năm đánh dấu sự kiện quan trọng của thời kỳ này. Đó là sự kiện hạm đội bốn tàu chiến lớn của Hoa Kỳ, dưới sự chỉ huy của Phó đề đốc Hải Quân Matthew C. Perry xuất hiện ngoài khơi vịnh Edo và yêu cầu Mạc phủ mở cảng để đón tiếp. Người được giao nhiệm vụ thương thuyết với Perry là Abe Masahiro, Chưởng quan Hội đồng tối cao. Abe phải đứng giữa ý muốn của ba thế lực: Hội đồng tối cao của Mạc phủ thì muốn thỏa hiệp với người ngoại quốc, triều đình thì muốn giữ khoảng cách nhất định, còn các lãnh chúa thì lại muốn chiến tranh để chứng tỏ sức mạnh của Nhật Bản với người ngoại quốc. Bởi vì các phe cánh không thể có được sự nhất trí cần thiết, cuối cùng Abe đưa ra quyết định đồng ý chấp nhận những điều khoản của Perry: mở cửa một số khu cảng cho tàu thuyền Hoa Kỳ buôn bán, mặt khác Mạc phủ vẫn chuẩn bị để đề phòng có thể xảy ra chiến tranh. Tháng 3/1854, Hiệp ước Kanagawa được ký kết, Nhật Bản mở cửa ba bến cảng là Nagasaki, Shimoda và Hakodate để cho các tàu săn cá voi Hoa Kỳ cập cảng nhận mua đồ dự trữ, bảo đảm đối xử tốt với các thủy thủ Hoa Kỳ bị đắm tàu, và cho phép Lãnh sự quán Hoa Kỳ mở cửa ở Shimoda.

Tuy nhiên, bản Hiệp ước này lại khiến dân chúng có cái nhìn tệ hơn với Mạc phủ, các chư hầu thân cận của Mạc phủ cũng không có mấy thiện cảm với việc ký kết Hiệp ước Kanagawa. Trong nỗ lực nhằm tìm kiếm thêm các đồng minh, Abe đã gây bàng hoàng khi bỏ qua những lời khuyên của các gia tộc chư hầu thân cận - gọi tắt là các lãnh chúa Fudai, những gia tộc trung thành nhất với Mạc phủ, mà lại nhờ sự hỗ trợ của các gia tộc kém thân thiết hơn - các lãnh chúa Tozama, các gia tộc từng chống đối với Tokugawa và chỉ trở thành chư hầu sau trận Sekigahara và các lãnh chúa Shinpan - các họ hàng xa của Tokugawa. Điều này đã nâng cao sự bất mãn trong lòng các gia tộc Fudai, những người ủng hộ trung thành nhất của Mạc phủ từ trước đến nay. Gốc rễ quyền lực của Mạc phủ đã lung lay nay lại càng lung lay hơn. Tuy Abe đã đem đến một số phát triển cho quân sự khi hợp tác với người Hà Lan để chế tạo tàu chiến chạy hơi nước, thành lập trung tâm huấn luyện hải quân ở Nagasaki và thành lập trường quân sự theo lối phương Tây ở Edo, nhưng sự chống đối của các lãnh chúa Fudai ngày càng mạnh mẽ hơn. Cuối cùng dẫn đến việc Abe bị thay thế vị trí ở Hội đồng tối cao năm 1855 bởi Hotta Masayoshi. Cầm đầu nhóm chống đối này là Tokugawa Nariaki, người nắm trong tay phần lớn quân đội.

Về phía Hoa Kỳ, sau khi ký kết hiệp ước Kanagawa, được sự đồng ý về việc thành lập một Lãnh sự quán tại Shimada, Hoa Kỳ đã bổ nhiệm Townsend Harris làm Lãnh sự Hoa Kỳ. Sau hai năm đàm phán với Mạc phủ, Hiệp ước hữu nghị và thương mại được ký năm 1858 và chính thức có hiệu lực vào năm 1859. Để thuyết phục Mạc phủ ký kết hiệp ước này, Harris đã chỉ ra rằng, nếu không có sự ủng hộ hay bảo trợ của Hoa Kỳ, Nhật Bản rồi cũng sẽ là miếng mồi để các đế quốc Anh hay Pháp xâu xé. Harris đã mượn cuộc Chiến tranh Nha phiến lần hai (1856-1860 giữa liên quân Anh-Pháp và nhà Mãn Thanh, kết cục là Mãn Thanh bại trận và phải ký Hòa ước Thiên Tân) và chỉ ra rằng, sớm muộn các quốc gia kia sẽ kiếm cớ gây chiến với Nhật Bản, vì vậy, Nhật Bản cần sự giúp đỡ từ phía Hoa Kỳ để thiết lập nền hòa bình vững vàng. Vì thế, Mạc phủ đã quyết định đồng ý ký Hiệp ước hữu nghị và thương mại, bản hiệp ước gồm những điểm chính sau đây:

Một điều dễ nhận thấy là các điều khoản này đều có lợi cho phía Hoa Kỳ và bất lợi cho phía Nhật Bản. Không những thế, nó còn là tiền lệ để cho các quốc gia khác như Hà Lan, Nga, Pháp,... đưa ra các điều khoản tương tự và ký kết các hiệp ước. Chính sách Tỏa quốc tuy chấm dứt, nhưng cái giá đánh đổi là Nhật Bản đứng trước nguy cơ bị xâm lấn bởi các nước phương Tây. Bản thân Mạc phủ nói chung và cá nhân Hotta Masayoshi hoàn toàn đánh mất sự ủng hộ của các lãnh chúa lớn, người dân bất mãn, thậm chí cả Thiên Hoàng cũng phản đối những quyết định này của Mạc phủ - khi Hotta quay sang cầu sự ủng hộ từ phía triều đình, nhận ra sự yếu thế của Mạc phủ, triều đình đã lập tức phản đối và điều này, gián tiếp đã đưa Thiên Hoàng và triều đình quay trở lại việc chính trị (suốt hàng trăm năm, triều đình không thể can dự được vào việc chính trị do ảnh hưởng của các Mạc phủ). Hotta Masayoshi sau đó đã từ chức. Ít năm sau đó, Tướng Quân Tokugawa Iesada qua đời năm 1858 mà không có người kế vị. Nắm lấy thời cơ này, Tokugawa Nariaki - người nắm giữ quân đội trong tay, đã đề nghị triều đình ủng hộ con trai ông là Tokugawa Yoshinobu nhận chức Tướng Quân. Yoshinobu có được sự ủng hộ từ các lãnh chúa Tozama và Shinpan, nhưng vấp phải sự phản đối của các lãnh chúa Fudai, đứng đầu là Ii Naosuke. Cuối cùng các lãnh chúa Fudai giành phần thắng, Yoshinobu và cha là Nariaki bị giam lỏng, lãnh chúa Ii Naosuke thực hiện hàng loạt cuộc thanh trừng từ năm 1858 đến năm 1860, bắt giữ và xử tử những kẻ chống đối Mạc phủ. Đến năm 1860, Ii Naosuke bị ám sát ở Sakuradamon, những cuộc thanh trừng đẫm máu kết thúc. Đến năm 1866, Tướng Quân Tokugawa Iemochi qua đời, Yoshinobu nhận chức và trở thành Chinh Di Đại Tướng Quân cuối cùng.

Mặc dù khủng hoảng chính trị tạm thời kết thúc và yên ổn sau khi Ii Naosuke bị ám sát, thì cái nhìn của người dân về phía Mạc phủ vẫn không thể cải thiện mà ngày càng tồi tệ hơn. Việc mở cửa nước Nhật cho ngoại thương không kiểm soát đã dẫn đến nhiều bất ổn đối với nền kinh tế Nhật Bản. Trong khi nhiều nhà kinh doanh phát đạt, nhiều người khác lại đi đến lụn bại. Thất nghiệp, lạm phát gia tăng. Thật trùng hợp, các nạn đói lớn cũng khiến giá lượng thực tăng lên chóng mặt. Hệ thống tiền tệ Nhật Bản sụp đổ. Theo truyền thống, tỷ giá trao đổi giữa vàng và bạc ở Nhật Bản là 1:5, trong khi tỷ giá của thế giới là 1:15. Điều này dẫn đến việc vàng bị người ngoại quốc săn lùng ráo riết, và cuối cùng buộc Nhật Bản phải hạ tỷ giá xuống. Không chỉ có vậy, người nước ngoài cũng đem đến Nhật Bản cả những loại bệnh tật mới, ví dụ như dịch tả đã giết chết hàng ngàn người. Căng thẳng giữa người Nhật và người nước ngoài leo thang liên tục mà không có điểm dừng. Henry Heusken, thông dịch viên người Hà Lan của Townsend Harris bị các kiếm sỹ giết chết tháng 1 năm 1861. Cũng trong năm đó, Công sứ Anh ở Edo bị tấn công, hai người chết. Trong thời kỳ đó, cứ mỗi tháng lại có một người nước ngoài bị giết chết. Tháng 9 năm 1862 xảy ra sự kiện Richardson, theo đó quân đội nước ngoài tiến hành những hoạt động quyết định để bảo vệ người ngoại quốc và bảo đảm sự thi hành của các điều khoản trong Hiệp ước. Tháng 5 năm 1863, Công sứ Hoa Kỳ ở Edo bị thiêu sống. Chiến tranh chống lại phương Tây tiến xa hơn bằng việc nổ ra các cuộc xung đột công khai khi Thiên Hoàng Kōmei, phá vỡ truyền thống hàng trăm năm, khi đích thân đứng ra ban chiếu chỉ đánh đuổi ngoại xâm năm 1863. Gia tộc Mori ở Shimonoseki là gia tộc đầu tiên hưởng ứng chiếu chỉ và bắt đầu hành động để trục xuất tất cả người ngoại quốc. Lãnh chúa Mori Takachika công khai bất tuân lệnh Mạc phủ, ra lệnh bắn bỏ bất cứ tàu ngoại quốc nào đi qua eo biển Shimonoseki. 

Dưới sức ép từ phía Thiên Hoàng, cũng như ngày càng nhiều gia tộc đứng lên hưởng ứng chiếu chỉ, Mạc phủ đã phải ban hành tuyên cáo về việc chấm dứt quan hệ với người nước ngoài. Lệnh này được đưa đến các Công sứ nước ngoài ngày 24 tháng 6 năm 1863.

Đáp lại bản tuyên cáo này, người đứng đầu lãnh sự quán Anh tại Edo, đã hồi đáp lại bằng những lời mạnh mẽ và coi như tuyên cáo của Mạc phủ có ý nghĩa là một lời tuyên chiến

Một đoàn sứ bộ thứ hai của Nhật được gửi đến châu Âu vào tháng 12 năm 1863, với nhiệm vụ giành được sự ủng hộ của châu Âu trong việc phục hồi lại việc đóng cửa giao thương của Nhật như trước, và đặc biệt là chấm dứt việc tiếp cận với bến Yokohama của người nước ngoài. Đoàn sứ thần kết thúc hoàn toàn thất bại vì các cường quốc châu Âu không thấy có lợi gì từ việc đưa ra những yêu cầu mềm mỏng hơn.

Những căng thẳng liên tiếp, cuối cùng đã dẫn đến một loạt các hành động can thiệp quân sự từ các nước phương Tây từ năm 1863 đến năm 1865, bắt đầu bằng trận hải chiến Shimonoseki tháng 7 năm 1863. Tàu khu trục cỡ nhỏ USS Wyoming dưới sự chỉ huy của Đại tá Hải quân McDougal tiến vào eo biển và chạm trán trực diện với tàu chiến do Mỹ đóng nhưng có thủy thủ kém hơn của quân nổi dậy. Sau gần hai giờ chiến đấu trước khi rút lui, McDougal đã đánh chìm được một tàu lớn và đánh bị thương nặng hai chiếc khác, giết chết 40 người Nhật, tàu Wyoming cũng chịu tổn thất với 14 người chết và bị thương. 

Hai tuần sau hải chiến Shimonoseki, tháng 8 năm 1863, một đội quân đổ bộ với hai tàu chiến, tàu Tancrède và Dupleix, cùng 250 người dưới sự chỉ huy của Đại tá Hải quân Benjamin Jaurès càn quét vào Shimonoseki và thiêu hủy một thị trấn nhỏ. Cùng tháng đó, trận bắn phá Kagoshima diễn ra. Hải quân hoàng gia Anh nã súng vào thị trấn Kagoshima để trả đũa cho sự việc Numamugi trước đó (các thương nhân người Anh không chịu xuống ngựa chào khi lãnh chúa Shimazu Hisamitsu cùng tùy tùng đi qua, điều này khiến các samurai nổi giận và vung gươm truy sát họ, cuối cùng thương nhân tên là Richardson chết, 2 người khác bị thương). Các lãnh chúa của Phiên Satsuma sau đó đàm phán và chịu bồi thường 25.000 Bảng, nhưng không trao người đã giết Richardson, để đổi lại một hiệp ước theo đó Anh sẽ cung cấp tàu chiến hơi nước cho Satsuma. Cuộc giao tranh này thực sự trở thành khởi đầu cho mối quan hệ giữa Phiên Satsuma và Anh, một mối quan hệ đóng vai trò rất quan trọng về sau này. Các lãnh chúa Phiên Satsuma, ngay từ đầu đã ủng hộ việc mở cửa và hiện đại hóa Nhật Bản, và sự việc Numamugi chỉ là điều đáng tiếc. 

Một năm sau đó, tháng 8 năm 1864, quân Đồng minh gồm các nước Anh, Pháp, Hà Lan và Hoa Kỳ tiến hành cuộc chiến chống lại lãnh chúa Mori Takachika tại Shimonoseki, kết cục là quân Đồng minh thắng lợi và nhân đó, họ đòi Mạc phủ bồi thường khoản chiến phí là 3 triệu USD, hoặc thế hoặc chấp nhận những điều khoản mới. Dĩ nhiên số tiền 3 triệu USD là quá lớn với một Mạc phủ đã kiệt quệ, cho nên họ nhanh chóng chấp nhận các điều khoản mới của phương Tây. Theo đó, quân Đồng minh chấp nhận hạ mức chiến phí xuống, đổi lại, Thiên Hoàng  phải phê chuẩn Hiệp ước Harris, hạ thuế nhập khẩu xuống 5%, và mở hải cảng Hyogo cùng Osaka. Để gia tăng sức ép, một hạm đội bốn tàu của Anh Quốc, một tàu của Hà Lan, và ba tàu của Pháp được điều đến cảng Hyogo tháng 11 năm 1865. Rất nhiều cuộc đột kích được quân đội nước ngoài triển khai, đến khi Thiên Hoàng cuối cùng chấp nhận Hiệp ước, cho phép Mạc phủ toàn quyền thương thuyết với phương Tây

Những cuộc giao tranh này tuy có quy mô không thật sự lớn, nhưng nó là minh chứng rằng một nước Nhật nghèo nàn, lạc hậu như thế này chưa thể nào đủ sức để đối đầu trực diện với các nước phương Tây. Vì thế, rất nhiều các gia tộc Nhật Bản, mà tiêu biểu là các gia tộc của Phiên Choshu và Phiên Satsuma đã nỗ lực hết mình để biến Nhật Bản trở thành một quốc gia hiện đại và mạnh mẽ, có thể đối đầu với những đế quốc phương Tây.

Mạc phủ, đến lúc này đã suy yếu lắm rồi, mặc dù Tokugawa Yoshinobu đã cầm quân dẹp được yên loạn Hamaguri khi quân đội Choshu tiến hành đảo chính ở Kyoto để chiếm thành phố nhưng thất bại, thì chỉ vài năm sau, Mạc phủ gần như không còn có thể kiểm soát được đất nước nữa, phần lớn các gia tộc đều công khai chống đối và phớt lờ mệnh lệnh từ phía Edo. Với nỗ lực giành lại quyền lực, dẹp yên các thế lực chống đối và ngăn cản Thiên Hoàng Minh Trị mới lên ngôi tái chiếm quyền lực, Tokugawa Yoshinobu tiến hành chiến tranh để hy vọng vực dậy được Mạc phủ đang trên bờ vực sụp đổ. Năm 1868, Chiến tranh Mậu Thìn bắt đầu.

Sau khi Mạc phủ dẹp yên được cuộc nổi loạn Hamaguri, Phiên Choshu bề ngoài thì tỏ ra không chống đối gì Mạc phủ nữa, nhưng bên trong họ ngầm liên minh với Phiên Satsuma. Năm 1866, như đã nói, Tướng Quân Tokugawa Iemochi qua đời, cùng năm đó, Thiên Hoàng Komei cũng từ trần. Tokugawa Yoshinobu (sau này thường được gọi là Keiki) lên kế vị chức Tướng Quân, Thiên Hoàng Minh Trị lên ngôi khi mới 15 tuổi. Mặc dù còn trẻ, nhưng Thiên Hoàng Minh Trị có ý chí không kém gì ai, ngày 9/11/1867, mật chỉ ban xuống cho các lãnh chúa của hai Phiên Satsuma và Choshu, lệnh rằng "giết tên phản bội Keiki". Nhưng Tướng Quân Keiki đã đi trước một bước, ông đồng ý từ chức Tướng Quân và tuyên bố trao trả quyền lực lại cho Thiên Hoàng, đồng ý trở thành "công cụ thực thi" mệnh lệnh của Hoàng gia, Mạc phủ Tokugawa về lý đã chấm dứt, nhưng thực tế mọi chuyện không hề đơn giản như thế. Mạc phủ Tokugawa là cả một bộ máy chính quyền khổng lồ và phức tạp, mặc dù người đứng đầu đã từ chức, nhưng bản thân cái hệ thống bộ máy này vẫn còn tồn tại và chẳng dễ gì xóa bỏ được. Gia tộc Tokugawa tuy đã suy yếu, nhưng vẫn không thể xem thường, họ vẫn có nhiều gia tộc lớn ủng hộ, điển hình như các gia tộc của Phiên Aizu hay Phiên Takamatsu. 

Mặc dù vậy, Phiên Choshu và Phiên Satsuma vẫn quyết định tiến hành bạo loạn. Ngày 3/1 năm 1868, hai Phiên này tổ chức bạo loạn, chiếm lấy Hoàng cung ở Kyoto, và ngày sau đó dàn xếp để Thiên hoàng Minh Trị ra tuyên bố phục hồi quyền lực. Saigo Takamori (người sau này được mệnh danh là Samurai cuối cùng) ép hội đồng hoàng gia bãi bỏ chức vị Chinh Di Đại Tướng Quân và ra lệnh bắt giữ, tịch thu đất đai của Keiki.

Về phía Tokugawa Keiki, ban đầu thì ông tỏ vẻ chấp nhận các yêu sách này, nhưng đến ngày 17/1, ông tuyên bố rằng sẽ không chịu sự trói buộc vô lý này của Thiên Hoàng và sẽ chống lại nó. Đến ngày 24, Keiki quyết định hành quân về Kyoto để chiếm lại thành phố từ tay của Phiên Choshu và Phiên Satsuma. Ba ngày sau, quân đội hai bên chạm trán tại địa điểm gần Toba và Fushimi, trận chiến Toba-Fushimi bắt đầu.

Về phía Mạc quân, họ có 1 vạn 5 ngàn quân, gấp ba lần quân số của liên quân Choshu-Satsuma. Quân của Choshu-Satsuma - Satcho, thường được gọi là các Nghĩa sĩ Duy Tân, hoặc Nhương di chí sĩ, bắt nguồn từ phong trào Sonno Joi (Tôn vương, Nhương di - ai xem hay đọc Gintama hoặc Rurouni Kenshin chắc không lạ lẫm gì với cụm từ này). Mặc dù quân Satcho chỉ có 5 ngàn quân, nhưng nhờ vào mối quan hệ tốt đẹp giữa Phiên Satsuma và Anh quốc mà họ được trang bị vũ khí hiện đại hơn, họ có cả lựu đạn và súng máy. Mạc quân đông hơn, gồm lực lượng từ Phiên Kuwana, Phiên Aizu và sau đó có cả lực lượng Shinsengumi - Tân Đảng, tổ chức thành lập để trấn áp những kẻ chống đối Mạc phủ. Tuy đã được các chuyên gia quân sự Pháp huấn luyện, phần lớn Mạc quân vẫn sử dụng vũ khí truyền thống là giáo và kiếm, mà thậm chí lính súng hỏa mai của họ, nhiều người còn... không có đạn.

Khoảng 5 giờ chiều ngày 27/1, quân tiên phong của Mạc quân tiến đến các đồn tiền phương của Satsuma ở Toba. Sau khi từ chối cho phép quân đội Mạc phủ đi qua một cách hòa bình, quân đội Satsuma nổ súng từ bên sườn. Một viên đạn của Satsuma bắn trúng một giá đỡ trúng cạnh ngựa của chỉ huy Mạc quân là Takigawa Tomotaka khiến con ngựa hoảng hốt và hất ông xuống đất và khiến tiền quân của Mạc quân rối loạn. Chỉ huy quân tiên phong Mạc quân - Sasaki Tadasaburo ngay lập tức ra lệnh tấn công các xạ thủ Satsuma, nhưng vì Mạc quân đa phần chỉ có giáo và kiếm cho nên không đấu lại được với quân Satsuma, tổn thất rất nhiều. Nhưng Mạc quân đông hơn, cho nên thế trận tạm thời ngang bằng, tình hình ở Fushimi cũng tương tự vậy, Mạc quân và quân Satcho cũng bất phân thắng bại.

Sang ngày hôm sau, Iwakura Tomomi, một trong các lãnh đạo của Choshu-Satsuma trao cho Okubo Toshimichi và Saigo Takamori (hai trong số ba người của Duy Tân tam kiệt) chiếu chỉ giả mạo của Thiên Hoàng, đại ý nói rằng Keiki và Mạc quân là những kẻ phản bội và cho phép hai người xuất quân chinh phạt, được dùng cờ hiệu của triều đình. Mà thực ra đống cờ hiệu cũng là giả nốt, đã được Okubo làm trước đó cả mấy tháng với số lượng lớn và trữ sẵn, chỉ chờ có dịp là lôi ra dùng. Iwakura còn đi một nước cờ cao tay hơn là mời hoàng thân Yoshiaki - một đứa bé 12 tuổi làm Tổng tư lệnh, điều này đã biến quân Satcho thành quân đội chính quy của Thiên Hoàng, và mặc nhiên biến Mạc quân thành quân phản nghịch. Cái mà quân Satcho cần là tính chính danh, và với hai hành động trên của Iwakura, quân Satcho đã thành quân chính quy và có đủ danh nghĩa để chinh phạt Mạc quân. 

Đến ngày 29, khi hai phe đang chiến đấu thì cờ thêu kim tuyến của Thiên Hoàng xuất hiện trên chiến trường. Khi thấy cờ, Mạc quân hoảng loạn còn quân Satcho thì lập tức phấn chấn và đồng loạt xông lên tấn công. Mạc quân cố gắng phản công nhưng thất bại, hàng ngũ bị vỡ và phải rút lui.

Khi nghe tin về thất bại tại Toba-Fushimi, tại thành Osaka, Keiki được các tướng lĩnh khuyên nên thân chinh ra trận, tuy thế, hoảng loạn khi biết cờ thêu kim tuyến của Thiên Hoàng xuất hiện, Keiki bỏ chạy khỏi Osaka và về Edo. Khi Mạc quân biết tin thủ lĩnh đã bỏ rơi họ, hầu hết đều mất hết sĩ khí chiến đấu. Thành Osaka đầu hàng mà không chống cự gì, dù rằng Mạc quân đông hơn rất nhiều và nếu cố chết mà đánh thì có thể họ đã thắng. 

Diễn ra đồng thời với trận Toba-Fushimi là trận hải chiến Awa giữa quân Satcho và Mạc quân, dù có quy mô nhỏ. Quân Satcho có 1 tàu chiến và 2 tàu vận tải còn Mạc quân có 3 tàu chiến. Đây là một chiến thắng hiếm hoi của Mạc quân trong toàn cuộc chiến.

Tháng 2, đại sứ Pháp là Léon Roches đưa ra một kế hoạch để chặn đứng bước tiến của quân Satcho tại thành Odawara, cứ điểm cuối cùng chắn giữa Edo và quân Satcho, nhưng Keiki lại từ chối dùng kế hoạch này. Đầu tháng 3, dưới sức ép của công sứ Anh Harry Parkes, các nước ký một bản hiệp định trung lập nghiêm ngặt, theo đó họ không thể can thiệp hay trợ giúp quân sự cho cả hai phía cho đến khi giao tranh kết thúc. 

Về phía quân Satcho, sau khi thắng trận Toba-Fushimi, bắt đầu tiến về Edo và chia làm ba đội đi trên ba đường khác nhau. Tàn quân của Mạc quân sau trận Toba-Fushimi, gồm lực lượng của Shinsengumi và một số tàn quân còn sót lại, tổng có khoảng 300 người, chỉ huy bởi Kondo Isami và cố thủ ở Katsunuma. Quân Satcho đầu tiên chiếm được thành Kofu dù gặp đôi chút khó khăn, sau đó gặp Mạc quân tại Katsunuma ngày 29/3. Với quân số vượt trội (3000 so với 300), quân Satcho thắng lợi dễ dàng, Mạc quân mất 179 người, Kondo Isami cố gắng chạy về Aizu, nhưng cuối cùng bị bắt ở Chiba và ít lâu sau bị xử tử. Trận thua của Mạc quân ở Koshu-Katsunuma cùng cái chết của Kondo Isami càng làm tinh thần Mạc quân thêm rệu rã và góp phần khiến thành Edo đầu hàng vô điều kiện. 

Mặc dù Keiki đã đầu hàng, nhưng một số các gia tộc phía bắc vẫn tiếp tục kháng cự đến cùng. Họ ủng hộ gia tộc Aizu và thành lập liên minh chống lại triều đình vào tháng 5. Liên minh gồm các gia tộc từ các Phiên Sendai, Yonezawa, Aizu, Shonai và Nagaoka với khoảng 5 vạn quân. Họ đưa một quý tộc là Kitashirakawa Yoshihisa lên ngôi minh chủ. Trong khi đó, hạm đội của Đô đốc Enomoto Takeaki, người đã thắng hải chiến Awa thì neo ở gần Sendai. Mặc dù quân của họ đông, nhưng vấn đề cốt yếu vẫn là trang bị rất kém và hầu như chỉ có vũ khí truyền thống. Quân của lãnh chúa Nagaoka thì có thu được khá nhiều vũ khí hiện đại như 2 khẩu súng máy và 2000 súng trường Pháp. Với số trang bị này, lãnh chúa Nagaoka đánh thắng quân triều đình trong trận Hokuetsu, nhưng cũng bị thiệt hại khá nặng và sau đó thành bị chiếm lại ngày 19/5. Quân triều đình sau đó tiếp tục tiến lên phía Bắc, tiếp tục đánh thắng Mạc quân trong trận đèo Bonari - 700 Mạc quân gồm tàn quân của Shinsengumi, quân của một số Phiên của liên minh phía Bắc, chỉ huy bởi Otori Keisuke và Hishikata Toshizo, chống lại 2000 quân triều đình. Bị áp đảo, Mạc quân nhanh chóng thất bại và phải rút lui về phía Bắc đến Sendai, nơi hạm đội của Enomoto Takeaki đưa họ di tản đến Hokkaido.

Sau khi thắng trận đèo Bonari, cửa ngõ đến Aizu đã mở toang và quân triều đình nhanh chóng tập hợp đại quân kéo đến vây thành Wakamatsu và sau đó tiến đến thành Tsuruga, thủ phủ Aizu. Quân triều đình lần này cũng lại áp đảo quân số với 1 vạn 5 ngàn quân, trong khi quân Aizu chỉ có 5 ngàn. Nhưng quân Aizu có lợi thế là họ là bên phe thủ trong thành, mà khi công thành thì phe công bao giờ cũng sẽ tổn thất nhiều hơn. Nhưng sự thực thì không có một trận chiến nào thật sự trong suốt 1 tháng thành bị vây. Quân triều đình chỉ đơn giản bao vây thành, mà cũng chẳng vội vàng tấn công làm gì. Sau 1 tháng, quân Aizu đầu hàng vô điều kiện, liên minh phía Bắc tan rã và cuộc chiến chống lại triều đình của họ thất bại.

Về phía Enomoto Takeaki - tàn dư cuối cùng của Mạc quân, nay đã rút về Hokkaido. Tại đây, Enomoto cùng các cố vấn người Pháp thành lập nên nước Cộng hòa Ezo theo kiểu Hoa Kỳ, Enomoto được bầu làm Tổng tài (tương đương với chức Tổng thống) với tỷ lệ phiếu bầu cao. Cộng hòa Ezo cố tiếp cận với các công sứ nước ngoài hiện diện ở Hakodate, ví dụ như Hoa Kỳ, Pháp, và Nga, nhưng không có được bất kỳ sự công nhận quốc tế hay ủng hộ nào. Trong suốt mùa đông, họ củng cố bố phòng xung quanh phía Nam bán đảo Hakodate, với pháo đài mới Goryokaku ở trung tâm. Quân đội được tổ chức dưới quyền chỉ huy Pháp-Nhật, Tổng tư lệnh Otori Keisuke và cấp phó là Đại úy Pháp Jules Brunet, và được chia thành bốn lữ đoàn. Mỗi lữ đoàn do một hạ sĩ quan Pháp chỉ huy (Fortant, Marlin, Cazeneuve, Bouffier), và mỗi lữ đoàn lại chia làm hai, dưới quyền chỉ huy của người Nhật. 

Tháng 3 năm 1869, hạm đội hải quân hoàng gia tiến đến vịnh Miyako, dẫn đầu là tàu chiến Kotetsu, họ có tổng cộng 8 tàu chiến. Về phía Cộng hòa Ezo, họ lên kế hoạch đánh chiếm tàu Kotetsu, chỉ huy hạm đội hoàng gia một cách bất ngờ. Vì thế, ba tàu chiến gồm Kaiten - tàu chỉ huy của Hishikata Toshizo cùng hai tàu khác là Banryu và Takao được lệnh bất ngờ tấn công Kotetsu tại vịnh Miyako. Tuy nhiên, may mắn đã không mỉm cười với họ, tàu Takao thì bị hỏng động cơ, tàu Banryu thì bị lạc khỏi đoàn và sau đó đành quay về Hokkaido. Và chỉ có tàu Kaiten là tham chiến đầu tiên bằng cách bất ngờ húc vào mạn tàu Kotetsu và sau đó để lính nhảy sang kia tham chiến. Sau khi bị bất ngờ, Kotetsu lập tức đáp trả lại bằng súng máy khiến Kaiten phải thoái lui, và dù bắn bị thương 3 tàu của triều đình, Kaiten rốt cuộc phải rút lui mà không làm gì được Kotetsu. Kaiten chạy được về Hokkaido, nhưng tàu Takao, vốn động cơ bị hỏng thì không chạy kịp và bị quân triều đình bắt được. Hải chiến vịnh Miyako kết thúc với thắng lợi của quân triều đình.

Sau thắng lợi tại vịnh Miyako, triều đình tiếp tục gửi một hạm đội lớn gồm 7000 quân tiến về phía Cộng hòa Ezo. Họ đổ bộ xuống Hokkaido vào tháng 4 năm 1869 và nhanh chóng chiếm được nhiều vị trí quan trọng, cuối cùng bao vây hai chốt chặn cuối cùng là Goryokaku và Benten Daiba bên ngoài thành phố Hakodate. Đây là trận đánh quyết định số phận của Cộng hòa Ezo, đích thân Enomoto Takeaki tham chiến, bên Cộng hòa Ezo có 3000 quân và 11 tàu chiến, còn quân triều đình có 7000 quân và 10 tàu chiến. Trận chiến kéo dài nhiều ngày và diễn ra đồng thời cả trên bộ lẫn trên biển, Hishikata Toshizo, thủ lĩnh hiện tại của Shinsengumi cũng tham gia trận đánh này và tử trận. Kết quả của trận đánh là quân triều đình thắng lợi với chỉ hơn 700 thương vong, mất 2 tàu chiến, còn Cộng hòa Ezo, tàn dư cuối cùng của Mạc phủ, mất 1300 người, 400 bị thương và số còn lại bị bắt sống, kể cả Enomoto Takeaki, mất đến 8 tàu chiến. Thắng lợi này đã cáo chung cho số phận của Mạc phủ Tokugawa và chính thức đem lại quyền cai trị cho Thiên Hoàng, vốn đã bị rơi vào tay tầng lớp võ sĩ hàng trăm năm nay rồi.

Cuộc chiến tranh Mậu Thìn thực chất không phải một cuộc chiến đẫm máu hay quy mô quá lớn. Có rất ít các cuộc giao tranh trong toàn cuộc chiến và quy mô cũng nhỏ, trận đánh Toba-Fushimi là cuộc giao tranh lớn nhất giữa Mạc phủ và Duy Tân nghĩa sĩ. Mặc dù thế, tầm quan trọng của cuộc chiến này không hề thua kém bất cứ cuộc chiến lớn nào trước đó (như chiến tranh Genpei hay trận đánh Sekigahara chẳng hạn). Bởi vì cuộc chiến này đã góp phần giúp cuộc Duy Tân Minh Trị thành công, đem quyền lực trở lại với hoàng gia và là tiền đề cho việc hình thành Đế quốc Nhật Bản hùng mạnh. Cuộc chiến này cũng chấm dứt hơn 270 năm cai trị của Mạc phủ Tokugawa nói riêng và hệ thống Mạc phủ phong kiến nói chung. Vì lẽ đó, mà cuộc chiến tranh Mậu Thìn này luôn được xem là một trong những cuộc chiến có vai trò quan trọng nhất lịch sử Nhật Bản.