Mở đầu truyện là hình ảnh nhà giả kim đọc Olscar Wilde. Ông đọc câu chuyện về sự tích hoa thủy tiên. Chàng Narziss-đẹp trai và yêu thương bản thân mình say đắm, một ngày, chàng ngã xuống hồ nước. Hồ nước khóc biến thành đầm lầy mặn còn nơi chàng ngã mọc lên đóa hoa thủy tiên. Hồ nước thương tiếc chàng đẹp trai và thương vì thấy sắc đẹp hồ hiện trên đôi mắt của chàng Narziss.
Nhà giả kim kể về một anh chàng  tên Santiago sinh ra trong một ngôi làng nhỏ  vùng Adalusia, miền nam  Tây Ban Nha.  Cha mẹ cho cậu học hành với mong ước cậu trở thành linh mục (vì đó là nghề danh giá nhất tại ngôi làng ấy). Tuy nhiên, cậu  muốn theo đuổi ước mơ của mình và trở thành người chăn cừu đi ngao du khắp vùng cỏ quê hương mình. Trên đường tới nơi bán lông cừu, cậu có giấc mơ kỳ lạ-giấc mơ khiến cậu tỉnh giấc giữa chừng. Cậu nhớ về người con gái con người chủ tiệm vải với bao yêu thương, tưởng tượng ra cảnh thể hiện xén lông cừu điệu nghệ trước mặt cô. Cậu đến Tarifa  gặp bà lão thầy bói người Digan để giải giấc mơ.  Bà lão nói rằng cậu cần đến Ai Cập để tìm kho báu và đòi tiền thù lao bằng một phần mười kho tàng sau này cậu kiếm được. Sau khi gặp bà lão, cậu chưa tin vào giấc mơ và cho rằng tốn thời giờ vào thứ không đâu. Ở bãi chợ, cậu có gặp một ông già- tự xưng là Melchisedek, vua xứ Salem, có nhiều phép thuật. Ông truyền cho cậu cảm hứng chinh phục giấc mơ của mình, hứa chỉ cho cậu đường đến kho tàng với điều kiện cậu để lại một phần mười số cừu cho ông ta. Dù rất băn khoăn đấu tranh với chính bản thân mình, nên theo đuổi giấc mơ hay làm một người chăn cừu, sở hữu cái mình chưa có hay hài lòng với những gì thân thuộc nhưng ngay ngày hôm sau, cậu đã bán  gần hết đàn cừu và  để lại 6 con cừu  cho ông già. Ông tặng cậu hai viên đá Urim và Thummim và dặn cậu trước hành trình "Đừng bao giờ quên rằng tất cả là một tổng thể. Cũng đừng quên ngôn ngữ của dấu hiệu. Nhất là đừng quên đi cho hết con đường mình tự chọn” cùng câu chuyện về cách nhà thông thái dạy người con trai thương gia với lời khuyên "Bí quyết của hạnh phúc là biết ngắm nhìn mọi thứ tuyệt mỹ trên thế gian này mà không hề quên hai giọt dầu trên muỗng."" Cậu bắt đầu chuyến đi đến Ai Cập Châu Phi- nơi có Kim Tự Tháp, có kho tàng cậu mơ ước. Ngay ngày đầu tiên đến Tangier(Maroc-điểm dừng chân để tới Ai Cập), cậu đã bị lừa hết số tiền cậu đang có. Để kiếm kế sinh nhai, cậu quyết định làm việc tại cửa hàng bán pha lê. Đầu tiên, cậu chỉ lau các bình pha lê để kiếm cơm qua ngày. Sau này, cậu gợi ý cho ông chủ tiệm pha lê cách phát triển kinh doanh, hết kê thêm kệ ở ngoài đến pha trà bạc hà thu hút khách mua pha lê và rồi cửa tiệm của ông quay về thời kỳ huy hoàng như trước khi mà ngành bán pha lê mới nở rộ. Cậu làm việc cật lực tại đó và quên bẵng giấc mơ của mình.Một năm sau, khi mà cậu đã có đủ tiền mua một bầy cừu mới, gấp đôi số cừu cậu bán đi hồi trước. Ông lão chủ tiệm pha lê có đủ tiền hành hương tới thánh địa Mekka- nơi mà người Đạo Hồi nào cũng mơ ước được đặt chân tới.Ông chủ tiệm sẽ không bao giờ đặt chân tới Mekka, thực hiện giấc mơ của kẻ ngoan đoạn còn cậu Satiago không mua cừu nữa và để dành tiền tiếp tục đi tìm kho tàng. Khi dọn dẹp hành lý, cậu thấy hai hòn đá Urim và Thummim mà cậu nhận được từ vua xứ Salem.Cậu gia nhập vào đoàn lữ hành đến sa mạc nơi gần các Kim Tự Tháp Ai Cập. Trong đoàn người, cậu gặp một anh chàng người Anh - người  từ quê hương xa xôi theo đuổi giấc mơ  tìm kiếm những nhà giả kim (người chế tạo được vàng và thuốc trường sinh). Đoàn người tiến dần về phía ốc đảo. Trên đường đi, chàng người Anh quan sát sa mạc và học ngôn ngữ sa mạc, còng Santigo đọc những cuốn sách của anh ta và học về thuật giả kim. Tuy nhiên, Satiago vẫn chẳng hiểu gì về thuật giả kim.Khi họ tới ốc đảo, đoàn lữ hành được chào đón, và được khuyên phải dừng bước vì có chiến tranh giữa các bộ tộc phía trước. Tại đây cậu trúng tiếng sét ái tình ngay từ cái nhìn đầu tiên với cô gái sa mạc Fatima và cậu đã cố giúp anh chàng người Anh thực hiện ước mơ tìm một nhà giả kim
.Chàng trai người Anh nhận được lời khuyên thực hiện thí nghiệm, và chàng ta say mê thực hành.Trong thời gian ở ốc đảo, nhờ vào ảo ảnh mà sa mạc báo cho cậu về hình ảnh đạo quân, Santiago  đã có thể dự báo trước và giúp bộ tộc tránh được một cuộc tấn công đột ngột vào ốc đảo. Cậu được thưởng rất nhiều tiền vàng, cùng một lời đề nghị trở thành người cố vấn quan trọng cho trưởng tộc. Cũng chính lúc ấy nhà giả kim ở ốc đảo nhận ra rằng ông đã tìm thấy một học trò xuất sắc - Santiago.Cậu lưỡng lự khi phải rời ốc đảo vì tình yêu với Fatima. Nhà giả kim nói : “Cậu phải hiểu rằng tình yêu không bao giờ ngăn cản ai theo đuổi vận mệnh của mình cả.”. Cậu nói chuyện với Fatima người phụ nữ sa mạ sẽ luôn đợi mình. Cậu đã rời ốc đảo và lên đường đi tới kim tự tháp cùng nhà giả kim. Tới một doanh trại tại vùng giao tranh ác liệt, họ bị bắt. Theo lời nhà giả kim, cậu cho hết đi số tài sản của mình. Hơn nữa trong vòng 3 ngày, nếu Santigo không thể "biến thành gió" thì cậu ta sẽ chết. Nhờ biết ngôn ngữ của vũ trụ, giao tiếp với gió và mặt trời, cậu đã trổ tài "biến thành gió" của mình cho những chiến binh và được viên chỉ huy dẫn đến bất cứ nơi nào cậu muốn. Sau đó, đến tu viện Coptic, cậu được chứng kiến nhà giả kim nọ biến chì thành vàng. Trước khi từ biệt, ông chia số vàng làm 4: 1 phần cho người tu sĩ, 1 phần cho ông làm lệ phí đi đường, 2 phần cho đền tiền trả viên tư lệnh và cho bất trắc sắp tới. Đến được kim tự tháp, trong khi đang đào cát để tìm kiếm kho tàng, cậu gặp những tên cướp và bị cướp mất hầu hết số vàng cậu nhận được từ nhà giả kim. Cậu thú thật về giấc mơ tìm kho báu thì những tên cướp cười mỉa mai khi nghe cậu chuyện cậu đã vượt sa mạc để kho báu, một tên trong số đó nói rằng ngay tại chỗ này , hai năm trước,hắn cũng có một giấc mơ về kho báu chôn dưới cây dâu tại một nhà thờ lụp xụp –nơi bọn chăn cừu hay lui tới ở Tây Ban Nha. Cuối cùng, Santiago dùng số vàng còn lại trở về quê hương và đã lấy được kho báu với tiền vàng, đá quý, tượng quý. Anh có ý định về Tarifa trả công bà phù thủy Digan. Giờ đây,làn gió Lavante thổi xuống làm cậu có cảm giác như lần đầu tiên được hôn người con gái sa mạc cậu yêu- Fatima.