Khái quát lịch sử Việt Nam (từ thời mở nước cho đến hết thời kỳ quân chủ) - Phần Hạ

Cuối năm 1592 - đầu năm 1593, quân nhà Lê chiếm được Đông Kinh, tiêu diệt được những nỗ lực kháng cự lớn cuối cùng của Mạc Mậu Hợp và Mạc Kính Chỉ. Tuy cả Mạc Mậu Hợp và con trai là Mạc Toàn đều đã chết, nhưng các thế lực tàn dư nhà Mạc vẫn còn khá mạnh, nhiều người xưng đế xưng vương và chiếm cứ các địa phương. Vì vậy trong mấy tháng đầu năm 1593, nhà Lê tập trung vào việc chia nhau đánh dẹp tàn dư nhà Mạc. Tháng 5 năm đó, sau khi đã tu sửa xong cung điện, Trịnh Tùng mới rước vua Lê Thế tông ra Đông Kinh. Đến tháng sau, Nguyễn Hoàng từ Thuận Hóa đích thân đem tướng sĩ về kinh lạy chào vua; đồng thời cũng đem dâng nộp lên triều đình sổ sách về binh lương, tiền bạc, kho tàng các loại của hai trấn Thuận Hóa và Quảng Nam. Sử sách không ghi rõ việc Nguyễn Hoàng ra bắc là tự ý hay do lệnh; nhưng dựa trên việc ông đem cả binh lính tướng sĩ ra, cộng với tình trạng tàn dư nhà Mạc vẫn còn nhiều; có lẽ triều đình đã có lệnh yêu cầu Nguyễn Hoàng đem quân ra bắc phối hợp đánh dẹp.

Bấy giờ trong triều đình nhà Lê, Nguyễn Hoàng có vị thế ngang với nhiều công thần, chỉ đứng dưới một mình Trịnh Tùng mà thôi. Đấy là về chức vị và danh vọng, còn về cá nhân, Nguyễn Hoàng chính là cậu của Trịnh Tùng; cho nên nói ông là nhân vật số một số hai trong triều cũng không quá lời. Với khả năng và lực lượng có trong tay, Nguyễn Hoàng đã góp sức rất lớn trong công cuộc ổn định miền bắc Đại Việt của nhà Lê. Ở thời điểm đó, ngoài tàn dư họ Mạc, nhà Lê còn phải đối phó với cả thế lực các Chúa Bầu họ Vũ ở vùng Tuyên Quang. Nguyễn Hoàng liên tiếp được cử đi đánh dẹp và lập được nhiều công lao. Tuy nhiên quan hệ hai họ Trịnh - Nguyễn cuối cùng đã thực sự đi đến đổ vỡ hoàn toàn vào năm 1600 với sự kiện Nguyễn Hoàng tìm cách bỏ trốn về miền nam.

Thực tế nguyên nhân của sự đổ vỡ trong mối quan hệ giữa hai họ Trịnh - Nguyễn đến từ năm 1599. Năm ấy, Trịnh Tùng được phong tước Bình An vương, được phép mở phủ - tức là được quyền cắt đặt các quan trực tiếp làm việc dưới quyền mà không cần thông qua triều đình. Trước đây Trịnh Kiểm rồi sau đó là Trịnh Tùng tuy chấp chưởng đại quyền và tự quyết mọi việc, nhưng vẫn đem chuyện ra bàn bạc trên triều đình và các quan về danh nghĩa vẫn là thần tử của vua Lê. Tuy nhiên sau khi lập phủ chúa và về sau lập thêm lục phiên trực thuộc; mọi việc quốc gia đại sự đều do các chúa Trịnh xử lý tại phủ, không cần lên triều. Ngoài ra, tước vương và phủ chúa là cha truyền con nối, không cần tâu lên xin vua nữa. Giai đoạn các chúa Trịnh thực sự bắt đầu là ở sự kiện này. Rồi đến tháng 10 năm đó, Lê Thế tông qua đời, Trịnh Tùng tìm cớ phế bỏ thái tử, lập con thứ của vua lên ngôi, tức là Lê Kính tông.

Hai sự kiện quan trọng là chúa Trịnh mở phủ và có đủ quyền lực phế thái tử lập vua mới xảy ra liên tiếp khiến tham vọng lấy lại vị thế trong triều như thời Nguyễn Kim của họ Nguyễn trở nên gần như bất khả thi. Họ Trịnh đã lên đến hàng vương được cha truyền con nối, nhưng họ Nguyễn dù được tước Quốc công thì vẫn là một viên quan trấn thủ địa phương của triều đình. Vì thế mà Nguyễn Hoàng buộc phải suy tính cho con cháu và dòng họ mình. Lần ra bắc này, Nguyễn Hoàng đem theo toàn bộ những người con có khả năng của gia tộc; nếu Trịnh Tùng muốn đoạt lại Thuận Hóa - Quảng Nam thì họ Nguyễn đang ở miền bắc sẽ gặp phải nguy hiểm cực lớn. Mà thực tế thì trước đó vài năm, tranh thủ việc Nguyễn Hoàng đem lực lượng ra bắc, Trịnh Tùng đã cắt cử một số quan viên trung thành với họ Trịnh đến giữ những chức vị quan trọng ở Thuận Hóa và Quảng Nam. Nguyễn Hoàng muốn đem toàn bộ lực lượng quay về miền nam và giữ chắc lấy hai vùng Thuận Quảng quả là rất khó.

Thế nhưng vào hè năm 1600, ba người mang tước Quận công là Phan Ngạn, Ngô Đình Nga và Bùi Văn Khuê cùng khởi binh làm phản. Nguyễn Hoàng bèn lợi dụng việc ấy xin với Trịnh Tùng cho đi dẹp loạn; rồi lập tức đem theo quân bản bộ, đốt bỏ doanh trại rồi đi thuyền trốn về Thuận Hóa. Lực lượng làm phản sau đó tuy rơi vào đấu đá khiến cả Phan Ngạn và Bùi Văn Khuê đều chết; nhưng vẫn đủ sức uy hiếp kinh thành. Trịnh Tùng buộc phải tạm bỏ Đông Kinh, rước vua Lê về Thanh Hóa. Nguyễn Hoàng khi trốn về cũng có cử con trai thứ 5 là Nguyễn Phúc Hải ở lại tâu với triều đình và xin làm con tin. Trịnh Tùng vì bận tập trung lấy lại kinh thành và củng cố triều đình nên chỉ cho sứ giả đem thư đến trách phạt và yêu cầu hai xứ Thuận Quảng nộp thuế hàng năm mà không có hành động gì xa hơn. Nguyễn Hoàng cũng chấp nhận, sau đó lại gả con gái cho con Trịnh Tùng là Trịnh Tráng.

Như vậy là cục diện phân chia hai miền đã mơ hồ hình thành từ năm 1600, chứ không phải đến tận khi hai họ Trịnh - Nguyễn đem quân đánh nhau thì Đại Việt mới bị chia cắt.

Trong quãng thời gian sau đó, Nguyễn Hoàng lo tập trung củng cố nền cai trị của họ Nguyễn ở miền nam, bắt đầu những hành động bành trướng lãnh thổ xa hơn. Năm 1613, Nguyễn Hoàng mất, con trai thứ 6 là Nguyễn Phúc Nguyên lên thay. Dù không muốn thừa nhận họ Nguyễn được tự ý truyền chức tước, nhưng họ Trịnh ở miền bắc cũng không làm được gì. Vì vậy, triều đình vẫn sai sứ đến sắc phong cho Nguyễn Phúc Nguyên; và ở chiều ngược lại, họ Nguyễn cũng chưa muốn công khai chống lại, nên cũng chờ sắc phong từ triều đình. Đến năm 1620, hai người chú của Nguyễn Phúc Nguyên âm mưu nổi loạn nên gửi mật thư xin Trịnh Tùng đem quân hỗ trợ. Chúa Trịnh bèn cử tướng đem quân theo đường thủy tiến vào cửa Nhật Lệ. Thế nhưng chưa kịp nổi dậy thì âm mưu bại lộ, chúa Nguyễn chia quân chặn đường quân Trịnh, lại đích thân đem quân đánh bại và bắt giết hai chú mình. Mâu thuẫn giữa hai họ Trịnh - Nguyễn bắt đầu lớn dần. Đến năm 1623, Trịnh Tùng ốm nặng, con thứ là Trịnh Xuân mưu đoạt ngôi của Trịnh Tráng nên đem quân đánh phá kinh thành; Trịnh Tráng lại phải rước vua về Thanh Hóa lánh nạn. Cuộc nổi loạn của Trịnh Xuân nhanh chóng bị chính Trịnh Tùng dẹp tan. Nhưng sau đó Trịnh Tùng qua đời, Trịnh Tráng lên thay, trở thành vị chúa Trịnh thứ 2.

Từ sau lần chúa Trịnh đem quân hỗ trợ cuộc nổi loạn năm 1620, chúa Nguyễn đã lấy đó làm cớ để không nộp thuế về triều đình. Đến năm 1624 sau khi chúa Trịnh Tráng đã vững ngôi bèn cho sứ giả đến đòi thuế; chúa Nguyễn thẳng thừng từ chối. Đến lúc này, ý định của họ Nguyễn về việc lập một nước ở Nam Hà tách riêng với Bắc Hà đã rõ ràng.

Giữa năm 1626, chúa Trịnh bắt đầu cắt cử quân lính đóng đồn để chuẩn bị tấn công Nam Hà. Đến cuối năm đó chúa Trịnh lại sai sứ đến yêu cầu chúa Nguyễn đem quân về kinh phụng sự như Nguyễn Hoàng hồi trước, nếu không sẽ cất quân đánh dẹp, nhưng chúa Nguyễn từ chối. Đầu năm 1627, chúa Trịnh tiếp tục yêu cầu Nam Hà góp đồ để cống cho nhà Minh, lại đòi chúa Nguyễn gửi con về triều làm tin. Đòi hỏi này tiếp tục bị từ chối. Chiến tranh giữa Bắc Hà và Nam Hà lúc này chỉ còn là chuyện sớm muộn.

Tháng 4 năm 1627, chúa Trịnh đem đại quân chia hai đường thủy bộ tiến xuống phía nam, hẹn nhau hội binh ở cửa biển Nhật Lệ. Chúa Nguyễn được tin cũng lập tức đem binh tướng đến ngăn chặn. Quân Trịnh chủ động tấn công nhưng không chọc thủng được tuyến phòng thủ của quân Nguyễn. Thế rồi đến đêm nhân thủy triều lên, thủy quân Nguyễn thuận dòng tiến lên, đem đại bác bắn vào doanh trại khiến quân Trịnh hoảng loạn phải cố chống giữ. Đến khi đại quân của chúa Trịnh tới nơi thì hai bên nổ ra giao tranh lớn. Ban đầu, cả hai quân thủy bộ của chúa Trịnh bắn rát vào cánh trái thủy quân Nguyễn, khiến họ thua lớn phải bỏ thuyền lên bộ và nấp sau lũy. Quân Trịnh thừa thắng tràn sang, vượt lũy truy kích. Nhưng quân Nguyễn cố ý bỏ của cải lại. Hàng ngũ quân Trịnh rối loạn vì binh lính tranh nhau nhặt đồ, bị phục binh quân Nguyễn với cả voi chiến xông ra đánh bại.

Tuy chặn được đà tấn công của quân Trịnh, nhưng quân Nguyễn đã mất cả hai bờ nam bắc sông Nhật Lệ. Chúa Trịnh bèn cho quân hạ trại, đậu chiến thuyền giữa sông định tiếp tục đánh xuống. Biết rằng lực lượng Bắc Hà đông đảo mạnh mẽ hơn hẳn, nên tướng Nam Hà là Nguyễn Hữu Dật bèn dùng kế. Ông cho người phao tin rằng hai người Trịnh Gia và Trịnh Nhạc âm mưu làm loạn ở triều đình. Chúa Trịnh nghi ngờ đâm lo lắng, nên rút quân về. Cuộc chiến lần thứ nhất kết thúc với tình trạng lấp lửng như vậy. Quân Trịnh tuy rút lui nhưng không tổn thất nặng, chắc chắn sẽ tái chiến. Quân Nguyễn tuy thắng, nhưng điểm yếu về việc không có một lũy phòng thủ đủ kiên cố để chặn địch đã lộ rõ. Nam Hà phải nhanh chóng thiết lập một tuyến phòng thủ mạnh mẽ để không rơi vào thế bị động như lần này.

Sau khi Nam Hà thắng trận, một viên quan rất được chúa Nguyễn coi trọng là Trần Đức Hòa tiến cử Đào Duy Từ, khen rằng ông xứng được coi là Gia Cát Lượng thời nay. Đào Duy Từ vốn là người Bắc Hà, tuy tài giỏi nhưng xuất thân là con nhà ca xướng thấp kém nên không được cho đi thi. Vì thế ông phẫn uất bỏ vào Nam Hà tìm cách thi thố tài năng. Đến nay được tiến cử lên chúa Nguyễn. Chúa Nguyễn Phúc Nguyên tiếp chuyện, thấy ông tài giỏi nên rất mừng, bèn lập tức phong chức tước, cho quản việc quân và tham dự triều chính.

Năm 1629, chúa Trịnh Tráng sai sứ đến phong chức tước cho chúa Nguyễn Phúc Nguyên, đồng thời yêu cầu đem quân ra bắc đánh họ Mạc ở Cao Bằng. Đào Duy Từ biết đây là kế của chúa Trịnh mượn danh vua Lê để lấy cớ động binh, bèn khuyên chúa Nguyễn cứ nhận chức tước nhưng không nói gì đến việc ra bắc. Ngay sau đó, Đào Duy Từ dâng kế phòng thủ, huy động người đắp một cái lũy dài từ chân núi Thần Đinh tới bãi cát Hạc Hải. Lũy này được gọi là lũy Trường Dục, dần dần về sau kết hợp với nhiều lũy khác để tạo nên hệ thống phòng thủ Lũy Thầy nổi tiếng.

Sau khi đắp xong lũy Trường Dục, Nam Hà đã có đủ tự tin ngăn chặn được các cuộc tấn công của Bắc Hà. Vì vậy, chúa Nguyễn bắt đầu chuyển từ trạng thái phòng thủ sang chủ động tấn công. Năm 1630, theo lời khuyên của Đào Duy Từ, chúa Nguyễn sai quân tập kích châu Bố Chính, chiếm toàn bộ vùng phía nam từ sông Gianh trở vào. Ngay sau đó, Nam Hà tiếp tục cho đắp thêm lũy Đâu Mâu, kéo dài từ núi Đâu Mâu đến sông Nhật Lệ, đồng thời cho đặt xích sắt chắn ngang cửa biển để ngăn thủy quân Trịnh tiến vào. 

Trước những hành động của quân Nam Hà, chúa Trịnh cũng cắt đặt thêm lực lượng phòng thủ ở Nghệ An để phòng giữ phía bắc châu Bố Chính, rục rịch chuẩn bị lực lượng để tấn công Nam Hà. Bấy giờ con trưởng chúa Nguyễn là Nguyễn Phúc Kỳ đã mất, con thứ ba là Nguyễn Phúc Anh muốn tranh quyền kế vị, bèn gửi mật thư hẹn xin làm nội ứng với quân Bắc Hà. Vì vậy đến cuối năm 1633, chúa Trịnh cho khởi binh đánh xuống phía nam lần thứ 2.

Quân Bắc Hà bấy giờ nhắm thẳng hướng cửa biển Nhật Lệ mà tới. Trấn thủ Quảng Bình là Nguyễn Phúc Kiều bèn cho đóng cọc gỗ ngăn chặn, rồi Nguyễn Hữu Dật lại cho đắp thêm lũy Trường Sa để ngăn quân Trịnh đổ bộ. Quân Trịnh kéo tới, bắn súng làm hiệu, nhưng không thấy Nguyễn Phúc Anh tiếp ứng. Chúa Trịnh vì thế nghi ngờ, đóng quân lại không dám tiến, đợi suốt 10 ngày vẫn không thấy dấu hiệu gì, lòng quân chán nản. Đúng lúc này thì quân Nam Hà đổ ra đánh mạnh, quân tiên phong Bắc Hà tan vỡ phải rút lui.

Tiếp tục thắng lợi, nhưng Nam Hà không kịp nhân cơ hội tiến ra chiếm nốt phía bắc châu Bố Chính; vì trong năm 1634 thì Đào Duy Từ mất, rồi năm 1635 đến lượt chúa Nguyễn Phúc Nguyên qua đời. Nam Hà buộc phải tạm hoãn việc tấn công, tập trung xử lý quá trình chuyển giao quyền lực.

Sau khi chúa Nguyễn Phúc Nguyên qua đời, con thứ 2 của ông là Nguyễn Phúc Lan lên thay. Ngay sau khi chúa Nguyễn Phúc Lan vừa lên ngôi thì xảy ra phản loạn. Nguyễn Phúc Anh lúc này đang giữ chức Trấn thủ Quảng Nam khởi binh làm phản, đắp lũy Cu Đê ngăn quân chúa Nguyễn và bày thủy quân ở cửa biển Đà Nẵng. Thế nhưng từ khi chưa lên ngôi, chúa Nguyễn Phúc Lan đã cho tâm phúc của mình đến làm quan ở Quảng Nam, nên Nguyễn Phúc Anh có động tĩnh gì đều bị lộ cả. Bởi vậy mà Nguyễn Phúc Anh vừa khởi binh thì quân chúa Nguyễn đã chia hai đường thủy bộ đánh lũy Cu Đê, lại cho một cánh quân đi đường tắt đánh úp dinh Quảng Nam. Quân nổi loạn tan vỡ, Nguyễn Phúc Anh bị bắt về rồi bị xử tử.

Trong thời gian sau đó, lần lượt cả Bắc Hà lẫn Nam Hà đều gặp rắc rối. Năm 1637, Nam Hà gặp nạn đói lớn, chúa Nguyễn phải lo đối phó, không thể nghĩ tới việc đánh ra bắc. Ở chiều ngược lại thì Bắc Hà cũng phải đối phó với việc thế lực họ Mạc tiếp tục làm phản. Chúa Trịnh phải hai lần đem quân đánh Cao Bằng trong năm 1638 và 1639 thì tình hình mới yên ổn. Lợi dụng thời cơ này, chúa Nguyễn bắt đầu tấn công.

Tháng 9 năm 1640, Nam Hà khởi binh đánh phía bắc châu Bố Chính. Nguyễn Hữu Dật dùng kế phản gián thành công, khiến chúa Trịnh bắt chém tướng trấn giữ, nhờ vậy Nam Hà chiếm được bắc Bố Chính. Nhưng chúa Nguyễn Phúc Lan khi ấy không có chủ trương giữ đất, nên khi chúa Trịnh Tráng yêu cầu Nam Hà trả lại bắc Bố Chính, ông đã thuận theo. Một phần lý do theo như sử chép, là vì thời điểm ấy chúa Nguyễn Phúc Lan không mặn mà gì về chiến tranh hay chính sự, mà mê đắm một người đàn bà xinh đẹp họ Tống. Các quan can gián nhiều lần nhưng không hiệu quả mấy, và phải mãi đến khi Bắc Hà rục rịch động binh nam hạ thì chúa Nguyễn Phúc Lan mới tỉnh ngộ để đối phó. Tống thị vốn là vợ của Nguyễn Phúc Kỳ - con trưởng chúa Nguyễn Phúc Nguyên, về sau mất sớm. Như vậy cũng có nghĩa là chúa Nguyễn Phúc Lan tư thông với vợ của anh trai. Tống thị rồi sẽ còn liên quan đến nhiều nghi án nữa ở Nam Hà, chúng ta sẽ nói kỹ hơn sau.

Tháng 2 năm 1643, chúa Trịnh mượn danh nghĩa vua Lê, sai con là Trịnh Tạc thống lĩnh đại quân tiến đánh châu Bố Chính, giết tướng Nam Hà rồi đem quân đóng ở cửa biển Nhật Lệ. Một tháng sau, chúa Trịnh rước vua Lê vào cùng nam chinh. Đến tháng 4, quân Bắc Hà bắt đầu đánh lũy Trung Hòa, đẩy quân Nam Hà về lại bờ bên kia sông Gianh. Thế nhưng sau đó quân Nam Hà phòng thủ rất vững, quân Bắc Hà không tiến thêm được. Đến tháng 6, mùa hè nóng nực, khí hậu oi bức, chúa Trịnh buộc phải rút quân về.

Ờ miền bắc, lợi dụng việc chúa Trịnh dẫn đại quân đánh Nam Hà; họ Mạc ở Cao Bằng cất quân đánh cướp Thái Nguyên, nhưng bị Trấn thủ ở đây đánh bại. Đến năm sau, chúa Trịnh tiếp tục cử Trịnh Tạc đem quân đánh Cao Bằng, thu được thắng lợi nhỏ. Bấy giờ con trưởng của chúa Trịnh Tráng đã mất, nên Trịnh Tạc được ông có ý chọn kế nghiệp. Tháng 6 năm 1645, chúa Trịnh Tráng bị bệnh; tưởng ông sắp mất, ngôi chúa về tay Trịnh Tạc nên hai người em của Trịnh Tạc là Trịnh Lịch và Trịnh Sầm dấy quân nổi loạn. Trịnh Tạc bèn thống lĩnh tướng sĩ đánh dẹp cuộc nổi loạn, cuối cùng bắt giết được cả hai người em.

Đến năm 1648, Bắc Hà tiếp tục xuất quân đánh Nam Hà. Về nguyên nhân cuộc chiến, sử liệu nhà Nguyễn chép rằng có liên quan tới Tống thị. Theo sử nhà Nguyễn thì chúa Nguyễn Phúc Lan vốn say mê Tống thị, đến khi quân Bắc Hà đe dọa mới tỉnh ngộ, nhưng vẫn cực kỳ sủng ái người này. Tống thị được sủng ái nên kiêu ngạo, bị nhiều người ghét. Em của chúa Nguyễn Phúc Lan là Nguyễn Phúc Trung vốn dữ dằn, oai nghiêm; vì thế rất ghét Tống thị, muốn giết đi. Tống thị sợ hãi, bèn sai người lén ra Bắc Hà liên hệ với cha mình là Tống Phúc Thông đang làm quan nhà Lê. Tống Phúc Thông đem thư của Tống thị dâng lên chúa Trịnh Tráng xin cất quân, Tống thị nguyện đem gia tài ra giúp quân lương và sẽ làm nội ứng. Vì thế quân Bắc Hà mới lại khởi binh.

Tuy nhiên xét kỹ ra thì nguyên nhân này quả thực khó tin. Không lẽ nào có chuyện chỉ vì lời nói của một người phụ nữ mà chúa Trịnh lại nghe theo mà khởi binh. Thậm chí việc Tống thị xin làm nội ứng cho Bắc Hà cũng thuộc dạng nghi án, chưa hẳn đã có thực. Có lẽ bản ý chúa Trịnh vốn đã muốn khởi binh từ trước, dù có hay không việc Tống thị gửi thư xin làm nội ứng cũng chẳng ảnh hưởng gì. Hơn nữa, lần này chúa Trịnh không tự mình cầm quân, cũng không cử con trai làm tướng; chỉ sai Lê Văn Hiểu là Trấn thủ Nghệ An hợp lực cùng Phạm Tất Toàn đóng quân ở bắc châu Bố Chính. Cho nên khả năng cao đây chỉ là một chiến dịch quy mô vừa phải, và sử nhà Lê - Trịnh cũng không chép gì về cuộc chiến lần này cả.

Tháng 3 năm 1648, thủy quân Trịnh kéo tới cửa biển Nhật Lệ, đánh bại quân Nguyễn ở đây. Tướng Nguyễn phải cầu viện với Trấn thủ Quảng Bình là Nguyễn Phúc Kiều. Nguyễn Phúc Kiều bèn sai Nguyễn Triều Văn đem chiến thuyền tới cứu, thế nhưng Nguyễn Triều Văn nhát sợ không dám tiến, cho đậu chiến thuyền lại ở Hạc Hải. Quân Trịnh vì thế đánh sấn lên, hạ được lũy Đâu Mâu và lũy Trường Sa, tiến sát tới dinh Quảng Bình, chuẩn bị tấn công lũy Trường Dục để tiến vào Thuận Hóa.

Bấy giờ quân Trịnh đã chuẩn bị đánh lũy Trường Dục mà viện binh từ Thuận Hóa và Quảng Nam còn chưa tới. Nhưng tướng trấn thủ của Nam Hà ở đây là Trương Phúc Phấn cùng con trai đã cố gắng hết sức cố thủ. Quân Trịnh đem súng ống bắn vào, làm lũy thủng vỡ vài chục trượng, quân Nguyễn hoảng sợ bỏ chạy rất nhiều. Cha con Trương Phúc Phấn bèn liều chết xông lên, giương lọng lên ngồi ngay trước lũy đem bộ hạ của mình ra chống cự, sai quân sĩ đan tre dựng thuyền đổ đất cát lấp vào những chỗ bị sạt. Quân Trịnh cứ nhằm vào chỗ cắm lọng mà bắn, quân Nguyễn xung quanh chết và bị thương rất nhiều; thế nhưng Trương Phúc Phấn vẫn ngồi yên tại chỗ không động đậy. Quân Trịnh thấy thế lại đâm ra sợ, kịp đến lúc quân Nguyễn sửa lại được lũy rồi thì không đánh được nữa. Việc Trương Phúc Phấn cố thủ thành công lũy Trường Dục đã cho Nam Hà thời gian quý giá để viện binh đến kịp. Việc hệ thống các lũy phòng thủ của họ nhanh chóng bị hạ và uy hiếp cho thấy chính Nam Hà cũng bất ngờ với lần ra quân này của Bắc Hà. Họ đã không kịp điều thêm quân tới phòng thủ các lũy, cũng không tăng cường binh lực cho Quảng Bình.

Trước sự uy hiếp của quân Trịnh, chúa Nguyễn Phúc Lan phong cho thế tử Nguyễn Phúc Tần làm Tiết chế; điều các quân thủy bộ ra cứu viện. Đích thân chúa Nguyễn cũng đem đại binh ra bày trại, nhưng bất ngờ giữa đường bị ốm phải giao lại đại quân cho Nguyễn Phúc Tần chỉ huy. Tiền quân Nguyễn tiến tới xã An Đại thì đụng độ một nhánh quân Trịnh. Nguyễn Hữu Dật bèn bày kế phục binh đánh bại nhánh quân này, giúp sĩ khí quân Nguyễn tăng vọt.

Các đạo quân Nam Hà sau đó hội nhau ở dinh Quảng Bình. Nguyễn Phúc Kiều cho rằng nên cố thủ lũy Trường Dục, nhưng có người khác cho rằng nên lợi dụng việc quân Trịnh tiến sâu vào đất địch, lại kiêu ngạo không phòng bị mà dốc sức ra đánh. Nguyễn Phúc Tần nghe theo, quyết định cho hai quân thủy bộ cùng tấn công. Đồng thời, Nguyễn Phúc Tần lệnh cho Tống Triều Phương chỉ huy thủy quân đặt phục binh thay cho Nguyễn Triều Văn trước đó đã vì nhát gan không dám đem quân cứu viện. Tướng Nam Hà khác là Nguyễn Hữu Tiến được lệnh đem voi chiến nhân đêm tối đánh úp doanh trại quân Trịnh. Vì không phòng bị nên quân Trịnh thua to phải bỏ chạy, đến lúc sang sông lại bị thủy quân Nguyễn đổ ra đánh, thiệt hại càng nặng nề. Quân Nam Hà bắt sống được ba vị quận công của Bắc Hà cùng rất nhiều binh lính. Lê Văn Hiểu phải lập tức rút khỏi Quảng Bình, trở về phía bắc sông Gianh để phòng thủ. Quân Nam Hà cũng không nhân cơ hội đánh tiếp mà chia quân phòng thủ, đem tù binh đày tới các vùng để khai hoang, còn đám tướng lĩnh hơn 60 người thì thả cho về bắc.

Thế nhưng chiến thắng của Nam Hà không trọn vẹn, khi chúa Nguyễn Phúc Lan qua đời chỉ sau hơn 2 tuần đột ngột ngã bệnh phải giao lại quyền chỉ huy đại quân cho thế tử Nguyễn Phúc Tần. Sử nhà Nguyễn không chép nguyên nhân vì sao chúa Nguyễn Phúc Lan đột ngột qua đời nhanh như vậy; trong khi sử nhà Lê - Trịnh cho rằng ông bị Tống thị đầu độc. Việc này tiếp tục là nghi án, khó có thể chứng minh.

Sau khi chúa Nguyễn Phúc Lan mất, quần thần tôn thế tử là Nguyễn Phúc Tần lên kế vị. Trong cuộc chiến năm 1648, dù giành được thắng lợi và quá trình chuyển giao quyền lực êm ả, nhưng Nam Hà vẫn không đưa quân vượt sông Gianh. Một phần lý do vì có sự xáo trộn xảy ra ở Bố Chính - viên tướng tài của Nam Hà là Nguyễn Hữu Dật bị hạ ngục. Sử Nguyễn chép rằng Nguyễn Hữu Dật từng sai tướng sĩ làm giả áo mũ và cờ xí của Bắc Hà, định bày mưu làm rối loạn quân Trịnh, đồng thời gửi thư trá hàng. Nhưng chưa kịp báo lên việc ấy thì Tôn Thất Tráng vốn có hiềm khích với Nguyễn Hữu Dật đã gièm pha rằng ông có ý định ra hàng Bắc Hà. Chúa Nguyễn Phúc Tần bèn sai đem bắt hạ ngục, nhưng sau đó biết không có việc ấy nên lại thả ra, nhưng Nguyễn Hữu Dật không còn được giao binh quyền ở Quảng Bình nữa.

Trong vài năm tiếp theo, tình hình tạm yên ổn khi hai bên chưa có ý định gây chiến tiếp. Họ Nguyễn đã tranh thủ quãng thời gian này để mở rộng thêm đất đai về phía nam. Năm 1653, nhân việc vua Chiêm Thành xâm lấn đất Phú Yên, chúa Nguyễn sai tướng đem quân vào đánh, phá được quân Chiêm Thành, lấy được đất đai đến tận sông Phan Rang. Vùng mới chiếm được, chúa Nguyễn chia ra làm hai phủ là Thái Khang và Diên Ninh; Chiêm Thành được cho hòa, nhưng phải theo lệ cống nạp hằng năm. Lúc này, Nam Hà lại bắt đầu có ý định đánh lấn lên phía bắc. Nhưng trước đó, chúa Nguyễn Phúc Tần phải xử lý xong nguy cơ nội loạn tiềm ẩn. Câu chuyện lại quay về với nhân vật gây nhiều tranh cãi và bị sử sách cả nhà Nguyễn và nhà Lê - Trịnh kết án rất nặng là Tống thị.

Như chúng ta đã biết, Tống thị rất được chúa Nguyễn Phúc Lan sủng ái. Xét việc ấy thôi cũng đủ thấy ghi chép của sử nhà Lê - Trịnh rằng Tống thị hạ độc giết chúa Nguyễn Phúc Lan là vô căn cứ. Không có lý nào mà Tống thị lại tự chặt đi chỗ dựa lớn nhất của mình, trong tình cảnh ở triều đình Nam Hà gần như ai cũng ghét bà ta. Vì biết rằng khắp nơi toàn kẻ thù, đặc biệt là Nguyễn Phúc Trung - em trai chúa Nguyễn Phúc Lan; nên Tống thị quay sang lấy lòng rồi lại tư thông với cả Nguyễn Phúc Trung nữa. Năm 1654, Tống thị xúi Nguyễn Phúc Trung làm phản, nhưng bị thuộc hạ tố cáo. Chúa Nguyễn Phúc Tần sai người đem bắt, Nguyễn Phúc Trung bị giam vào ngục rồi chết trong đó. Tống thị bị xử tử, gia sản bị tịch biên toàn bộ đem cấp cho quân dân. Sự kiện này tiếp tục là một nghi án khó có lời khẳng định nữa. Có lẽ đây chỉ là một mưu đồ chúa Nguyễn Phúc Tần bày ra để trừ khử người chú có danh vọng lớn, đồng thời triệt hạ thế lực của gia đình Tống thị ở Nam Hà. Nhưng vì khó mà chứng minh được đúng sai thật giả, nên việc này tạm để tồn nghi.

Bấy giờ quốc lực Nam Hà đã mạnh lên nhiều, chúa Nguyễn Phúc Tần bèn nổi hùng tâm tráng chí muốn đem quân ra bắc, vượt dãy Hoành Sơn lấn đất của Bắc Hà. Chúa bèn đặt ra việc mơ thấy có thần nhân ban lời sấm, lấy đó làm lý do khởi binh, đồng thời gọi hai người Nguyễn Hữu Tiến và Nguyễn Hữu Dật vào bàn bạc.

Thời điểm ấy, hệ thống phòng thủ của Bắc Hà chia làm ba lớp: Phạm Tất Toàn giữ bắc châu Bố Chính, Lê Hữu Đức giữ dãy Hoành Sơn, Lê Văn Hiểu thì đóng quân ở Hà Trung. Sau khi dò xét tình hình, Nguyễn Hữu Dật bèn khuyên chúa Nguyễn không nên tổng tấn công vào bắc châu Bố Chính, mà chia quân làm ba đạo. Đạo quân đầu tiên sẽ đánh bắc châu Bố Chính, đạo quân thứ hai tiếp ứng. Khi nào lực lượng của Lê Văn Hiểu và Lê Hữu Đức tới cứu viện thì sẽ tung đạo quân thứ ba ra đánh úp Hoành Sơn và Hà Trung. Chúa Nguyễn đồng ý, sau đó chuẩn bị ra quân, phong cho Nguyễn Hữu Tiến làm Tiết chế, Nguyễn Hữu Dật làm Đốc chiến.

Tháng 4 năm 1655, quân Nam Hà vượt sông Gianh, đánh mạnh vào bắc châu Bố Chính. Quả nhiên Lê Văn Hiểu mắc mưu, sau khi nghe tin quân của Phạm Tất Toàn thua trận, bèn đem hết quân tới cứu. Bấy giờ Nguyễn Hữu Tiến bèn chia quân, đánh úp lấy được Hà Trung. Đại quân Lê Văn Hiểu tới cứu còn chưa kịp thì Phạm Tất Toàn bị quân Nam Hà đuổi kịp phải xin hàng. Vậy là Nam Hà chiếm được bắc châu Bố Chính. Lê Văn Hiểu thấy vậy vội rút về bắc, nhưng giữa đường trúng phục binh bị thương, quân Bắc Hà thua to phải bỏ cả voi ngựa khí giới mà rút chạy. Không thể chống lại đại quân Nam Hà, Lê Văn Hiểu và Lê Hữu Đức phải góp nhặt tàn quân rồi lui về giữ An Trường ở Nghệ An.

Sau khi thắng trận, Nguyễn Hữu Dật chủ trương đem đại quân lập tức đánh tiếp; nhưng Nguyễn Hữu Tiến không đồng ý mà cho quân đóng lại Hà Trung, sai người báo tin về cho chúa Nguyễn, tập trung ổn định những nơi vừa chiếm được. Mâu thuẫn vì thế bắt đầu nảy sinh giữa Nguyễn Hữu Tiến và Nguyễn Hữu Dật, đến mức chúa Nguyễn phải dặn Nguyễn Hữu Dật rằng không nên khinh địch mà vội đánh, mọi việc quan trọng trong quân phải bàn bạc với Nguyễn Hữu Tiến, không được tự ý hành động. Xét ra thì việc Nguyễn Hữu Tiến thận trọng không đánh tiếp lên bắc là hợp lý. Nam Hà đem quân ra bắc xa xôi, hậu cần chắc chắn không thuận lợi bằng khi phòng thủ ở đất nhà. Lê Văn Hiểu thua trận, nhưng quân ở Nghệ An còn đông đảo; đây lại là đất quan trọng căn bản của nhà Lê - Trịnh nên thành trì vững chãi, chưa kể Bắc Hà có lực lượng đông hơn, sẵn sàng tiếp viện khi cần. Vì vậy, Nguyễn Hữu Tiến chủ trương đánh chậm tiến chắc, từng bước chiếm từng vùng của Bắc Hà rồi biến thành đất của Nam Hà, thực là chủ trương đúng đắn.

Về phần quân Bắc Hà thì sau khi củng cố lực lượng, Lê Văn Hiểu và Lê Hữu Đức lại bắt đầu tiến quân ra để chủ động phòng thủ. Bấy giờ có nhiều tướng Bắc Hà đã đem quân ra hàng, nên Nguyễn Hữu Dật viết thư muốn chiêu hàng cả Lê Văn Hiểu, nhưng không thành công. Nguyễn Hữu Dật thấy thế lại tiếp tục sử dụng kế phản gián - ông cho người tung tin đồn là Lê Văn Hiểu thua trận nên muốn ra hàng Nam Hà. Tin đồn đến tai chúa Trịnh Tráng, ông bèn ra lệnh gọi cả Lê Văn Hiểu và Lê Hữu Đức về kinh. Trên đường, Lê Văn Hiểu do đã bị thương nặng từ trước nên qua đời, còn Lê Hữu Đức sau khi về kinh cũng bị giáng chức. Triều đình Lê - Trịnh cũng cử quân tới Nghệ An tiếp viện, và giao quyền chỉ huy cho Trịnh Trượng - con trai thứ ba của chúa Trịnh Tráng. Có thêm tiếp viện ở cả hai mặt thủy bộ, quân Bắc Hà giờ đông đảo và mạnh hơn hẳn quân Nam Hà.

Thấy quân Bắc Hà người đông thế mạnh, Nguyễn Hữu Tiến bèn hỏi kế Nguyễn Hữu Dật, sau đó đem quân lui về bờ nam sông Gianh, đặt phục binh ở những chỗ xung quanh để dụ quân Trịnh. Trịnh Trượng đem quân tới Hà Trung thì không thấy quân Nam Hà đâu, đâm ra lo lắng. Có người đoán được quân Nguyễn giả vờ rút lui và đặt phục binh, nên khuyên Trịnh Trượng cũng hãy tạm lui, không tiến quân tiếp, Trịnh Trượng vì không có nhiều kinh nghiệm cầm quân nên nghe theo.

Nguyễn Hữu Dật thấy mưu này không thành, lại nghĩ thêm kế nữa. Ông thưa với chúa Nguyễn Phúc Tần rằng quân Trịnh vào nam đã hơn tháng mà không đánh trận nào đã lui về phòng thủ, vậy tức là quân đông mà thiếu ý chí. Vì vậy, Nguyễn Hữu Dật xin đem đại quân chủ động tấn công, chúa Nguyễn thuận cho.

Tháng 9 năm 1655, Nguyễn Hữu Tiến chia quân làm ba đạo rồi vượt sông đánh vào nơi Trịnh Trượng đóng quân. Bị bất ngờ, quân Trịnh thua to, các đạo quân khác nghe tin cũng bỏ chạy sạch, còn thủy quân Bắc Hà cũng bị đánh tan. Trịnh Trượng phải vội vã thu quân rút về An Trường để phòng thủ. Nguyễn Hữu Tiến vì thế chiếm được toàn bộ bảy huyện Nghệ An ở phía nam sông Lam. Việc thua quân mất đất khiến cả Bắc Hà rúng động.

Việc Trịnh Trượng đại bại khiến triều đình Lê - Trịnh lo lắng. Chúa Trịnh Tráng phải lập tức cử thế tử Trịnh Tạc đem đại quân tới Nghệ An cứu viện. Đến cuối năm đó chúa Trịnh lại cử thêm con út của mình là Trịnh Toàn cùng một loạt tướng lĩnh khác ra Nghệ An chia nhau cầm quân để chống lại Nam Hà. Thế nhưng khi các đạo quân Bắc Hà ra đến nơi thì Nguyễn Hữu Tiến đã chủ động rút toàn bộ lực lượng khỏi bảy huyện vừa chiếm được về đóng ở Hà Trung để tránh giao chiến trực diện. Nhưng không lâu sau, ở Bắc Hà có việc nên Trịnh Tạc đem đại quân lui hết về An Trường, rồi sau đó lại rút về kinh, chỉ còn lưu lại một vài tướng cầm quân ở lại phòng thủ và đặt thủy quân ở sông Tam Chế.

Đến đầu năm 1656, quân Nam Hà mở đợt tấn công, đánh đến tận sông Tam Chế, nhưng khi đụng độ thủy quân Bắc Hà thì bị chặn lại không tiến thêm được và phải rút lui. Tháng 3, các tướng Nam Hà chia quân đánh bại được thủy quân Bắc Hà và đẩy lùi toàn bộ quân Trịnh về An Trường. Triều đình Lê - Trịnh sau đó cử Trịnh Toàn thống lĩnh toàn bộ các tướng ở Nghệ An. Ngay sau khi nắm quyền chỉ huy, Trịnh Toàn cử các tướng cầm quân đến đóng các nơi để đánh quân Nam Hà. Để đối phó, Nam Hà cũng chia hai đường thủy bộ cùng đánh, quân Bắc Hà thua to, phải bỏ cả thuyền ghe súng đạn mà chạy. Quân Nam Hà thừa thế đuổi theo, nhưng Trịnh Toàn đã kịp đem quân lại cứu, hai mặt quân Bắc Hà hợp nhau giáp công, khiến Nam Hà thua to, chết quân mất tướng và phải rút về Hà Trung.

Thế nhưng đúng lúc đó thì lại có biến cố xảy ra làm nội bộ họ Trịnh lục đục, khiến Bắc Hà không thể thừa thắng tiến lên chiếm lại bảy huyện Nghệ An. Thời điểm năm 1656, chúa Trịnh Tráng đã gần 80 tuổi, việc chọn người thừa kế đã xong xuôi khi thế tử Trịnh Tạc cũng được phong vương và có quyền lực lớn. Để tránh xảy ra nội loạn trong họ, Trịnh Tạc bắt đầu trao binh quyền cho các con mình và giảm bớt quyền lực của các em. Một tháng sau khi Trịnh Toàn thắng trận ở Nghệ An, triều đình cử con trai của Trịnh Tạc là Trịnh Căn đem quân tướng đến Nghệ An để hợp cùng với Trịnh Toàn đánh Nam Hà. Thế nhưng cả hai đều có quyền ngang nhau, không ai lấn được người còn lại. Đến tháng 10, triều đình cử thêm một con trai khác của Trịnh Tạc là Trịnh Lệ đem quân đến tăng viện. Như vậy dù mang tiếng là hợp đồng tác chiến, nhưng kỳ thực Trịnh Tạc có ý đề phòng em trai Trịnh Toàn của mình, nên mới cho các con đem quân tướng đến để dò xét và kiềm chế.

Cuối năm 1656, đại quân Bắc Hà tiến sang bờ phía nam sông Lam, đào hào đắp lũy và cử người do thám. Thế nhưng đột nhiên Trịnh Toàn tự ý rút về An Trường, khiến Trịnh Căn không thể không rút lui theo. Gần nửa năm chuẩn bị cho chiến dịch đánh Nam Hà thế là đổ sông đổ biển hết cả. Tháng 5 năm 1657, chúa Trịnh Tráng mất, thế tử Trịnh Tạc lên thay. Ngay lập tức Trịnh Toàn ở Nghệ An bị tố có âm mưu làm phản. Trịnh Toàn sau đó nộp lại voi ngựa khí giới cho Trịnh Căn rồi về kinh xin chịu tội. Chúa Trịnh Tạc cũng không nỡ giết, bèn đem bắt hạ ngục, sau Trịnh Toàn chết ở trong đó. Biến động xảy ra cũng khiến chúa Nguyễn Phúc Tần thay đổi một chút chiến lược - ông lệnh cho các quân đóng đồn đắp lũy, có ý muốn chiếm giữ lâu dài các huyện ở Nghệ An đã lấy được.

Suốt từ giữa năm 1657 đến cuối năm 1658, hai bên chỉ giao tranh những trận nhỏ, đều có thắng có thua, nhưng không ảnh hưởng đến thế cục. Quân Trịnh không mạo hiểm đánh lớn, là vì nghĩ rằng quân Nguyễn chinh chiến ở xa, lâu ngày sẽ sinh loạn. Tuy nhiên nếu chẳng may Nam Hà tranh thủ thời gian thu phục nhân tâm người ở bảy huyện Nghệ An, thì có lẽ đất ấy chẳng còn là của Bắc Hà được nữa. May mắn cho họ Trịnh là bản thân họ Nguyễn cũng đã sai lầm về chiến lược khi không thật sự quyết có ý sáp nhập bảy huyện Nghệ An vào đất của mình.

Vốn ban đầu khi xuất quân, chúa Nguyễn Phúc Tần đã không có ý chiếm đất chiếm dân. Cho nên khi đã lấy được bảy huyện Nghệ An rồi cũng vẫn không thực sự coi dân ở nơi ấy là dân Nam Hà, mà chỉ là công cụ để quân Nguyễn tận lực khai thác sức người sức của. Nguyễn Hữu Dật đã từng khuyên nên tìm cách thu phục nhân tâm, không cho quân lính quấy nhiễu; nhưng chúa Nguyễn không làm theo. Vì thế quân Nam Hà vừa tăng thuế, vừa thúc ép dân chúng phải nộp đủ. Bảy huyện Nghệ An bị khai thác đến kiệt quệ nhằm phục vụ cho quân Nam Hà, lòng dân ở đó vì thế ngày càng chán nản mệt mỏi.

Gần như suốt năm 1659, hai bên không giao chiến trận nào. Tình trạng của quân Nam Hà dần tiêu cực khi bất hòa giữa hai vị chủ tướng Nguyễn Hữu Tiến - Nguyễn Hữu Dật ngày càng sâu sắc. Tháng 9 năm 1660, Nguyễn Hữu Tiến đem quân vượt sông Tam Chế đánh vào xã Mỹ Dụ. Ban đầu giành được thắng lợi, chém được một viên tướng Bắc Hà. Quân Trịnh phải rút về cố thủ ở lũy Đồng Hôn. Thế nhưng vì xích mích mà hai vị chủ tướng Nam Hà mạnh ai nấy đánh. Nguyễn Hữu Tiến vượt sông mà không báo cho Nguyễn Hữu Dật, thành ra khi có tiếng súng nổ Nguyễn Hữu Dật mới biết mà đem quân theo. Hai cánh quân Nam Hà đánh kẹp lại, chiếm được lũy Đồng Hôn và đẩy lui quân Bắc Hà về An Trường; sau đó xin chúa Nguyễn đem đại quân tới tiếp ứng. Thế nhưng quân Bắc Hà do Trịnh Đống chỉ huy đã tiến lên giao chiến, quân Nam Hà thua to phải rút trở lại về bờ nam.

Đẩy lui được quân của Nguyễn Hữu Tiến, đồng thời lại được tăng viện nên Trịnh Căn quyết định chuyển sang chủ động tấn công. Tháng 10 năm 1660, Trịnh Căn chia quân làm hai đạo vượt sông tiến đánh. Cả hai cánh quân Trịnh ban đầu đều gặp bất lợi, thiệt hại nặng, nhưng cuối cùng nhờ Trịnh Căn điều quân tiếp viện kịp thời mà giành được thắng lợi, đẩy lùi quân Nam Hà và thu được rất nhiều voi ngựa khí giới. Tháng sau triều đình Lê - Trịnh tiếp tục tăng viện, Trịnh Căn lại tiếp tục tấn công. Quân Nam Hà liên tục thua to; và trước tình hình chủ tướng xích mích, quân sĩ ngã lòng, Nguyễn Hữu Tiến buộc phải tính đến việc bỏ bảy huyện Nghệ An để rút về bờ nam sông Gianh. Cuối năm 1660, Nguyễn Hữu Tiến và Nguyễn Hữu Dật chia hai đường thủy bộ rút lui; Trịnh Căn cho quân truy đuổi đến tận sông Gianh mới dừng lại. Trận thua này khiến toàn bộ thành quả của chiến dịch kéo dài gần 6 năm trời đều mất trắng; quân Bắc Hà chiếm lại được bắc châu Bố Chính và bảy huyện Nghệ An bị mất khi trước. Trịnh Căn sau đó đem đại quân rút về bắc, hai bên tạm thời nghỉ ngơi dưỡng sức.

Đến cuối năm 1661, chiến sự lại nổ ra. Tháng 11 năm đó, chúa Trịnh Tạc rước vua Lê Thần tông vào nam để đi đánh Nam Hà. Đại quân đóng ở bắc châu Bố Chính, sau đó sai Trịnh Căn đem thủy quân tiến vào cửa biển Nhật Lệ, các tướng khác đem quân bộ vượt sông Gianh đóng trại. Chúa Nguyễn Phúc Tần thấy quân mình ít, bèn lệnh cho Nguyễn Hữu Dật dời hết dân chúng ở nam châu Bố Chính vào sau lũy Thầy để dễ bề phòng thủ. Hai bên cầm giữ nhau hơn một tháng, quân Bắc Hà nhiều lần khiêu khích nhưng Nguyễn Hữu Dật nhất quyết không ra đánh. Đến tháng 3 năm 1662, quân Bắc Hà hết lương, cuối cùng rút hết quân về bắc.

Cuộc chiến năm 1661 - 1662 diễn ra chóng vánh và quy mô cũng không lớn; nhưng cũng đủ khiến Nam Hà nhìn ra nhược điểm trong hệ thống phòng thủ của mình. Đó là nếu thủy quân Bắc Hà tiến vào cửa biển Nhật Lệ, ngược sông mà tiến lên đổ bộ thì các hệ thống lũy Trường Sa thủ bờ biển và lũy Đâu Mâu thủ bờ sông đều trở nên vô dụng cả. Vốn quân Nam Hà cũng có đặt xích sắt chắn ngang cửa biển, nhưng nếu không có tên đạn của quân phòng thủ hỗ trợ thì xích sắt nào ngăn được thủy quân Bắc Hà? Vì vậy ngay sau khi quân Trịnh rút hết về bắc; Nguyễn Hữu Tiến và Nguyễn Hữu Dật đã xin với chúa Nguyễn cho đắp thêm lũy Trấn Ninh ở bờ bắc sông Nhật Lệ, đối diện với hệ thống lũy Trường Sa. Sau khi lũy Trấn Ninh đắp xong thì hệ thống phòng thủ của Nam Hà đã thực sự vững vàng khó bề công phá.

Trong vòng 10 năm sau đó, hai bên ngừng chiến. Bắc Hà tận dụng quãng thời gian này để giải quyết các vấn đề còn tồn đọng ở hậu phương, tích trữ lực lượng để quyết chiến với họ Nguyễn. Nam Hà cũng tương tự, ngoài việc đắp thêm lũy Trấn Ninh, họ còn tranh thủ tìm các cách gia tăng nội lực.

Ngay trong năm 1662, sau khi rút về bắc thì chúa Trịnh Tạc đã cử binh tướng đi đánh họ Mạc ở Cao Bằng, nhưng Mạc Kính Vũ đã bỏ trốn khi biết tin quân triều đình đến. Năm 1666, quân triều đình lại tiến đánh, tuy vẫn không bắt được Mạc Kính Vũ nhưng đã phóng hỏa đốt cháy chỗ ở của y. Đến tháng 10 năm 1667 thì chúa Trịnh Tạc quyết tâm dốc binh lực ra quét sạch Cao Bằng, trừ bỏ họ Mạc. Lần này đích thân chúa Trịnh cầm quân, cử nhiều tướng cùng tiến đánh. Mạc Kính Vũ sợ hãi bỏ trốn sang Quảng Tây, vì thế quân triều đình bắt được rất nhiều người trong họ Mạc, sào huyệt của Mạc Kính Vũ ở Cao Bằng bị phá. Thế nhưng sau đó Mạc Kính Vũ lại xin nhà Thanh can thiệp, bắt nhà Lê - Trịnh phải trả lại Cao Bằng cho họ Mạc. Bấy giờ nhà Lê - Trịnh đang muốn cầu phong với nhà Thanh nên buộc phải nghe theo. Mãi tới tận năm 1677  triều đình mới diệt được hoàn toàn tàn dư họ Mạc.

Ngoài họ Mạc, nhà Lê - Trịnh còn ra quân tiễu trừ thế lực chúa Bầu họ Vũ ở Tuyên Quang. Mối họa này tạm yên năm 1669 khi ở Tuyên Quang có loạn, chúa Bầu là Vũ Công Đức bị thủ hạ giết hại; con trai là Vũ Công Tuấn trốn về Đông Kinh rồi bị triều đình giam lỏng. Đến năm 1672, lợi dụng việc nhà Lê - Trịnh đánh họ Nguyễn, Vũ Công Tuấn trốn về Tuyên Quang; nhưng sau đó bị đánh bại phải trốn sang Vân Nam. Đến năm 1689 thì Vũ Công Tuấn bị nhà Thanh bắt được đem trả cho Đại Việt; rồi y bị triều đình giết. Thế lực họ Vũ từ đấy bị diệt hẳn.

Về phần Nam Hà, thì họ cũng tập trung tích trữ lực lượng, luyện tập quân tướng để phòng bị. Không may là năm 1664, Nguyễn Hữu Tiến bị bệnh nên xin được nghỉ không tham gia việc quân nữa và đến năm 1666 thì mất. Một tổn thất không hề nhỏ với Nam Hà.

Đầu năm 1672, chúa Trịnh Tạc bắt đầu huy động đại quân để chuẩn bị đánh Nam Hà. Tháng 7, chúa Trịnh rước vua Lê Gia tông vào đóng ở bắc châu Bố Chính, cử Trịnh Căn thống lĩnh thủy quân tiến vào cửa biển Nhật Lệ, cử Lê Thì Hiến thống lĩnh bộ binh tiến đến lũy Trấn Ninh.

Để chống lại quân Bắc Hà, chúa Nguyễn Phúc Tần ngoài việc để Nguyễn Hữu Dật phòng thủ Bố Chính ra thì còn cử con trai thứ tư Nguyễn Phúc Thuần làm Nguyên soái điều động binh lương và hơn trăm voi chiến. Sau khi đến Quảng Bình, Nguyễn Phúc Thuần bèn hội các tướng lại và chia nhau đặt quân phòng thủ các lũy và vị trí quan trọng, chờ quân Bắc Hà tới.

Tháng 9 năm 1672, đại quân họ Trịnh vượt sông Gianh, tiến vào nam châu Bố Chính. Trịnh Căn cho quân đắp lũy kéo dài đối diện lũy Trấn Ninh và đóng hơn nghìn chiến thuyền ngoài cửa biển để tiếp ứng. Chúa Nguyễn Phúc Tần lo sợ thanh thế quân Bắc Hà, phải vội vã tuyển thêm binh lính ở Thuận Hóa và Quảng Nam để tăng viện cho tiền tuyến. Đến tháng 12 thì bộ binh quân Trịnh do Lê Thì Hiến chỉ huy bắt đầu đánh lũy Trấn Ninh.

Với lợi thế số lượng, Lê Thì Hiến cho quân đánh đồn và đốt trại quân Nguyễn rồi cứ men theo lũy mà trèo lên. Quân Nguyễn ở trên lũy bắn tên đạn xuống như mưa, quân Trịnh bèn quăng dây thừng kéo đại bác của địch xuống, lại buộc mồi lửa vào sào tre ném vào bên trong lũy, thiêu cháy nhà cửa. Quân Trịnh còn có loại súng bắn đạn nổ ra nhiều viên nhỏ, vì thế quân Nguyễn phòng thủ thiệt hại rất nặng.

Sợ không thể giữ được nữa, tướng trấn thủ là Trương Phúc Cương sai người cấp báo với Nguyễn Phúc Thuần xin được bỏ lũy Trấn Ninh để lui lại tuyến sau. Nguyễn Phúc Thuần không cho phép, vì bỏ lũy Trấn Ninh cũng có nghĩa là từ bỏ bờ bắc cửa biển Nhật Lệ và giảm đi một nửa sức ép cho thủy quân Trịnh. Khi đó thủy quân Bắc Hà sẽ có thể phối hợp được với bộ binh để chiếm lấy bờ bắc sông Nhật Lệ; thậm chí đổ bộ lên bờ nam để đánh úp sau lưng lũy Trường Sa và tiến đánh lũy Trường Dục. Nguyễn Phúc Thuần lệnh cho Trương Phúc Cương tử thủ và hứa đem quân cứu viện, đồng thời sai người điều động Nguyễn Hữu Dật đang giữ Sa Phụ thuộc hệ thống lũy Trường Sa đem quân về cứu lũy Trấn Ninh.

Khi Nguyễn Hữu Dật đem quân tới Trấn Ninh thì lũy đã vỡ một đoạn dài rồi. Lúc ấy trời đã tối, Nguyễn Hữu Dật bèn sai quân đốt đuốc lên sáng rực, khiến quân Trịnh không biết viện binh nhiều hay ít và không dám xông vào. Ngay sau đó Nguyễn Hữu Dật cho binh lính nhanh chóng sửa và gia cố lũy. Trong khi đó thì ở Sa Phụ, thủy quân Bắc Hà bắt đầu đưa chiến thuyền vào cửa biển. Nguyễn Phúc Thuần hay tin bèn sai quân tướng đắp ụ cát, đặt súng lớn và đem chiến thuyền ra nghênh chiến. Hai bên đánh nhau dữ dội và đều chịu tử thương thảm trọng, cuối cùng quân Trịnh phải rút lui.

Trong vòng một tháng liền, Lê Thì Hiến tiếp tục cho quân đánh lũy Trấn Ninh ba lần, nhưng không tài nào xuyên phá được. Bấy giờ lại có tin Trịnh Căn thống lĩnh thủy quân trúng gió ốm nặng, không thể hỗ trợ cho bộ binh được. Vì vậy bộ binh cũng lấy lý do đất Thuận Quảng ẩm thấp và trời đông giá rét nên binh lính khó lòng ở lại lâu ngày được. Chúa Trịnh Tạc bèn rút đại quân về, Nam Hà cũng làm tương tự. Hai bên lấy sông Gianh làm ranh giới tự nhiên, không xâm lấn nhau nữa. Từ năm 1627 đến năm 1672, Bắc Hà và Nam Hà tổng cộng giao chiến 7 lần, nhưng cuối cùng không bên nào đủ khả năng tiêu diệt bên còn lại. Chiến tranh giữa hai họ Trịnh - Nguyễn tạm khép lại, nhưng Đại Việt trên thực tế tiếp tục bị chia cắt.

Sau cuộc chiến năm 1672, Bắc Hà và Nam Hà ngưng chiến, tập trung vào phát triển vùng lãnh thổ của mình. Họ Trịnh không tiến vào được vùng Thuận Quảng nên tập trung tiêu diệt dứt điểm các thế lực họ Mạc ở Cao Bằng và họ Vũ ở Tuyên Quang, củng cố Bắc Hà. Họ Nguyễn cũng không đánh ra bắc được, nên tập trung vào mở rộng về phía nam bằng cách dồn sức diệt Chiêm Thành, lấn đất Chân Lạp. Phải mãi đến hơn 100 năm sau, hai miền mới động binh đao trở lại, nhưng việc ấy còn liên quan đến một thế lực khác nổi lên ở Nam Hà nữa - đó là quân Tây Sơn. Tây Sơn rồi sẽ là thế lực nổi lên và đánh bại được cả họ Nguyễn ở Nam Hà và họ Trịnh ở Bắc Hà.

Nhưng trước đó, hãy cùng điểm qua những điểm đáng chú ý ở cả Bắc Hà lẫn Nam Hà trong giai đoạn hơn trăm năm hòa hoãn.

Ở Bắc Hà, lần lượt các đời chúa Trịnh như Trịnh Tạc, Trịnh Căn và Trịnh Cương đều là những người giỏi cai trị nên Bắc Hà được ổn định và phát triển nhiều mặt. Thế nhưng đến khi chúa Trịnh Cương mất và Trịnh Giang lên thay thì bắt đầu xảy ra loạn. Chúa Trịnh Giang ăn chơi trác táng, sa đọa, sửa đổi nhiều phép tắc của chúa Trịnh Căn; lại vì mâu thuẫn mà tìm cách hãm hại rồi ép chết hai vị Tể tướng đầu triều là Nguyễn Công Hãng và Lê Anh Tuấn. Việc triều chính dần bị lơi là mà tập trung vào xây cất chùa miếu đình quán xa hoa. Việc phục dịch ngày càng nặng, nông thương phải bỏ nghề, người dân ta thán. Mà vì xa hoa lãng phí nên việc mua quan bán tước trở nên phổ biến hơn, khiến triều đình ngày càng rối ren.

Tình hình như thế dẫn đến việc trộm cướp, giặc giã bắt đầu nổi lên liên tục. Ví dụ như năm 1737 có nhà sư Nguyễn Dương Hưng nổi dậy khởi nghĩa; đến năm 1739 thì hậu duệ nhà Mạc là Nguyễn Cừ, Nguyễn Tuyển cùng Vũ Trác Oánh cũng nổi dậy. Rồi sau đó đến lượt những cuộc khởi nghĩa của Nguyễn Hữu Cầu, Hoàng Công Chất và Nguyễn Danh Phương. Mà cũng vì chúa Trịnh Giang từng tự ý can thiệp việc lập vua Lê nên đã dẫn tới việc hoàng thân Lê Duy Mật định làm binh biến ở kinh thành. Tuy không thành công, nhưng Lê Duy Mật đã kịp trốn vào Thanh Hóa và sau đó khởi binh, trở thành mối họa kéo dài đến 30 năm với họ Trịnh.

Năm 1740, em của chúa Trịnh Giang là Trịnh Doanh được các quan đại thần phò tá đã làm binh biến đoạt ngôi chúa. Là người tài năng nên chúa Trịnh Doanh đã điều chỉnh chính sách, ra tay đánh dẹp, dần dần củng cố lại tình hình Bắc Hà. Đến khi chúa Trịnh Doanh mất năm 1767 thì triều đình cơ bản đã dẹp yên được hầu hết các cuộc nổi loạn - chỉ trừ Hoàng Công Chất và Lê Duy Mật. Con chúa Trịnh Doanh là Trịnh Sâm lên thay đã hoàn tất việc đánh dẹp vào năm 1770. Bắc Hà lại được yên bình và nhanh chóng phát triển, lại trở nên thịnh trị.

Trong khi đó thì tình hình ở Nam Hà lại tương đối ổn định xuyên suốt các đời chúa Nguyễn Phúc Tần, Nguyễn Phúc Thái, Nguyễn Phúc Chu, Nguyễn Phúc Chú và Nguyễn Phúc Khoát. Bên cạnh việc sử dụng nhiều cách khác nhau để lấn đất cũng như gây ảnh hưởng với Chiêm Thành hay Chân Lạp; Nam Hà còn tiếp nhận mấy nghìn người Minh di tản do không muốn bị nhà Thanh cai trị. Chúa Nguyễn đã sử dụng lực lượng này để khai khẩn các vùng đất hoang ở miền nam, dựng phố xá và trở thành nơi buôn bán sầm uất.

Đến đời chúa Nguyễn Phúc Khoát thì Nam Hà đã mở rộng đến tận vùng Gia Định, xung quanh có các nơi phụ thuộc như trấn Thuận Thành của người Chiêm Thành, trấn Hà Tiên được trao cho dòng họ Mạc Cửu, và còn nhiều vùng đất khác kéo dài từ Vĩnh Long đến Hà Tiên cũng xin thần phục.

Sự phát triển nhanh chóng và khá thuận lợi của Nam Hà cũng kéo theo một vài tác động tiêu cực, ví dụ như tầng lớp cai trị dần trở nên xa xỉ và tham vọng ngày càng lớn. Đương nhiên là các chúa Nguyễn ngoài việc mở đất về phía nam vẫn luôn nuôi tham vọng đánh lên phía bắc, nhưng vì Bắc Hà cũng thịnh trị nên tham vọng chỉ dừng lại ở mức mộng tưởng mà thôi. Vấn đề nghiêm trọng nhất ảnh hưởng đến Nam Hà chính là lối sống xa hoa vô độ của những người cai trị. Các chúa Nguyễn thường xuyên cho xây cất dinh phủ to lớn, sang trọng, đời sau hơn đời trước để chứng tỏ sự thịnh trị. Lối sống xa hoa chốn cung đình ngày càng bén rễ và trầm kha - thực ra đã xuất hiện từ tận thời chúa Nguyễn Phúc Lan, nhưng càng về sau càng quá đà.

Đến năm 1744, chúa Nguyễn Phúc Khoát nhận thấy Nam Hà thịnh trị bậc nhất, nên quyết định xưng vương, tỏ ý ngang hàng với họ Trịnh (vì từ trước đến giờ họ Nguyễn vẫn luôn chỉ nhận tước Quốc công của vua Lê). Sau khi xưng vương, chúa Nguyễn Phúc Khoát đặt ra nhiều nghi lễ, phong tục để tỏ ý là một xứ độc lập hẳn với Bắc Hà. Ngoài ra, chúa tiếp tục tăng cường xây dựng cung điện, đền đài nguy nga. Các quan lại, tôn thất cũng đua nhau xây cất. Vì thế người dân phải phục dịch nặng nề và đóng nhiều thuế hơn trước. Đấy là còn chưa kể lối sống sa đọa của các chúa Nguyễn cũng ngày càng quá quắt, đặc biệt chúa Nguyễn Phúc Khoát còn nạp cả người cô trong họ là Ngọc Cầu vào cung. Tình hình triều đình Nam Hà cũng vì vậy mà ngày càng rối ren hỗn loạn.

Chính trong đời chúa Nguyễn Phúc Khoát mà khủng hoảng nổi lên và sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến cơ nghiệp của họ Nguyễn tại Nam Hà. Thường các đời chúa Nguyễn sẽ chọn người kế vị cho con lớn nhất, nếu người đó mất sớm thì truyền ngôi cho con lớn thứ 2, cứ thế tiếp tục. Nhưng chúa Nguyễn Phúc Khoát vì yêu người con thứ 9 là Nguyễn Phúc Hiệu nên bỏ trưởng lập thứ, chọn người này làm thế tử. Nhưng năm 1760, Nguyễn Phúc Hiệu mất sớm làm ngôi thế tử bị bỏ trống. Đến năm 1763, con trưởng của chúa cũng qua đời nên chúa Nguyễn Phúc Khoát muốn chọn con thứ 2 là Nguyễn Phúc Côn nối ngôi. Năm 1765, chúa Nguyễn Phúc Khoát mất, để lại di chiếu cho Nguyễn Phúc Côn thay thế; nhưng quyền thần Trương Phúc Loan muốn lập người nhỏ tuổi lên để dễ thao túng. Vì vậy Trương Phúc Loan bèn sử di mệnh, lập con thứ 16 là Nguyễn Phúc Thuần mới 12 tuổi lên ngôi - đây cũng là người con do chúa Nguyễn Phúc Khoát loạn luân với cô họ mình mà sinh ra.

Chúa Nguyễn Phúc Thuần nhỏ tuổi, nên quyền hành rơi cả vào tay Trương Phúc Loan. Y lũng đoạn triều chính, tự lập làm Quốc phó, bắt hạ ngục Nguyễn Phúc Côn và giết thầy dạy của ông, mưu hại nhiều tông thất. Nạn mua quan bán tước ngày càng tràn lan, hình ngục khắt khe, thuế má càng lúc càng nặng, khiến đời sống người dân vô cùng khổ sở. Lại thêm việc mất mùa đến mấy năm liền khiến dân chúng đói ăn, trộm cướp giặc giã nổi lên. Chính trong giai đoạn này, các cuộc khởi nghĩa đã nổi lên, và quan trọng nhất trong số đó chính là nhà Tây Sơn của ba anh em Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ và Nguyễn Lữ.

Năm 1771, Nguyễn Nhạc khởi binh với danh nghĩa diệt trừ Trương Phúc Loan, tôn phò hoàng tôn Dương - tức là Nguyễn Phúc Dương, con trai thế tử Nguyễn Phúc Hiệu. Nhờ vậy mà người theo về khá đông. Đến năm 1773, Nguyễn Nhạc dùng mưu chiếm được thành Quy Nhơn, dựng cờ hiệu Tây Sơn, đưa quân đánh hạ các phủ Diên Khánh, Bình Khang và chiếm hết thành trấn từ Quãng Ngãi đến Bình Thuận. Năm 1774, tướng của họ Nguyễn là Tống Phúc Hiệp đánh bại quân Tây Sơn, thu lại được một số thành. Nhưng sau đó Tây Sơn lại đánh vào Quảng Nam, khiến quân triều đình vô cùng vất vả. Để đối phó, họ Nguyễn liên tục cử quân vào phía nam để đánh dẹp Tây Sơn. Nhưng trong lúc rối ren đó, họ Trịnh ở Bắc Hà đã nhìn thấy thời cơ để đánh xuống phía nam lần nữa.

Bắc Hà thời điểm đó đã hồi phục và lại trở nên thịnh trị, các cuộc khởi nghĩa đều bị dẹp yên, chúa Trịnh Sâm lại có hùng tâm tráng chí muốn dựng nên cơ nghiệp vượt xa các đời chúa trước. Vì vậy sau gần 5 năm tích trữ sức người sức của, nhận thấy Nam Hà chìm trong hỗn loạn, chúa Trịnh Sâm quyết định ra quân.

Tháng 6 năm 1774, Trấn thủ Nghệ An là Bùi Thế Đạt báo tin rằng quân Tây Sơn đã chiếm Quy Nhơn và đánh đến tận Quảng Nam. Chúa Trịnh Sâm bèn huy động lực lượng tinh nhuệ và điều động các tướng lão luyện đến Nghệ An chuẩn bị, đồng thời cử Việp Quận công Hoàng Ngũ Phúc đến đó chủ trì. Hoàng Ngũ Phúc đến Nghệ An, ngay lập tức chia quân cho các tướng chỉ huy, đồng thời cử người gửi thư cho Nam Hà, nói rằng Bắc Hà nghe tin Tây Sơn đánh Quảng Nam, hai nhà Trịnh - Nguyễn vốn thân thích nên mới cất quân đóng ở biên giới để giúp đỡ. Đến tháng 9, Hoàng Ngũ Phúc tiếp tục gửi thư cho chúa Nguyễn Phúc Thuần để bày tỏ ý muốn cùng tiến đánh Tây Sơn để sớm dẹp loạn, kỳ thực là tìm danh nghĩa đem quân vào Nam Hà. Đồng thời ông cũng gửi hịch vào cho dân Nam Hà, bày tỏ ý định giúp đánh dẹp Tây Sơn và diệt quyền thần Trương Phúc Loan.

Tháng 11 năm 1774, triều đình Nam Hà sai người đem trâu, gạo nếp và rượu đến doanh trại Bắc Hà khao quân, thực chất là để tìm kế hoãn binh. Trương Phúc Loan cũng gửi thư tỏ ý từ chối để quân Bắc Hà giúp đánh dẹp. Nhưng chính sứ giả của Nam Hà vì ghét Trương Phúc Loan nên lại ngầm xui Hoàng Ngũ Phúc cứ tiến quân.

Ngày 20 tháng 11 năm 1774, quân Bắc Hà bắt đầu vượt sông. Vì đã ban bố hịch văn từ trước nên dân Nam Hà mừng rỡ đến chào, kể tội của Trương Phúc Loan. Đại quân Bắc Hà vì thế dễ dàng đánh hạ các đồn dinh và tiến thẳng đến lũy Trấn Ninh. Nhưng còn chưa kịp hạ trại để đánh lũy thì trong quân Nam Hà đã có người đến hàng và xin làm nội ứng mở cửa lũy. Thế là lũy Trấn Ninh kiên cố chẳng đánh mà mất, quân Bắc Hà nhanh chóng tiến sâu vào bên trong hệ thống Lũy Thầy, phá hủy hết cọc nhọn ở cửa biển Nhật Lệ, thu được vô số thóc gạo trong các kho chứa. Đến ngày 10 tháng 12 thì đích thân chúa Trịnh Sâm cũng đem quân tới Nghệ An làm thanh viện cho Hoàng Ngũ Phúc.

Triều đình Nam Hà hoảng loạn, vội vàng cho bắt trói Trương Phúc Loan đem nộp để mong Hoàng Ngũ Phúc ngừng tiến quân. Hoàng Ngũ Phúc đồng ý tiếp nhận, nhưng lại gửi thư cho chúa Nguyễn Phúc Thuần hẹn gặp mặt ở Phú Xuân để bàn việc đánh dẹp Tây Sơn, đồng thời yêu cầu niêm phong tài sản của Trương Phúc Loan để chờ quân Bắc Hà đến sẽ phân phát cho dân nghèo. Tóm lại là vẫn tìm lý do để tiến quân chứ không định dừng lại. Tình hình hết sức nguy ngập vì bấy giờ hầu hết quân tướng Nam Hà đang tập trung ở Quảng Nam để chống nhau với Tây Sơn nên ở Phú Xuân chỉ còn toàn quân tướng già yếu. Ai nấy đều sợ hãi, duy chỉ có Nguyễn Văn Chính dám đem quân cự địch.

Đúng ngày cuối năm 1774, Hoàng Ngũ Phúc đem quân đến đóng ở xã Phúc Lương ở ngoại vi thành Phú Xuân. Một tuần sau, quân Nam Hà tổ chức phản công, Nguyễn Văn Chính đem quân và voi chiến vượt sông tấn công. Hoàng Ngũ Phúc bèn chia quân ra đánh giáp vào bầy voi khiến quân Nam Hà rối loạn, tan vỡ phải bỏ chạy. Quân Bắc Hà tiếp tục đánh mạnh, men núi vượt sông đánh vào sau lưng quân Nam Hà, liên tục hạ được các đồn trại. Đến ngày 29 tháng 1 năm 1775 thì tướng Nguyễn Văn Chính tử trận, Phú Xuân bị uy hiếp. Chúa Nguyễn Phúc Thuần sợ hãi bỏ thành, đem hết voi chiến lui về giữ cầu Phú Xuân, có chiến thuyền trợ chiến. Tướng Bắc Hà là Hoàng Đình Thể bèn cho đắp ụ pháo bắn trả suốt đêm, đến sáng thì viện binh kéo tới, quân Nam Hà phải rút lui. Chúa Nguyễn Phúc Thuần cùng tông thất và thân binh lên thuyền chạy về phía nam. Quân Bắc Hà chiếm được Phú Xuân, khiến toàn bộ các dinh trại khác ở Thuận Hóa phải ra hàng.

Vậy là vào đúng dịp bắt đầu Tết Nguyên đán năm 1775, triều đình Nam Hà tan vỡ, Bắc Hà chiếm lại được toàn bộ Thuận Hóa. Dù đã chạy vào Quảng Nam, nhưng vì bị cả quân Trịnh truy đuổi và quân Tây Sơn tấn công, nên chúa Nguyễn Phúc Thuần buộc phải bỏ cả đất Quảng Nam để chạy vào Gia Định. Quân Tây Sơn sau đó đụng độ với quân Trịnh, nhưng mấy lần đều bị đánh bại; Nguyễn Nhạc phải cử người đến xin hàng. Đúng lúc ấy quân Bắc Hà cũng gặp bệnh dịch nên Hoàng Ngũ Phúc đồng ý cho hàng, phong chức cho Nguyễn Nhạc.

Chiến dịch năm 1774 - 1775 đã kết thúc với việc triều đình họ Nguyễn tan vỡ phải chạy vào Gia Định, thoi thóp thêm một thời gian rồi bị Tây Sơn tiêu diệt gần hết. Nhà Lê - Trịnh giành được thắng lợi hoàn toàn, thu lại được đất Thuận Hóa. Trịnh - Nguyễn phân tranh đã kết thúc như vậy, nhưng chiến loạn ở Đại Việt không vì thế mà chấm dứt. Chẳng mấy chốc, ngay cả họ Trịnh cũng rơi vào nội loạn đấu đá, tạo cơ hội để Tây Sơn một đường đánh thẳng ra bắc.

Nhưng trước khi đến với sự tàn lụi của họ Trịnh, thì cần phải nói kỹ hơn về quá trình Tây Sơn nổi lên và từng bước trở thành thế lực hùng mạnh ở Nam Hà.

Vào đúng Tết Nguyên đán năm 1775, quân Trịnh đánh hạ Phú Xuân; chúa Nguyễn Phúc Thần cùng tông thất chạy vào Quảng Nam. Bấy giờ chúa bèn triệu Nguyễn Cửu Dật đang cầm quân chống Tây Sơn vào hộ giá, đồng thời phong hoàng tôn Nguyễn Phúc Dương làm Thế tử để yên lòng quân. Ngay sau đó Tây Sơn kéo đến đánh theo hai đường thủy bộ; Nguyễn Cửu Dật thua to phải rút lui. Lo sợ trước thế mạnh của Tây Sơn, chúa Nguyễn Phúc Thuần để thế tử Nguyễn Phúc Dương cùng một vài tướng ở lại giữ Quảng Nam. Chúa cùng một vài tướng lĩnh và tông thất khác đi thuyền vào Gia Định. Trong số những người đi cùng có Nguyễn Phúc Ánh, con trai của Nguyễn Phúc Côn lúc trước bị Trương Phúc Loan hại. Nhưng giữa đường thì đoàn thuyền gặp bão bị chìm gần hết, chỉ còn thuyền của chúa Nguyễn Phúc Thuần là thoát được.

Ít lâu sau đó, quân Trịnh vượt đèo Hải Vân đánh vào Quảng Nam; sau đó đến lượt Tây Sơn cũng từ phía nam đánh lên. Nguyễn Phúc Dương buộc phải tìm đường bỏ chạy, nhưng giữa đường bị quân Tây Sơn của Lý Tài và Tập Đình vây đánh rồi bị bắt lại đưa về. Bấy giờ Tây Sơn đụng độ với quân Trịnh, bị hai cánh kỵ binh của Hoàng Đình Thể và Hoàng Phùng Cơ đánh cho đại bại. Nguyễn Nhạc và Lý Tài phải đem tàn quân rút về Quy Nhơn và đưa cả Nguyễn Phúc Dương theo, Tập Đình vì sợ tội mà bỏ trốn về Quảng Đông. Nguyễn Nhạc sau đó gả con gái cho Nguyễn Phúc Dương và muốn dựng thế tử lên ngôi vương để thu phục nhân sĩ Nam Hà; nhưng Nguyễn Phúc Dương nhất quyết từ chối.

Nhân lúc Tây Sơn vừa thua trận, tướng Nguyễn là Tống Phúc Hiệp đưa quân đến Phú Yên, gửi thư đòi Tây Sơn phải trả Nguyễn Phúc Dương. Bấy giờ thế lực Tây Sơn chỉ còn co cụm lại ở Quy Nhơn và Quảng Ngãi, tình thế rất nguy cấp. Vì vậy, Nguyễn Nhạc quyết định xin đầu hàng quân Trịnh và làm tiên phong đánh quân Nguyễn ở phía nam. Quân Trịnh bấy giờ chinh chiến lâu ngày mệt mỏi, lại bị dịch bệnh ảnh hưởng, nên Hoàng Ngũ Phúc đồng ý, phong chức và ban cờ cùng ấn kiếm cho Nguyễn Nhạc, sau đó rút về.

Tháng 7 năm 1775, Nguyễn Nhạc cử em là Nguyễn Huệ đem quân đánh Tống Phúc Hiệp; quân Nguyễn thua trận tan vỡ, Tây Sơn lấy lại được Phú Yên. Vì nhận thấy thế lực Tây Sơn đã vững vàng, Hoàng Ngũ Phúc bèn chủ trương rút hẳn về giữ Thuận Hóa, bỏ ngỏ Quảng Nam. Chúa Trịnh Sâm đồng ý, nên quân Trịnh sau đó lui về Thuận Hóa. Hoàng Ngũ Phúc cử Bùi Thế Đạt ở lại trấn giữ Phú Xuân, còn ông đem đại quân về bắc, nhưng do bệnh nặng nên qua đời khi đang ở trên đường quay về kinh thành.

Nhân lúc quân Trịnh đã rút, Nguyễn Nhạc bèn cử Nguyễn Huệ đem quân đi đánh lấy Quảng Nam và để Phú Yên cho Lý Tài giữ. Nhưng Lý Tài vì bất mãn khi mất chức chánh tướng vào tay Nguyễn Huệ nên đã nghe theo lời dụ của Tống Phúc Hiệp, phản Tây Sơn mà đem thành Phú Yên về hàng chúa Nguyễn. Cuối năm đó, tàn dư quân Nguyễn nổi lên định chiếm lại Quảng Nam nhưng nhanh chóng bị Tây Sơn đánh bại. Bình ổn được phía bắc, Tây Sơn bắt đầu tập trung đánh xuống phía nam để tiêu diệt hẳn họ Nguyễn.

Đầu năm 1776, Nguyễn Nhạc cử Nguyễn Lữ đem thủy quân vào đánh Gia Định, chúa Nguyễn Phúc Thuần vì ít quân nên phải bỏ thành Sài Côn chạy ra Trấn Biên. Nguyễn Lữ không tiến đánh tiếp mà cho quân cướp lấy lương thực chở ra Quy Nhơn. Thấy rằng thế lực đã đủ mạnh, Nguyễn Nhạc ở Quy Nhơn bèn tự xưng Tây Sơn vương, cho xây cung điện và đúc ấn tín, phong chức cho các tướng lĩnh. Ở Gia Định thì sau khi Tây Sơn rút đi, chúa Nguyễn Phúc Thuần liền gửi tin cho các tướng đem quân đến hộ giá. Nhờ vậy mà những cánh quân ở Phú Yên của Tống Phúc Hiệp và Lý Tài, Đỗ Thanh Nhơn ở Mỹ Tho và Mạc Thiên Tứ ở Hà Tiên đều kéo quân về; thế lực chúa Nguyễn Phúc Thuần ở Gia Định tạm thời mạnh lên.

Đến mùa thu năm 1776, Nguyễn Phúc Dương tìm cách trốn khỏi Quy Nhơn và chạy xuống Gia Định. Thế nhưng sau khi Nguyễn Phúc Dương đến Gia Định thì rối loạn nhanh chóng xảy ra. Sau khi Tống Phúc Hiệp mất, hai người Lý Tài và Đỗ Thanh Nhơn do có tranh chấp nên đem quân ra đánh lẫn nhau. Lý Tài mạnh hơn nên dồn ép được Đỗ Thanh Nhơn; và đến cuối năm đó, Lý Tài ép chúa Nguyễn Phúc Thuần nhường ngôi vương cho thế tử. Nguyễn Phúc Dương không từ chối được, bèn lên ngôi xưng là Tân Chính vương và tôn chúa Nguyễn Phúc Thuần lên làm Thái thượng vương để cùng nhau chống Tây Sơn. Tuy vậy, nội bộ lực lượng họ Nguyễn đã chia rẽ thành hai phe: một phe là Lý Tài ủng hộ Tân Chính vương Nguyễn Phúc Dương, một phe là Đỗ Thanh Nhơn và Nguyễn Phúc Ánh ủng hộ Thái thượng vương Nguyễn Phúc Thuần.

Tháng 3 năm 1777, Nguyễn Nhạc lại cử Nguyễn Huệ đem quân vào đánh Gia Định. Quân Nguyễn thua to, hai chúa phải bỏ thành Sài Côn chạy về Hóc Môn; tàn quân Lý Tài chạy về Ba Giồng thì bị Đỗ Thanh Nhơn đem quân ra đón bắt và giết đi. Sau khi Lý Tài chết, hai chúa Nguyễn giảng hòa và chia nhau cầm quân chống đỡ Tây Sơn. Nguyễn Huệ tiếp tục chia quân ra đánh bại các lực lượng của quân Nguyễn. Chúa Nguyễn Phúc Dương chỉ còn ít quân phải chạy về Ba Việt; còn chúa Nguyễn Phúc Thuần chạy về Long Hưng, may thoát được vì quân Tây Sơn không đuổi theo kịp vì trời mưa to. Chúa Nguyễn Phúc Thuần sau đó chạy về Cần Thơ gọi Mạc Thiên Tứ đem quân tới. Vì thấy binh lực của Mạc Thiên Tứ ít ỏi không đủ khả năng chống Tây Sơn, nên chúa Nguyễn Phúc Thuần lệnh cho Đỗ Thanh Nhơn tìm cách đi Bình Thuận và Phú Yên để gọi quân của Châu Văn Tiếp và Trần Văn Thức vào cứu. Đồng thời, chúa Nguyễn Phúc Dương cũng định bỏ Ba Việt tìm đến Bình Thuận hợp binh với Châu Văn Tiếp.

Thế nhưng ngay lúc đó, Nguyễn Huệ đã lại đem quân đánh vào Ba Việt, đánh tan quân Nguyễn. Chúa Nguyễn Phúc Dương cùng mười mấy thủ hạ phải đầu hàng rồi cuối cùng bị Tây Sơn đem về Gia Định giết vào tháng 9. Nhân lúc Nguyễn Huệ thắng trận ở miền nam, Nguyễn Nhạc cũng sai quân đánh Phú Yên và Bình Thuận. Quân Nguyễn thua to, Trần Văn Thức bị giết còn Châu Văn Tiếp phải bỏ chạy; Tây Sơn chiếm lại được cả Phú Yên và Bình Thuận. Chúa Nguyễn Phúc Thuần hay tin, vội bỏ chạy ra Long Xuyên, bị quân Tây Sơn truy kích rất ngặt. Chúa Nguyễn Phúc Thuần định cử Mạc Thiên Tứ sang cầu cứu nhà Thanh, nhưng chưa kịp đi thì Tây Sơn đã đánh đến nơi. Quân Nguyễn tan vỡ, Mạc Thiên Tứ chạy ra hải đảo rồi lưu vong sang Xiêm La, đi cùng có cả Nguyễn Phúc Xuân là con thứ 17 của chúa Nguyễn Phúc Khoát. Chúa Nguyễn Phúc Thuần cùng nhiều người bị bắt đem về Gia Định xử tử vào tháng 10 năm 1777. Chỉ có số ít thoát được, trong đó có Nguyễn Phúc Ánh.

Nguyễn Huệ đại thắng, bèn rút quân về Quy Nhơn. Đến cuối năm 1777, Nguyễn Phúc Ánh trở về Long Xuyên, gọi hai người Đỗ Thanh Nhơn và Lê Văn Quân đem quân tới phò tá. Sau khi đã tập hợp được lực lượng, Nguyễn Phúc Ánh đánh chiếm dinh Long Hồ và chiếm lại thành Sài Côn vào tháng 12. Đến đầu năm 1778, các tướng cùng tôn Nguyễn Phúc Ánh lên làm Đại nguyên soái Nhiếp quốc chính. Cũng trong năm này, Nguyễn Nhạc ở Quy Nhơn xưng Hoàng đế, đặt niên hiệu Thái Đức, chính thức cắt bỏ quan hệ với nhà Lê - Trịnh ở Bắc Hà.

Trong vài năm tiếp theo, quân Tây Sơn và quân Nguyễn liên tục đánh nhau. Nguyễn Phúc Ánh ra sức củng cố vùng Gia Định làm căn cứ chống Tây Sơn. Cũng trong thời gian này, Nguyễn Phúc Ánh bắt đầu nhận được sự phục vụ và cố vấn của Giám mục người Pháp là Pierre Pigneu de Behaine - hay còn gọi là Bá Đa Lộc. Năm 1780, Nguyễn Phúc Ánh chính thức xưng vương để kế tục các chúa Nguyễn. Thế nhưng nội bộ quân Nguyễn lại có lục đục khi Đỗ Thanh Nhơn cậy có công lớn mà lấn lướt khiến chúa Nguyễn Phúc Ánh không bằng lòng. Vì vậy mà tháng 3 năm 1781, chúa Nguyễn Phúc Ánh lập mưu tìm cách lừa Đỗ Thanh Nhơn vào cung rồi bắt giết. Thế nhưng hành động này khiến quân Đông Sơn của Đỗ Thanh Nhơn làm loạn, chúa Nguyễn Phúc Ánh phải mất thời gian và tổn thất khá nhiều mới đánh dẹp được.

Bên cạnh việc chống Tây Sơn và dẹp nội loạn, quân Nguyễn còn phải đối phó với vấn đề Xiêm La. Ngay từ khi mới xưng vương năm 1780, chúa Nguyễn Phúc Ánh đã cử sứ giả đến Xiêm La. Nhưng khi ấy, có thuyền buôn nước Xiêm đi đến địa phận Hà Tiên thì bị lưu thủ ở đây giết và cướp hết của cải. Vua Xiêm là Taksin nổi giận, đem sứ giả của chúa Nguyễn giam vào ngục. Thế rồi sau đó lại có người gièm pha với vua Xiêm rằng quân Gia Định có âm mưu dùng nội ứng chiếm kinh thành Vọng Các. Vì việc này mà cả Mạc Thiên Tứ lẫn Nguyễn Phúc Xuân cùng mấy chục thủ hạ và quyến thuộc đều bị hại. Tháng 11 năm 1781, vua Taksin cử Chakri và Surasi đem quân sang đánh Chân Lạp; chúa Nguyễn Phúc Ánh phải cho quân sang cứu. Đang lúc giằng co thì ở Xiêm La có loạn, mà vua Taksin lại vì rối loạn tâm thần mà bắt giam vợ con hai tướng Chakri và Surasi. Hai tướng Xiêm vì thế thỏa hiệp với quân Nguyễn, sau đó đem quân về dẹp loạn và giết vua Taksin. Loạn lạc ở Xiêm La đã tạo cơ hội để Rama I chiếm lấy ngôi vị và trở thành vua. Quan hệ của Xiêm La với chúa Nguyễn từ chỗ là kẻ địch dần biến chuyển thành đồng minh.

Cũng trong năm 1781, sau khi đã dẹp xong nội loạn, thế lực quân Nguyễn dần mạnh lên. Chúa Nguyễn Phúc Ánh bèn cử quân đánh chiếm lại Bình Thuận và uy hiếp cả Phú Yên; nhưng không tiến thêm được do bị quân Tây Sơn chặn lại. Đến tháng 3 năm 1782, Tây Sơn lại vào đánh họ Nguyễn - lần này cả Thái Đức đế Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ đều cầm quân, chia hai đường thủy bộ cùng tiến. Quân Nguyễn thua to tan vỡ, chúa Nguyễn Phúc Ánh phải chạy về Ba Giồng và đến cả Chân Lạp. Quân Tây Sơn đuổi theo nhưng không bắt được.

Tây Sơn tuy chiếm được vùng Nam Bộ, nhưng lập tức gặp phải sự kháng cự của các cộng đồng người Hoa, vốn ủng hộ các chúa Nguyễn từ ngày xưa. Tháng 5 năm 1782, tướng Phạm Ngạn bị phục binh giết chết, quân Tây Sơn thiệt hại rất nặng. Vì Nguyễn Nhạc cho rằng người Hoa có tham gia vào cuộc mai phục, nên cho tàn sát hàng vạn người Hoa ở Gia Định và đặc biệt là vùng Cù lao Phố. Hành động này càng khiến cộng đồng người Hoa thêm bài xích quân Tây Sơn và ủng hộ chúa Nguyễn mạnh hơn.

Chúa Nguyễn Phúc Ánh sau khi tổ chức lại lực lượng bèn ra quân định chiếm lại Gia Định, nhưng bị Nguyễn Huệ đánh bại. Toàn quân tan vỡ, chúa Nguyễn Phúc Ánh phải tìm đường chạy về Hà Tiên rồi ra đến đảo Phú Quốc mới thoát nạn. Vì thấy quân Nguyễn đã tan tác, nên Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ lại rút về Quy Nhơn. Gần như ngay sau đó, Châu Văn Tiếp và Nguyễn Phúc Mân lại đem quân từ Bình Thuận vào đánh chiếm lại Gia Định rồi đón chúa Nguyễn Phúc Ánh về. Đến đầu năm 1783, Nguyễn Huệ và Nguyễn Lữ lại đem quân vào đánh Gia Định. Quân Tây Sơn nhanh chóng phá được tuyến phòng thủ và lại đánh tan quân Nguyễn; Nguyễn Phúc Mân tử trận còn Châu Văn Tiếp chạy thoát được. Chúa Nguyễn Phúc Ánh chạy về Ba Giồng mà chỉ còn khoảng 100 quân đi theo được. Sau đó, chúa Nguyễn Phúc Ánh tiếp tục kêu gọi các lực lượng kéo về để chống Tây Sơn, nhưng tiếp tục bị Nguyễn Huệ đánh bại, quân Nguyễn thua to, nhiều tướng bị giết hoặc bị bắt sống. Chúa Nguyễn Phúc Ánh phải rất vất vả mới lại chạy thoát được ra đảo Phú Quốc cùng gia đình.

Trong thời gian sau đó, chúa Nguyễn Phúc Ánh phải liên tục cho quân đi cướp vùng Hà Tiên để kiếm vũ khí và lương thực; nhưng điều này vô hình trung làm nơi trú ẩn bị lộ. Tháng 7 năm 1783, Tây Sơn bất ngờ kéo quân đến đánh làm chúa Nguyễn Phúc Ánh trở tay không kịp, phò mã Lê Phúc Điển phải mặc áo chúa đóng giả để dụ địch rồi tử trận. Nhờ vậy chúa Nguyễn mới chạy thoát được đến đảo Côn Lôn.

Nhiều lần bị Tây Sơn đánh tan tác, lại thêm vào những lời khuyên của Bá Đa Lộc đã khiến chúa Nguyễn nghĩ về việc cầu viện nước Pháp. Điều này dẫn đến việc chúa Nguyễn Phúc Ánh ủy thác cho Bá Đa Lộc đưa con cả Nguyễn Phúc Cảnh sang cầu viện triều đình nước Pháp của vua Louis XVI. Trong lúc đó, Tây Sơn vẫn truy đuổi gắt gao, nhiều lần chúa Nguyễn Phúc Ánh tưởng bị bắt, mà cuối cùng vẫn thoát thân được thành công. Vì Bá Đa Lộc còn chưa thể lên đường do gió chưa thuận, nên chúa Nguyễn nảy sinh thêm ý định cầu viện Xiêm La. Do chúa Nguyễn còn đang liên tục bị Tây Sơn truy bắt, nên Châu Văn Tiếp đã tìm cách sang Xiêm La trước để cầu viện vua Rama I.

Đầu năm 1784, vua Xiêm cử người đem thuyền sang đón chúa Nguyễn về Vọng Các.  Gia đình chúa ở lại đảo Thổ Chu, còn lại một vài tướng lĩnh và vài mươi binh lính thì theo chúa sang Xiêm La. Sau khi hội kiến ở Vọng Các, vua Xiêm đồng ý cất quân giúp chúa Nguyễn, vì cũng e ngại sự lớn mạnh của Tây Sơn. Tháng 6 năm 1784, vua Xiêm cử 2 vạn thủy quân cùng 300 chiến thuyền cùng theo chúa Nguyễn về để chiếm lại Gia Định. Đi cùng có cả Mạc Tử Sanh là con trai Mạc Thiên Tứ, được chúa Nguyễn phong làm Tham tướng Hà Tiên. Ngoài ra quân Xiêm còn cử thêm 3 vạn quân bộ tiến sang Chân Lạp với danh nghĩa giúp vua Chân Lạp, kỳ thực là để tạo gọng kìm ở phía tây, chờ cơ hội tiêu diệt Tây Sơn.

Quân Xiêm thế mạnh nên tiến nhanh, chiếm được nhiều nơi, nhưng chúa Nguyễn nhanh chóng chịu tổn thất khi Châu Văn Tiếp tử trận vào tháng 10. Bên cạnh đó, việc quân Xiêm ỷ thế dọc đường cướp bóc tàn hại dân chúng rất nhiều đã khiến chúa Nguyễn Phúc Ánh bất bình và thất vọng. Càng tiến sâu thì mâu thuẫn giữa quân Xiêm với quân Nguyễn và người dân bản địa càng sâu sắc.

Tướng Tây Sơn trấn thủ Gia Định thấy quân Xiêm đông đảo, bèn cố thủ và cấp báo về Quy Nhơn. Nguyễn Nhạc bèn cử Nguyễn Huệ đem quân vào đánh. Sau khi vào Gia Định, Nguyễn Huệ bắt đầu bố trí trận địa để nhử quân Xiêm đến đoạn sông Rạch Gầm - Xoài Mút, quyết tâm đánh một trận lớn diệt hết quân địch. Tháng 1 năm 1785,  quân Xiêm theo đường thủy tấn công Mỹ Tho để có thể tiêu diệt được đội thuyền của Tây Sơn. Quân Tây Sơn tại đó giả vờ thua trận rồi nhử đối phương lọt vào trận địa mai phục. Quân Xiêm lọt vào rồi, Tây Sơn cho quân khóa chặt hai đầu rồi dùng súng pháo bắn dữ dội. Ngoài ra Tây Sơn còn sử dụng đội thuyền chứa đầy rơm và các vật liệu dễ cháy khác đánh thẳng vào đội thuyền quân Xiêm, khiến cho hàng ngũ càng thêm rối loạn. Trong khi đó, cánh quân bộ của Xiêm cũng bị Tây Sơn chặn đánh quyết liệt từ đầu nên không thể ứng cứu.

Chỉ trong chưa đầy một ngày, quân Xiêm đã bị đánh bại hoàn toàn. Mấy vạn quân chỉ sót lại vài nghìn người, chạy theo đường thượng đạo trốn về nước. Chúa Nguyễn Phúc Ánh lại phải tìm đường chạy sang Xiêm La, bắt đầu quãng thời gian lưu vong ở Vọng Các kéo dài đến mấy năm. Thắng trận, Nguyễn Huệ đem quân về Quy Nhơn, để Đặng Văn Trấn ở lại giữ Gia Định.

Sau chiến thắng Rạch Gầm - Xoài Mút, Tây Sơn tạm kiểm soát được phía nam, và một số người bắt đầu hướng tầm mắt lên phía bắc. Bản thân Nguyễn Nhạc từ lâu đã muốn chiếm lấy vùng lãnh thổ cũ của các chúa Nguyễn. Thời cơ cũng đã chín muồi khi chúa Trịnh Sâm mất năm 1782 thì lập tức Bắc Hà xảy ra nội loạn. Nội bộ họ Trịnh xảy ra tranh chấp giữa hai con của chúa Trịnh Sâm là Trịnh Khải và Trịnh Cán. Vốn trước đó chúa Trịnh Sâm vì sủng ái Tuyên phi Đặng Thị Huệ nên lập con thứ Trịnh Cán mới 7 tuổi làm thế tử. Sau khi chúa mất, Trịnh Cán được lập làm chúa. Thế nhưng chưa đầy 3 tháng sau, Trịnh Khải nhờ lôi kéo được lực lượng kiêu binh mà làm binh biến chiếm lấy ngôi chúa, giết chết Huy Quận công Hoàng Đình Bảo là người ủng hộ mạnh nhất của Trịnh Cán. Trịnh Khải tuy lên ngôi chúa, nhưng rất vất vả trong việc cân bằng quyền lực giữa nhiều phe phái. Trong cuộc binh biến đó, một bộ tướng của Hoàng Đình Bảo là Nguyễn Hữu Chỉnh vì sợ bị vạ lây nên đã tìm cách trốn vào nam theo hàng Tây Sơn. Nhờ vậy mà Tây Sơn nắm được rất rõ tình hình ở Bắc Hà.

Tháng 3 năm 1786, ở Bắc Hà xảy ra nạn đói lớn, khiến dân chúng ta thán. Sang tháng sau, tướng trấn thủ Phú Xuân là Phạm Ngô Cầu sai sứ sang tìm cách dò xét tình hình Tây Sơn. Sứ giả vốn là người quen cũ của Nguyễn Hữu Chỉnh, nên đem hết tình hình Thuận Hóa ra nói. Nguyễn Hữu Chỉnh vì thế xin Nguyễn Nhạc ra quân đánh Phú Xuân và chiếm Thuận Hóa. Nguyễn Nhạc đồng ý, bèn sai Nguyễn Huệ đem quân ra đánh Phú Xuân, Vũ Văn Nhậm và Nguyễn Hữu Chỉnh làm phó, lại sai Nguyễn Lữ đem thủy quân trợ chiến.

Tháng 5 năm 1786, Tây Sơn bắt đầu tiến quân ra bắc. Nguyễn Huệ nhanh chóng đánh hạ được đồn lũy quân Trịnh ở đèo Hải Vân, áp sát Phú Xuân. Sau đó nhờ Nguyễn Hữu Chỉnh sử dụng kế ly gián mà quân Tây Sơn nhanh chóng chiếm được thành Phú Xuân và các vùng phụ cận. Cùng lúc đó, thủy quân do Nguyễn Lữ chỉ huy cũng tấn công quân Trịnh ở vùng phía nam sông Gianh. Đến ngày 21 tháng 6 thì Tây Sơn chiếm được hệ thống Lũy Thầy. Chỉ trong chưa đầy 1 tháng, toàn bộ Thuận Hóa đã về tay Tây Sơn.

Ý định ban đầu của Nguyễn Nhạc chỉ là chiếm Thuận Hóa, lặp lại tình trạng phân chia Bắc Hà - Nam Hà như hai họ Trịnh - Nguyễn trước kia. Thế nhưng sau khi chiếm Thuận Hóa, Nguyễn Hữu Chỉnh lên tiếng khuyên Nguyễn Huệ hãy nhân dịp họ Trịnh suy yếu đánh ra chiếm lấy Bắc Hà giàu có hơn nhiều. Nguyễn Huệ cho là phải, bèn quyết định tiến quân ra bắc và nêu cao khẩu hiệu "phù Lê diệt Trịnh" để thu phục nhân tâm.

Ngày 28 tháng 6 năm 1786, ở ngoài kinh thành nghe tin báo rằng Tây Sơn đã chiếm Phú Xuân; chúa Trịnh Khải bèn họp các tướng lại bàn cách chống đỡ. Các tướng Trịnh đều cho rằng cố gắng tìm cách lấy lại Thuận Hóa cũng không có ích gì, chẳng bằng lo phòng giữ Nghệ An là hơn cả. Chúa Trịnh Khải đồng tình, cắt đặt quân tướng đến tăng viện cho Nghệ An, đề phòng Tây Sơn đánh lên.

Thế nhưng đến khi Nguyễn Huệ đánh ra bắc thì tình hình thay đổi hoàn toàn. Dọc đường từ sông Gianh trở ra, Nguyễn Huệ chia làm nhiều toán quân đánh các đồn quân Trịnh. Quân Trịnh sợ quân Tây Sơn, nhiều đồn trông thấy là bỏ chạy. Ngay cả các tướng trấn giữ Nghệ An và Thanh Hóa cũng sợ hãi bỏ thành mà chạy. Tây Sơn chiếm được Thanh Hóa - Nghệ An mà hầu như chẳng mất công sức gì. Tây Sơn sau đó thừa thắng tiến lên, tiếp tục chiếm được Sơn Nam. Tin này truyền về kinh thành khiến tất cả đều hoảng sợ, lại thêm việc Nguyễn Huệ giương cờ "phù Lê diệt Trịnh" nên quân tướng Bắc Hà càng thêm rệu rã, mất hết tinh thần chiến đấu.

Trước tình thế đó, chúa Trịnh Khải bèn cố gắng tập hợp lực lượng để nghênh chiến với Tây Sơn ngay tại kinh thành. Dù đã nguy cấp là thế, nhưng quân Trịnh vẫn có tâm lý thiếu cảnh giác và cho rằng Tây Sơn không thể đánh nhanh đến thế được. Thành ra khi thủy quân Tây Sơn thuận đường gió đánh đến thì thủy quân Trịnh nhanh chóng tan vỡ. Nguyễn Huệ kéo quân lên bờ rồi nhanh chóng đánh đến kinh thành. Chúa Trịnh Khải bấy giờ ngồi trên bành voi, cầm cờ lệnh chỉ huy, nhưng quân sĩ nhìn nhau, không ai chịu tiến lên. Tây Sơn đổ đến đánh, quân Trịnh nhanh chóng tan vỡ, bỏ chạy tán loạn. Chúa Trịnh Khải phải bỏ chạy lên Sơn Tây, cuối cùng vẫn bị dân bắt đem nộp cho Tây Sơn. Trên đường áp giải, chúa Trịnh Khải tự vẫn, hơn 200 năm cầm quyền của họ Trịnh vậy là kết thúc.

Diệt xong họ Trịnh, Nguyễn Huệ vào cung yết kiến vua Lê Hiển tông, tuyên bố trao trả quyền lực Bắc Hà cho họ Lê. Để đáp lễ, vua Lê Hiển tông phong cho Nguyễn Huệ làm Nguyên soái Uy Quốc công, sau đó lại theo lời khuyên của Nguyễn Hữu Chỉnh mà gả công chúa Lê Ngọc Hân cho ông. Tháng 7 năm 1786, vua Lê Hiển tông qua đời, đáng lý thì người kế vị là Hoàng tôn Lê Duy Kỳ phải lập tức lên ngôi; nhưng Nguyễn Huệ tỏ ý muốn can thiệp do ý kiến của Ngọc Hân công chúa thiên về việc lập anh mình là Lê Duy Cận lên ngôi. Tuy vậy, dưới áp lực của hoàng tộc họ Lê với Ngọc Hân, Nguyễn Huệ cuối cùng thỏa hiệp, đồng ý ủng hộ Lê Duy Kỳ lên ngôi (cũng tức là vua Lê Chiêu Thống).

Lúc này ở Quy Nhơn, Nguyễn Nhạc nghe tin họ Trịnh đã bị diệt rồi, sợ không kiểm soát nổi Nguyễn Huệ nữa nên vội vàng đem quân ra bắc gọi Nguyễn Huệ trở về. Vua Chiêu Thống muốn nhường mấy quận để làm lễ khao quân nhưng Nguyễn Nhạc từ chối. Sau đó Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ đem quân về nam, để Nguyễn Hữu Chỉnh ở lại trấn thủ Nghệ An. Thế nhưng ngay sau khi Tây Sơn rút đi, các thế lực thân họ Trịnh cũ lại nổi dậy, ép vua Chiêu Thống lập Trịnh Bồng làm chúa, cũng tức là lập lại chế độ vua Lê - chúa Trịnh như trước. Vua Chiêu Thống lo lắng, bèn bí mật mời Nguyễn Hữu Chỉnh ở Nghệ An ra đánh dẹp. Nguyễn Hữu Chỉnh nhanh chóng đem quân ra bắc đánh dẹp tàn dư họ Trịnh, cho đốt phủ chúa. Thế lực họ Trịnh mất hẳn, nhưng rồi bản thân Nguyễn Hữu Chỉnh lại tự ý nắm quyền, áp chế vua Lê.

Về phía Tây Sơn thì sau khi trở lại Nam Hà, Nguyễn Nhạc phân chia lãnh thổ và phong vương cho hai người em. Nguyễn Huệ trấn thủ Thuận Hóa được phong là Bắc Bình Vương. Đối với Nguyễn Lữ, ông được giao trấn thủ thành Gia Định với tước Đông Định Vương. Bấy giờ trong nội bộ quân Tây Sơn dần xảy ra mâu thuẫn giữa Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ. Việc Nguyễn Huệ tự ý đem quân đánh Bắc Hà là trái ý Nguyễn Nhạc. Hơn nữa, nhận thấy uy danh của Nguyễn Huệ ngày càng lớn nên Nguyễn Nhạc sợ thế lực của Nguyễn Huệ sẽ vượt khỏi tầm với của Quy Nhơn.

Mâu thuẫn cuối cùng bùng phát thành chiến tranh, khi vào đầu năm 1787, Nguyễn Huệ đem đại quân tấn công lãnh thổ của Nguyễn Nhạc. Nguyễn Huệ điều động đến mấy vạn quân vây thành Quy Nhơn hàng tháng liền, đem cả đại bác nã vào, lại đánh tan viện binh từ Gia Định kéo lên, bắt sống tướng Đặng Văn Trấn. Cuối cùng, Nguyễn Nhạc phải lên mặt thành khóc lóc xin tha, Nguyễn Huệ mới thôi. Hai bên đồng ý giảng hòa, nhưng Nguyễn Huệ được quyền cai quản thêm cả đất Quảng Nam, và trong nội bộ Tây Sơn bấy giờ thực tế Nguyễn Huệ có uy quyền lớn nhất. Nhưng chính cuộc chiến ấy đã tạo ra một vết nứt không thể hàn gắn trong nội bộ Tây Sơn, và sẽ gây ra tai hại lớn về sau.

Sau đó khi nghe tin Nguyễn Hữu Chỉnh làm loạn ở Bắc Hà, Nguyễn Huệ đã cử con rể Nguyễn Nhạc là Vũ Văn Nhậm đem quân ra bắc diệt Chỉnh. Nguyễn Hữu Chỉnh thua chạy, bị quân Tây Sơn bắt giết. Tuy nhiên, đến lượt Vũ Văn Nhậm chuyên quyền, có ý chống Nguyễn Huệ. Tháng 4 năm 1788, Lê Chiêu Thống đã bỏ kinh thành lưu vong, Nguyễn Huệ phải đem quân ra bắc lần thứ hai để giết Vũ Văn Nhậm. Nguyễn Huệ sau đó đổi gọi tên của kinh thành là Bắc Thành, lập hoàng thân Lê Duy Cận làm Giám quốc. Thế nhưng Lê Duy Cận kỳ thực chỉ có hư danh, còn quyền lực thực tế ở Bắc Hà đã rơi vào tay quân Tây Sơn do Nguyễn Huệ chỉ huy.

Bắc Hà bấy giờ rơi vào hỗn loạn, các thế lực phù Lê, thân Trịnh và Tây Sơn đánh lẫn nhau. Trong khi đó, vua Chiêu Thống vẫn trốn mất tích, và một số đại thần nhà Lê chạy sang nhà Thanh cầu cứu triều đình của vua Càn Long. Tổng đốc Lưỡng Quảng là Tôn Sĩ Nghị nhận thấy thời cơ thích hợp để đem binh can thiệp, liền tâu về triều đình ở Bắc Kinh xin động binh, được vua Càn Long chấp thuận.

Mùa hè năm 1788, Tôn Sĩ Nghị bắt đầu điều động các cánh quân Thanh để tiến sang Đại Việt. Khi quân Thanh tiến vào Bắc Hà, Ngô Văn Sở ban đầu cho quân mai phục và đánh chặn, nhưng không hiệu quả vì thua kém lực lượng. Một mặt, Ngô Văn Sở tiếp tục cử quân chặn đánh, mặt khác lên kế hoạch lui quân về phía nam để hợp binh với lực lượng chính của Tây Sơn. Ngô Văn Sở sai tướng chặn giữ bến đò Xương Giang chặn quân Thanh, và sai Phan Văn Lân đưa hơn 1 vạn quân tinh nhuệ từ Bắc Thành đi đánh. Quân Tây Sơn vượt sông Nguyệt Đức đánh vào quân Thanh đang đóng ở núi Tam Tầng, bao vây doanh trại của Tôn Sĩ Nghị. Tuy nhiên, quân Thanh lập tức dùng súng và cung tên phản kích, khiến quân Tây Sơn phải rút lui.

Tây Sơn sau đó lập tức rút khỏi các trấn để về phía nam. Đến giữa tháng 12 năm 1788, quân của Ngô Văn Sở đã hoàn toàn lui về trấn giữ Tam Điệp, Bắc Hà rơi vào tay quân Thanh. Ngô Văn Sở lập tức cho người vào Phú Xuân cấp báo. Ngày 22 tháng 12, Nguyễn Huệ ra lệnh xuất quân bắc tiến. Đồng thời, Nguyễn Huệ cũng quyết định lên ngôi Hoàng đế, lấy hiệu Quang Trung. 7 ngày sau khi rời Phú Xuân, đại quân Tây Sơn tới Nghệ An và dừng ở đó 10 ngày vừa tuyển thêm quân vừa bắt lính. Đến đêm 30 Tết, vua Quang Trung cho quân ăn Tết trước, rồi hạ lệnh tiến quân.

Khi rời Tam Điệp, vua Quang Trung chia quân làm 5 đạo. Đạo quân do Quang Trung chỉ huy có Ngô Văn Sở và Phan Văn Lân làm tiên phong đánh vào chính mặt nam Bắc Thành. Đạo quân do đô đốc Tuyết chỉ huy theo đường thủy tiến vào sông Lục Đầu, đánh vào quân cần vương nhà Lê ở Hải Dương, chặn đường rút của quân Thanh bên kia sông Hồng. Đạo quân đô đốc Lộc chỉ huy cùng đạo quân đô đốc Tuyết theo đường thủy tiến vào sông Lục Đầu; tới đây tách ra đi gấp lên Lạng Giang chặn đường rút của quân Thanh phía bắc. Đạo quân đô đốc Bảo chỉ huy theo đường Ứng Hoà ra làng Đại Áng, phối hợp với cánh quân Quang Trung đánh đồn Ngọc Hồi của Hứa Thế Hanh. Đạo quân đô đốc Long chỉ huy theo đường Chương Đức, hướng lên Sơn Tây nhưng sẽ rẽ sang làng Nhân Mục tập kích đồn Khương Thượng của Sầm Nghi Đống và tiến vào Bắc Thành từ hướng tây.

Quân Tây Sơn hành binh cấp tốc, nhanh chóng tiêu diệt một số tiền đồn. Do đó, quân Thanh ở các đồn lớn vẫn không hay biết gì. Ngày 3 tháng Giêng, Tây Sơn tiến đến Hà Hồi. Vua Quang Trung cho quân vây chặt đồn rồi sai bắc loa kêu gọi quân Thanh đầu hàng. Quân Thanh bị bất ngờ trước sự áp sát quá nhanh của Tây Sơn, không kịp kháng cự, đều ra hàng. Sau đó, quân Tây Sơn tiến sát đến đồn Ngọc Hồi, nhưng chưa vội đánh. Cả ngày mùng 4, vua Quang Trung chỉ cho quân hư trương thanh thế để uy hiếp tinh thần và lôi kéo sự chú ý của quân Thanh tới đạo quân do ông chỉ huy vào Ngọc Hồi; tạo điều kiện cho các đạo quân đô đốc Long và đô đốc Bảo có thể đánh bất ngờ. Chính Tôn Sĩ Nghị nghe báo cáo của kỵ binh cũng bị hút vào đồn Ngọc Hồi mà không nhận ra nguy cơ từ cánh quân của đô đốc Long.

Khi cánh quân của vua Quang Trung còn đang vây đồn Ngọc Hồi thì cánh quân của đô đốc Long theo đúng kế hoạch bất thần tấn công vào đồn Khương Thượng của Sầm Nghi Đống. Quân Thanh bị tập kích bất ngờ, chống không nổi trước hỏa lực của Tây Sơn, chết rất nhiều. Sầm Nghi Đống bỏ chạy lên cố thủ tại đài chỉ huy ở Loa Sơn. Đô đốc Long chia quân làm 2: một cánh đánh sang Nam Đồng để tiến vào Bắc Thành, một ít quân tiếp tục vây hãm Loa Sơn. Sầm Nghi Đống cố thủ trên đài chờ cứu viện của Tôn Sĩ Nghị, nhưng tới ngày hôm sau không có quân cứu, tuyệt vọng rồi tự vẫn.

Hạ xong đồn Khương Thượng, ngay trong đêm mùng 4, đô đốc Long tiến vào bắn phá đồn Nam Đồng ở phía tây Bắc Thành. Khi Tôn Sĩ Nghị nhận được tin báo việc đồn Khương Thượng thất thủ thì đồn Nam Đồng đã bị hạ và quân Tây Sơn lũ lượt tiến vào đánh đại bản doan quân Thanh. Tôn Sĩ Nghị vừa bất ngờ, vừa sợ hãi, liền gấp rút chạy khỏi thành. Sử nhà Thanh cũng phải ghi nhận về sự rối ren và hoảng loạn của quân Thanh khi bỏ chạy, đến mức cả vạn người chen nhau rơi xuống sông mà chết đuối. Khi quân Thanh ở Bắc Thành vỡ trận và bỏ chạy, vua Chiêu Thống cùng hoàng thất và một số quan lại trung thành cũng chạy theo.

Sáng mồng 5, khi cánh quân của đô đốc Long tiến vào Bắc Thành, thì vua Quang Trung cũng hạ lệnh tấn công đồn Ngọc Hồi. Ngoài đại bản doanh của Tôn Sĩ Nghị, thì đồn Ngọc Hồi này là đồn mạnh và kiên cố nhất. Quân Thanh thậm chí còn chôn cả địa lôi và rải chông sắt bên ngoài đồn. Rạng sáng hôm đó, vua Quang Trung cho voi chiến tiến lên. Ngựa quân Thanh sợ voi lui lại, giẫm lên nhau, lùi về đồn. Quân Thanh không dám ra nữa, cố thủ trong đồn dùng súng bắn ra. Quang Trung chia quân làm hai cánh, một cánh vòng qua sau đồn Ngọc Hồi, đóng phía đông đê Yên Duyên để chặn đường địch rút; cánh kia là bộ binh dùng mộc tẩm rơm ướt tiến lên hãm đồn. Quân Thanh bị đánh từ hai mặt, hỏa lực lại không hiệu quả, chống không nổi liền chạy tản ra bốn phía, lại giẫm phải địa lôi chính mình đặt từ trước nên bị chết rất nhiều. Đồn Ngọc Hồi bị quân Tây Sơn thiêu cháy. Các đồn còn lại của quân Thanh cũng nhanh chóng bị hạ. Toàn bộ hệ thống phòng thủ của Tôn Sĩ Nghị đều bị tiêu diệt. Hàng vạn quân Thanh tử trận, có cả các tướng lĩnh quan trọng như Hứa Thế Hanh, Trương Triều Long và Thượng Duy Thăng. 

Chiều mồng 5 Tết, đại quân của vua Quang Trung tiến vào Bắc Thành. Toàn bộ lực lượng quân Thanh sang Đại Việt đều phải rút chạy. Cánh quân Điền Châu gần như bị diệt hoàn toàn, cánh quân Lưỡng Quảng chủ lực bị thương vong nặng và tan rã gần hết, riêng quân Vân Nam – Quý Châu không giao chiến mà lập tức rút chạy khi nghe tin thất trận. Với chiến thắng này, vua Quang Trung đã nắm được Bắc Hà trong tay, và có đủ lực lượng để tiến hành một cuộc chiến quy mô lớn nhằm thống nhất hoàn toàn Đại Việt. Nhà Tây Sơn sau đó cũng được nhà Thanh công nhận, phong làm An Nam Quốc vương.

Bấy giờ ở phía nam, lợi dụng mâu thuẫn trong nội bộ Tây Sơn, chúa Nguyễn Phúc Ánh sau một thời gian lẩn trốn và bị giam lỏng ở Xiêm La đã bỏ trốn về nước. Chúa Nguyễn nhanh chóng tập hợp các bộ hạ cũ để chiếm lại Gia Định. Tháng 7, quân Nguyễn đánh vào Long Xuyên, sau đó dùng kế của Tống Phúc Đạm để Nguyễn Lữ hiểu lầm viên tướng trấn thủ Sài Côn là Phạm Văn Sâm. Trước việc thế lực quân Nguyễn lớn mạnh, lại thêm cả chuyện tướng Nguyễn Văn Trương đem hết bộ thuộc và thuyền chiến ra hàng, lực lượng Tây Sơn ngày càng mỏng. Cuối cùng, Nguyễn Lữ đem bộ thuộc rút về Quy Nhơn, chỉ để lại Phạm Văn Sâm ở Sài Côn với một lực lượng không mạnh. Quân Nguyễn dần dần đánh chiếm các vùng, đồng thời vây đánh Gia Định. Dù Phạm Văn Sâm cố sức cố thủ, nhưng quân ít lại không có viện binh nên cuối cùng phải bỏ thành rút chạy vào đầu tháng 9 năm 1788.

Phạm Văn Sâm dù đã bỏ thành, nhưng vẫn kiên trì ở lại chống giữ đợi viện binh. Tuy nhiên, lúc đó thế lực của Nguyễn Nhạc ở Quy Nhơn đã suy yếu, lại lo ngại Nguyễn Huệ ở phía bắc nên không chia quân đến cứu viện được. Đến cuối năm 1788, Nguyễn Nhạc chấp nhận sự thật rằng giờ Nguyễn Huệ mới là thủ lĩnh thực sự của Tây Sơn. Ông từ bỏ đế hiệu, chỉ xin được xưng là vương và cai quản Quy Nhơn cùng mấy phủ xung quanh, còn đâu toàn bộ binh quyền đất đai đều nhường cho Nguyễn Huệ. Sau đó, Nguyễn Nhạc khẩn cầu em trai đem quân vào cứu phía nam, chiếm lại Gia Định. Tuy nhiên đúng lúc đó thì xảy ra việc nhà Thanh động binh, tiến vào Bắc Hà nên Nguyễn Huệ không thể làm theo. Phạm Văn Sâm ở Gia Định đợi mãi không có viện binh, sau lại bị quân Nguyễn bít đường trốn ra Quy Nhơn, cuối cùng bị bắt vào đầu năm 1789. Đến năm 1790 thì quân Nguyễn chiếm được Bình Thuận, chúa Nguyễn Phúc Ánh hoàn toàn kiểm soát được vùng Nam Bộ với Gia Định là trung tâm.

Có được Gia Định làm căn cứ, chúa Nguyễn Phúc Ánh cho sửa sang thành trì, chiêu mộ và huấn luyện quân đội. Song song với đó, chúa Nguyễn cho khai khẩn đất hoang, tổ chức đồn điền để cung ứng lương thực cho quân, lại mở rộng giao thương. Nhờ vậy mà vùng Gia Định sau nhiều năm binh đao bị tàn phá ác liệt đã khởi sắc trở lại. Tuy vậy, cũng vì mục đích phục vụ chiến tranh mà chúa Nguyễn cho áp thuế má lao dịch rất nặng, khiến dân chúng nhiều khi ta thán, nhưng vì pháp luật nghiêm khắc nên tình hình vẫn có thể coi là ổn định.

Được Gia Định làm căn cứ có đủ thóc gạo, ngay tháng 4 năm 1790, chúa Nguyễn Phúc Ánh cử Lê Văn Quân đem quân đánh Bình Thuận. Sau đó Lê Văn Quân cầm quân ở lại giữ Phan Rí, còn hai tướng Võ Tánh và Nguyễn Văn Thành thì quay về Gia Định. Tuy nhiên ngay sau đó Tây Sơn phản công, đánh bật quân Nguyễn khỏi Phan Rí, khiến Lê Văn Quân phải rút chạy về Gia Định. Hổ thẹn vì thất bại này nên Lê Văn Quân uống thuốc độc tự vẫn. Việc xuất quân của Gia Định thời điểm này xét ra không lợi. Lý do là vì gió bắc vẫn thổi mạnh, mà thủy quân Gia Định phải có gió nam mới tiến quân được Tuy vậy, năm 1792, quân Gia Định vẫn tổ chức đánh và phá hủy nhiều tàu chiến của Tây Sơn ở Thị Nại thành công.

Cũng trong năm 1792, vua Quang Trung ở Phú Xuân quyết định mở chiến dịch lớn tấn công Gia Định, phối hợp với Nguyễn Nhạc ở Quy Nhơn để tiêu diệt hoàn toàn thế lực của chúa Nguyễn Phúc Ánh. Lực lượng quân Tây Sơn được cho là rất lớn, lên tới cả chục vạn quân, tiến cả hai đường thủy bộ. Tuy nhiên khi việc chuẩn bị còn chưa xong thì vua Quang Trung đột ngột qua đời, Thái tử Nguyễn Quang Toản mới 10 tuổi lên ngôi, tức là vua Cảnh Thịnh. Quyền lực trong triều đình Tây Sơn về tay Thái sư Bùi Đắc Tuyên, các phe phái tranh đấu quyết liệt, khiến việc đánh Gia Định bị bỏ ngỏ. Có thể nói biến cố này đúng là vừa vặn để Gia Định có thời gian tiếp tục phát triển và chuẩn bị các chiến dịch tấn công vào lãnh thổ của Nguyễn Nhạc.

Tương tự với việc quân Tây Sơn thực hiện chiến dịch đánh cướp phá rồi rút lui về Quy Nhơn ngày trước; quân Nguyễn cũng thường tổ thức tấn công rồi lại nhanh chóng rút về Gia Định. Việc tấn công còn phụ thuộc vào thời điểm có gió nam, nên chiến lược này của quân Gia Định còn được gọi là chiến tranh gió mùa.

Tháng 6 năm 1793, chúa Nguyễn Phúc Ánh dẫn quân tấn công Quy Nhơn, cử Nguyễn Phúc Hội đánh Phan Rí, đồng thời đưa một lực lượng khác đánh Phan Rang. Quân Nguyễn sau đó đánh chiếm được cả thành Diên Khánh và Bình Thuận. Nguyễn Nhạc nghe tin quân Gia Định đến, liền cử con trai Nguyễn Bảo đem quân trong thành ra chống cự. Quân của Nguyễn Phúc Hội giả vờ truy kích, tuy nhiên đến đêm lại vượt Kỳ Sơn, hợp quân với Võ Tánh để đánh mạnh vào lưng quân Tây Sơn. Nguyễn Bảo thua to, lại có thêm Lê Văn Duyệt từ trên núi đánh xuống, càng thiệt hại nặng. Quy Nhơn bị bao vây, Nguyễn Nhạc phải gửi tin cấp cứu về triều đình Phú Xuân. Phú Xuân lập tức cử các tướng Nguyễn Văn Hưng, Ngô Văn Sở, Lê Trung và Nguyễn Văn Huấn đem 17000 quân và 80 voi chiến vào cứu. Nhận thấy tình hình chưa cho phép đối đầu trực diện với chủ lực Tây Sơn, quân Gia Định rút về Diên Khánh.

Tuy nhiên ngay sau khi giải vây Quy Nhơn, triều đình Phú Xuân nhân đó lại chiếm luôn đất đai của Nguyễn Nhạc. Nguyễn Nhạc đang bệnh trên giường, nghe tin đất phong của con mình bị chiếm mất thì uất quá thổ huyết mà qua đời. Triều đình Phú Xuân an trí Nguyễn Bảo ra huyện Phù Ly, giáng làm Hiếu công. Toàn bộ đất đai của Nguyễn Nhạc từ đó đều do Phú Xuân trực tiếp cai quản. Có thể hiểu rằng đây là cách để Phú Xuân chủ động phòng thủ Quy Nhơn và mặt nam, thay vì trông chờ vào Nguyễn Nhạc già yếu lại ít quân. Nhưng hành động có phần lỗ mãng này lại càng khoét sâu thêm vào rạn nứt trong nội bộ Tây Sơn lúc đó.

Sau khi giải vây Quy Nhơn, triều đình Tây Sơn để Lê Trung và Nguyễn Văn Huấn ở lại trấn thủ. Bên phía Gia Định cũng tổ chức củng cố và xây lại thành Diên Khánh, sau đó chúa Nguyễn Phúc Ánh cho con trai là Thế tử Nguyễn Phúc Cảnh và hai tướng Phạm Văn Nhân - Tống Phúc Đạm trấn giữ. Tây Sơn sau những tổn thất trong hai năm 1792 và 1793 cũng bắt đầu củng cố lại quân đội, đặc biệt là lực lượng thủy quân bằng cách đẩy mạnh việc chiêu dụ các thủ lĩnh hải tặc từ Trung Quốc.

Tháng 3 năm 1794, triều đình Phú Xuân cử Phạm Văn Hưng và Trần Quang Diệu đem hai quân thủy bộ vào vây đánh Diên Khánh, quân Gia Định phải rút khỏi Phú Yên, tập trung cố thủ Diên Khánh. Nghe tin, đích thân chúa Nguyễn Phúc Ánh đem đại quân đến giải vây. Tây Sơn nghe tin, bèn giải vây Diên Khánh rồi rút về Quy Nhơn, quân Nguyễn chiếm lại được Phú Yên và các vùng vừa mất. Quân Gia Định có lợi thế, bèn truy kích đến tận Thị Nại, dồn ép mạnh quân Tây Sơn ở cả hai mặt thủy bộ. Tuy vậy, cuối cùng quân Gia Định vẫn phải lui binh.

Đến giữa năm 1794, chúa Nguyễn Phúc Ánh trở về Gia Định, để Võ Tánh ở lại trấn thủ Diên Khánh. Cuối năm, Tây Sơn lại ra quân vây kín thành. Song song với việc bao vây Diên Khánh, Tây Sơn tổ chức đánh mạnh vào Phú Yên và Bình Khang, cố gắng cô lập Gia Định với Xiêm La. Chúa Nguyễn Phúc Ánh và vua Xiêm Rama I vốn đã có ước hẹn, định tương kế tựu kế, cử quân Xiêm đánh đường bộ, quân Gia Định đánh đường thủy, hai bên cùng tấn công vào Phú Xuân để cô lập Quy Nhơn. Tuy nhiên, vì nhiều vấn đề của Xiêm La mà kế này không thực hiện được.

Đến đầu năm 1795, hai bên có giao chiến lớn. Trần Quang Diệu vây Diên Khánh đã cố gắng cắt đường nước vào thành, nhưng Võ Tánh vẫn kiên quyết tử thủ. Từ Gia Định, chúa Nguyễn Phúc Ánh cũng đem quân đến giải vây, một cánh quân khác của Nguyễn Huỳnh Đức thì vất vả chống đỡ, còn Nguyễn Văn Thành buộc phải rút lui. Nguyễn Phúc Hội thì được lệnh đem quân đến Bình Thuận và đụng độ quân Tây Sơn của Lê Trung ở đây, cuối cùng giành được lợi thế. Chủ quân Gia Định do chúa Nguyễn Phúc Ánh chỉ huy sau đó kéo đến Phú Yên để chặn đường Tây Sơn. Đến tháng 6, Võ Tánh bất ngờ cho quân mở cổng thành đột kích, quấy phá Tây Sơn, chuẩn bị tổ chức phản công. Chúa Nguyễn Phúc Ánh cũng chia quân nhiều đạo để cố gắng giải vây cho thành, nhưng Trần Quang Diệu vẫn giữ vững vòng vây. Những tưởng hai bên sẽ tiếp tục giằng co thì trong triều đình Phú Xuân có biến.

Bấy giờ phe cánh của Võ Văn Dũng thực hiện chính biến, bắt giết Thái sư Bùi Đắc Tuyên và Đại tư mã Ngô Văn Sở; sau đó cử Nguyễn Văn Huấn đem quân vào kìm chế Trần Quang Diệu. Trần Quang Diệu nghe tin liền kinh hãi, lập tức bỏ vây Diên Khánh mà đem quân về Phú Xuân, dàn trận bên bờ sông Hương để đối địch với Võ Văn Dũng. Vua Cảnh Thịnh phải cử Phan Huy Ích ra hòa giải, mâu thuẫn giữa hai người mới được thu xếp ổn thỏa. Sau đó, vua Cảnh Thịnh phong cho Trần Quang Diệu làm Thiếu phó, Võ Văn Dũng làm Đại tư đồ, Nguyễn Văn Huấn thuộc phe Võ Văn Dũng được phong làm Thiếu bảo, Nguyễn Văn Danh thuộc phe Trần Quang Diệu được phong làm Đại tư mã.

Triều đình Tây Sơn tuy tạm yên, nhưng ngày càng suy sụp sau chính biến khi các phe lăm le khống chế lẫn nhau. Điều này đã tạo cơ hội để Gia Định vừa ổn định tình hình vừa mở các chiến dịch bắc tiến. Năm 1797, quân Nguyễn ra quân đánh Đà Nẵng. Tây Sơn cử Trần Quang Diệu đem quân vào Thuận An chống giữ, đồng thời chuyển quân từ Thuận Hóa vào giải vây cho Quảng Nam. Quân Nguyễn dùng kế giương đông kích tây, dụ quân Tây Sơn dồn vào Đà Nẵng trong khi Thế tử Nguyễn Phúc Cảnh đem quân đánh vào cửa biển Hội An, chiếm Quảng Nam rồi hội quân với Võ Tánh ở Phú Yên. Dọc đường đến Phú Yên, quân của Võ Tánh cũng chớp lấy thời cơ mà đánh bại một cánh quân Tây Sơn, thu được nhiều chiến lợi phẩm.

Tháng 7 năm 1797, quân Nguyễn đánh tan viện quân của Tây Sơn từ Thuận Hóa vào. Các cánh quân Nguyễn khác đều giành được lợi thế cả. Chúa Nguyễn Phúc Ánh thấy thế bèn lệnh cho các quân chờ thời cơ đánh úp, lại sai một cánh khác với sự giúp sức của người Pháp đến đánh Đà Nẵng, đốt thuyền Tây Sơn. Tây Sơn cố giữ Đà Nẵng, đồng thời gửi tin về Quy Nhơn. Trấn thủ Quy Nhơn là Lê Trung bèn cử quân vào cứu, nhưng lại trúng phục binh thiệt hại nặng; đồng thời đạo quân đến cứu Quảng Nam cũng bị đánh tan. Đánh nhau lâu ngày, quân Nguyễn bắt đầu thiếu lương thực, mà thuyền vận lương đi từ Gia Định hiện giờ vẫn chưa đến. Thành ra cuối cùng quân Nguyễn vẫn phải rút lui mà chưa chiếm được Quy Nhơn.

Năm 1798, Nguyễn Văn Huấn được cử vào trấn thủ Quy Nhơn thay cho Lê Trung, nhưng do các tướng cũ của Nguyễn Nhạc không phục nên lại bị gọi về triều. Do có công lớn, lại bị gièm pha nên cuối cùng Nguyễn Văn Huấn bị vua Cảnh Thịnh bắt giết. Đồng thời, con của Nguyễn Nhạc là Nguyễn Bảo thường vẫn căm tức vì bị đoạt mất đất đai, bèn lợi dụng cơ hội bắt giam phó tướng, chiếm cứ Quy Nhơn, viết thư đầu hàng chúa Nguyễn và xin được làm tiên phong đánh Tây Sơn. Chúa Nguyễn được tin, vội cử Nguyễn Văn Thành đem quân đến tiếp ứng. Thế nhưng quân Gia Định chưa đến nơi thì triều đình Phú Xuân đã cho quân đến Quy Nhơn. Nguyễn Bảo không chống nổi, bị bắt giết. Cuộc binh biến này cũng khiến triều đình Tây Sơn nghi ngờ Lê Trung. Thái phó Lê Văn Ứng ở Phú Xuân lại gièm pha rằng vụ Nguyễn Bảo làm loạn là do Lê Trung chủ mưu, mà Lê Trung lại thân với Nguyễn Văn Huấn nên muốn trả thù. Vua Cảnh Thịnh cho là thật, bèn triệu Lê Trung về Phú Xuân rồi đem giết đi. Con rể Lê Trung là Lê Chất thấy vậy, bèn bỏ Tây Sơn, đầu hàng đi theo chúa Nguyễn.

Từ cuối năm 1798 đến đầu năm 1799, Gia Định không động binh, vì một trong những trụ cột của chúa Nguyễn là Nguyễn Phúc Hội qua đời. Tuy vậy, chúa Nguyễn Phúc Ánh vẫn tích cực chuẩn bị để ra quân đánh Quy Nhơn tiếp. Tháng 4 năm 1799, quân Nguyễn tiếp tục tấn công Quy Nhơn lần thứ 3. Chúa Nguyễn Phúc Ánh đích thân chỉ huy, đi theo có một loạt các tướng tài của Gia Định là Nguyễn Văn Thành, Võ Tánh, Nguyễn Huỳnh Đức và Lê Văn Duyệt.

Để đối phó, triều đình Phú Xuân cử cả hai đại tướng Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng ra quân. Trận chiến khởi đầu với cánh quân Võ Tánh - Nguyễn Huỳnh Đức giành được chiến thắng đầu tiên ở Thị Dã. Cánh quân Lê Văn Duyệt cũng giành được thắng lợi quan trọng khi đốt được kho lương của Tây Sơn. Tháng 6 năm 1799, quân Gia Định áp sát thành Quy Nhơn. Chúa Nguyễn cử Võ Tánh chỉ huy vây thành, còn bản thân thì đem quân đánh Quảng Ngãi và chặn đường tiếp viện của Tây Sơn. Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng nhận thấy tình hình không có lợi cho quân Tây Sơn về đường thủy nên quyết định bỏ thuyền để đi theo đường bộ đến Quy Nhơn. Chúa Nguyễn e ngại cả hai người, vốn định lui quân, nhưng Lê Văn Duyệt kiên quyết can ngăn. Quân của Võ Văn Dũng đi trong rừng thì trúng phục binh của quân Nguyễn nên phải rút lui; sau đó chúa Nguyễn Phúc Ánh cử thêm quân đến Quảng Ngãi để chống nhau với quân Trần Quang Diệu.

Từ Phú Xuân, Lê Văn Ứng cũng dẫn quân đến viện trợ cho Quy Nhơn, nhưng bị Nguyễn Văn Thành phục kích đánh tan. Quân Tây Sơn trong thành càng tuyệt vọng, đợi mãi không thấy viện binh, cuối cùng mở cổng thành đầu hàng vào tháng 7 năm 1799. Chúa Nguyễn Phúc Ánh chiếm được Quy Nhơn rồi, liền đổi tên là thành Bình Định, tha cho các quân tướng Tây Sơn đầu hàng, lưu dụng lại trong quân.

Tin Quy Nhơn thất thủ truyền về Phú Xuân, vua Cảnh Thịnh lại nghe lời gièm pha mà gửi mật lệnh cho Võ Văn Dũng bảo ngầm giết Trần Quang Diệu. Thế nhưng Võ Văn Dũng không làm theo mà báo cho Trần Quang Diệu biết. Hay tin, Trần Quang Diệu lập tức về Phú Xuân, dàn quân bên bờ sông Hương, buộc vua Cảnh Thịnh phải giao nộp những người đã gièm pha mình. Trước tình hình nguy cấp khi mất Quy Nhơn và quân Gia Định ngày càng mạnh, triều đình Phú Xuân buộc phải chọn lựa để các võ tướng như Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng nắm binh quyền, thả sức diệt trừ phe phái đối lập.

Cuối năm 1799, chúa Nguyễn Phúc Ánh từ Bình Định trở về nam, để Võ Tánh và Ngô Tùng Châu ở lại trấn giữ. Biết tin ấy, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng bàn nhau thủy bộ cùng tiến, bộ binh đánh thành, thủy binh chẹn cửa Thị Nại ngăn cứu viện. Chúa Nguyễn nghe tin Tây Sơn sắp khởi binh, nhưng cậy Bình Định tướng giỏi quân mạnh, lương thực đủ chi dùng một năm nên lệnh cho Võ Tánh thủ thành, chờ sang năm thuận gió sẽ tới cứu. Có thể thấy việc chuẩn bị quân đội và lương thảo cho Bình Định là kế hoạch được chúa Nguyễn Phúc Ánh tính sẵn, nhằm thu hút binh lực của Tây Sơn cả vào đó.

Đầu năm 1800, Tây Sơn đánh mạnh vào các tuyến phòng thủ của quân Gia Định, vây chặt thành Bình Định, Võ Tánh phải rút hết các cánh quân đóng bên ngoài vào thành. Sau đó, Trần Quang Diệu cho quân đắp lũy để vây hãm lâu ngày. Tuyến phòng thủ của quân Nguyễn ở Phú Yên cũng có biến, khi hàng tướng Phạm Văn Điểm làm phản, đánh úp đạo quân của Hồ Đức Vạn. Hồ Đức Vạn thua chạy rồi mất tích, một cánh khác của Thái Văn Long thì chạy về được Bình Định, còn lại đều phải rút về Diên Khánh. Phạm Văn Điểm chiếm Phú Yên rồi quay lại hàng Tây Sơn.

Thành Bình Định bị cô lập hoàn toàn, khi quanh thành là đại quân Tây Sơn vây hãm, phía bắc là đất của nhà Tây Sơn, phía nam là Phú Yên cũng đã bị chiếm mất, ngoài biển thì có thủy quân của Võ Văn Dũng. Quân Gia Định do Nguyễn Văn Trương chỉ huy thì ở quá xa, lại bị Phú Yên chặn mất đường. Bấy giờ lại đang đúng mùa gió bắc nên quân Tây Sơn có thể thuận lợi tiến sâu vào địa bàn của chúa Nguyễn.

Trước tình thế khó khăn, Nguyễn Văn Trương hiến kế: nếu ra sức đánh Phú Yên thì có nguy cơ bị thủy quân của Võ Văn Dũng đánh úp Diên Khánh, nên tốt nhất là mặc kệ Bình Định và Phú Yên, dồn sức thủ cho vững Diên Khánh. Chúa Nguyễn Phúc Ánh chấp thuận, lệnh cho các tướng chia quân đóng ở các trọng trấn phía nam. Thậm chí tiền lương ở Bình Thuận cũng cho vận chuyển hết về Gia Định vì sợ quân Tây Sơn vào cướp. Đến tháng 4 năm 1800, Bình Định có biến khi hai viên hàng tướng làm phản mở cổng định dâng thành cho Tây Sơn. Võ Tánh may mắn phát hiện kịp thời và cho đóng cổng, diệt trừ hết những kẻ chưa kịp chạy ra. Đây là một tín hiệu đáng lo ngại, bởi trong quân trấn thủ Bình Định có nhiều hàng binh hàng tướng. Do đó, chúa Nguyễn Phúc Ánh quyết định phải gấp rút đem quân đến cứu.

Dù gió nam chưa thổi, nhưng vì tình hình nguy cấp nên quân Nguyễn buộc phải mạo hiểm. Ngay sau khi được tin từ Bình Định, chúa Nguyễn Phúc Ánh lập tức chia quân hai đường thủy bộ cùng tiến: đích thân chúa Nguyễn cầm thủy quân, còn quân bộ do Nguyễn Đức Xuyên chỉ huy. Quân bộ tới Diên Khánh thì nhận được tin Tây Sơn đã đắp nhiều thành lũy bằng đất để phòng thủ; Nguyễn Đức Xuyên bèn xin lệnh rồi lui về đợi thủy quân.

Sau khi quân tướng tập hợp đủ, chúa Nguyễn cho tiến đánh. Lúc đầu, quân Nguyễn chiếm ưu thế, liên tiếp đánh bại quân Tây Sơn của Đô đốc Tuấn và Phạm Văn Điểm, chiếm các thành lũy ở Phú Yên. Nhưng đến giai đoạn sau thì đà tiến công bị chặn lại, các quân gặp khó khăn trước sự chống cự mạnh mẽ của Tây Sơn, đến mức trong quân nhiều người bỏ trốn. Đến tháng 7, Từ Văn Chiêu làm phản, đầu hàng Tây Sơn, thuyền tiếp viện lương thực và thuốc súng cũng liên tục bị cướp biển Tề Ngôi có hợp tác với Tây Sơn phục kích đánh cướp. Hai bên giằng co nhau ở đèo Cù Mông giữa Bình Định và Phú Yên từ tháng 8 đến tháng 9 thì đến mùa gió bắc. Nguyễn Đức Xuyên bèn xin lui binh vì nghịch gió đánh bất lợi, lại thêm quân sĩ ốm đau nhiều, nhưng chúa Nguyễn không nghe, quyết giải vây bằng được cho Bình Định. Nhưng đến cuối năm, nhận thấy không thể nào phá vỡ phòng tuyến Tây Sơn ở đèo Cù Mông để cứu Bình Định, nên chúa Nguyễn Phúc Ánh bàn kế dùng hỏa công phá thủy quân Tây Sơn ở Thị Nại.

Với trận Thị Nại, có thể nói là quyết định chấp nhận đánh nghịch gió với quân Tây Sơn của chúa Nguyễn là rất can đảm, nhưng không phải liều mạng không có cơ sở. Chúa Nguyễn Phúc Ánh từ tin tức tình báo đã đoán biết được việc Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng tuy ngoài mặt hòa hợp nhưng thực chất vẫn ngầm kiêng dè nhau, vẫn còn khúc mắc. Trần Quang Diệu dùng bộ binh vây chặt Bình Định nhưng không tấn công gắt để hạ thành nhằm tránh hao tổn binh lực; Võ Văn Dũng cầm thủy quân cũng không mạo hiểm tấn công, vì nếu mất thủy quân sẽ bị Trần Quang Diệu áp chế. Do đó, thủy quân Tây Sơn tuy đông đến 2 vạn người với gần 2000 thuyền chiến các loại, nhưng chỉ thủ chặt ở cửa Thị Nại. Nhưng chỉ cần thế cũng đủ, vì thành Bình Định đến khi hết lương sẽ buộc phải đầu hàng. Tây Sơn có thể không cần đánh, nhưng quân Gia Định buộc phải tấn công. Và bởi vì đang nghịch gió, nên chúa Nguyễn Phúc Ánh dùng hỏa công bằng cách lợi dụng thủy triều. Đó là lý do mà chúa Nguyễn chọn ngày rằm tháng Giêng năm 1801 làm ngày tấn công, vì đó là ngày mà thủy triều lên xuống mạnh nhất.

Chúa Nguyễn Phúc Ánh cho quân đổ bộ lên bãi, chuẩn bị mai phục để đánh thọc sườn quân Tây Sơn. Quân Nguyễn tiếp tục chuẩn bị 20 thuyền nhỏ hỏa công được trang bị móc sắt để đánh vào tàu Tây Sơn. May mắn hơn cả, quân Nguyễn lại bắt được tuần binh của quân Tây Sơn, từ đó có thể đi thuyền nhỏ vào bên trong đầm, đốt đồn thủy quân của quân Tây Sơn.

Được lệnh xuất kích, quân Nguyễn dồn đánh cả hai đường thủy bộ. Lực lượng thủy quân tấn công các thuyền được đồn trú tại cửa biển, trong khi bộ binh đánh các đồn trên bộ. Quân Tây Sơn tuy vậy vẫn không phải những kẻ dễ dàng bị đánh bại, cả hai phe giằng co quyết liệt với nhau, chúa Nguyễn Phúc Ánh đứng trước tình thế ấy còn định lui quân. Tuy nhiên, ở thời khắc quyết định, Lê Văn Duyệt đã liều chết mà đánh thẳng vào và đốt cháy các thuyền chiến lớn của Tây Sơn. Thuyền quân Nguyễn nhờ thế xông vào được và đốt phá dữ dội. Cả đầm Thị Nại chìm trong khói lửa và đến sáng hôm sau, toàn bộ thủy quân Tây Sơn đã bị tiêu diệt, Võ Văn Dũng chỉ còn một ít tàn quân chạy về Bình Định. Vòng vây xung quanh Bình Định càng khép chặt.

Tây Sơn thiệt hại nặng nề, nhưng thủy quân Gia Định cũng tổn thất nhiều. Trong khoảng thời gian này, hai bên diễn ra vài trận đánh lẻ tẻ tranh đoạt giằng co ở Phú Yên, cho thấy quân Gia Định vẫn không quá nổi trội so với Tây Sơn. Khả năng dùng bộ binh giải cứu Bình Định là không khả quan. Vì vậy, chúa Nguyễn Phúc Ánh đã ra một quyết định có thể nói là xoay chuyển toàn bộ cục diện cuộc chiến: bỏ qua không giải vây Bình Định, dùng ưu thế thủy quân đánh thẳng lên các trấn phía bắc, với mục tiêu trọng điểm chính là Phú Xuân.

Tháng 3 năm 1801, thủy quân Gia Định chiếm được Quảng Nam, chúa Nguyễn cho tập trung binh lực ở đây để ngăn cản Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng từ Bình Định đem quân về cứu Phú Xuân. Đến tháng 4, Bình Định báo tin rằng lương đã hết, chúa Nguyễn bèn sai người đem thư tới bảo Võ Tánh bỏ thành tìm đường rút chạy. Võ Tánh gửi thư trả lời rằng thề chết để giữ thành.

Sau khi chuẩn bị xong xuôi, chúa Nguyễn Phúc Ánh lập tức cho thủy quân tiến đánh Phú Xuân, đồng thời cử quân bộ chặn hết đường về của quân Tây Sơn quanh Bình Định. Ngày 1 tháng 5, thủy quân Nguyễn tiến vào cửa biển Tư Dung; Phò mã Tây Sơn là Nguyễn Văn Trị cho quân đóng cọc gỗ  và từ trên núi Quy Sơn bắn đại bác xuống chống đỡ. Hai bên đánh nhau từ sáng đến tận chiều vẫn bất phân thắng bại. Lê Văn Duyệt bèn dùng mưu, cho quân khiêng chiến thuyền qua doi cát thả vào con sông phía sau núi. Quân Tây Sơn thấy thuyền ở phía sau ngỡ là viện binh trong thành tới nên không phòng bị. Quân Gia Định tấn công từ cả hai mặt, hạ được tuyến phòng thủ cửa biển. Lê Văn Duyệt và Lê Chất tiến quân thẳng đến Phú Xuân, đến ngày 3 tháng 5 thì hạ được thành. Vua Cảnh Thịnh vội vàng đem theo một ít tàn quân chạy ra bắc, quân Nguyễn đuổi theo không kịp.

Quân Nguyễn hạ Phú Xuân quá nhanh khiến Tây Sơn không kịp trở tay, đến mức Phú Xuân thất thủ rồi mà Trần Quang Diệu mới được tin quân Gia Định đến đánh, bèn cử 7000 quân và 40 voi chiến tiến về Quảng Nam. Đạo quân này bị chặn lại bởi quân của Tống Viết Phúc. Khoảng giữa tháng 5, sau khi tạm ổn định được Phú Xuân, chúa Nguyễn Phúc Ánh cử Lê Văn Duyệt, Tống Viết Phúc và Lê Chất đem quân giải vây cho Bình Định. Thế nhưng lúc này trong thành lương cạn, Võ Tánh và Ngô Tùng Châu đã tự tử, Tây Sơn chiếm lại được Bình Định. Quân Nguyễn không làm gì được, mà cánh quân của Tống Viết Phúc còn bị trúng phục binh thua to, Tống Viết Phúc bị bắt giết. Trần Quang Diệu sau đó sai người đem quân đi cứu Phú Xuân và Phú Yên nhưng đều thất bại, Tây Sơn có được thành Bình Định nhưng bị cô lập hoàn toàn.

Sau khi lấy được Phú Xuân, chúa Nguyễn Phúc Ánh hầu như đã lấy lại được toàn bộ đất đai cũ từ Trấn Ninh đến Gia Định, trừ thành Bình Định do Tây Sơn nắm giữ. Nhưng thay vì dốc sức lấy lại Bình Định, chúa Nguyễn xác định mục tiêu là tấn công ra Bắc Hà để tiêu diệt hoàn toàn triều đình của vua Cảnh Thịnh (lúc này đã đổi niên hiệu thành Bảo Hưng).

Tháng 8 năm 1801, vua Bảo Hưng cử anh trai là Nguyễn Quang Thùy kiểm điểm binh mã đến đóng đồn ở trấn Nghệ An. Tháng 11, cử hai em là Nguyễn Quang Thiệu và Nguyễn Quang Thanh giữ Bắc Thành, còn đích thân vua Bảo Hưng đốc thúc quân lính 6 trấn và quân Thanh - Nghệ được 3 vạn người đi đánh Trấn Ninh. Mục đích của Tây Sơn là dùng bộ binh chiếm lại Phú Xuân và giải vây cho Trần Quang Diệu với Võ Văn Dũng ở Bình Định.

Đầu năm 1802, Tây Sơn chia hai đường thủy bộ nam hạ, Tiết chế Nguyễn Quang Thùy làm tiên phong đánh lũy Trấn Ninh. Tư lệ Tuyết, Đô đốc Nguyễn Văn Kiêm tiến đánh lũy Đâu Mâu; Thiếu úy Đặng Văn Bằng, Đô đốc Lực liên kết với quân hải tặc Tàu Ô dàn thuyền chiến chắn đánh với thủy quân Nguyễn. Chúa Nguyễn Phúc Ánh đích thân dẫn đại quân chống trả, sai Phạm Văn Nhân và Đặng Trần Thường thống lĩnh quân bộ, Nguyễn Văn Trương thống lĩnh thủy quân.

Khi trận đánh bắt đầu, quân Tây Sơn áp sát lũy Trấn Ninh nhưng bị đẩy lùi. Vua Bảo Hưng sau đó đem hết quân đến đánh lũy Đâu Mâu, quân Nguyễn bắn súng và ném đá xuống làm cho quân Tây Sơn thương vong rất nhiều. Đến khi nghe tin thủy quân đã bị Nguyễn Văn Trương tiêu diệt ngoài cửa biển Nhật Lệ, quân Tây Sơn hoảng loạn. Quân Nguyễn thừa thế đánh lên, khiến toàn quân Tây Sơn tan vỡ, vua Bảo Hưng chạy về Bắc Hà.

Trận thua này khiến lực lượng còn lại của Tây Sơn gần như mất sạch. Vào ngày mùng 2 Tết, khi vua Bảo Hưng chạy đến Động Cao thì những người đi theo không còn được một hai phần mười. 50 chiếc thuyền lương và quân nhu khí giới đều bị quân Nguyễn lấy được. Cánh quân của Nguyễn Quang Thùy đến sông Gianh bị ngăn trở không sang được, bèn theo đường núi đi tắt, hơn một tuần mới đến Nghệ An, hội quân với vua Bảo Hưng rồi cùng nhau chạy về Bắc Thành.

Trên đà thắng lợi, Nguyễn Ánh sai Lê Văn Duyệt điều quân 3 mặt đánh vào Bình Định. Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng nghe tin thất bại ở Trấn Ninh, biết không thể giữ thành được, bèn đem 3000 quân và 80 voi chạy ra bắc theo đường Ai Lao, ý định hợp binh với vua Bảo Hưng để cùng chống đỡ. Thành Bình Định lại về tay quân Nguyễn. Đến cuối tháng 5 thì quân Nguyễn lấy được Nghệ An; Trần Quang Diệu nghe tin Nghệ An đã mất, bèn qua Thanh Chương sang sông Thanh Long, nhưng người đi theo dần dần tản đi cả. Cuối cùng, rần Quang Diệu, rồi sau đó là vợ ông Bùi Thị Xuân đều bị bắt, còn Võ Văn Dũng thì có nguồn chép rằng bị thổ dân bắt nộp cho quân Nguyễn, lại có nguồn cho rằng ông trốn thoát được. Chiếm được Nghệ An, quân Nguyễn đánh tiếp ra Thanh Hóa, Đốc trấn là Nguyễn Quang Bàn ra hàng.

Ngày 13 tháng 6, quân Nguyễn hiếm Sơn Nam. Đến ngày 15, vua Bảo Hưng cử Nguyễn Quang Thùy đem quân sang sông Bồ Đề đi trấn Kinh Bắc, sửa cung phủ, làm cầu phao giữa sông Cầu và sông Thương, để tiện đường lánh sang Lạng Giang. Ngày hôm sau, liệu rằng không chống được quân Nguyễn, bèn cùng Nguyễn Quang Thùy và em là Nguyễn Quang Thiệu vượt sông Hồng chạy đến Xương Giang, nhưng khi đến Thọ Xương thì thấy cầu phao đã bị người dân phá sạch.

Sau đó, Nguyễn Quang Thùy tìm cách chạy đến trấn Bảo Lộc là nơi hiểm yếu để nghĩ bề chống giữ, nhưng quân lính trên đường đi đều tản mát hết cả, cùng đường đành tự thắt cổ chết ở cầu Quất Lâm. Ngày 17, quân Nguyễn chiếm được Kinh Bắc; đến ngày 18 thì Lê Văn Duyệt tiến quân vào Bắc Thành. Vua Bảo Hưng chạy đến Lạng Giang thì tùy tùng chỉ còn 100 người, cuối cùng đều bị thổ hào địa phương bắt sống nộp cho quân Nguyễn. Đến ngày 23, chúa Nguyễn Phúc Ánh vào Bắc Thành, cuộc chiến kéo dài hơn 30 năm giữa Tây Sơn và nhà Nguyễn chính thức kết thúc với việc Tây Sơn bị diệt vong, vua Bảo Hưng cùng các em và nhiều tướng lĩnh Tây Sơn đều bị xử tử. Chúa Nguyễn Phúc Ánh lên ngôi, đặt niên hiệu là Gia Long, mở đầu cho triều Nguyễn - triều đại thống nhất hoàn toàn Đại Việt sau gần 300 năm chia cắt, và cũng là triều đại phong kiến cuối cùng trong lịch sử Việt Nam.

Đầu năm 1802, chúa Nguyễn Phúc Ánh khi chuẩn bị đem đại quân ra bắc tiêu diệt hoàn toàn nhà Tây Sơn đã nghe theo lời khuyên của các quan mà đặt niên hiệu mới là Gia Long, không còn sử dụng niên hiệu cũ của nhà Lê nữa. Đến sau khi tiêu diệt xong nhà Tây Sơn thì ông lên ngôi, lập nên nhà Nguyễn, đặt kinh đô ở Phú Xuân. Năm 1804, vua Gia Long cử Lê Quang Định đi sứ sang nhà Thanh, xin đổi tên nước cầu phong từ An Nam thành Nam Việt, để tỏ ý cương thổ đất nước nay rộng lớn hơn nhiều, sánh với nước Nam Việt thuở xưa. Tuy nhiên vua Gia Khánh của nhà Thanh không đồng ý, vì cho là Nam Việt ngày trước gồm cả Lưỡng Quảng, nay đặt như thế thì không được. Hai bên dùng dằng mãi, cuối cùng đi đến phương án là nhà Thanh phong cho nhà Nguyễn làm "Việt Nam quốc vương". Và đến tận năm 1806, vua Gia Long mới chính thức làm lễ xưng đế hiệu tại điện Thái Hòa.

Mặc dù đã thống nhất toàn bộ các vùng lãnh thổ, nhưng gần 300 năm liên tục nội chiến và chia cắt hai miền đã tạo ra ảnh hưởng cực kỳ sâu sắc, khó có thể bị xóa bỏ trong một sớm một chiều. Vì vậy nên thời gian đầu, nền chính trị nhà Nguyễn vẫn chưa thực sự tập quyền hoàn toàn. Vua Gia Long cho đặt ra hai đơn vị hành chính cao cấp đặc biệt ở miền bắc và miền nam. Cụ thể là Bắc Thành gồm 11 trấn phía bắc và Gia Định Thành gồm 5 trấn phía nam. Đứng đầu Bắc Thành và Gia Định Thành là các Tổng trấn, có quyền lực khá lớn, nhiều việc được tự do xử lý không cần báo về triều. Còn các dinh, trấn ở khu vực miền trung thì trực tiếp do triều đình ở Phú Xuân quản lý. Đồng thời thì ngay sau khi thống nhất, vua Gia Long cũng đã hạ lệnh đem đất Trấn Ninh phong cho Vạn Tượng, để thưởng cho việc đã giúp đánh Tây Sơn. Nhưng vùng này đến thời Minh Mạng thì được nhà Nguyễn đem sáp nhập trở lại vào lãnh thổ.

Cũng ở thời Minh Mạng, vào năm 1831 - 1832, triều đình tổ chức cải cách hành chính quy mô lớn. Vua Minh Mạng cho xóa bỏ chức Tổng trấn và hai đơn vị Bắc Thành cùng Gia Định Thành; đồng thời cho đổi hết các dinh, trấn thành các tỉnh. Tổng cộng cả nước bấy giờ được chia làm 30 tỉnh và 1 phủ Thừa Thiên là nơi tọa lạc của kinh thành Phú Xuân.

Đứng đầu tỉnh là Tổng đốc hoặc Tuần phủ. Cụ thể thì Tổng đốc thường sẽ coi việc ở vài tỉnh nhỏ hoặc 1 tỉnh lớn còn Tuần phủ sẽ phụ trách trực tiếp 1 tỉnh nhỏ hoặc vừa. Hai chức quan mới này đặt ra để thay cho các chức quan cũ là Trấn thủ hoặc Lưu trấn. Giúp việc cho Tổng đốc và Tuần phủ là Bố chính lo về thuế khóa, hộ khẩu, hành chính; Án sát lo về an ninh, luật pháp. Hai chức quan mới này dùng thay cho các chức quan cũ là Cai bạ và Ký lục. Còn các chức Đề đốc và Lãnh binh coi việc quân thì vẫn giữ như cũ. Đồng thời cũng gọi chung các tỉnh miền bắc là Bắc Kỳ, các tỉnh miền nam là Nam Kỳ, các tỉnh ở gần phủ Thừa Thiên thì chia ra gọi là Tả kỳ, Trực kỳ và Hữu kỳ (sau gọi chung hết thành Trung Kỳ). Chia ra Bắc Kỳ - Trung Kỳ - Nam Kỳ thực ra chỉ để dễ gọi, chứ không có quan hệ gì với phân chia hành chính cả.

Ngoài ra một sự kiện đáng nói nữa là vào năm 1839, vua Minh Mạng cho đổi quốc hiệu sang Đại Nam, để chứng tỏ sự hùng mạnh trong khu vực - vì khi ấy nhà Nguyễn đã sáp nhập toàn bộ đất đai Chân Lạp vào được mấy năm và cho đổi thành Trấn Tây Thành, khiến cương vực đất nước trở nên rộng lớn nhất trong lịch sử. Tuy nhiên việc sáp nhập Chân Lạp và đặt Trấn Tây Thành thực ra lại là một nước đi sai lầm của vua Minh Mạng, cái lợi chẳng có bao nhiêu mà cái hại thì vô cùng. Chúng ta sẽ bàn kỹ hơn ở phần sau.

Các cấp hành chính dưới tỉnh lần lượt là phủ, huyện, châu, tổng và xã. Tuy nhiên quan chức của triều đình chỉ phân đến phủ và huyện; còn trở xuống thuộc về quyền tự trị của dân. Người dân tự lựa chọn lấy người của mình mà cử ra quản lý các công việc thường ngày của địa phương.

Đối với hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa; thì ngay từ năm 1816, vua Gia Long đã sai thủy quân ra tiếp quản Hoàng Sa và đo đạc đường thủy. Đến thời Minh Mạng, triều đình tiếp tục cho xây đền, đặt bia đá, đóng cọc và trồng cây. Các hải đội Hoàng Sa và Bắc Hải được thành lập và duy trì với những nhiệm vụ như khai thác, tuần tiễu, thu thuế dân trên đảo và tuần phòng bảo vệ cả hai quần đảo. Hai hải đội này vẫn còn tiếp tục hoạt động mãi đến tận khi người Pháp chiếm Đông Dương.

Ở trung ương thì nhà Nguyễn cơ bản vẫn giữ chế độ Lục bộ - mỗi Bộ quản hạt một lĩnh vực cụ thể. Đứng đầu mỗi Bộ là Thượng thư, dưới là Tả Hữu Tham tri và Tả Hữu Thị lang. Dưới Lục bộ là Lục khoa, mỗi Khoa có Cấp sự trung đứng đầu. Dưới Lục khoa là Lục tự, mỗi Tự sẽ có Tự khanh đứng đầu. Ngoài ra còn có các cơ quan chuyên môn là Viện, Giám, Ty, Phủ,... Đồng thời vua Minh Mạng cũng cho đặt thêm Cơ mật viện gồm 4 đại thần có phẩm trật từ Tam phẩm trở lên để cùng bàn bạc với vua về những chuyện quân quốc cơ yếu.

Nhìn chung thể chế của nhà Nguyễn vẫn là tập quyền trung ương mức độ cao (trừ thời Gia Long khi quyền lực có chia bớt cho hai Tổng trấn ở Bắc Thành và Gia Định Thành). Bộ máy triều đình có thể coi là hoàn thiện, không quá cồng kềnh; nhưng càng về giai đoạn sau càng bị tệ tham nhũng làm cho suy đồi. Nhà Nguyễn có những hình phạt rất nặng cho tội tham nhũng, nhưng đến khi đã bước vào đà suy yếu rồi thì cũng chẳng ngăn chặn được mấy nữa cả.

Về lao dịch và thuế khóa thì ngay sau khi thống nhất đất nước, triều đình đã cho tổ chức lại vấn đề đăng tịch trên cả nước, bắt buộc mỗi làng xã thống kê đầy đủ số nam đinh. Tuy nhiên trên thực tế làng xã không bao giờ kê khai toàn bộ số lượng đàn ông; vì có rất nhiều người không có hộ tịch hay điền tịch; hoặc có nhiều người là dân ngụ cư và những người bần cùng nghèo khổ, không thể nộp thuế.

Về thuế đinh và thuế ruộng, thì nhà Nguyễn đã xóa bỏ tất cả chế độ thuế khóa cũ của nhà Tây Sơn và đặt lại thuế khóa nặng hơn. Vua Gia Long cho sửa lại hộ tịch và điền tịch đã hư hỏng qua chiến tranh, rồi phân hộ tịch ra làm 9 hạng và tùy từng hạng mà sẽ nộp thuế toàn bộ hay được miễn giảm một nửa hoặc miễn trừ cả sưu thuế lẫn sai dịch. Đến thời Minh Mạng thì định lại thuế điền theo từng miền. Về lao dịch thì mỗi nam đinh sẽ phải chịu 60 ngày lao dịch cho triều đình trong 1 năm. Lao dịch thường là để làm các mục đích, xây sửa hệ thống đê điều, kênh rạch, sông ngòi; xây đắp các thành lũy; xây dựng các cung điện và lăng tẩm. Có những công trình phải huy động hàng vạn người như xây thành Phú Xuân hoặc đào kênh Vĩnh Tế.

Nhà Nguyễn đã cố gắng xây dựng một triều đình chuyên chế với mức tập quyền cao; đặc biệt sau khi vua Minh Mạng cho xóa bỏ Bắc Thành và Gia Định Thành. Thế nhưng hậu quả từ gần 300 năm nội chiến và chia cắt đã khiến việc tập quyền ấy đụng chạm đến nhiều thế lực địa phương. Ngoài ra, thuế má lao dịch nặng nề với một đất nước còn chưa thực sự hoàn toàn được tái thiết sau chiến tranh khiến cuộc sống dân chúng rất vất vả khổ cực, chưa kể cách triều đình đối xử với nhiều dân tộc thiểu số - nhất là người Chân Lạp - cũng gây bất mãn. Ngoài ra còn cần nhắc đến cả những chính sách cấm đạo được triều đình thực hiện ngày càng ráo riết.

Những lý do như vậy đã dẫn dến thực trạng là hàng loạt các cuộc khởi nghĩa và nổi loạn xảy ra liên tiếp khắp nơi với mức độ và quy mô khác nhau; triều đình phải cử quân đánh dẹp liên tục. Chỉ trong khoảng 60 năm đầu tiên, nhà Nguyễn chứng kiến đến gần 400 cuộc nổi loạn. Tất nhiên trong số đó chỉ có số ít là có quy mô đủ lớn để khiến triều đình phải để ý, còn lại hầu như chỉ là các cuộc nổi loạn cỡ nhỏ do dân chúng thực hiện một cách tự phát. Tất nhiên như vậy cũng đủ cho thấy đời sống người dân vất vả và khổ cực ra sao.

Những cuộc khởi nghĩa lẻ tẻ thực chất đã xảy ra ngay từ thời vua Gia Long. Riêng trong khu vực các trấn Sơn Nam và Hải Dương, chỉ trong mấy năm đầu thời Nguyễn, Tổng trấn Bắc Thành là Nguyễn Văn Thành đã phải mở đến hơn 30 cuộc tiễu trừ mới tạm dẹp yên được. Đến cuối thời Gia Long, triều đình phải đặc biệt cử Lê Văn Duyệt làm Kinh lược sứ để dẹp những cuộc khởi nghĩa ở các trấn Thanh Hóa và Nghệ An. Nhưng hễ cứ dẹp yên một đợt thì chẳng mấy chốc đợt khác lại nổi lên.

Đến từ thời Minh Mạng trở về sau thì tần suất và quy mô các cuộc khởi nghĩa dần lớn hơn hẳn. Ở Bắc Kỳ có những cuộc khởi nghĩa tiêu biểu như khởi nghĩa Phan Bá Vành ở Nam Định và kéo dài từ năm 1821 đến năm 1827; khởi nghĩa của Nông Văn Vân kéo dài từ năm 1833 đến năm 1835; khởi nghĩa của Cao Bá Quát kéo dài từ năm 1854 đến năm 1856; hay như phong trào bạo loạn của Lê Duy Phụng lan ra khắp cả vùng Bắc Kỳ kéo dài từ năm 1861 đến năm 1865.

Trong số đó đặc biệt có khởi nghĩa của Lê Duy Lương tuy không kéo dài lâu nhưng khá nghiêm trọng khi Lê Duy Lương là con cháu hoàng tộc nhà Lê. Cha của Lê Duy Lương là Lê Duy Hoán - con trai thứ 17 của vua Lê Hiển tông. Năm 1802, sau khi diệt Tây Sơn, vua Gia Long giữ thái độ ôn hòa nhất định với con cháu nhà Lê, phong cho Lê Duy Hoán làm Diên Tự công để thờ cúng cho nhà Lê. Đến năm 1817, Lê Duy Hoán mưu phản không thành nên bị bắt giết, Lê Duy Lương lúc ấy mới 3 tuổi được các thủ hạ của cha đưa đi trốn và ẩn náu ở miền thượng du Ninh Bình. Đến năm 1831, Lê Duy Lương xưng là Đại Lê Hoàng tôn, liên kết với các thổ ti ở Thổ Âm và Thạch Bi để mưu khởi nghĩa lật đổ nhà Nguyễn, lập lại nhà Lê. Bấy giờ vua Minh Mạng đang bắt đầu chính sách đổi các thổ quan lâu đời ở những vùng miền núi thành quan lại triều đình. Chính sách này nhằm thâu tóm quyền lực triệt để hơn nữa và đã đụng chạm đến lợi ích của các thổ quan được hưởng nhiều quyền lợi bấy lâu. Chính vì vậy mà thổ ti hai xứ Thổ Âm và Thạch Bi đã ủng hộ Lê Duy Lương.

Năm 1832, Lê Duy Lương tìm cách liên lạc với hai viên chỉ huy đồn binh Ninh Thiện ở phủ Trấn Ninh để làm binh biến rồi kéo quân ra Ninh Bình; thế nhưng việc ấy thất bại. Cuộc binh biến không thành ấy khiến vua Minh Mạng phải đặc biệt lệnh cho các tỉnh Bắc Kỳ phải phòng triệt cho nghiêm. Đến năm 1833, Lê Duy Lương chính thức khởi binh, chia quân đi đánh chiếm các châu huyện ở Hưng Hóa. Triều đình phải huy động lực lượng từ Hưng Hóa, Nam Định và Hà Nội đến để giải vây. Sau đó, triều đình tiếp tục cử đại quân tấn công vào căn cứ của quân khởi nghĩa. Đến tháng 7 năm 1833 thì đánh bại được quân khởi nghĩa; Lê Duy Lương bị bắt đóng cũi đem về kinh thành và bị xử lăng trì.

Cuộc khởi nghĩa của Lê Duy Lương cũng khiến nhà Nguyễn thay đổi hoàn toàn cách đối xử với con cháu hoàng tộc nhà Lê. Vua Minh Mạng đem hết con cháu họ Lê đày vào các vùng Quảng Nam, Quảng Ngãi và Bình Định; chia ra cứ 15 người cho ở cùng nhau tại 1 huyện và phát cho 10 quan tiền cùng 2 mẫu ruộng để làm ăn. Đền miếu nhà Lê vì thế chẳng còn ai trông nom, mãi đến năm 1849 thì vua Tự Đức mới cho sửa sang lại và cắt cử người coi sóc, cho phép con cháu nhà Lê tự chọn nơi yên ở.

Ở Nam Kỳ, nhà Nguyễn cũng phải đối mặt với một số cuộc khởi nghĩa. Nhưng ngoài những cuộc nổi dậy nhỏ lẻ của dân nghèo, thì nghiêm trọng nhất là cuộc khởi nghĩa của Lê Văn Khôi - con nuôi của Lê Văn Duyệt, kéo dài từ năm 1833 đến năm 1835. Vua Minh Mạng vốn có nhiều hiềm khích và tư thù với Lê Văn Duyệt từ trước, nhưng khi Lê Văn Duyệt còn sống thì vua không làm gì quá đáng cả do uy danh và công lao của ông quá lớn. Quyền uy của Lê Văn Duyệt càng lớn hơn sau khi được cử làm Tổng trấn Gia Định Thành lần thứ 2 năm 1820, và ông giữ chức này đến tận khi mất năm 1832. Ngay sau đó, vua Minh Mạng hạ lệnh bãi bỏ chức Tổng trấn Gia Định Thành, thu lại quyền lực về triều đình.

Trong số những quan lại được cắt cử vào các tỉnh Nam Kỳ, có Bạch Xuân Nguyên được cử làm Bố chính tại thành Phiên An (tức thành Gia Định). Bạch Xuân Nguyên tuyên bố phụng mật chỉ của vua, tra xét việc Lê Văn Duyệt mưu phản ngày trước, nhân lý do đó giam giữ và trị tội các thủ hạ cũ của ông.

Bấy giờ trong đám thủ hạ của Lê Văn Duyệt có con nuôi ông là Lê Văn Khôi. Y vốn tên thật là Nguyễn Hữu Khôi, người ở Cao Bằng, trước vì từng nổi loạn chống triều đình nên bị truy nã. Hữu Khôi chạy vào Thanh Hóa thì đúng lúc Lê Văn Duyệt đang làm Kinh lược sứ ở đây để dẹp loạn, bèn xin ra hàng. Lê Văn Duyệt thu nhận y, cho làm thủ hạ, sau lại nhận y làm con nuôi, cho đổi lại tên thành Lê Văn Khôi, đem theo cùng về Gia Định cho nhận chức. Đến khi bị Bạch Xuân Nguyên bắt giam chờ trị tội, Lê Văn Khôi bèn bàn mưu cùng một số người thân cận để nổi loạn.

Tháng 6 năm 1833, Lê Văn Khôi cùng 27 binh lính đồng đảng nổi lên xông vào phủ Bố chính giết Bạch Xuân Nguyên, lại giết luôn cả Tổng đốc Phiên An. Lúc đó ở Gia Định lại có những người có tội ở Bắc Kỳ đem đày vào, hoặc cho làm ăn với dân chúng, hoặc bắt làm lính gọi là lính hồi lương; những người ấy đều theo Lê Văn Khôi nổi dậy. Sau khi chiếm được thành, Lê Văn Khôi tuyên bố chống triều đình của vua Minh Mạng, ủng hộ lập hậu duệ của Đông cung Thái tử Nguyễn Phúc Cảnh làm vua. Cuộc khởi nghĩa của Lê Văn Khôi cũng được những giáo sĩ phương Tây và một bộ phận lớn giáo dân ủng hộ. Quân nổi dậy sau đó nhanh chóng chia ra đánh chiếm liền 6 tỉnh Nam Kỳ chỉ trong 1 tháng, triều đình bị bất ngờ nên không ứng phó kịp.

Ngay trong tháng 8 năm 1833, vua Minh Mạng đã lập tức cử đại quân theo hai đường thủy bộ vào đánh dẹp. Quân triều đình nhanh chóng chiếm lại được một số tỉnh, lại thêm việc tướng giỏi của quân nổi dậy cũng đầu hàng, nên cuối cùng Lê Văn Khôi buộc phải rút vào cố thủ trong thành Phiên An. Liệu thế không chống nổi, Lê Văn Khôi bèn cử giáo sĩ phương Tây đi cầu viện Xiêm La. Vua Xiêm bấy giờ là Rama III vốn đã muốn lấn chiếm đất của Đại Nam và giành giật tầm ảnh hưởng ở Chân Lạp từ lâu, nên đồng ý cử quân sang giúp. Đồng thời, Lê Văn Khôi cũng cho mời một giáo sĩ người Pháp có danh vọng là Joseph Marchand vào trong thành, để tìm kiếm thêm sự ủng hộ của những người theo Công giáo.

Cuối năm 1833, vua Xiêm Rama III cử 5 đạo quân tiến sang Đại Nam; trong đó 2 đạo quân đóng vai trò chủ lực sẽ lần lượt tấn công vào Hà Tiên và Chân Lạp đang được Đại Nam bảo hộ. 3 đạo quân còn lại chỉ có vai trò phân tán lực lượng quân nhà Nguyễn, sẽ tấn công vào Quảng Trị, Nghệ An và Trấn Ninh.

Quân Xiêm nhanh chóng tiến vào được Chân Lạp do khi ấy lực lượng quân nhà Nguyễn đóng ở đó hầu hết đều đã được điều động về chống quân Lê Văn Khôi. Vua Chân Lạp là Nặc Chăn phải bỏ kinh thành Nam Vang mà chạy sang Long Hồ thuộc Vĩnh Long. Sau khi chiếm Nam Vang, quân Xiêm tiếp tục tiến vào lãnh thổ Đại Nam. Cùng lúc đó thì cánh quân đánh vào Hà Tiên cũng không gặp nhiều kháng cự, quân Xiêm thừa thế đánh tiếp vào Châu Đốc. Tin cấp báo lập tức được truyền đến kinh thành Phú Xuân, nhưng việc quân Xiêm ồ ạt tấn công quá nhanh cũng khiến vua Minh Mạng bất ngờ và bán tín bán nghi. Tuy vậy, triều đình vẫn điều động chiến thuyền, thuốc súng và đại bác cho các tỉnh; đồng thời huy động binh lính chia hai đường thủy bộ và đem cả voi chiến vào Gia Định để phối hợp đánh quân Xiêm.

Bắt đầu từ tháng 12 năm 1833, quân Xiêm và quân Nguyễn bắt đầu cầm cự giằng co với nhau ở các tỉnh miền nam. Cùng lúc đó, Xiêm La cũng kêu gọi Vạn Tượng góp quân và tấn công vào cả Quảng Trị lẫn Trấn Ninh. Triều đình nhà Nguyễn xác định rằng quân Xiêm sẽ tập trung đánh các tỉnh Nam Kỳ, nên ra lệnh cho quân tướng ở các vùng Quảng Trị, Nghệ An và Trấn Ninh cố gắng chống giữ. Cuối tháng 12, quân Xiêm xâm chiếm đất Trấn Tĩnh, đánh vào phủ Trấn Định, liên tiếp quấy phá và bắt người đem về.

Đến đầu năm 1834, quân nhà Nguyễn bắt đầu phản công, liên tiếp đánh bại quân Xiêm trong nhiều trận. Cuối cùng quân Xiêm ở Châu Đốc phải cho đốt hết kho tàng nhà cửa mà bí mật rút về. Thủy quân Xiêm ở Hà Tiên cũng tìm cách rút về khi liệu rằng không thể đơn phương tiếp tục chống lại quân triều đình của nhà Nguyễn. Thừa thắng, quân Nguyễn chiếm lại thành Châu Đốc, tiến công lấy lại thành Hà Tiên rồi phối hợp cùng quân Chân Lạp đánh chiếm lại Nam Vang. Quân Nguyễn còn tiếp tục truy kích quân Xiêm tới tận biên giới, sau đó đưa Nặc Chăn trở lại ngôi vua. Còn ở Quảng Trị, Nghệ An và Trấn Ninh thì quân Nguyễn cũng bắt đầu tổ chức phản công và dần dần đẩy lui được toàn bộ các cánh quân Xiêm. Đến tháng 5 năm 1834 thì coi như các nơi đều đã bình định được cả.

Về phần cuộc khởi nghĩa của Lê Văn Khôi thì ngay đầu năm 1834, y đã bị bệnh mà chết trong thành Phiên An. Tuy vậy lực lượng nổi dậy vẫn nhất quyết chống cự không chịu ra hàng. Tuy vậy họ chẳng có cơ hội lật ngược tình thế nào, khi hy vọng duy nhất là quân Xiêm làm ngoại viện đã bị đánh bại và phải rút lui. Thành Phiên An bị vây ngặt nghèo trong hơn 1 năm trời; dịch tả hoành hành, súng đạn hư hỏng vơi cạn dần, lương thực tuy nhiều nhưng bị ẩm mốc, tinh thần và sức lực quân nổi dậy cũng suy kiệt.

Đến tháng 9 năm 1835, quân Nguyễn tổ chức đánh mạnh vào thành Phiên An, cuối cùng hạ được thành, toàn bộ quân nổi dậy đều bị bắt cả, rồi sau đó đều bị đem ra hành hình. Lê Văn Khôi đã chết cũng bị đào mộ lên, xương cốt bị giã nát đem vứt vào nhà xí, đầu lâu bị đóng cũi đưa về bêu khắp các chợ ở kinh thành. 6 người khác bị kết án là chủ mưu thì bị giải về kinh thành và chịu tội lăng trì, trong đó có cả giáo sĩ người Pháp Joseph Marchand. Dẹp xong cuộc nổi dậy rồi, vua Minh Mạng tiếp tục bắt tội đến cả Lê Văn Duyệt đã chết. Vua cho tước hết sắc phong của Lê Văn Duyệt, mộ của ông thì bị đem xích lại. Mãi cho đến thời vua Thiệu Trị thì án này của Lê Văn Duyệt mới được xóa bỏ.

Bên cạnh những cuộc khởi nghĩa và nổi dậy ở nhiều mức độ và quy mô khác nhau, nhà Nguyễn còn phải đối phó với vấn đề của Chân Lạp - đặc biệt sau khi sáp nhập đất đai xứ này. Mối quan hệ của nhà Nguyễn với Chân Lạp vốn đã rất rắc rối vì có can hệ cả với Xiêm La; đây cũng là một phần lý do dẫn đến việc Xiêm La cử quân giúp đỡ cho cuộc nổi dậy của Lê Văn Khôi. Nhưng sau khi đã đẩy lui được quân Xiêm, vua Minh Mạng bắt đầu nghĩ đến việc chấm dứt sự bảo hộ với Chân Lạp mà hoàn toàn sáp nhập lãnh thổ xứ này vào bản đồ Đại Nam.

Cuối năm 1834, vua Chân Lạp là Nặc Chăn mất mà không có con trai, quyền cai trị rơi vào tay một số quan lại bản địa có nhận quan tước của nhà Nguyễn. Đến năm 1835, Binh bộ Thượng thư kiêm Bảo hộ Chân Lạp là Trương Minh Giảng tâu với vua Minh Mạng xin lập con gái Nặc Chăn là Ngọc Vân làm Quận chúa; nhưng kỳ thực Ngọc Vân không có quyền lực gì cả. Cùng năm đó, vua Minh Mạng cho đổi đồn An Man ở Nam Vang sang thành Trấn Tây; đến năm 1836 thì chính thức đổi tên đất Chân Lạp sang Trấn Tây Thành, sáp nhập vào lãnh thổ Việt Nam. Nhà Nguyễn chia Trấn Tây Thành làm 33 huyện và 2 phủ; Trương Minh Giảng làm Tổng đốc Trấn Tây Thành. Cương vực nước Việt trở nên to lớn nhất trong lịch sử, và để đánh dấu việc này thì năm 1839, vua Minh Mạng cho đổi quốc hiệu sang Đại Nam.

Tuy nhiên, việc sáp nhập Trấn Tây Thành vào lãnh thổ thực tế là một nước đi có hại nhiều hơn là có lợi.

Ý định ban đầu của nhà Nguyễn khi đặt Trấn Tây Thành, đầu tiên chính là để tăng thêm ảnh hưởng trong khu vực, lấn át Xiêm La và dùng nơi này làm đất phên dậu; thứ hai là thu lợi từ đất đai và dân chúng ở đó, chí ít thì cũng để vùng này có khả năng tự cung tự cấp. Để thực hiện mục đích thứ hai, ngay từ năm 1835, vua Minh Mạng đã bàn với Trương Minh Giảng về việc khai hoang đất đai và lập đồn điền ở Trấn Tây Thành để tự cung tự cấp, không cần triều đình phải lo. Thế nhưng sau hơn 1 năm thực hiện chính sách này, số đất được khai hoang ở Trấn Tây Thành mới chỉ đạt vẻn vẹn 400 mẫu.

Khai khẩn chẳng được bao nhiêu nên hàng năm triều đình nhà Nguyễn vẫn phải chở gạo, tiền sang để cung cấp. Đến năm 1839 và 1840, số đất khai khẩn được lên tới hơn 3000 mẫu; nhưng lượng đất và thóc lúa thu được vẫn chẳng thấm vào đâu, khiến vua Minh Mạng cũng phải than ngắn thở dài. Hậu quả là đến tận cuối thời Minh Mạng, triều đình vẫn phải cung cấp thêm cho Trấn Tây Thành đến hơn 105,000 quan tiền và hơn 76,000 phương gạo một năm. Lý do cho sự thâm hụt này là bởi nhà Nguyễn tuy chiếm được đất nhưng không đoạt được dân ở Trấn Tây Thành. Dân bản địa vốn không chịu theo nhà Nguyễn nên thường tìm cách nổi loạn chống lại. Lực lượng quân Nguyễn cũng không thể làm gì khác, ngoại trừ việc đóng giữ trong thành, còn lại bên ngoài hầu hết đều rơi vào tay các lực lượng nổi loạn. Như vậy là nhà Nguyễn tuy sáp nhập được Trấn Tây Thành nhưng lại chẳng thu được lợi ích gì, mà còn phải liên tục bù lỗ.

Mục tiêu chiếm đất đoạt dân đã không thành, mà mục tiêu biến Trấn Tây Thành làm phên dậu chống Xiêm La cũng thất bại. Lý do lớn nhất vẫn là vì người Việt không được lòng dân Chân Lạp. Triều đình nhà Nguyễn chỉ kiểm soát được mấy người con gái của vua Nặc Chăn; trong khi Xiêm La có trong tay em trai của Nặc Chăn là Nặc Ong Giun - người được lòng dân Chân Lạp hướng về. Vậy là trong suốt quãng thời gian Trấn Tây Thành tồn tại, Xiêm La liên tục đưa quân tiến sát biên giới để tìm cách đưa Nặc Ong Giun về lên ngôi. Hơn nữa, thái độ của vua Minh Mạng và triều đình Phú Xuân với dân chúng Chân Lạp cũng nặng ý miệt thị và khinh thường, chủ trương luôn là đàn áp chứ không dùng nhân đức thu phục. Vậy là loạn lạc ở Trấn Tây Thành cứ kéo dài mãi mà không chấm dứt được.

Biến cố lớn bắt đầu xảy ra vào năm 1840, khi con gái cả của vua Nặc Chăn là Ngọc Biện bị khép tội mưu phản, có ý định trốn sang Xiêm La. Ngọc Biện bị xử tử, sau đó Trương Minh Giảng cho đưa Ngọc Vân và hai em là Ngọc Nguyên - Ngọc Thu về Gia Định và giam lỏng tại đó. Lợi dụng tình hình hỗn loạn ấy, Xiêm La cử mấy vạn quân kéo vào xâm phạm, quân Nguyễn không đối phó được.

Tháng 1 năm 1841, vua Minh Mạng qua đời; vua Thiệu Trị kế vị bắt đầu xem xét lại vấn đề Trấn Tây Thành. Sự có mặt của quân Xiêm và việc dân chúng ở Trấn Tây Thành liên tục nổi loạn đã khiến nơi này trở thành gánh nặng cực lớn cho nhà Nguyễn. Việc đưa Ngọc Vân và một người em trai khác của vua Nặc Chăn là Nặc Ong Yểm về nước để chiêu dụ dân chúng cũng không đem lại kết quả gì. Vì thế, triều đình bắt đầu bàn việc rút hết quan tướng binh lính về An Giang, từ bỏ Trấn Tây Thành. Đến tháng 9 năm 1841, vua Thiệu Trị chấp thuận việc ấy, lệnh cho toàn bộ quan quân rút về An Giang. Lợi dụng việc đó, Xiêm La đưa Nặc Ong Giun về lên ngôi vua Chân Lạp. Xiêm La và Đại Nam vì việc này mà tiếp tục xung đột và giao chiến nhiều lần mà không bên nào giành được lợi thế hẳn. Cuối cùng đến năm 1845, Đại Nam và Xiêm La ký hòa ước, hai bên cùng rút quân và chấp nhận cùng bảo hộ Chân Lạp, vua Nặc Ong Giun sẽ là chư hầu của cả hai và triều cống theo định kỳ.

Trong khi chính sách bành trướng về phía tây không đem lại lợi ích gì mấy, đặc biệt ở Trấn Tây Thành; thì nhà Nguyễn tiếp tục phải đối mặt với mối đe dọa từ các thế lực phương Tây. Nhìn chung, chính sách của nhà Nguyễn với các nước phương Tây khá dè dặt. Triều đình Phú Xuân không đóng cửa hoàn toàn, vẫn tiếp đón các tàu ngoại quốc và đưa ra những điều kiện rõ ràng nhưng rất ngặt nghèo về việc buôn bán. Quan trọng hơn cả là nhà Nguyễn từ chối thiết lập mọi mối quan hệ chính thức với bất kỳ nước phương Tây nào, vì không muốn bị lôi kéo sâu vào sự tranh chấp giữa họ ở phương Đông.

Cũng không phải là nhà Nguyễn bài xích mọi thứ liên quan đến phương Tây. Ở một chừng mực nhất định, triều đình Phú Xuân vẫn tiếp nhận một số kỹ thuật tiên tiến, nhưng hầu như chỉ ở mảng quân sự. Quan hệ với các nước phương Tây thời Gia Long nhìn chung vẫn khá ôn hòa và có phần cởi mở, tuy vẫn cực kỳ hạn chế. Đến thời Minh Mạng thì thái độ của triều đình nhà Nguyễn với các nước ngoại quốc dần trở nên cực đoan hơn; và vẫn giữ vững quan điểm là không tỏ bất cứ thái độ thân cận quá mức với bất kỳ quốc gia phương Tây nào. Là một người tôn sùng Nho giáo, nên vua Minh Mạng có thái độ cực kỳ ác cảm với Công giáo. Năm 1825, vua Minh Mạng cho ban hành sắc chỉ cấm đạo đầu tiên, và việc này càng được làm ráo riết sau cuộc nổi dậy của Lê Văn Khôi - vốn được nhiều giáo dân ủng hộ. Khi vua Thiệu Trị lên ngôi, tình hình có dịu đi một thời gian ngắn, nhưng nhanh chóng căng thẳng trở lại vì sự thay đổi theo chiều hướng tiêu cực với các nước phương Tây. Và cuối cùng, thế lực phương Tây đã quyết định can thiệp trực tiếp, dẫn đến cuộc xâm lược của thực dân Pháp, mở ra một giai đoạn mới trong lịch sử Việt Nam.

Lệnh cấm đạo mà vua Minh Mạng đưa ra đã khiến những người theo Công giáo ở Đại Nam cảm thấy bị đe dọa nghiêm trọng. Người Pháp bắt đầu cảm thấy có trách nhiệm đảm bảo tính mạng cho những giáo dân này, và cũng để có một cái cớ can thiệp vào Đại Nam. Ngay từ năm 1838, đã có sĩ quan Hải quân là Fourichon đề nghị nước Pháp gửi Hải quân tới can thiệp nhưng bị bác bỏ. Năm 1841, vua Minh Mạng qua đời và vua Thiệu Trị kế vị đã phần nào có thái độ mềm mỏng hơn với người ngoại quốc và cộng đồng Công giáo. Vua cho thả một số linh mục bị bắt và tỏ ý sẽ cho tàu sang châu Âu mua bán. Thế nhưng sự kiện đụng độ giữa tàu Pháp và tàu Việt ở Đà Nẵng năm 1847 đã khiến nhà vua tức giận. Vua Thiệu Trị ra lệnh xử tử ngay tại chỗ tất cả người Âu bắt được tại Đại Nam.

Và khi vua Tự Đức nối ngôi cuối năm 1847, triều đình nhà Nguyễn hầu như chẳng có thay đổi gì trong chính sách đối ngoại của mình, thậm chí có phần còn quyết liệt và khép mình hơn nữa. Đối với nước Pháp lúc bấy giờ thì Đại Nam là một nước quan trọng trong chính sách giao thương và mở rộng tầm ảnh hưởng của họ. Pháp từng muốn biến Đại Nam thành một căn cứ quan trọng để ngăn chặn tầm ảnh hưởng của Anh tại Ấn Độ, nhưng vì nhiều lý do mà chưa thực hiện được. Đến giữa thế kỷ 18, việc để mất Ấn Độ đã khiến nước Pháp lâm vào thế yếu trong cuộc tranh đấu với nước Anh. Pháp buộc phải mở rộng thuộc địa cùng địa bàn hoạt động để có thể mở rộng thông thương sang Trung Quốc, và Đại Nam là một quốc gia có vị trí chiến lược quan trọng. Người Pháp tin rằng việc chiếm được Đại Nam không chỉ đem đến vinh quang mà còn củng cố quyền lợi thương mại, khẳng định vị thế của một cường quốc thực dân.

Vậy là vào ngày 22 tháng 4 năm 1857, Hoàng đế Pháp Napoléon III quyết định thành lập một hội đồng để xét lại Hiệp ước Versailles đã được ký kết hồi trước với đại diện của chúa Nguyễn Phúc Ánh là Giám mục Bá Đa Lộc. Âm mưu của Pháp lúc đó là muốn dựa vào Hiệp ước Versailles để "hợp pháp hóa" việc can thiệp quân sự vào Đại Nam. Nhưng trên thực tế thì hiệp ước đó đã bị thủ tiêu ngay sau khi ký kết, Pháp lúc đó không có điều kiện thi hành vì còn lo đối phó với cách mạng trong nước.

Tháng 7 năm 1857, Napoléon III quyết định dùng vũ lực can thiệp vào Đại Nam. Cái cớ mà Pháp đưa ra là để đáp trả việc triều đình Phú Xuân không chịu nhận quốc thư vào năm 1856, đồng thời bảo vệ và bênh vực cộng đồng Công giáo tại đây. Cũng trong năm đó, vua Tự Đức lại cho xử tử hai nhà truyền giáo Tây Ban Nha. Đây không phải lần đầu tiên và cũng không phải sự cố mới nhất. Nhưng lần này hành động ấy lại không đúng lúc vì bấy giờ đang diễn ra Chiến tranh Nha phiến lần 2 giữa một loạt các cường quốc phương Tây với nhà Thanh. Quân đoàn viễn chinh của Pháp đang có mặt ở Viễn Đông để tham chiến, nên họ có sẵn lực lượng để can thiệp vào Đại Nam.

Tháng 11 năm 1857, Napoléon III lệnh cho Phó Đô đốc Charles Rigault de Genouilly đem lực lượng viễn chinh sang trừng phạt Đại Nam, có cả sự hỗ trợ của quân Tây Ban Nha. Ngày 31 tháng 8 năm 1858, liên quân Pháp - Tây Ban Nha với khoảng 3000 quân và 14 tàu chiến đã có mặt tại cửa biển Đà Nẵng. Sáng ngày 1 tháng 9, de Genouilly gửi tối hậu thư cho Tổng đốc Quảng Nam - Quảng Ngãi đòi nộp thành trong vòng 2 giờ. Nhưng liên quân Pháp - Tây Ban Nha không đợi trả lời mà đã nhanh chóng nổ súng bắn vào Đà Nẵng, chính thức mở màn cuộc xâm lược.

Khi bắt đầu tấn công Đà Nẵng, liên quân Pháp - Tây Ban Nha cho rằng họ sẽ được sự ủng hộ diện rộng của giáo dân trong khu vực. Tuy nhiên thực tế lại khác xa khi người Pháp không được toàn bộ giáo dân ở Đà Nẵng ủng hộ. Tất nhiên họ vẫn nắm lợi thế về vũ khí và lực lượng. Quân Nguyễn trấn thủ ở Đà Nẵng vốn chỉ có khoảng 2000 người, sau được chi viện thêm lên đến 7000 quân; thế nhưng vũ khí và sức chiến đấu thua kém rõ rệt. Chỉ trong 2 ngày, quân Pháp - Tây Ban Nha đã đổ bộ lên được bán đảo Sơn Trà. Quân triều đình phải vừa đánh vừa lui, lập phòng tuyến ngăn địch nhưng không thành công. Vua Tự Đức nghe tin phải điều Nguyễn Tri Phương đang làm Kinh lược sứ Nam Kỳ ra thay quyền cầm quân chống địch.

Nhận thấy những bất lợi của quân triều đình, Nguyễn Tri Phương chủ trương tránh giao chiến trực diện mà tập trung đắp lũy phòng thủ. Vì vậy mà liên quân Pháp - Tây Ban Nha không thể đánh lên kinh thành Phú Xuân như kế hoạch ban đầu. Quân Pháp - Tây Ban Nha liên tục bị quấy phá, lại bị cả bệnh dịch hoành hành nên gần như không tiến thêm được. Một số giáo sĩ khuyên de Genouilly nên đem quân đánh ra Bắc Kỳ vì theo họ, người Công giáo ở ngoài đó đông hơn và chỉ cần chờ Pháp đến là ủng hộ, và thêm cả những người có chủ trương phù Lê cũng sẽ nổi lên hưởng ứng. Tuy nhiên de Genouilly từ chối và quyết định tiến xuống Gia Định, đánh chiếm Nam Kỳ - vựa lúa lớn của Đại Nam; và cũng vì địa hình sông ngòi chằng chịt nơi đó phù hợp cho thủy quân tác chiến.

Tháng 2 năm 1859, de Genouilly rút phần lớn quân vào miền nam, nhanh chóng tiến được vào Gia Định. Nhưng vì không đủ lực lượng đóng giữ lâu dài, nên de Genouilly quyết định rút lui. Sau khi cho đốt tất cả các kho thóc góc gạo và phá hủy thành quách đồn lũy, ông ta quay về Đà Nẵng và lại cho quân tấn công tiếp. Nguyễn Tri Phương cho quân chống trả quyết liệt, nhưng cuối cùng vẫn để mất đồn lũy vì thua kém vũ khí quá nhiều. Tuy có được lợi thế, nhưng quân Pháp gặp khó khăn do khí hậu và dịch bệnh, và tình hình quốc tế khiến chính phủ Pháp khó có thể chi viện.

Đến năm 1860, tình hình trong Chiến tranh Nha phiến lần thứ 2 buộc Pháp phải tái phân bổ lực lượng. Pháp rút gần như toàn bộ lực lượng ở Đà Nẵng, chỉ để lại 800 quân ở Gia Định. Chính phủ Pháp khi đó muốn rút quân khỏi Nam Kỳ hoàn toàn, nhưng de Genouilly cố gắng biện hộ cho việc chiếm Gia Định và chứng tỏ tiềm năng thuộc địa của Đại Nam. Bộ trưởng Hải quân Pháp cũng tán thành ý kiến này; nên sau khi Chiến tranh Nha phiến lần thứ 2 kết thúc, Pháp cử Léonard Charner đem hạm đội gồm 70 tàu chiến và 3500 quân quay lại Nam Kỳ.

Về phía quân Nguyễn, thì Nguyễn Tri Phương vẫn tiếp tục chủ trương không giao chiến trực diện. Ông lựa chọn chiến lược nửa công nửa thủ, tức dựng chiến lũy để bảo vệ binh lính và đồng thời bao vây dần quân Pháp. Trọng điểm phòng thủ ở Gia Định của quân Nguyễn chính là Đại đồn Chí Hòa cùng rất nhiều hệ thống đồn lũy phụ cận. Cuối tháng 2 năm 1861, Pháp bắt đầu đánh Đại đồn Chí Hòa. Hai bên đánh nhau và giằng co ác liệt, quân Pháp mấy lần tấn công vẫn chưa hạ được đồn mà còn thiệt hại khá nặng. Thế nhưng đúng lúc đó thì Nguyễn Tri Phương bị thương, sĩ khí quân Nguyễn suy giảm nhanh chóng và phải rút lui, Đại đồn Chí Hòa thất thủ. Quân Pháp sau đó tản ra chiếm đóng các vùng quanh Gia Định và Mỹ Tho.

Về phía triều đình nhà Nguyễn, thì sau khi Đại đồn Chí Hòa thất thủ, vua Tự Đức đã cử Nguyễn Bá Nghi làm Khâm sai Đại thần ra thay cho Nguyễn Tri Phương và đem theo 4000 quân chi viện. Tuy nhiên, Nguyễn Bá Nghi cho rằng không thể chống đỡ nổi với quân Pháp nên đã gửi tấu về triều đình xin được giảng hòa. Quân Pháp chớp lấy thời cơ lại chiếm thêm được các vùng Biên Hòa, Định Tường và Vĩnh Long.

Tình hình thêm nguy cấp khi ở Bắc Kỳ bấy giờ xảy ra cuộc bạo loạn do Lê Duy Phụng cầm đầu. Y tự xưng là dòng dõi nhà Lê, tụ tập mấy vạn người làm loạn các tỉnh miền đông. Triều đình Phú Xuân cho rằng chuyện ở Bắc Kỳ nghiêm trọng hơn nên muốn giảng hòa với Pháp để có thể đưa quân ra Bắc Kỳ dẹp loạn. Vua Tự Đức liền cử Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp dẫn đầu phái đoàn đi đàm phán với quân Pháp. Vua Tự Đức cũng căn dặn rằng nếu có thể nộp chiến phí để chuộc lại các tỉnh Nam Kỳ bị chiếm là tốt nhất, còn nếu Pháp đòi cắt đất thì cương quyết từ chối.

Thế nhưng trong quá trình đàm phán, Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp lại nhanh chóng nhượng bộ, ký Hòa ước Nhâm Tuất với nhiều điều có lợi cho Pháp. Trong đó đáng chú ý nhất là đồng ý nhượng ba tỉnh Gia Định, Định Tường, Biên Hòa và cả đảo Côn Lôn cho Pháp. Song song với đó, nhà Nguyễn phải bồi thường khoản chiến phí là 4 triệu franc trong 10 năm, mở cửa thông thương ở Đà Nẵng, Ba Lạt và Quảng Yên. Khi biết Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp làm trái ý mình mà chịu ký hòa ước cắt đất, vua Tự Đức rất thất vọng, lên tiếng chê trách và yêu cầu hai người tìm cách thương thảo để chuộc lại đất. Tuy vậy, người Pháp bắt đầu thấy được tiềm năng và lợi ích của các tỉnh Nam Kỳ, nên cự tuyệt mọi lời đề nghị chuộc đất của nhà Nguyễn.

Hòa ước Nhâm Tuất đã dẫn đến bất mãn sâu rộng. Khắp đất Gia Định, các sĩ phu, quan lại trung thành vẫn quyết tâm nổi loạn, cản trở quân Pháp làm chủ được vùng này, nổi bật nhất trong số đó là Bình Tây Đại nguyên soái Trương Định. Dẫu vậy, người dân không thể chiến đấu và ủng hộ nghĩa quân mãi được, bởi trên thực tế quân Pháp có khả năng dẹp loạn cướp bóc và đảm bảo an ninh các vùng. Dân chúng dần bị hấp dẫn bởi chính sách tự do buôn bán của người Pháp. Nếu như trong những năm 1862-1863, nghĩa quân Trương Định còn có được sự ủng hộ của nhân dân thì đến năm 1864, nghĩa quân dần thất thế và Trương Định bị giết chết vào tháng 8 năm 1864. Cái chết của Trương Định cũng đặt dấu chấm hết cho các cuộc nổi dậy ở miền đông Nam Kỳ.

Dù Phan Thanh Giản ra sức giao hảo thân thiện để đàm phán, nhưng phía Pháp viện cớ các tỉnh miền tây có liên hệ với các tổ chức chống Pháp ở miền đông nên không đồng ý hòa đàm. Ngày 20 tháng 6 năm 1867, quân Pháp đánh chiếm Vĩnh Long, yêu cầu Phan Thanh Giản gửi thư khuyên các tỉnh An Giang và Hà Tiên đầu hàng. Trước sức mạnh áp đảo của Pháp về mặt quân sự, cho rằng không thể giữ nổi, Phan Thanh Giản đã quyết định giao thành, không kháng cự, với yêu cầu người Pháp phải bảo đảm an toàn cho dân chúng. Thế là chỉ trong 5 ngày, Pháp chiếm trọn 3 tỉnh miền tây Nam Kỳ mà không tốn một viên đạn. Đến lúc này, toàn bộ Nam Kỳ lục tỉnh đã rơi vào tay Pháp.

Chiếm xong Nam Kỳ, quân Pháp thấy sông Cửu Long không thuận tiện lắm cho việc giao thông với Vân Nam của Trung Quốc, mà phải là sông Hồng. Vì thế vấn đề Bắc Kỳ bắt đầu được một số sĩ quan Pháp đặt ra. Nhưng tình hình ở Pháp cũng không mấy khả quan, khi họ thua cuộc trong chiến tranh Pháp - Phổ năm 1870, phải cắt đất và bồi thường một khoản chiến phí lớn. Nền Đệ tam Cộng hòa ra đời một cách khó khăn, vì thế những đề xuất của lực lượng viễn chinh về những cuộc phiêu lưu quân sự đầy mạo hiểm sẽ rất khó được chấp thuận. Nhưng điều đó cũng chẳng ngăn được tham vọng của một số sĩ quan Pháp đang mơ tưởng đến việc xây dựng một đế quốc mới bằng các thuộc địa ở Viễn Đông.

Bấy giờ Đại úy Francis Garnier đã có quan hệ từ trước với một thương nhân Pháp tên là Jean Dupuis. Dupuis được Garnier cho biết rằng theo sông Hồng ở Bắc Kỳ có thể tới được Vân Nam khá thuận lợi nên đã tổ chức 1 đoàn thuyền và tự tiện lên Hà Nội, thuê thuyền nhỏ dỡ hàng hóa để thông thương sang Vân Nam vào năm 1872. Khi trở về, bởi có lệnh cấm từ trước nên Jean Dupuis bị các quan địa phương ngăn cản, trong khi đó thì Dupuis cho rằng có lệnh của các quan Trung Quốc là đủ. Đích thân Nguyễn Tri Phương phải ra bắc để khẳng định lại việc nghiêm cấm người Việt và người gốc Hoa giao thiệp với người phương Tây, đồng thời không cho chở hàng đi Vân Nam và yêu cầu Dupuis phải rời khỏi Bắc Kỳ.

Song song với đó, triều đình nhà Nguyễn cũng đòi Pháp phải bắt giữ Dupuis vì theo Hòa ước Nhâm Tuất 1862, Hà Nội nói riêng và Bắc Kỳ nói chung không phải vùng được phép thông thương, nhưng Dupuis kiên quyết đòi ở lại. Nhà Nguyễn phải cử người vào Sài Gòn thương nghị với Pháp, dẫn đến việc Đô đốc Marie Jules Dupré đã yêu cầu Garnier ra Bắc Kỳ để giải quyết vụ Dupuis. Garnier khi gặp Nguyễn Tri Phương có đề nghị ký 1 bản thương ước mở cửa sông Hồng cho việc thông thương nhưng Nguyễn Tri Phương từ chối do chưa có chỉ dụ từ kinh thành. Đến ngày 19 tháng 11 năm 1873, Garnier gửi tối hậu thư cho quan binh nhà Nguyễn trong thành Hà Nội phải hạ vũ khí đầu hàng, giao nộp thành và cho Dupuis được tự do đi lại.

Không nhận được câu trả lời nên rạng sáng ngày 20 tháng 11, Garnier cho quân tấn công. Vì bị bất ngờ, lại thua kém quá nhiều về hỏa lực nên quân Nguyễn nhanh chóng tan rã và cửa nam bị đại bác bắn vỡ. Quân Pháp lập tức ùa vào và cắm cờ lên vọng lâu trong thành. Đích thân Nguyễn Tri Phương đứng trên tháp canh để đốc thúc binh lính chống trả dù đã bị bắn trọng thương ở bụng, nhưng không xoay chuyển được tình thế. Quân triều đình chỉ có thể chống cự yếu ớt rồi tan rã hoàn toàn; Nguyễn Tri Phương bị bắt nhưng từ chối để người Pháp điều trị rồi cuối cùng tuyệt thực mà chết.

Việc thành Hà Nội thất thủ khiến nhà Nguyễn phản ứng rất mạnh mẽ. Vua Tự Đức lập tức sai Hoàng Tá Viêm đem quân ra bắc, nhưng cánh quân này bị chặn lại sau khi Ninh Bình thất thủ. Về phía quân Pháp, thì Garnier cũng nhanh chóng cho quân tỏa đi đánh chiếm các vùng xung quanh. Tuy các cánh quân Pháp chỉ có vài chục người, nhưng với vũ khí vượt trội và vì quân triều đình có sức chiến đấu quá kém, nên các thành bị tấn công nhanh chóng thất thủ, Pháp lần lượt đánh chiếm được Hải Dương, Ninh Bình và Nam Định.

Trong khi Garnier đang đánh thành Nam Định thì ở Sơn Tây, quân Cờ Đen của Lưu Vĩnh Phúc - vốn là lực lượng thổ phỉ vốn là dư đảng của Thái Bình Thiên quốc ở Trung Quốc, nay được nhà Nguyễn bảo trợ - tìm cách chiếm lại đồn phòng thủ của quân Pháp ở Phủ Hoài và nhiều tiền đồn ở sát Hà Nội. Garnier phải cho một số binh lính quay lại tăng viện. Ngày 18 tháng 12 năm 1873, sau khi cử Francois-Jules Harmand cùng 25 binh lính giữ thành Nam Định; Garnier trở về Hà Nội.

Vào ngày 21 tháng 12, trong khi đang nghị bàn với quan lại nhà Nguyễn thì Garnier được tin báo là quân Cờ Đen phối hợp với quân Nguyễn đang tiến đến Hà Nội. Garnier dẫn một toán quân ra chặn đánh, nhưng rơi vào ổ mai phục, Garnier bị quân Cờ Đen bao vây giết chết.

Cái chết của Garnier khiến quân Pháp ở Hà Nội rơi vào hoảng loạn, suýt đã bỏ thành mà lên tàu chạy về Nam Kỳ. Việc Garnier bị giết cũng đã đặt dấu chấm hết cho cuộc phiêu lưu quân sự đầu tiên của quân Pháp ở Bắc Kỳ; vì vốn đây không phải chủ trương của chính phủ Pháp. Nhà Nguyễn và Pháp sau đó ký Hòa ước Giáp Tuất vào tháng 3 năm 1874; theo đó thì để Pháp lui binh khỏi Bắc Kỳ, nhà Nguyễn đồng ý cắt nhượng chủ quyền Nam Kỳ lục tỉnh cho Pháp, chấp nhận việc ngoại giao phải lệ thuộc vào Pháp, mở cửa cho Pháp tự do buôn bán tại các cảng biển và trên sông Hồng, có quyền tự do truyền đạo.

Trong những năm sau đó thì để đối phó với Pháp, nhà Nguyễn đã cử sứ sang xin nhà Thanh giúp đỡ; đồng thời chính thức chiêu mộ quân Cờ Đen để phối hợp bảo vệ Bắc Kỳ. Tình trạng mất an ninh ở Bắc Kỳ khiến Pháp phải lựa chọn: Hoặc là đặt sự bảo hộ hoàn toàn ở Bắc Kỳ, hoặc là phải từ bỏ nơi này. Vì không muốn phải mất mặt nên ngay từ năm 1879, Thượng tướng Bernard Jauréguiberry đã yêu cầu gửi thêm quân sang Bắc Kỳ áp đặt nền bảo hộ nhưng chính phủ Pháp đã từ chối. Thống đốc Nam Kỳ Le Myre de Vilers trong năm 1882 cũng đã yêu cầu Đại tá Henri Rivière đem quân ra bắc để bảo vệ các thương gia người Pháp. Khi tới Hà Nội, Rivière liền có ý chiếm thành, dù de Vilers trước đó đã bày tỏ sự phản đối.

Lấy cớ nhà Nguyễn không tôn trọng Hòa ước Giáp Tuất khi giao thiệp với nhà Thanh và dung túng quân Cờ Đen, Rivière cho tàu chiến cùng hơn 400 quân đóng trại tại bờ bắc sông Hồng để uy hiếp Hà Nội. Tổng đốc thành Hà Nội là Hoàng Diệu hạ lệnh giới nghiêm và bố cáo các tỉnh xung quanh sẵn sàng tác chiến, đồng thời yêu cầu viện binh từ triều đình. Tuy nhiên, phái chủ hòa trong triều đình lại khuyên vua Tự Đức chấp nhận mất Bắc Kỳ, miễn sao có thể giữ được ngôi vị. Tự Đức vì thế hạ chiếu quở trách Hoàng Diệu vì xung đột với người Pháp, nhưng Hoàng Diệu vẫn quyết sống chết với thành.

Sáng ngày 25 tháng 4 năm 1882, Rivière cho tàu chiến áp sát thành Hà Nội, đưa tối hậu thư yêu cầu Hoàng Diệu phá bỏ công sự phòng thủ, cho binh lính hạ vũ khí và đúng 8 giờ sáng các quan lại phải đến trình diện; sau đó quân Pháp sẽ vào thành kiểm kê rồi giao trả. Hoàng Diệu tiếp tối hậu thư rồi sai người đi điều đình. Nhưng Rivière không đợi trả lời đã vội cho nã đại bác vào thành và cho quân tấn công. Tuy vậy, quân Pháp vẫn vấp phải sự kháng cự quyết liệt của quân triều đình trong thành, phải rút ra khỏi tầm bắn để củng cố lại lực lượng.

Thế nhưng lúc đang đánh nhau ác liệt thì kho thuốc súng của Hà Nội nổ tung. Trong thành cháy lớn khiến quân lính hoang mang. Quân Pháp nhờ thế phá được cổng phía tây và tràn vào trong thành. Đa phần quan lại đều sợ hãi bỏ chạy hoặc trốn đi; riêng có Hoàng Diệu vẫn tiếp tục chỉ huy binh lính chống cự, nhưng cuối cùng vẫn không ngăn nổi quân Pháp. Thấy không giữ nổi thành nữa, Hoàng Diệu cho quân lính giải tán, thảo tờ di biểu rồi ra Võ miếu thắt cổ tự vẫn. Vậy là quân Pháp chiếm được thành Hà Nội lần thứ 2.

Đến cuối năm 1882, quân Thanh đã kéo sang Bắc Kỳ theo yêu cầu của nhà Nguyễn, và cũng vì nhà Thanh không muốn mất quyền bảo hộ (dù chỉ là trên danh nghĩa) vào tay Pháp. Trong lúc đó, Rivière quyết định cho quân đánh chiếm các vùng xung quanh và chiếm thành Nam Định vào ngày 27 tháng 3 năm 1883. Sự kiện này đã khiến chính phủ Pháp lo lắng và một lần nữa ra lệnh cho quân Pháp chỉ được can thiệp khi thực sự cần thiết.

Trong lúc Rivière ở Nam Định thì quân Pháp ở Hà Nội liên tục hứng chịu các cuộc tấn công của quân Cờ Đen. Tình hình leo thang khiến Rivière phải quay về Hà Nội, đồng thời đề nghị đô đốc Mayer, chỉ huy hải quân Pháp ở Trung Quốc, đưa quân ứng cứu. Lực lượng này đến Hà Nội vào tháng 5, và trong khoảng thời gian đó quân Pháp ở Hà Nội cũng chẳng yên ổn. Sau khi có tiếp viện, quân Pháp đốt khu vực đồn trú của quân Cờ Đen rồi tiến quân đến ngã ba sông Đuống. Tuy nhiên Rivière vẫn cảm thấy bất an và quyết định tiến quân chiếm Bắc Ninh và Sơn Tây.

Tuy nhiên, kế hoạch bị lộ và khiến quân Pháp rơi vào ổ mai phục của quân Cờ Đen, Rivière bị giết, tàn quân Pháp phải chạy về Hà Nội. Quân Pháp trong thành buộc phải cố thủ và phái người đi xin cứu viện. 4 ngày trước đó, Quốc hội Pháp cũng đã thông qua khoản ngân sách 5,5 triệu franc và cho phép gửi thêm quân ra Bắc Kỳ. Quân tiếp viện được tổ chức thành Quân đoàn viễn chinh Bắc Kỳ, đặt dưới quyền chỉ huy của Alexandre-Eugène Bouet.

Trong lúc tình hình rối ren thì vua Tự Đức qua đời ngày 19 tháng 7 năm 1883. Triều đình Phú Xuân rơi vào một cuộc khủng hoảng ngôi vị khi chỉ trong vòng 4 tháng, lần lượt có đến 3 vị vua được lập. Vì vua Tự Đức không có con ruột, nên theo di chiếu thì con nuôi của ông là Thụy Quốc công Nguyễn Phúc Ưng Chân được lập. Nhưng chỉ được 3 ngày thì bị hai quan đại thần là Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết tìm cớ phế bỏ. Tôn Thất Thuyết sau đó lập con út của vua Thiệu Trị là Lãng Quốc công Nguyễn Phúc Hồng Dật lên ngôi, tức là vua Hiệp Hòa.

Trong lúc ấy thì quân Pháp ở Bắc Kỳ bắt đầu phản công và đẩy lui được quân Nguyễn của Hoàng Tá Viêm. Sự xuất hiện của đô đốc Amédée Courbet cùng lực lượng hải quân tiếp viện lớn càng củng cố thêm sức mạnh của quân Pháp tại Bắc Kỳ. Ngày 30 tháng 7 năm 1883, Đô đốc Courbet, Tướng Bouet và Tổng Ủy viên Hội đồng Dân Sự Bắc Kỳ Harmand đã tổ chức hội nghị quân sự ở Hải Phòng. Cả ba đều thống nhất rằng nên khởi động sớm nhất có thể việc tiến đánh quân Cờ Đen ở Phủ Hoài và quân Nguyễn của Hoàng Tá Viêm ở Nam Định. Dưới sự đề nghị của Harmand, cả ba quyết định đề nghị chính phủ Pháp cho phép thực hiện một cuộc tấn công thẳng vào kinh thành Phú Xuân, sau đó gửi tối hậu thư yêu cầu nhà Nguyễn phải chấp nhận sự bảo hộ của Pháp trên toàn Bắc Kỳ, hoặc sẽ bị tấn công ngay lập tức.

Ngày 18 tháng 8, tàu chiến Pháp bắt đầu nã đại bác vào cửa biển Thuận An và cho quân đổ bộ. Quân Nguyễn cố gắng chống trả nhưng với ưu thế về hỏa lực, quân Pháp nhanh chóng chiếm được nhiều lũy phòng thủ. Đến cuối ngày thì hầu như toàn bộ quân Nguyễn đã bị đánh tan. Việc này khiến nhà Nguyễn buộc phải ký Hòa ước Quý Mùi vào ngày 25 tháng 8. Theo đó, Đại Nam công nhận tính hợp pháp của sự chiếm đóng của Pháp tại Nam Kỳ, chấp nhận sự bảo hộ của Pháp đối với cả Trung Kỳ và Bắc Kỳ. Nhà Nguyễn vẫn tồn tại nhưng phải nằm dưới sự chỉ đạo của Pháp. Pháp sẽ có đặc quyền đóng quân đồn trú tại Phú Xuân, đồng thời được quyền đóng quân ở Đèo Ngang và cửa biển Thuận An. Trung Kỳ vẫn sẽ do nhà Nguyễn cai trị, nhưng Bắc Kỳ sẽ trở thành xứ bảo hộ của Pháp. 3 tỉnh Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh sẽ bị cắt khỏi Trung Kỳ và nhập vào Bắc Kỳ; tỉnh Bình Thuận cũng tương tự và được nhập vào Nam Kỳ.

Chính việc ký Hòa ước Quý Mùi đã khiến mâu thuẫn giữa hai phe chủ hòa và chủ chiến trong triều đình nhà Nguyễn lên cao; đặc biệt là mâu thuẫn giữa các quan đại thần Tôn Thất Thuyết và Nguyễn Văn Tường với vua Hiệp Hòa. Vì lo sợ, vua Hiệp Hòa định tìm kiếm sự giúp đỡ của người Pháp để loại bỏ các quan Phụ chính đại thần. Chẳng may việc này lộ ra nên Tôn Thất Thuyết quyết định ra tay trước. Ngày 29 tháng 11, triều thần hạch tội và ép vua phải thoái vị. Vua Hiệp Hòa sau đó bị các quan đại thần ép uống thuốc độc tự vẫn; rồi đưa Nguyễn Phúc Ưng Đăng lên ngôi, tức vua Kiến Phúc. Nhưng cũng chỉ 8 tháng sau, vua Kiến Phúc qua đời ngày 31 tháng 7 năm 1884. Hai quan Phụ chính đại thần Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết ủng hộ lập hoàng tử Nguyễn Phúc Ưng Lịch mới 12 tuổi lên ngôi, tức là vua Hàm Nghi.

Trong lúc đó thì ở Bắc Kỳ, quân Pháp cũng bắt đầu tấn công quân Cờ Đen và dần phải đối phó thêm với lực lượng quân Thanh đang tiến sang rất đông. Chiến sự giữa Pháp với quân Cờ Đen và quân Thanh ở Bắc Kỳ kéo dài từ tháng 9 năm 1884 đến tận tháng 6 năm 1885 mới kết thúc; với thắng lợi của quân Pháp. Nhà Nguyễn trước đó cũng đã phải ký với Pháp thêm Hòa ước Giáp Thân, về cơ bản không khác nhiều so với Hòa ước Quý Mùi; chỉ sửa và bổ sung hai điều khoản mới: Chia Đại Nam ra làm ba xứ Bắc Kỳ, Trung Kỳ và Nam Kỳ dưới ba chế độ khác nhau (coi như ba nhà nước riêng). Trả các tỉnh Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh thuộc Bắc Kỳ và tỉnh Bình Thuận thuộc Nam Kỳ về Trung Kỳ. Và khi Pháp chiến thắng rồi buộc nhà Thanh ký Hòa ước Thiên Tân, thì quyền bảo hộ của Pháp với Đại Nam cũng chính thức được xác lập hoàn toàn trên cả danh nghĩa lẫn thực tế.

Sau các Hòa ước Quý Mùi và Giáp Thân, về cơ bản Đại Nam đã mất hoàn toàn mọi quyền tự chủ và nằm dưới quyền bảo hộ trực tiếp của Pháp. Nhà Nguyễn vẫn còn tồn tại, nhưng thực tế chẳng còn quyền lực và muốn quyết định gì cũng phải hỏi ý kiến Khâm sứ Trung Kỳ. Chính vì vậy mà ngay trong năm 1885, phái chủ chiến trong triều đình quyết định tổ chức nổi dậy tấn công quân Pháp đóng ở kinh thành Phú Xuân. Trong khi Nguyễn Văn Tường phụ trách ngoại giao khéo léo để đánh lạc hướng Pháp thì Tôn Thất Thuyết ngầm tổ chức kế hoạch chiến đấu và rút lui nếu đại sự không thành.

Pháp dò biết được tình hình, nên ngay từ cuối năm 1884 đã cho 300 quân vào đóng ở Trấn Bình đài ngay bên trong Hoàng thành, sau đó tiếp tục đưa thêm quân vào lên đến cả nghìn người. Đến ngày 27 tháng 6 năm 1885, Tổng chỉ huy lực lượng viễn chinh Pháp mới được bổ nhiệm là Philippe Henri Marie Roussel de Courcy đã đem thêm quân và tàu chiến từ ngoài bắc vào Phú Xuân nhằm gây áp lực lên phe chủ chiến và định khống chế Tôn Thất Thuyết. Ngày 2 tháng 7, de Courcy đến Phú Xuân và yêu cầu Hội đồng phụ chính ra thương nghị. Thế nhưng Tôn Thất Thuyết cáo bệnh không đến, thay vào đó gấp rút đốc thúc binh lính, đào hào đắp lũy trong thành và bố trí lực lượng chuẩn bị tấn công.

Đêm ngày 4 tháng 7, giữa lúc de Courcy đang dự tiệc ở tòa Khâm sứ thì Tôn Thất Thuyết phát động kế hoạch. Theo đó thì quân Nguyễn sẽ đồng loạt tấn công vào tòa Khâm sứ và Trấn Bình đài. Rạng sáng ngày 5, quân Nguyễn cho nã đại bác vào các vị trí của người Pháp, bắt đầu cuộc tấn công. Vì bị bất ngờ nên ban đầu quân Pháp chưa kịp phản ứng, tòa Khâm sứ và Trấn Bình đài lại cách nhau đến hơn 2km nên không thể ứng cứu lẫn nhau. Vì trời đêm nên quân Pháp không chống trả mà cố phòng thủ tránh đạn pháo của quân Nguyễn.

Đến khi trời sáng thì quân Pháp bắt đầu phản công, đem đại bác lên đài và nóc tàu chiến rồi bắn trả, nã cả vào Hoàng thành. Ở tòa Khâm sứ, quân Pháp cũng xông ra mở đường. Hai bên bắt đầu giao chiến khá ác liệt, nhưng cuối cùng quân Nguyễn vẫn không ngăn nổi quân Pháp. Cả hai đạo quân của triều đình đều lần lượt tan rã, tháo chạy và bị tàn sát ở cửa Đông Ba. Quân Pháp tiến được vào Hoàng thành, hạ cờ nhà Nguyễn xuống mà treo cờ Pháp lên, sau đó tiến vào Đại Nội đốt phá, giết chóc, hãm hiếp. Trụ sợ Lại bộ, Binh bộ cùng các kho thuốc súng đều bị thiêu rụi; các kho tàng, cung điện đều bị quân Pháp chiếm được. Thấy tình hình nguy cấp, Tôn Thất Thuyết vội đưa vua Hàm Nghi rút khỏi Phú Xuân và chạy lên căn cứ ở Tân Sở, còn Nguyễn Văn Tường ở lại lo thương thuyết điều đình. Nhưng ít lâu sau, người Pháp lấy cớ rằng Nguyễn Văn Tường không đón được vua Hàm Nghi về triều đình nên bắt ông và nhiều người khác đi đày.

Ngày 13 tháng 7 năm 1885, Tôn Thất Thuyết lấy danh nghĩa vua Hàm Nghi mà ra chiếu Cần Vương lần thứ nhất, kêu gọi nhân sĩ đứng lên phò vua đánh đuổi người Pháp. Ở Quảng Trị một thời gian, Tôn Thất Thuyết đưa vua Hàm Nghi ra Hà Tĩnh, và đến ngày 20 tháng 9 tiếp tục ra chiếu Cần Vương lần thứ hai. Cũng đúng ngày hôm đó, người Pháp đưa hoàng tử Nguyễn Phúc Ưng Kỷ là anh trai cùng cha khác mẹ của vua Hàm Nghi lên ngôi, lấy hiệu Đồng Khánh.

Tuy người Pháp khống chế được triều đình Phú Xuân và vị vua mới Đồng Khánh; nhưng vì có chiếu Cần Vương của vua Hàm Nghi mà hàng loạt các cuộc khởi nghĩa nổ ra để hưởng ướng. Trong đó tiêu biểu là khởi nghĩa Ba Đình của Phạm Bành và Đinh Công Tráng; khởi nghĩa Bãi Sậy của Nguyễn Thiện Thuật và khởi nghĩa Hương Khê của Phan Đình Phùng. Dù mang tiếng là Cần Vương, nhưng thực chất đều là các cuộc nổi dậy của nhân sĩ yêu nước và dân thường, hoàn toàn vắng bóng quân triều đình. Đến tháng 11 năm 1888, đoàn của vua Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết bị phản bội và bị phục kích; Tôn Thất Thuyết bị giết còn  vua Hàm Nghi bị bắt, sau đó ông bị đưa đi đày ở Algérie. Tuy vậy, phong trào Cần Vương vẫn tiếp tục được duy trì và chỉ bị dẹp tan hẳn sau khi khởi nghĩa Hương Khê thất bại và Phan Đình Phùng qua đời do bị thương vào đầu năm 1896. Bên cạnh phong trào Cần Vương, vẫn còn một số cuộc khởi nghĩa và nổi dậy chống Pháp khác, nổi bật có khởi nghĩa Yên Thế của Hoàng Hoa Thám, kéo dài đến 30 năm nhưng cuối cùng vẫn bị tan rã năm 1913.

Sự kháng cự của phe chủ chiến và vua Hàm Nghi gần như là những nỗ lực lớn cuối cùng của nhà Nguyễn để chống lại quân Pháp. Còn vua Đồng Khánh vì được người Pháp đặt lên ngôi, nên còn lệ thuộc hơn nữa và nhượng bộ rất nhiều để đổi lấy sự giúp đỡ về mặt hành chính và quân sự. Năm 1887, Pháp thành lập Liên bang Đông Dương gồm thuộc địa Nam Kỳ, hai xứ bảo hộ Bắc Kỳ - Trung Kỳ, cùng với Lào và Cao Miên; tất cả đặt dưới một viên Toàn quyền Đông Dương người Pháp. Năm 1888, vua Đồng Khánh tiếp tục nhượng thêm cho Pháp mọi quyền hành ở Hà Nội, Hải Phòng và Đà Nẵng.

Đầu năm 1889, vua Đồng Khánh mắc bệnh rồi qua đời; triều đình hỏi ý kiến người Pháp rồi đưa hoàng tử Nguyễn Phúc Bửu Lân lên ngôi, tức vua Thành Thái. Dù vậy, việc thay đổi người làm vua cũng chẳng có tác động gì, khi triều đình Phú Xuân chẳng còn chút thực quyền nào, đặc biệt sau khi Paul Doumer lên làm Toàn quyền Đông Dương. Theo đó thì Paul Doumer áp dụng chính sách cai trị độc tài, từng bước loại bỏ ảnh hưởng của triều đình nhà Nguyễn - dù ảnh hưởng này chỉ còn rất nhỏ. Quan lại cấp tỉnh phải phụ thuộc trực tiếp các quan Pháp cai trị các xứ bảo hộ, không cần nghe lệnh Hoàng đế Đại Nam. Các quan cũng phải nhường cho Công sứ Pháp quyền đề cử và bổ nhiệm hương chức. Cơ quan hành chính Pháp cũng phụ trách thu thuế và giao cho ngân khố của triều đình một ngân sách cần thiết cho việc duy trì. Paul Doumer đã thay thế chế độ bảo hộ bằng chế độ trực trị và triều đình từ lúc đó chỉ còn giữ lại được những hình thức bề ngoài.

Bị chèn ép và kiểm soát; vua Thành Thái vẫn nuôi ý định lấy lại thực quyền và tìm cách đánh đuổi người Pháp. Nhà vua bí mật lên một số kế hoạch để nổi dậy đánh Pháp, nhưng chẳng may bị lộ khi Cơ mật viện và Lại bộ Thượng thư mật báo cho Pháp. Người Pháp viện cớ nhà vua bị điên mà ép ông thoái vị, thậm chí Khâm sứ Trung Kỳ còn còn nói thẳng là đã biết ông có ý đồ chống Pháp, nên không để ông ở ngôi được. Nếu Thành Thái muốn tại vị thì ông phải ký vào một tờ giấy tạ tội, tuyên bố với quốc dân là có âm mưu chống lại nước Pháp, nay phải thành thực hồi tâm. Nhưng vua Thành Thái từ chối và ném tờ tuyên cáo ấy xuống đất. Vậy nên vào ngày 29 tháng 7 năm 1907, nhà vua bị truất quyền, sau đó bị quản thúc trong Đại Nội. Hai tháng sau thì ông ra chiếu thoái vị và bị đưa đi an trí tại Bạch Dinh, Cap Saint Jacques, nay là Vũng Tàu.

Triều đình nhà Nguyễn sau đó bàn bạc với Pháp và đưa con vua Thành Thái là hoàng tử Nguyễn Phúc Vĩnh San lên ngôi, tức vua Duy Tân. Thế nhưng chính vua Duy Tân cũng là một người có tư tưởng chống Pháp. Năm 1916, nhà vua dự định bí mật liên kết với Việt Nam Quang phục Hội của Thái Phiên và Trần Cao Vân để nổi dậy. Nhưng cuối cùng kế hoạch bị lộ và không thể khởi sự; vua Duy Tân từ chối tiếp tục ở ngôi chỉ để làm bù nhìn cho Pháp, nên bị đưa đi đày ở đảo La Réunion cùng với cả vua cha là Thành Thái.

Sau khi vua Duy Tân bị đưa đi đày, Pháp có ý định xóa bỏ hẳn nền quân chủ, nhưng vì triều đình phản đối dữ dội nên cuối cùng lại thôi. Người được đưa lên ngôi tiếp theo là con trai trưởng của vua Đồng Khánh - Phụng Hóa công Nguyễn Phúc Bửu Đảo, tức vua Khải Định. So với hai vị vua trước là Thành Thái và Duy Tân, thì Khải Định không hề mang tư tưởng chống Pháp, mà thực tế còn rất lệ thuộc, có phần hơn cả vua Đồng Khánh nữa. Vì sự thân thiết quá mức này với Pháp mà Khải Định bị phê phán, chê trách và châm biếm rất nhiều bởi những người Việt Nam yêu nước. Năm 1925, Khải Định qua đời, con trai duy nhất của nhà vua là Nguyễn Phúc Vĩnh Thụy được đưa lên ngôi, tức vua Bảo Đại. So với Khải Định thì Bảo Đại còn thân cận với người Pháp hơn nữa, vì trước khi lên ngôi thì ông đã sinh sống ở Pháp nhiều năm.

Việc giành lại độc lập nhìn chung không thể trông chờ vào một triều đình nhà Nguyễn đã hoàn toàn biến thành con rối của người Pháp. Từ thế kỷ 20, đã xuất hiện nhiều phong trào và tư tưởng cứu nước mới mẻ; không còn lấy việc tôn phò nhà vua và triều đình làm trọng tâm nữa. Có thể kể đến phong trào Đông Du của Phan Bội Châu, kêu gọi thanh niên người Việt ra ngoại quốc, chủ yếu là Nhật Bản, để học tập và chuẩn bị lực lượng chờ thời cơ hồi hương đấu tranh giành độc lập. Một người khác là Phan Chu Trinh thì đề xuất tư tưởng dân quyền, "tự lực khai hóa", với khẩu hiệu "khai dân trí, chấn dân khí, hậu dân sinh" để giải phóng dân tộc.

Năm 1904, Phan Bội Châu thành lập Duy Tân hội tại Quảng Nam, lấy đó làm lực lượng nòng cốt cổ động và thực hiện phong trào Đông Du. Tổ chức này hoạt động tuyên truyền chống Pháp và tồn tại cho đến năm 1912 thì giải tán. Năm 1906, Phan Chu Trinh đề xướng phong trào Duy Tân, nhanh chóng lan rộng và bùng phát thành phong trào chống sưu thuế ở Trung Kỳ năm 1908. Năm 1907, Lương Văn Can, Nguyễn Quyền, Đào Nguyên Phổ và những người cùng chí hướng đã lập ra phong trào Đông Kinh Nghĩa Thục nhằm thực hiện cải cách xã hội Việt Nam. Mục đích của phong trào là nâng cao dân trí trong các tầng lớp người Việt. Ban tổ chức đã mở những lớp dạy học miễn phí và tổ chức những cuộc diễn thuyết để trao đổi các tư tưởng tiến bộ, mới mẻ, văn minh, và cổ động trong dân chúng. Tuy nhiên tất cả những phong trào này cuối cùng đều thất bại vì những lý do khác nhau.

Bên cạnh đó, những năm thập niên 1920 - 1930 còn chứng kiến sự ra đời của một loạt các đảng phái chính trị với mục tiêu làm cách mạng để đánh đuổi người Pháp. Một vài cái tên tiêu biểu có thể kể đến như Tân Việt Cách mạng Đảng (sau đổi thành Đông Dương Cộng sản Liên đoàn), Việt Nam Quốc dân Đảng, Việt Nam Thanh niên Cách mạng Đồng chí Hội (sau tách ra thành Đông Dương Cộng sản Đảng và An Nam Cộng sản Đảng). Nhưng đặc biệt và quan trọng nhất là sự kiện hợp nhất Đông Dương Cộng sản Đảng, An Nam Cộng sản Đảng và Đông Dương Cộng sản Liên đoàn thành Đảng Cộng sản Việt Nam (nhưng nhanh chóng đổi tên thành Đảng Cộng sản Đông Dương). Sự kiện này được chủ trì bởi Nguyễn Ái Quốc - một biểu tượng mới của nền cách mạng Việt Nam khi ông đã bôn ba nhiều năm khắp thế giới để học tập, tìm hiểu nhằm tìm ra phương thức cứu nước.

Ngay sau khi thành lập, Đảng Cộng sản Đông Dương đã tổ chức phát động phong trào thành lập các Xô Viết ở Nghệ An và Hà Tĩnh. Phong trào đã giành được sự ủng hộ dưới nhiều hình thức của các địa phương, đồng thời cũng kích thích phong trào cách mạng trên toàn quốc dâng cao. Thế nhưng cuối cùng do thực lực còn yếu, phong trào vẫn bị Pháp đàn áp và khủng bố, sau đó tan rã. Các đảng phái rút vào hoạt động bí mật hơn để tích lũy lực lượng, chờ thời cơ.

Năm 1936, Mặt trận Bình dân Pháp giành chiến thắng trong cuộc bầu cử ở Pháp. Điều này cho phép không khí chính trị tại Đông Dương mang tính tự do hơn. Tuy tại Bắc Kỳ và Trung Kỳ, chính phủ Bảo hộ không cho phép đảng phái chính trị nào hoạt động; nhưng chính phủ Pháp vẫn nhượng bộ một phần trước các cuộc bãi công của công nhân. Năm 1937, phong trào đình công và biểu tình lại tái phát vượt quá tính chất nghề nghiệp để mang nhiều tính chính trị hơn. Giữa lúc đó thì Chiến tranh thế giới thứ Hai bùng nổ, Đế quốc Nhật nhanh chóng đưa quân vào chiếm Đông Dương; nhưng chưa lập tức giành lấy quyền kiểm soát từ tay Pháp.

Đến ngày 9 tháng 3 năm 1945, Nhật Bản bất ngờ tổ chức đảo chính, đoạt lấy quyền bảo hộ của Pháp với Việt Nam. Lợi dụng thời cơ này, vua Bảo Đại chỉ định Trần Trọng Kim làm Thủ tướng thay thế cho Nội các Phạm Quỳnh. Ngày 11 tháng 3, nhà vua ra chiếu dụ "Tuyên cáo Việt Nam độc lập", tuyên bố hủy bỏ hết những gì đã ký trong Hòa ước Giáp Thân năm 1884 với Pháp; đồng thời khôi phục chủ quyền, thống nhất Bắc Kỳ - Trung Kỳ - Nam Kỳ lại. Đến tháng 6 thì Nội các của Trần Trọng Kim tuyên bố thành lập Đế quốc Việt Nam. Tuy vậy, trên thực tế chính phủ Đế quốc Việt Nam cũng chỉ là một con rối của Đế quốc Nhật, một phần trong cái gọi là "Khối Thịnh vượng chung Đại Đông Á" của Nhật mà thôi. Chỉ là quyền bảo hộ trước kia thuộc về Pháp thì nay thuộc về Nhật Bản, cơ hồ không có gì thay đổi cả.

Khi Chiến tranh thế giới thứ Hai đi đến hồi kết khi Nhật Bản đầu hàng phe Đồng Minh vào ngày 15 tháng 8; Mặt trận Việt Minh do Hồ Chí Minh (cũng chính là Nguyễn Ái Quốc) lãnh đạo đã phát động cao trào Cách mạng tháng Tám giành chính quyền. Chỉ trong chưa đầy nửa tháng, cao trào đã lan rộng khắp cả nước và đi đến thắng lợi. Chính phủ cách mạng thành công giành được chính quyền từ tay Nhật và Pháp. Hồi kết của nền quân chủ ở Việt Nam đã đến khi vào ngày 30 tháng 8 năm 1945, vua Bảo Đại đọc Tuyên ngôn thoái vị trước cửa Ngọ Môn ở kinh thành; trao ấn kiếm lại cho đại diện chính phủ cách mạng. Đế quốc Việt Nam bị giải tán và Chính phủ lâm thời do Hồ Chí Minh làm Chủ tịch chính thức tuyên bố Việt Nam độc lập ngày 2 tháng 9 năm 1945.

Nền quân chủ chuyên chế tại Việt Nam đã kết thúc như vậy.