Toàn bộ diễn biến phong trào Tây Sơn

Phong trào Tây Sơn là một cuộc nổi loạn (Rebellion) xảy ra ở nước ta giai đoạn cuối thế kỷ XVIII, đã tác động không nhỏ đến bánh xe guồng quay lịch sử của nước ta những năm về sau. Từ một phong trào khởi nghĩa nhỏ lẻ, phong trào Tây Sơn đã lớn mạnh một cách thần tốc, tiêu diệt hai thế lực cát cứ của chúa Trịnh và chúa Nguyễn, hình thành một triều đại quân chủ mới, về cơ bản hoàn thành việc thống nhất đất nước sau khoảng 250 năm chia cắt bắt đầu từ năm 1527 khi Mạc Đăng Dung tiếm ngôi nhà Lê, để rồi cuối cùng sụp đổ một cách chóng vánh chỉ sau 25 năm tồn tại.

Trong bài viết này, tác giả sẽ khái quát những diễn biến quan trọng nhất trong 32 năm hình thành, phát triển, kiến lập triều đại rồi suy yếu và thoái trào cũng như xin phép đưa ra những nhìn nhận công tâm nhất về nguyên nhân thất bại và sụp đổ của phong trào Tây Sơn, bao gồm 5 giai đoạn: (1): Hình thành lực lượng; (2) Lật đổ họ Nguyễn ở Đàng Trong; (3) Tiến quân ra Đàng Ngoài; (4) Kiến lập triều đại mới và các chính sách dựng nước và (5) Suy yếu và sụp đổ

Giai đoạn này kéo dài trong hai năm từ năm 1770 đến năm 1771 khi quân Tây Sơn chính thức tuyên chiến với quân của chúa Nguyễn.

Để hình dung vì sao phong trào Tây Sơn lại ra đời, và quá trình hình thành tập hợp lực lượng của nó, ta cần phải điểm lại bối cảnh kinh tế, chính trị xã hội của Đàng Trong dưới thời chúa Nguyễn khi đó

Đa phần nhiều độc giả khi đọc về giai đoạn này đều cho rằng, phong trào Tây Sơn khởi phát do sự tích tụ những mâu thuẫn âm ỉ giữa các giai cấp nông dân, tiểu thương với chính quyền Đàng Trong mà đại diện là sự lộng hành của quyền thần Trương Phúc Loan, tuy nhiên sự xuất hiện của Trương Phúc Loan chỉ là giọt nước tràn ly, nguyên nhân sâu xa bắt nguồn từ những sai lầm tai hại trong chính sách kinh tế của chúa Nguyễn Phúc Khoát.

Những năm cuối thế kỷ 18 dưới thời chúa Nguyễn Phúc Khoát chứng kiến sự mở rộng bành trướng lãnh thổ cực đại về phía nam của chính quyền Đàng Trong khi chính thức sáp nhập trấn Hà Tiên của cha con Mạc Cửu – Mạc Thiên Tứ vào cương vực lãnh thổ, tuy nhiên điều đó đã mang lại cho chính quyền Đàng Trong những kẻ thù không mong đợi bao gồm chính quyền Cao Miên (tàn dư của đế quốc Khmer) đã suy yếu nhưng luôn tham vọng tái chiếm các vùng đất đã phải cống nạp cho họ Nguyễn và vương triều Thonburi do Taksin (một quan lại gốc Hoa nổi lên) đã đánh dẹp các lực lượng đối lập sau sự sụp đổ của vương triều Ayutthaya và thống nhất Thái Lan, sử sách ghi chép lại Taksin đã nhiều lần sử dụng bọn hải tặc hoạt động ở khu vực vịnh Thái Lan như Trần Liên, thường xuyên đánh phá Hà Tiên của cha con họ Mạc, lấy đó làm bàn đạp để tiến chiếm khu vực đồng bằng sông Cửu Long của họ Nguyễn. Như vậy thì chính quyền Đàng Trong lúc này phải đối mặt với áp lực quân sự rất lớn, vừa phải phòng thủ mặt bắc khi họ Trịnh có thể xé bỏ hòa ước tấn công bất cứ lúc nào, vừa phải bảo vệ những vùng đất đã mở rộng trước các thế lực mới, lượng đồng có trong nước phải được dự trữ tối đa cho mục đích quân sự như đúc đạn, chế tạo vũ khí mà điều tai hại là Đàng Trong lúc đó không có mỏ đồng, buộc phải nhập khẩu từ Đàng Ngoài và các nước có quan hệ giao thương như Nhật Bản, Trung Quốc theo con đường của các thương nhân.

Chúa Nguyễn Phúc Khoát đã quyết định sử dụng kẽm để đúc tiền thay cho đồng, tuy nhiên về sau vì cần lượng tiền lớn để phục vụ các hoạt động thương mại, chúa Nguyễn Phúc Khoát đã cho phép tư nhân tham gia đúc tiền kẽm, kết quả là lượng tiền tung ra thị trường cực lớn nhưng lại là những đồng tiền kẽm kém chất lượng, do thương nhân gia giảm nguyên liệu để ăn bớt chi phí, thậm chí họ còn trộn cả chì vào, đến mức tiền ngày càng nhỏ mỏng, có thể dễ dàng bẻ gãy bằng tay. Điều này tất yếu dẫn đến lạm phát khi 3 xu tiền kẽm mới đổi được 1 xu tiền đồng, việc mua bán không thông, người dân thiếu tin tưởng ngay cả khi đó Nam Bộ là vựa lúa của cả nước nhưng thương nhân cũng không muốn bán gạo ra thị trường, mà chọn cách tích trữ lương thực, kết quả là nạn đói bùng nổ không phải là vì thiếu gạo mà là do nhân dân không muốn giao dịch bằng tiền kẽm kém chất lượng.

Sau cùng thì chính quyền Đàng Trong nhận ra sai lầm khi sử dụng tiền kẽm, nên đã quay lại đúc tiền đồng, nhưng lúc này thì chúa Trịnh Sâm và chính quyền Đàng Ngoài nhận ra mầm mống của khủng hoảng kinh tế ở Đàng Trong nên đã đánh đòn quyết định để phá hoại kinh tế của Đàng Trong, họ thu mua hết lượng tiền đồng được đúc ra, cấm xuất khẩu đồng vào Đàng Trong, rồi lại đem số tiền đó để mua lương thực ở Nam Bộ gây ra nạn khan hiếm lương thực, kết quả là như Lê Quý Đôn nhận định trong Phủ Biên Tạp Lục: “Lượng đồng thì nhiều nhưng đúc tiền không được mấy tí và số tiền đó cũng theo các thuyền buôn ở Thanh- Nghệ, Sơn Nam mà biến hết.” Và thế là như một lẽ tất yếu Đàng Trong lúc này chính thức lâm vào khủng hoảng kép: thiếu tiền giao dịch và thiếu cả lương thực.

Sự suy yếu của thương mại nội địa kéo theo cả suy yếu của ngoại thương khi lạm phát dẫn đến việc năm 1760 190 quan tiền đổi được một nén vàng, thì đến năm 1768 đã lên đến 225 quan tiền mới đổi được một nén vàng, điều này tất yếu tạo ra chuỗi phản ứng domino nguy hiểm: lạm phát- giá thuê nhân công bản địa tăng- giá thành sản phẩm tăng- sản phẩm ế thừa vì dân không có tiền mua- thương nhân nước ngoài bỏ đi vì không làm ăn được.

Kết quả là số thuyền buôn đến Hội An đã giảm mạnh khi từ năm 1750 trung bình trên một năm có khoảng 80 thuyền buôn, thì đến năm 1770 chỉ còn khoảng 12 thuyền buôn qua lại.

Đối với một chính quyền từ thời lập quốc của chúa Nguyễn Hoàng đã xác định ngoại thương là con đường kinh tế để phát triển ổn định quốc gia, gia tăng sự cân xứng và ảnh hưởng với Đàng Ngoài, việc không còn thu đươc nhiều tiền từ ngoại thương thực sự là một thảm họa để duy trì ngân sách quốc gia, giải pháp khả dĩ nhất của chính quyền Đàng Trong lúc đó là tăng thuế, thậm chí còn tìm cách truy thu thuế xá miễn từ những năm trước, mà những người Thượng ở Tây Nguyên là nạn nhân bị bức hại đầu tiên bởi thuế khóa, họ không những bị bức thuế đinh gấp 3,4 lần người Việt ở miền xuôi, mà còn bị bắt cống nạp các lâm thổ sản như ngà voi, hổ phách, điều này giải thích tại sao mà người Thượng là những lực lượng đầu tiên gia nhập nghĩa quân Tây Sơn lật đổ sự thống trị của chúa Nguyễn.

Không những người Thượng là những nạn nhân bị bức thuế thảm hại, triều đình còn nã thuế cả vào các viên quan tính theo số dân trong khu vực họ quản lý, những viên quan này muốn được cất nhắc phải ra sức tróc nã người dân dưới trướng họ để thể hiện năng lực và được thăng quan tiến chức, kết quả là một thứ tệ nạn mới lại nảy sinh: nạn hối lộ- tham nhũng- mua quan bán tước. Tuy nhiên khi người dân bị bóc lột đến mức kiệt quệ, quan cũng không còn tiền thuế để cống nạp, cái kết cáo chung cho chính quyền họ Nguyễn đã dần lộ rõ. Trước sự bức hại của chính quyền họ Nguyễn mà đại diện như Trương Phúc Loan, một lượng lớn dân cư bao gồm nông dân chạy loạn, phú thương, sĩ phu tri thức đã chạy xuống khu vực Quy Nhơn- Phú Yên ngày nay. Trong số này có một nhân vật rất quan trọng đó là Trương Văn Hiến, về lai lịch và vai trò của nhân vật này, tôi sẽ nói kỹ hơn ở phần tiếp theo.

Nói về cội nguồn của 3 anh em Tây Sơn, đa phần các nguồn sử liệu đều cho rằng, tổ tiên họ là gốc họ Hồ ở làng Hương Cái, huyện Hưng Nguyên, Nghệ An, là dân lưu tán bị chính quyền Đàng Trong bắt vào nam trong cuộc chiến lần thứ 5, cũng là lần duy nhất khi quân họ Nguyễn do Nguyễn Hữu Dật và Nguyễn Hữu Tiến chỉ huy chủ động tiến quân ra bắc, chiếm được 7 huyện phía nam sông Lam của họ Trịnh, họ bắt một lượng lớn dân ở đây làm tù binh mang vào nam cấp ruộng, cấp nhà cho họ nhằm mục đích khai khẩn các vùng đất mới mở rộng. Đối với một lãnh địa mà quy mô dân số không theo kịp quy mô mở rộng lãnh thổ, việc bắt giữ tù binh và chiêu mộ các lưu dân gốc Hoa (mà như sau này họ gọi là người Minh hương), là một chính sách tất yếu và khôn ngoan của các chúa Nguyễn, vừa thể hiện được tinh thần nhân đạo, vừa có lực lượng nhân sự để khai phá các vùng đất mới.

Địa thế của phủ Quy Nhơn khi đó là nơi tiếp giáp giữa Thuận Quảng- trung tâm ảnh hưởng của họ Nguyễn, khu vực tàn dư của Chiêm Thành cũ và đèo An Khê là địa bàn sinh sống của các dân tộc thiểu số ở Tây Nguyên (người Thượng) mà trong sử sách xưa gọi là xứ Nam Bàn, chính vì vậy Quy Nhơn là khu vực trung chuyển hàng hóa từ khu vực cao nguyên xuống miền xuôi ra Thuận Hóa và ngược lại, một trong những mặt hàng được ưa chuộng và lưu thông rộng rãi lúc đó chính là trầu cau, việc buôn bán trầu cau chính là nguồn lợi ban đầu của họ Hồ ở Quy Nhơn, cũng là căn cơ ban đầu cho ba  anh em Tây Sơn dựng cờ khởi nghĩa.

Ban đầu, Nguyễn Nhạc vừa gánh vác công việc buôn trầu của gia đình, vừa làm công việc biện lại đi thu thuế của người dân địa phương, nhưng thực ra ngay đến bản thân gia đình của 3 anh em Tây Sơn khi đó cũng là những nạn nhân bị chính quyền Đàng Trong bức thuế, nhờ việc thường xuyên lên khu vực cao nguyên của người Thượng để trao đổi, mua bán sản vật, và chung mối thù bị chính quyền Đàng Trong bóc lột, ông đã có quan hệ khá tốt với các tù trưởng người Thượng tại đây, thậm chí còn lấy con gái của một trong số những người đó làm vợ mà sử gọi là bà Ya Dố. Lợi dụng tín ngưỡng và các sự tích của người Thượng về vua trời, Nguyễn Nhạc và Nguyễn Lữ (dân gian gọi là thầy Tư Lữ do ông theo đạo Hồi Bani) đã tích cực truyền giáo và làm cho người Thượng tin rằng Nguyễn Nhạc chính là hiện thân của vua trời, là minh chủ mới sẽ lãnh đạo họ trong một cuộc chiến sống còn với họ Nguyễn sau này.

Sự xuất hiện của Trương Văn Hiến như mang lại một làn gió mới đối với sự hình thành và phát triển của nhà Tây Sơn, theo sử sách chép lại Trương Văn Hiến là người Nghệ An đồng hương với ba anh em Tây Sơn, là môn khách của Trương Văn Hạnh- thầy dạy của thế tử Nguyễn Phúc Luân (cha của Nguyễn Ánh), Trương Phúc Loan sau khi làm ra phi vụ giả di chiếu truyền ngôi của chúa Nguyễn Phúc Khoát cho Nguyễn Phúc Thuần, đã bức hại cả Nguyễn Phúc Luân và Trương Văn Hạnh, Trương Văn Hiến vì thế phải đào thoát vào nam để bảo toàn tính mạng, ông dừng chân tại vùng đất Quy Nhơn ngày nay, cứu sống một phú gia là Phan Nghĩa khỏi bọn trộm cướp, Phan Nghĩa đã tạ ơn ông bằng cách tặng ông một mảnh đất để mở trường dạy văn võ ngay bên bờ sông Côn, không chỉ có ông Hồ Phi Phúc gửi ba anh em Tây Sơn đến xin thọ giáo, mà còn rất nhiều gia đình tiểu thương khi đó như họ Võ, họ Bùi cũng gửi con cái họ tới đây, đây chính là những lực lượng khởi phát kiến tạo nên Tây Sơn từ những ngày đầu, như vậy Trương Văn Hiến không chỉ là một người thầy thông thường, ông đã đóng vai trò như một quân sư gắn kết và chiêu mộ các nhân tài mới cho phong trào Tây Sơn những ngày đầu. Tính đến năm 1770, lực lượng chủ chốt của phong trào Tây Sơn đã hình thành bao gồm 18 người dưới danh xưng Tây Sơn Thập Bát Cơ Thạch bao gồm:

- Tây Sơn Thất Hổ Tướng: Trần Quang Diệu, Võ Văn Dũng, Lê Văn Hưng, Nguyễn Văn Tuyết, Võ Đình Tú, Nguyễn Văn Lộc, Lý Văn Bưu.

- Tây Sơn Ngũ Phụng Thư: Bùi Thị Xuân, Bùi Thị Nhạn, Trần Thị Lan, Nguyễn Thị Dung, Huỳnh Thị Cúc.

- Tây Sơn Lục Kỳ Sĩ: Nguyễn Thung, Võ Xuân Hoài, Trương Mỹ Ngọc, Cao Tắc Tựu, La Xuân Kiều, Triệu Đình Tiệp.

Giai đoạn này kéo dài trong 15 năm bắt đầu từ năm 1771 đến năm 1785, kết thúc bằng đại thắng của Nguyễn Huệ trước quân Xiêm trong trận Rạch Gầm- Xoài Mút. Những diễn biến chính của giai đoạn này bao gồm bốn sự kiện chính (1) Chiêu mộ hải tặc người Hoa và giằng co với quân Nguyễn ở Trung Bộ; (2) Sự tham chiến của quân Trịnh; (3) Tiến đánh Gia Định tiêu diệt tàn dư họ Nguyễn; (4) Đánh bại quân Xiêm trong trận Rạch Gầm – Xoài Mút, kiểm soát hoàn toàn Nam Bộ

Quân ngũ Tây Sơn khi dựng nghiệp lấy khẩu hiệu đánh đổ Trương Phúc Loan, ủng hộ hoàng tôn Nguyễn Phúc Dương, có khoảng 150.000 người được chia thành 12 đơn vị, trong đó có 2 đơn vị là người dân tộc thiểu số. Đây là đội quân tiên phong, dũng mãnh dưới quyền chỉ huy của Nguyễn Huệ. Kỵ binh có hơn 2.000 chiến mã, tượng binh có hơn 100 thớt voi. Về sau, Tây Sơn còn thu nạp cả lực lượng bán quân sự người Hoa hành nghề hải tặc ở khu vực duyên hải miền Trung lúc đó là Tập Đình và Lý Tài, trong đó quân của Tập Đình gọi là Trung Nghĩa quân, quân của Lý Tài là Hòa Nghĩa quân. Nhờ hai đạo quân này mà quân Tây Sơn đánh thắng nhiều trận lớn, đẩy quân nhà Nguyễn vào thế phải gồng mình chống đỡ.

Thắng lợi đáng chú ý đầu tiên của quân Tây Sơn vào tháng 9 năm 1773, khi quân Tây Sơn dùng kế trá hàng Nguyễn Nhạc tự bắt giam mình vào cũi lừa chiếm được thành Quy Nhơn, đuổi trấn thủ Nguyễn Khắc Tuyên phải chạy trốn về Phú Xuân cấp cáo, cùng năm đó tháng 11, chúa Nguyễn sai các Phò mã Chưởng cơ Nguyễn Cửu Thống, Nguyễn Cửu Sách, Cai cơ Phan Tiến, Cai đội Nguyễn Vệ, Tổng nhung Tống Sùng, Tán lý Đỗ Văn Hoảng từ Quảng Nam kéo vào lấy lại Quy Nhơn. Nguyễn Nhạc giao thành và mặt nam Quy Nhơn cho Trần Quang Diệu và các tướng tâm phúc. Còn mình và Tập Đình, Lý Tài, Nguyễn Văn Xuân cử đại binh ra chống cự quân chúa Nguyễn.

Quân nhà Nguyễn chia làm hai đạo, theo hai đường thủy, bộ. Đạo bộ binh do Chưởng cơ Nguyễn Phúc Vệ chỉ huy, còn đạo thủy quân đi đường bể làm sách ứng. Nguyễn Nhạc chia quân làm 3 đạo, hai bên là cánh quân Trung Hoa và người Thượng của Tập Đình, Lý Tài, trung quân là người Việt do đích thân Nguyễn Nhạc chỉ huy đối chiến. Kết quả là quân Nguyễn đại bại rút tàn quân chạy về Quảng Nam bị quân Tây Sơn chặn đánh, bỏ lại 4 thớt voi và nhiều xe lương cùng vũ khí. Nguyễn Nhạc toàn thắng, đắp một lũy cát tại Bến Ván (Bình Sơn, Quảng Ngãi) giao cho Nguyễn Văn Xuân đóng giữ, rồi đem chiến lợi phẩm trở về Quy Nhơn. Quân Tây Sơn chiếm được Quảng Ngãi.

Tháng 12 năm Quý Tỵ (1773), chúa Nguyễn lại cử hai đạo binh vào đánh Tây Sơn do Tôn Thất Hương và Tôn Thất Hội chỉ huy. Nguyễn Nhạc hay tin sai Tập Đình và Lý Tài theo đường rừng, đến Trà Câu ở Quảng Nghĩa, để chặn đường về của quân Nguyễn, và Nguyễn Văn Xuân đem quân yểm phục phía nam núi Mồng Gà để làm sách ứng. Còn mình đem quân ra thẳng Bích Kê. Tại Bích Kê, quân Tây Sơn và quân nhà Nguyễn kịch chiến. Tôn Thất Hương bị tử trận. Quân nhà Nguyễn bị giết gần hết. Hai tướng Trương Phúc Thành và Tôn Thất Đản của quân Nguyễn rút tàn binh chạy lui, đến Trà Câu bị phục binh Tây Sơn giết chết. Quân Tây Sơn cướp thu được rất nhiều voi ngựa và quân lương quân dụng.

Nguyễn Nhạc kéo quân chiếm phủ lỵ Quảng Nghĩa, lưu Nguyễn Văn Xuân lại giữ thành, cùng Tập Đình, Lý Tài kéo đại binh đánh thẳng vào Quảng Nam. Quân của Nguyễn Nhạc đóng tại sông Cối Giang, quân Lý Tài đóng tại sông Thế Giang huyện Duy Xuyên. Quân Tập Đình đóng tại bãi cát gần Kim Sơn thuộc Hà Đông để ứng viện. Cai cơ Tôn Thất Bân đánh không lại quân Tây Sơn liền bỏ chạy về Quảng Nam. Quân Tây Sơn nhanh chóng đánh xuống phía nam, chiếm Bình Khang, Diên Khánh, kiểm soát vùng đất từ Quảng Ngãi đến Bình Thuận.

Quân Nguyễn do Nguyễn Cửu Dật và Tôn Thất Huy chỉ huy, lại kéo vào đánh. Trận đầu bị quân Tây Sơn đánh thua, quân Nguyễn dồn nơi phố Mỹ Thị thuộc Hòa Vang. Quân Nguyễn qua 2 ngày chiếm hai lũy. Cánh quân Thượng của Tây Sơn ghi một thắng lợi nhỏ, đuổi viên tướng triều chạy cùng với voi trận nhưng họ không tiến được hơn. Hai bên thường ngày kéo quân giáp trận kịch liệt, không phân thắng bại. Nguyễn Nhạc rút quân về Thế Giang, đóng nơi Thiên Lộc thuộc Duy Xuyên, trước sông sau sông cứ hiểm làm đồn lũy, chỉnh đốn lại đội ngũ, rồi theo thượng đạo đi tắt ra hội quân cùng Tập Đình và Lý Tài. Quân Nguyễn đóng tại Phú Hòa thuộc huyện Hòa Vang, nương thế sông làm hiểm cứ. Quân Tây Sơn dùng chiến thuyền đánh xuống. Nguyễn Cửu Dật dùng kế sa nang, lấy bao đựng cát ngăn nước sông, rồi giả thua chạy, đợi quân Tây Sơn qua khỏi, vớt bao cát lên, nước ào xuống, thuyền Tây Sơn bị đắm khá nhiều. Bị thua quân Cửu Dật, Nguyễn Nhạc kéo binh đến Mỹ Thị đánh Tôn Thất Huy. Huy bị thua kéo tàn binh chạy thoát. Tây Sơn Vương đóng binh tại Mỹ Thị, sai Tập Đình đóng ở Cối Giang, và Lý Tài đóng ở Thế Giang để làm thế ỷ giốc.

Tháng 1 năm 1774, Chưởng cơ Tôn Thất Thăng trên đường tiếp chiến đến Quảng Nam nghe tin Tôn Thất Huy thua trận, hoảng sợ bỏ quân chạy suốt đêm. Chỉ trong 7 ngày, quân Tây Sơn chiếm lại Quảng Nam và cả tỉnh thành. Tháng 4 năm 1774, lưu thủ Dinh Long Hồ Tống Phúc Hiệp đem quân từ Hòn Khói (Nha Trang) cùng Nguyễn Khoa Thuyên ra đánh Tây Sơn. Quân Nguyễn đánh chiếm Bình Thuận. Tống Phúc Hiệp để Nguyễn Khoa Thuyên ở lại, còn mình kéo binh ra đánh Diên Khánh. Trấn thủ Lê Văn Hưng chặn đánh. Nhưng nhận thấy quân địch đã đông lại có trọng pháo yểm hộ, liệu không thắng nổi, bèn bỏ thành trống, rút toàn quân về Phú Yên cùng Nguyễn Văn Lộc chống địch. Quân Nguyễn chiếm được Diên Khánh.Chúa Nguyễn sai Nội Hữu chưởng dinh Tôn Thất Nghiêm đem quân vào Quảng Nam hợp binh đánh quân Tây Sơn.

Có thể thấy sự góp sức của lực lượng hải tặc người Hoa do Tập Đình và Lý Tài cầm đầu, đã gia tăng sức mạnh đáng kể cho nghĩa quân Tây Sơn trong thời gian đầu, tuy nhiên cũng chỉ giúp họ giằng co với quân chúa Nguyễn mà chưa có được một chiến thắng quyết định, quân chúa Nguyễn tuy bị mất một số thành trì quan trọng nhưng về tổng thể vẫn giữ được chiến địa chủ chốt là Thuận Quảng và sân sau kinh tế là Gia Định và lực lượng trung thành còn ủng hộ tại Nam Bộ, nên vẫn có thể huy động được sức người, sức của lớn cho cuộc chiến. Đúng lúc này thì một diễn biến mới xuất hiện đó là sự tấn công của Đàng Ngoài.

Nhận thấy thời cơ Đàng Trong khủng hoảng cả về quân sự lẫn đời sống dân sự, chúa Trịnh Sâm lệnh cho 2 lão tướng Hoàng Ngũ Phúc và Bùi Thế Đạt cùng tham quân Nguyễn Nghiễm (cha của thi hào Nguyễn Du) mang quân nam chinh dưới danh nghĩa diệt quyền thần Trương Phúc Loan, Tháng 9 năm 1774, quân Trịnh đến Bắc Bố Chính. Chúa Nguyễn Phúc Thuần triệu Tôn Thất Nghiêm về Phú Xuân, phong Nguyễn Cửu Dật làm Tả quân Đại Đô đốc tước Du quận công chống quân Tây Sơn. Nguyễn Cửu Dật đánh 10 trận buộc Tây Sơn lui về Bến Ván. Trong lúc chiếm đóng Quảng Nam, quân Tây Sơn có đủ thì giờ vơ vét của cải, mang đi 45 con voi, khí giới trong đó có 82 khẩu đại bác mà người Anh và người Hòa (người Nhật) cho chúa Nguyễn để giữ thành.

Tháng 11 năm 1774, chúa Trịnh Sâm đích thân đem quân vào Nghệ An trợ chiến. Chúa Nguyễn Phúc Thuần đã bắt trói Trương Phúc Loan nộp cho Hoàng Ngũ Phúc nhưng quân Trịnh không chịu lui binh vì tham vọng thực sự của quân Trịnh là muốn tiến vào diệt cả cụm chúa Nguyễn và Tây Sơn. Trong khi đó thì quân Tây Sơn từ Quy Nhơn tiến ra đánh Quảng Nam, Tập Đình, Lý Tài lên cửa biển Hợp Hòa, Nguyễn Nhạc đem bộ binh từ sông Thu Bồn đổ xuống. Nguyễn Cửu Dật bại trận, chạy lên đóng ở Trà Sơn thuộc huyện Quế Sơn. Chúa Nguyễn Phúc Thuần cùng tông tộc họ Nguyễn, trong đó có cả Nguyễn Phúc Dương và Nguyễn Ánh cùng đi theo vượt biển trốn vào Gia Định, Tập Đình và Lý Tài xuất quân truy đuổi bắt sống được Nguyễn Phúc Dương, Tập Đình muốn giết Nguyễn Phúc Dương nhưng Lý Tài ngăn cản, vì Lý Tài đã sẵn có dã tâm ly khai khỏi quân Tây Sơn và muốn sử dụng Nguyễn Phúc Dương như một con bài để tranh hùng với Tây Sơn và cả các thế lực khác còn trung thành với chúa Nguyễn.

Quân Trịnh tiếp tục đi về phía nam vượt đèo Hải Vân và đụng độ với quân Tây Sơn ở Quảng Nam, quân Tây Sơn thua trận. Tập Đình chạy về Trung Quốc tiếp tục hành nghề cướp biển sau bị quan tổng đốc Quảng Đông của nhà Thanh bắt giết. Nguyễn Nhạc cùng Lý Tài rút hết quân về Quy Nhơn, đem Nguyễn Phúc Dương theo. Đối với Tây Sơn tình hình lưỡng đầu thọ địch hết sức nguy hiểm, quân Trịnh đã chiếm được Phú Xuân và tiếp tục tiến quân vào nam, quân Nguyễn do Tống Phúc Hiệp từ Gia Định đánh ra và chiếm được Phú Yên, Tây Sơn lúc này chỉ còn kiểm soát Quy Nhơn và Quảng Ngãi. Trước tình thế đó, Nguyễn Nhạc đã tiến hành hòa đàm với quân Trịnh xin làm nội tướng tiên phong đi tiêu diệt quân Nguyễn, lúc này quân Trịnh cũng dính dịch bệnh thổ tả, ngay cả chỉ huy là Hoàng Ngũ Phúc cũng mắc bệnh nên không muốn tiến quân sâu vào nam, Hoàng Ngũ Phúc tâu xin chúa Trịnh Sâm phong Nguyễn Huệ là Tây Sơn trưởng Hiệu Tiên phong tướng quân, rồi dâng biểu về triều, xin quân Trịnh rút về Thuận Hóa và được chấp thuận, sau trận đánh này thì Hoàng Ngũ Phúc mất trên đường trở về bắc.

Sự kiện Nguyễn Nhạc bội ước, theo hàng quân Trịnh đánh họ Nguyễn tuy là một nước cờ giải quyết tình thế nguy ngập trước mắt, nhưng lại là một sai lầm tai hại về mặt chiến lược lâu dài, khi trước đó Tây Sơn cùng xưng khẩu hiệu tôn phò hoàng tôn Nguyễn Phúc Dương, một số thế lực trước đó đã quy thuận Tây Sơn như Châu Văn Tiếp đã quay ra chống lại Tây Sơn, theo hàng chúa Nguyễn, mặc dù Châu Văn Tiếp có quan hệ thân thiết với nhiều tướng chủ chốt của Tây Sơn như Lý Vân Bưu.

Tạm yên mặt bắc, Nguyễn Nhạc dồn quân tiến xuống phía nam tiêu diệt các thế lực tàn dư họ Nguyễn, giữa năm 1775, Nguyễn Huệ từ Quy Nhơn tiến vào đánh bại lão tướng Tống Phúc Hiệp của họ Nguyễn, chiếm lại được Phú Yên, đây cũng là chiến thắng quân sự đầu tiên của Nguyễn Huệ khi mới 22 tuổi, đánh bại lão tướng Tống Phúc Hiệp dày dặn kinh nghiệm của họ Nguyễn. Sau đó, Nguyễn Nhạc lại điều Nguyễn Huệ ra đánh Quảng Nam để lại Lý Tài giữ thành Phú Yên. Bất mãn vì lập được nhiều công lao nhưng lại mất chức chánh tướng về tay Nguyễn Huệ, ông nghe theo lời dụ của Tống Phúc Hiệp, mang thành Phú Yên sang hàng chúa Nguyễn, kể từ đây Hòa Nghĩa quân của Lý Tài chính thức trở mặt với quân Tây Sơn.

Đầu năm 1776 khi nhận thấy đã đủ cả thế và lực, Nguyễn Nhạc xưng Tây Sơn Vương, đóng đô tại thành Đồ Bàn (kinh đô của Chiêm Thành cũ), đến mùa thu năm 1776, Nguyễn Nhạc xua quân tiến đánh Phú Yên, Lý Tài thua trận chạy vào Gia Định, Nguyễn Phúc Dương lúc này cũng đã tìm cách đào thoát khỏi Quy Nhơn để trốn vào Gia Định, sử dụng Lý Tài làm vây cánh.

Lúc này ở Nam Bộ có 5 lực lượng lớn trung thành với họ Nguyễn bao gồm:

+ Quân Đông Sơn của Đỗ Thanh Nhơn, nắm trong tay Thái thượng vương Nguyễn Phúc Thuần chiếm giữ Ba Giồng

+ Hòa Nghĩa quân của Lý Tài, nắm trong tay Tân chính vương Nguyễn Phúc Dương chiếm giữ Biên Hòa

+ Kiến Hòa quân của anh em Võ Nhàn, Võ Tánh chiếm giữ Gò Công

+ Lương Sơn quân của bốn anh em Châu Văn Tiếp chiếm giữ Bình Thuận

+ Lực lượng quân đội của Mạc Thiên Tứ ở Hà Tiên

Bản thân các lực lượng quân sự này không hòa thuận với nhau, mà vừa kình địch nhau, vừa chống Tây Sơn, đặc biệt là mâu thuẫn gay gắt giữa quân Đông Sơn của Đỗ Thanh Nhơn và Hòa Nghĩa quân của Lý Tài đã xảy ra sau khi Tống Phúc Hiệp vì tuổi cao sức yếu lâm bệnh mất, và Lý Tài có tư thù do thường xuyên bị Đỗ Thanh Nhơn gièm pha xúc xiểm với Tống Phúc Hiệp. Lực lượng quân đội của Mạc Thiên Tứ ở Hà Tiên đã bị tổn thất nặng sau chiến tranh với quân Xiêm của Taksin, nên không thể giúp đỡ được nhiều.

Tháng 10 năm 1776, Nguyễn Lữ theo lệnh Nguyễn Nhạc vào đánh Gia Định nhưng bị Đỗ Thanh Nhơn hợp binh cùng Võ Nhàn và Châu Văn Tiếp đánh bại, Nguyễn Lữ buộc phải thu hết lương thảo rút về Quy Nhơn. Đỗ Thanh Nhơn đón chúa Nguyễn Phúc Thuần về Gia Định, được phong chức Chưởng dinh Ngoại hữu,  tước Phương quận công. Ít lâu sau thì Hòa Nghĩa quân của Lý Tài đánh úp quân Đông Sơn của Đỗ Thanh Nhơn, Đỗ Thanh Nhơn thua trận, phải chạy ra đắp đồn đóng lũy ở sông Bến Nghé và sông Thị Nghè để cố thủ, Lý Tài chiếm được thành Gia Định, ép Nguyễn Phúc Thuần nhường ngôi chúa cho Nguyễn Phúc Dương, và làm Thái Thượng Vương, nhờ sự giúp sức của Nguyễn Ánh, Nguyễn Phúc Thuần đào thoát đến chỗ quân Đông Sơn của Đỗ Thanh Nhơn

Tháng 3 năm 1777, sau một thời gian chuẩn bị và quan sát tình hình, quân Tây Sơn do Nguyễn Huệ đích thân chỉ huy, dẫn quân vào Gia Định tiêu diệt các lực lượng trung thành với nhà Nguyễn, Nguyễn Phúc Dương ép Lý Tài ra ứng chiến, Lý Tài thua trận, trên đường rút chạy bị quân Đông Sơn của Đỗ Thanh Nhơn phục kích giết chết toàn bộ, sau cái chết của Lý Tài, thì Tân Chính Vương và Thái Thượng Vương cùng đoàn kết chống Tây Sơn, các lực lượng của Võ Nhàn và Châu Văn Tiếp cũng vì thế mà theo về hợp nhất với quân Đông Sơn và tôn Đỗ Thanh Nhơn làm minh chủ.

Đến tháng 5 năm 1777, quân Tây Sơn lại tiếp tục đánh, Đỗ Thanh Nhơn thua trận, phải chạy ra Bình Thuận gọi Châu Văn Tiếp vào cứu viện, Nguyễn Phúc Thuần đào thoát ra Cần Thơ, hợp binh với Mạc Thiên Tứ tại đây, còn Nguyễn Phúc Dương lui về giữ Ba Việt, hội quân cùng Tống Phúc Thiêm và Tống Phúc Hòa để chống Tây Sơn, nhưng đều bị Nguyễn Lữ đánh bại, Nguyễn Phúc Dương cùng 18 thuộc hạ đi theo đều bị Nguyễn Lữ sát hại, trong trận chiến này, quân Tây Sơn vì căm hận quân Hòa Nghĩa của Lý Tài đã bán đứng mình trước đó và thường xuyên cướp bóc người Việt nên trả thù bằng cách giết hại rất nhiều các thương nhân người Hoa tại đây, phá hủy Cù Lao Phố- trung tâm thương mại sầm uất nhất ở Nam Bộ lúc bấy giờ, Quân Tây Sơn cướp bóc của cải chở về Quy Nhơn, những gì còn lại đều bị đốt sạch. Các cơ sở thủ công bị phá, dân chúng bị tàn sát, nước đỏ ngầu vì máu. Những người Hoa may mắn sống sót chạy về Bến Nghé, sau này thành lập lại trung tâm thương mại ở vùng Chợ Lớn. Sách Gia Định Thành Thông Chí của Trịnh Hoài Đức mô tả rằng sau vụ thảm sát này, Cù Lao Phố biến thành gò hoang, sau khi trung hưng người ta tuy có trở về nhưng dân số không được một phần trăm lúc trước”, trung tâm thương mại lúc đó của Nam Bộ chuyển sang Chợ Lớn và Mỹ Tho.

Về phần Nguyễn Phúc Thuần nghe theo lời Mạc Thiên Tứ mưu cách vượt biển sang cầu viện nhà Thanh, nhưng giữa đường bị thủy quân Tây Sơn chặn bắt, Nguyễn Phúc Thuần cùng tông tộc họ Nguyễn và các viên tướng trung thành đều bị giải về Gia Định và hành quyết, trong đó có Nguyễn Phúc Đồng- anh cả của Nguyễn Ánh. Trước đó, Nguyễn Phúc Thuần đã nhường ngựa cho Nguyễn Ánh chạy trốn và giao nhiệm vụ phục nghiệp, trả thù nhà: “Nay gặp bước gian truân thế này, tài ta không dẹp được loạn, việc Miếu Xã quan hệ ở cháu, cháu còn thời nước mới còn”. Kể từ đó Nguyễn Ánh bắt đầu cuộc đời 20 năm gió bụi lưu lạc, cực kỳ khổ sở, nhiều lần nguy hiểm đến tính mạng nhưng đều thoát nạn an toàn.

Nguyễn Ánh sau đó được Bá Đa Lộc che chở giúp chạy trốn ra đảo Thổ Chu, quân Tây Sơn vì thế không đuổi được phải rút về, sau cùng Nguyễn Ánh thành công chạy về chỗ tàn quân của Đỗ Thanh Nhơn ở Long Xuyên, quân Tây Sơn chiếm được Gia Định và làm chủ toàn bộ lãnh thổ từ Gia Định đến Phú Xuân. Tuy nhiên thì đến cuối năm 1777, Nguyễn Ánh và quân của Đỗ Thanh Nhơn chiếm lại được Long Hồ dinh và toàn bộ Gia Định, giằng co lâu dài với quân Tây Sơn. Mỗi năm cứ đến mùa gió thuận thì binh Tây Sơn trẩy thuyền vào Nam ruồng kiếm, quyết tiêu diệt tận gốc tàn dư quân Đông Sơn của Nguyễn Ánh, tuy nhiên sau khi Tây Sơn rút về thì Nguyễn Ánh lại củng cố lực lượng và chiếm lại Gia Định, quân Tây Sơn nhiều lần truy kích nhưng Nguyễn Ánh nhiều lần trốn thoát được có lúc phải lênh đênh  trên biển trốn trong các hòn đảo trên vịnh Thái Lan, cực kỳ khốn khổ.

Về phần Mạc Thiên Tứ cùng con cháu họ Mạc và một số tùy tùng của Nguyễn Ánh như Nguyễn Phúc Xuân đến Xiêm La làm con tin để nối lại quan hệ hữu hảo với Taksin, nhưng trên hết là cầu viện quân Xiêm, âm mưu muốn kéo Taksin vào cuộc chiến với Tây Sơn, tuy nhiên sau đó Taksin lại xảy ra mâu thuẫn với họ Nguyễn trong chiến tranh kế vị ngôi vua ở Cao Miên cộng với thuyền buôn của Xiêm trên đường đến Quảng Đông bị quân Nguyễn cướp bóc và các thuyền viên đều bị sát hại, nên tỏ ra nghi kỵ không muốn giúp, quân Tây Sơn đã tráo thư cầu viện của Nguyễn Ánh thành thư của Đỗ Thanh Nhơn theo lệnh của Nguyễn Ánh xúi giục Mạc Thiên Tứ nội ứng ngoại hợp làm loạn chiếm kinh đô của Xiêm La, quân Tây Sơn cố ý gửi nhầm bức thư cho thân tín của Taksin thay vì gửi cho Mạc Thiên Tứ. Taksin tức giận cho giết hết con cháu của Mạc Thiên Tứ và đám tùy tùng của Nguyễn Ánh, Mạc Thiên Tứ đau khổ, uất hận nên tự sát ở đất Xiêm, chỉ có con của Mạc Thiên Tứ là Mạc Tử Sinh được tha chết nhưng cũng bị bắt lưu đày.

Lúc này ở Gia Định, Đỗ Thanh Nhơn vì lập công đánh được Trà Vinh và dẹp được các cuộc nội loạn của người Khmer ở Nam Bộ, nhiều lần chống cự thành công quân Tây Sơn nên bắt đầu sinh ra ngạo mạn, không phục tùng mệnh lệnh của Nguyễn Ánh nữa, đến năm 1781 Nguyễn Ánh lo sợ Đỗ Thanh Nhơn sẽ biến mình quân cờ trong tay và hại mình khi không còn giá trị sử dụng, nên đã tiên hạ thủ vi cường, theo mưu của Tống Phúc Thiêm sai võ sĩ phục kích sát hại Đỗ Thanh Nhơn, đồng thời sát hại một số tâm phúc của Đỗ Thanh Nhơn như Võ Nhàn (anh trai của Võ Tánh) và Đỗ Bảng, việc giết hại Đỗ Thanh Nhơn giữa thời điểm đang có chiến sự với Tây Sơn cũng gây nên những hậu quả nghiêm trọng cho Nguyễn Ánh, khi quân Đông Sơn đã tạo phản chống lại Nguyễn Ánh, trong đó có lực lượng quân Kiến Hòa của Võ Tánh chiếm Gò Công, vừa chống Nguyễn Ánh, vừa chống Tây Sơn, em trai của Đỗ Thanh Nhơn là Đỗ Nhàn Trập quy hàng Tây Sơn.

Tận dụng thời cơ đó, tháng 3 năm 1782, Nguyễn Nhạc cùng Nguyễn Huệ thân chinh mang quân vào tấn công Gia Định, tiến sát bao vây cửa biển Cần Giờ, đại thắng trận thủy chiến trên sông Ngã Bảy, Nguyễn Ánh thua trận phải bỏ Gia Định chạy ra Hậu Giang, quân Tây Sơn đuổi gắt, Nguyễn Ánh phải trốn ra Hà Tiên, sai Nguyễn Hữu Thụy sang Xiêm La cầu viện. Tuy nhiên trong trận đánh này, quân Tây Sơn cũng bị thương vong nhiều, hộ giá Phạm Ngạn- một cận thần của Nguyễn Nhạc và cũng là anh vợ của Nguyễn Huệ (anh trai hoàng hậu Phạm Thị Liên) bị quân Kiến Hòa của Võ Tánh (chủ yếu là người Hoa) ở 18 thôn Vườn Trầu mai phục hại chết. Để trả thù cho ái tướng của mình, Nguyễn Nhạc một lần nữa thảm sát hơn 10.000 người Hoa tại đây và phá hủy khu vực Chợ Lớn, đầu não kinh tế của Nam Bộ hiện tại tương tự như vụ thảm sát Cù Lao Phố năm 1776, nhưng chỉ càng làm cho cộng đồng người Hoa căm phẫn và họ cực lực che chở ủng hộ Nguyễn Ánh hơn.

Về phần Tống Phúc Thiêm trong lúc đào thoát theo Nguyễn Ánh thì bị quân Đông Sơn phục kích giết chết, trả thù cho chủ tướng Đỗ Thanh Nhơn trước đó. Nguyễn Hữu Thụy cùng Trần Xuân Trạch và Cao Phước Trí sang Xiêm La cầu viện, nhưng trước đó Nguyễn Huệ đã gửi thư cho vua Cao Miên yêu cầu phối hợp ngăn cản và bắt giết đoàn sứ giả của quân Nguyễn, Nguyễn Ánh lui về Rạch Giá, Chân Lạp lại cho 30 chiến thuyền vây đánh đến Sơn Chiết, Tiên phong Túy chặn được quân Chân Lạp. Nguyễn Ánh phải theo thuyền nhỏ trốn ra Phú Quốc.Tháng 5 năm 1782, quân Tây Sơn rút về Quy Nhơn, giao lại thành Gia Định cho Đỗ Nhàn Trập đóng ở đồn Bến Nghé trấn thủ, Châu Văn Tiếp lúc này đóng ở Bình Thuận mang quân vào chiếm Gia Định, đánh bại Đỗ Nhàn Trập, đón Nguyễn Ánh từ đảo Phú Quốc trở về. Sau đó, Nguyễn Ánh tổ chức lại quân đội cho các tướng lập các đồn binh trên sông Vàm Cỏ và Gia Định để tăng sức phòng thủ trước Tây Sơn, ủy thác cho Bá Đa Lộc chuẩn bị thuyền bè để có đường rút chạy khi không chống lại được Tây Sơn.

Tháng 2 âm lịch năm 1783, Nguyễn Nhạc sai Nguyễn Huệ và Nguyễn Lữ mang quân tiến đánh Gia Định. Quân Tây Sơn từ biển Cần Giờ ngược dòng tiến lên đánh Gia Định. Dù Nguyễn Ánh đã lập tuyến phòng thủ trước nhưng vẫn bị quân Tây Sơn phá tan trong trận đánh ở cửa Cần Giờ. Tướng của Nguyễn Ánh là Nguyễn Phúc Mân bị giết chết, Dương Công Trừng bị bắt sống, chỉ riêng Châu Văn Tiếp chạy thoát. Nguyễn Ánh phải bơi qua sông mới thoát nạn, tuy nhiên quân Tây Sơn vẫn đuổi theo, Nguyễn Ánh phải cưỡi trâu vượt qua con sông đầy cá sấu. Qua được sông, Nguyễn Ánh đi Mỹ Tho và dong thuyền đem theo mẹ và vợ con ra đảo Phú Quốc, rồi lui tới đảo Cổ Cốt, nhưng bất ngờ gặp phục kích của Tây Sơn, tướng Lê Phúc Điển phải dùng kế giả chúa, như Lê Lai cứu Lê Lợi năm xưa, mặc áo bào đóng giả Nguyễn Ánh rồi bị quân Tây Sơn giết chết, Nguyễn Ánh mới toàn mạng chạy ra đảo Côn Lôn.

Tháng 8 cùng năm, sau khi dò xét biết được Nguyễn Ánh đang lẩn trốn ở đảo Côn Lôn, Nguyễn Huệ lệnh cho Trương Văn Đa mang thủy quân bao vây ba vòng đảo, nhưng bất ngờ lại có bão, thuyền của Tây Sơn bị đánh đắm gần hết, Nguyễn Ánh nhân đó chạy trốn ra đảo Cổ Cốt rồi mới tìm đường quay lại Phú Quốc, đây cũng là thời gian khốn khổ nhất của quân Nguyễn Ánh, quân sĩ phải đào rễ cây bới củ để ăn, bản thân tướng Nguyễn Văn Thành phải đi cướp gạo của thương buôn để nuôi chủ, rồi bị bọn thương lái đánh cho thừa sống thiếu chết, sau khi Tây Sơn rút đi, Nguyễn Ánh cùng tướng Võ Văn Chính tìm đường trở về Long Xuyên,  tới tháng 9 năm đó, lại bị quân Tây Sơn phục kích ở của biển Đốc Công. Quân Nguyễn Ánh bắt được một chiến thuyền Tây Sơn và hay tin, vội chạy nhanh ra biển, quân Tây Sơn đuổi theo không kịp nên Nguyễn Huệ và Nguyễn Lữ rút về Quy Nhơn để Gia Định lại cho Trương Văn Đa  giữ. Nguyễn Ánh chạy ra hòn Chông, rồi sang đảo Thổ Chu.

Những năm tháng lưu lạc trên các hòn đảo ở vịnh Thái Lan, Nguyễn Ánh đã được Bá Đa Lộc tô vẽ về sự tân tiến của nước Pháp nên nảy ra ý định cầu viện nước Pháp, Nguyễn Ánh trao hoàng tử Cảnh làm con tin cho Bá Đa Lộc sang nước Pháp cầu viện, cho Bá Đa Lộc toàn quyền đàm phán với nhà Louis của Pháp. Bá Đa Lộc đưa Nguyễn Phúc Cảnh đi rồi, Nguyễn Ánh cũng từ biệt gia đình đi nơi khác để tránh bị quân Tây Sơn tầm nã. Trong khi Bá Đa Lộc đưa hoàng tử Cảnh đến Pháp, thì Nguyễn Ánh liên tiếp gặp thất bại trước Tây Sơn, lòng quân tan tác rệu rã, nghe theo lời Châu Văn Tiếp chỉ vẽ, Nguyễn Ánh có ý định cầu viện Xiêm La, nhưng tướng Nguyễn Văn Thành hết sức ngăn cản. Sau đó thì Nguyễn Ánh lại bị Trương Văn Đa truy sát phải chạy ra Hà Tiên, Châu Văn Tiếp đích thân qua Xiêm cầu cứu vua Rama I, vua Rama I cho thuyền ra Hà Tiên đón Nguyễn Ánh cùng các thuộc tướng sang Vọng Các (Bangkok), còn mẹ và vợ thì cho an trí ở đảo Thổ Chu. Nguyễn Ánh quyết định cầu viện Xiêm La đưa quân Xiêm vào Nam Bộ giao chiến với Tây Sơn.

Trước đó, sau khi trúng kế ly gián của Tây Sơn và giết hại gia đình Mạc Thiên Tứ, Taksin cho quân đến Cao Miên đánh đuổi quân Nguyễn để dành quyền bảo hộ, do hai tướng Chất Tri và Sô Si chỉ huy, nhưng hai tướng này đã giảng hòa với tướng Nguyễn là Nguyễn Hữu Thụy rồi mang quân về đảo chính giết hại vua Taksin để tự lập, Chất Tri lên ngôi vua, lập ra nhà Rattanakosin, tức vua Rama I, phong em Sô Sy làm Nhị vương. Vì mối ân tình này nên vua Rama I rất hậu đãi và sẵn sàng giúp đỡ Nguyễn Ánh, mặt khác bản thân Xiêm La luôn thèm khát vùng đồng bằng Nam Bộ, và nhận ra việc để Tây Sơn lớn mạnh ở đây sẽ là mối nguy hại sau này nên muốn giúp Nguyễn Ánh để trừ họa tận gốc.

Tháng 6 năm 1784, Nguyễn Ánh được sự trợ giúp của quân Xiêm do hai tướng Chiêu Tăng và Chiêu Sương chỉ hủy nên quay về đánh Gia Định gồm 2 vạn quân thủy cùng 300 chiến thuyền sang giúp. Ngoài ra còn có 3 vạn quân bộ tiến sang Chân Lạp với danh nghĩa giúp vua Chân Lạp, thực chất với ý đồ tạo gọng kìm phía Tây, chờ cơ hội tiêu diệt quân Tây Sơn. Tháng 7 năm 1784, liên quân Nguyễn Ánh - Xiêm La đã có thắng lợi ban đầu, đánh bại đô đốc Tây Sơn là Nguyễn Hóa ở sông Trấn Giang, lấy được Rạch Giá, Ba Thắc, Trà Ôn, Mân Thít, Sa Đéc. Cùng đi với đại quân Xiêm là Mạc Tử Sinh bị Taksin lưu đày trước đó, hiện đang nương nhờ sự bảo trợ của Xiêm La. Nguyễn Ánh cho Mạc Tử Sinh trấn giữ Hà Tiên. Đến tháng 10 cùng năm, trong một trận vây đánh của Tây Sơn ở Mân Thít thì Châu Văn Tiếp tử trận, quân Xiêm khinh mạn cả Nguyễn Ánh, thản nhiên cướp bóc hãm hiếp người dân Nam Bộ khiến Nguyễn Ánh vô cùng thất vọng, Nguyễn Ánh cùng Lê Văn Duyệt lúc này chiếm được một số đồn lũy của Tây Sơn, Trương Văn Đa cố thủ Gia Định và sai người về Quy Nhơn cấp báo. Tháng 1 năm 1785, Nguyễn Huệ đích thân cầm quân vào tiêu diệt 2 vạn quân Xiêm và tàn quân Nguyễn Ánh tại Rạch Gầm - Xoài Mút chỉ trong vòng chưa đầy một ngày, mấy vạn quân Xiêm chỉ còn vài trăm người phải theo đường thượng đạo chạy về nước, sau vụ này thì quân Xiêm sợ Tây Sơn như cọp.

Về phần Nguyễn Ánh được Lê Văn Duyệt hộ giá chạy được ra đảo Thổ Chu, quân Tây Sơn đuổi theo, Nguyễn Ánh lại chạy về đảo Cổ Cốt, thì vua Xiêm gửi quân đến đón đưa Nguyễn Ánh cùng các thuộc tướng đến Vọng Các, tháng 5 năm 1785, Nguyễn Ánh đến được đất Xiêm, được vua Xiêm cho tự trồng lương thực và chỉnh đốn lại binh mã, tập hợp lại được khoảng 1000 người, trong giai đoạn này người Xiêm gọi Nguyễn Ánh là Ong Chiang Su (Ông Thượng Sư). Nguyễn Ánh đã giúp vua Xiêm đẩy lui quân Miến Điện của nhà Konbaung kéo sang xâm lược nên vua Rama I lại ngỏ ý muốn chi viện quân cho Nguyễn Ánh tái chiếm Nam Bộ, nhưng nghĩ đến thảm cảnh dân chúng bị quân Xiêm sách nhiễu trước đó nên Nguyễn Ánh đã khéo léo từ chối.

Giai đoạn 3. Tiến quân ra Đàng Ngoài

Giai đoạn này kéo dài trong 3 năm, từ năm 1786 đến năm 1789 khi Nguyễn Huệ lên ngôi hoàng đế, bao gồm 3 sự kiện lớn, gắn với ba lần bắc tiến của Nguyễn Huệ bao gồm (1) Bắc tiến lần 1- tiêu diệt thế lực họ Trịnh; (2) Bắc tiến lần 2- tiêu diệt các thế lực chống đối và (3) Bắc tiến lần 3- đại phá quân Thanh.

Để có thể hiểu vì sao mà Nguyễn Huệ phải bắc tiến đến tận 3 lần, cũng như tác động của nó đối với phong trào Tây Sơn sau này, ta phải phân tích qua bối cảnh chính trị- xã hội Đàng Ngoài trước khi Tây Sơn bắc tiến.

3.1. Toàn cảnh chính trị xã hội Đàng Ngoài trước khi quân Tây Sơn bắc tiến

Tình hình chính sự Đàng Ngoài vốn đã bết bát sau hàng chục cuộc khởi nghĩa nông dân bùng nổ dưới thời chúa Trịnh Giang, có một thời gian trung hưng ngắn dưới thời cha con Trịnh Doanh- Trịnh Sâm, nhưng lại xuống dốc thảm hại kể từ khi Trịnh Sâm mất năm 1782.

Chúa Trịnh Sâm mặc dù trong thời gian cai trị cũng có được nhiều thành tựu như dập tắt dứt điểm các cuộc khởi nghĩa nông dân của Hoàng Công Chất, Nguyễn Hữu Cầu (Quận He), Nguyễn Danh Phương (Quận Hẻo) cùng với phong trào cát cứ của hoàng thân Lê Duy Mật suốt 30 năm tại Trấn Ninh và tiêu biểu nhất là ông đã chiếm được Phú Xuân- đầu não quyền lực của chính quyền Đàng Trong, điều mà bảy vị tiên chúa trước không thể làm được. Tuy nhiên, giai đoạn cuối, Trịnh Sâm không những chìm trong tửu sắc thác loạn mà còn mắc phải những sai lầm chính trị vô cùng nghiêm trọng đó là vụ án thái tử Lê Duy Vĩ và vụ án năm Canh Tý.

Về vụ án thái tử Lê Duy Vĩ, thái tử là người tư chất thông minh đĩnh đạc lại có ân uy lớn đối với các sĩ phu- đại thần trong triều, nhưng lại có mâu thuẫn kết thù với Trịnh Sâm từ nhỏ, Trịnh Sâm lo sợ Lê Duy Vĩ có chí lấy lại quyền lực cho họ Lê sau nhiều năm không có thực quyền, nhưng không tìm ra được sơ hở gì do thái tử hành xử rất thận trọng, chừng mực. Trịnh Sâm bèn sai nội giám Phạm Huy Đĩnh làm chứng cứ giả vu cho thái tử tội thông dâm với phi tần của Trịnh Doanh, ít lâu sau khi bắt được thái tử, bức cung thái tử và những người thân tín không có tác dụng gì, Chúa sai Phạm Huy Đĩnh tự làm thành án dâng lên vua, rồi thắt cổ thái tử đến chết, vợ ngài và 3 đứa con thơ trong đó có Lê Duy Khiêm (tức vua Lê Chiêu Thống) bị bắt giam khoảng gần 10 năm, vua Lê Hiển Tông vì bất lực không có thực quyền  nên không thể bảo vệ con, cứu các cháu của mình. Vụ án sát hại thái tử Lê Duy Vĩ đã gây nên những bức xúc và rúng động trong dư luận xã hội Đàng Ngoài khi đó, nhiều sĩ phu vốn phục tùng họ Trịnh vì vụ việc này mà quay lưng với họ Trịnh, họ Trịnh từ danh nghĩa “phù Lê” vì vụ việc này mà chính thức “cháy nhà ra mặt chuột”.

Đối với vụ án năm Canh Tý, có nguồn gốc phức tạp hơn, chúa Trịnh Sâm có hai đứa con trai, một là con thứ Điện Đô Vương Trịnh Cán do Tuyên phi Đặng Thị Huệ sinh ra, chúa yêu nên muốn lập con bà làm thế tử, Trịnh Cán tuy tư chất thông minh nhưng hay ốm bệnh đau yếu, chúa nhiều lần phải cho vời danh y Lê Hữu Trác vào kinh thăm khám, chi tiết của những lần thăm khám này được Hải Thượng Lãn Ông ghi chép trong cuốn Thượng Kinh Ký Sự, nhưng bọn ngự y trong phủ chúa ghen ghét với Lê Hữu Trác nên không dùng các phương thuốc của cụ, bởi thế mà bệnh tình Trịnh Cán càng nặng hơn

Thứ hai là con trưởng Đoan Nam Vương Trịnh Tông, do bà Dương Thị Ngọc Hoan sinh ra, vì chúa ghét bà Ngọc Hoan là dòng dõi của Trịnh Cối và bà cũng không có nhan sắc cũng như học thức, nên cũng không đoái hoài gì đến con, ngay cả đến việc học của Trịnh Tông cũng phó mặc cho các quan đại thần, chưa kể Trịnh Tông thường xuyên bị phe cánh của Đặng Thị Huệ và Huy Quận Công Hoàng Đình Bảo (con nuôi của Hoàng Ngũ Phúc) gièm pha hãm hại. Lợi dụng chúa Trịnh Sâm bị bệnh trĩ nằm liệt trong cung, Trịnh Tông định âm mưu cùng với một số đại thần trong triều làm chính biến sát hại Đặng Thị Huệ và Hoàng Đình Bảo nhằm giành thế chủ động, nhưng cơ mưu bị phát giác vừa đúng lúc Trịnh Sâm khỏi bệnh, phe cánh của Đặng Thị Huệ nhân vụ này phản công, Trịnh Sâm bèn truất giáng Trịnh Tông làm con thứ, bắt giam lỏng không cho tiếp xúc với các đại thần để đề phòng thông mưu làm loạn lần nữa, sử sách gọi đây là vụ án năm Canh Tý (năm 1780), sau vụ đó Trịnh Sâm nói chuyện với Thái phi về việc vĩnh viễn truất quyền làm thế tử của Trịnh Tông: “Tên Tông và tên Cán đối với mẹ là cháu, chưa bằng đối với tôi là con, người xưa nói biết con không ai bằng cha, nếu bệnh tình của Cán không thuyên giảm, thì chẳng thà thiên nhượng ngôi chúa cho Trịnh Bồng (con Trịnh Giang), trả lại ngôi cho nhà bác còn hơn là lập Tông là thằng con bất hiếu để nó phá hoại cơ nghiệp của tổ tiên.”. Do đây là bài viết về sự hưng vong của phong trào Tây Sơn, nên diễn biến chi tiết của vụ án này, tác giả xin phép đề cập trong một bài viết khác.

Phe của Tuyên phi thắng thế nhưng cục diện này không kéo dài lâu, vì chỉ hai năm sau thì chúa Trịnh Sâm băng hà, Trịnh Tông dựa vào bọn kiêu binh (lính tam phủ gốc gác Thanh-Nghệ), để mưu đoạt quyền lực, bọn kiêu binh làm chính biến giết chết quận Huy Hoàng Đình Bảo, phế truất Trịnh Cán, bắt giam Tuyên phi rồi lập Trịnh Tông làm thế tử, nhiều môn khách của họ Hoàng phải chạy trốn trong đó có một nhân vật rất quan trọng đó là Bằng Trung Công Nguyễn Hữu Chỉnh. Nguyễn Hữu Chỉnh dong thuyền vượt biển vào nam, đầu quân cho Tây Sơn.

Tuy nhiên sau khi lên ngôi, Trịnh Tông không khống chế được bọn kiêu binh, bọn này cậy có công phò chúa lên ngôi nên ra sức làm càn, tác oai tác quái, chúng truy sát, bức hại, đập phá nhà cửa của các quan đại thần đã tố giác Trịnh Tông trong vụ án năm Canh Tý như Ngô Thì Nhậm và những người đàn hặc chia rẽ thế lực của chúng như tham tụng Nguyễn Khản (anh trai của thi hào Nguyễn Du), đập phá phủ đệ của Nguyễn Khản ở Bích Câu, tệ hại hơn chúng còn ép Trịnh Tông phải phế truất Lê Duy Cận, lập Lê Duy Khiêm (con trưởng của Lê Duy Vĩ) lên làm thái tử - tức vua Lê Chiêu Thống sau này. Vụ án năm Canh Tý đã tạo ra sự rạn nứt cục bộ trong bộ máy chính quyền Lê Trịnh, mở đường cho sự hoành hành, nhũng nhiễu của bọn kiêu binh, vốn đã bị trấn áp từ thời chúa Trịnh Căn.

3.2. Bắc tiến lần thứ nhất- tiêu diệt thế lực của họ Trịnh

Sau khi dong thuyền vượt biển vào nam, Nguyễn Hữu Chỉnh cùng các thân tướng binh sĩ trung thành đầu quân cho Tây Sơn, thực ra năm xưa Chỉnh đã theo quận Việp Hoàng Ngũ Phúc vào đánh Phú Xuân, nên đã có giao thiệp với Tây Sơn từ sớm và là người theo mệnh Hoàng Ngũ Phúc ban ấn kiếm tiết việt cho Nguyễn Nhạc để thay mặt quân Trịnh đi đánh chúa Nguyễn. Nguyễn Hữu Chỉnh âm mưu muốn mượn lực lượng của Tây Sơn để đối phó với bọn kiêu binh và lật đổ chính quyền Trịnh Tông để báo thù cho chủ cũ, tuy nhiên Nguyễn Huệ ngờ vực dã tâm của Nguyễn Hữu Chỉnh nên luôn đề phòng và giao thiệp rất dè dặt.

Năm 1786, Nguyễn Hữu Chỉnh hiến kế ly gián hai tướng của họ Trịnh đang trấn thủ Phú Xuân là Hoàng Đình Thể và Phạm Ngô Cầu, sau cùng cả hai người này đều bị Tây Sơn đánh bại và giết chết, Tây Sơn chiếm được Phú Xuân. Nắm được tâm lý bất mãn của Nguyễn Huệ lúc này đang bị Nguyễn Nhạc kìm kẹp, nhiều lần vào Gia Định truy sát Nguyễn Ánh nhưng đều bị Nguyễn Nhạc kiếm cớ triệu ra, vì thế mà Nguyễn Ánh lại nổi lên khôi phục và quay về tái chiếm Gia Định, Nguyễn Hữu Chỉnh luôn khích lệ Nguyễn Huệ tiến quân chiếm Đàng Ngoài làm khu vực ảnh hưởng để cạnh tranh với Nguyễn Nhạc, dưới danh nghĩa phù Lê diệt Trịnh

Mùa thu năm 1786, Nguyễn Huệ cùng Nguyễn Hữu Chỉnh tiến quân ra bắc diệt thế lực của Trịnh Tông, bọn kiêu binh quen phá phách càn rỡ lâu ngày chểnh mảng không luyện tập nên khi đối mặt với lực lượng tinh nhuệ của Tây Sơn chúng nhanh chóng rã đám tan vỡ, các tướng Trịnh như Hoàng Phùng Cơ, Ngô Cảnh Hoàn đều bị Tây Sơn đánh bại, chúa Trịnh Tông phải bỏ trốn khỏi kinh thành, giả làm thường dân nương nhờ danh sĩ Lý Trần Quán, Quán giao Chúa cho học trò Nguyễn Trang trông giữ, nhưng tên này biết đây là chúa, nên nộp luôn cho Tây Sơn, trên đường bị áp giải, chúa lấy dao đâm cổ tự vẫn, người áp giải giật lấy con dao, chúa móc tay kéo cho vết thương rách toạc ra mà chết, năm đó Trịnh Tông mới 24 tuổi, danh sĩ Lý Trần Quán cũng tự chôn sống chết theo chúa. Trong chiến dịch này, quân Tây Sơn đã quấy phá cướp bóc nhà cửa, của cải của các danh sĩ- đại thần Đàng Ngoài không khác gì bọn kiêu binh trước đó, lại đập phá Văn Miếu và các văn bia tiến sĩ ở Quốc Tử Giám, nên lòng người vô cùng oán thán. Nguyễn Nhạc lúc này vì lo sợ Nguyễn Huệ sử dụng Bắc Hà để gây dựng thanh thế lực lượng chống đối mình, nên đã thân chinh ra Bắc ép Nguyễn Huệ về nam, giao trả chính quyền cho vua Lê, và còn thề rằng đất của vua Lê một tấc tôi cũng không lấy, quyết tâm rạch đôi sơn hà giữa nhà Lê ở Đàng Ngoài, còn Tây Sơn thế chân họ Nguyễn cai trị Đàng Trong.

Anh em Tây Sơn giao trả chính quyền cho Lê Chiêu Thống, dưới sự mai mối của Nguyễn Hữu Chỉnh, Nguyễn Huệ kết hôn với công chúa Lê Ngọc Hân (cô của Lê Chiêu Thống) lập làm Bắc Cung Hoàng Hậu để hai bên kết mối thâm tình, tuy nhiên quân Tây Sơn lại vơ vét hết ngân khố hoàng gia của vua Lê mang về nam, để lại một kho tàng trống rỗng, anh em Tây Sơn ghét Nguyễn Hữu Chỉnh là kẻ phản phúc nên ra đi trong đêm mà không thông báo gì, mục đích là để dân Bắc Hà oán Chỉnh mà giết y đi, đến sáng Nguyễn Hữu Chỉnh biết chuyện đuổi theo thì bị dân phu Bắc Hà truy sát, ném cả gạch ngói vào người, do Chỉnh là người chủ mưu dẫn quân Tây Sơn ra bắc. Nguyễn Hữu Chỉnh và các sĩ tốt phải cướp lấy một thuyền buôn đuổi theo Tây Sơn, đến Nghệ An thì đuổi kịp và gặp Nguyễn Huệ, Nguyễn Huệ thấy khó xử nên bảo Nguyễn Hữu Chỉnh ở lại trấn thủ Nghệ An, có việc sẽ cần phối hợp. Anh em Tây Sơn rút về Quy Nhơn, để Lê Ngọc Hân tạm thời ở Phú Xuân.

3.3. Bắc tiến lần hai- tiêu diệt các thế lực chống đối và hợp thức hóa việc chiếm giữ Đàng Ngoài

Sau khi bị bắt ép về nam, mâu thuẫn giữa Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ căng thẳng cực độ, đỉnh điểm là sự việc Nguyễn Nhạc bức tử danh sĩ Nguyễn Thung- một trong những đại thần trợ lực cho Tây Sơn từ những ngày đầu và cực kỳ có thâm tình với Nguyễn Huệ, dẫn đến việc Nguyễn Huệ mang quân bản bộ và các tướng lĩnh trung thành vây thành Quy Nhơn, nã pháo tới tấp vào thành, sau cùng Nguyễn Nhạc phải lên mặt thành van xin em đừng đánh nữa, vì biết mình không thể nào đánh bại được người em kiệt xuất, Nguyễn Lữ đóng vai trò trung gian giảng hòa, Nguyễn Huệ thương anh em nên giải vây không đánh thành nữa. Sau sự việc đó, để tránh xung đột tái diễn, ba anh em Tây Sơn chia cắt đất nước thành ba khu vực ảnh hưởng, tự phong vương mỗi người cai quản một khu vực:

+ Nguyễn Nhạc xưng là Trung ương Hoàng đế, đóng đô ở Quy Nhơn.

+  Nguyễn Lữ làm Đông Định Vương, đóng đô ở Gia Định và cai quản cả khu vực Nam Bộ, có Phạm Văn Tham giúp sức

+ Nguyễn Huệ làm Bắc Bình Vương, cai quản vùng đất từ đèo Hải Vân trở ra Bắc, đóng đô ở Phú Xuân.

Tình thế anh em bất hòa này vô cùng bất lợi cho Tây Sơn, vì chỉ một thời gian ngắn sau đó, tháng 7 năm 1787, Nguyễn Ánh sau khi khéo léo từ biệt vua Xiêm đã bí mật trở về nước tái lập quân đội và chiếm Gia Định, Nguyễn Lữ bị Nguyễn Ánh đánh bại, phải chạy về Quy Nhơn, ít lâu sau thì qua đời, Phạm Văn Tham phải đơn độc chiến đấu với quân Nguyễn, bị vây ngặt, sau cùng phải ra hàng. Nguyễn Nhạc vì bận phòng thủ đề phòng Nguyễn Huệ tấn công nên không cứu Gia Định, Tây Sơn lại mất Gia Định và cả Nam Bộ. Về phần Phạm Văn Tham tuy phải hàng quân Nguyễn như lòng trung của ông vẫn hướng về Tây Sơn, sau này ông mưu sự làm nội ứng thì bị Nguyễn Ánh phát giác và giết hại.

Lúc này ở Đàng Ngoài, mặc dù được Tây Sơn giao trả chính quyền, nhưng Lê Chiêu Thống không khống chế được tình hình, bọn tàn dư quân Trịnh là Dương Trọng Tế, Hoàng Phùng Cơ và Đinh Tích Nhưỡng khi trước bị Tây Sơn đánh bại phải lẩn trốn giờ lại nổi lên, chúng mang quân về ép Lê Chiêu Thống phải tái lập họ Trịnh, lập Án Đô Vương Trịnh Bồng làm chúa, Lê Chiêu Thống uất ức nhưng bất đắc dĩ phải chấp thuận, tuy nhiên Trịnh Bồng cũng chỉ là quân cờ trong tay đám Đinh Tích Nhưỡng.

Lê Chiêu Thống cho mời Nguyễn Hữu Chỉnh từ Nghệ An ra để đánh lại Trịnh Bồng và đám thủ hạ, có tính chính danh được vua hiệu triệu, Nguyễn Hữu Chỉnh đã mưu toan thâu tóm chính sự Đàng Ngoài nên tức tốc tiến quân ra bắc. Nguyễn Hữu Chỉnh cùng các tướng có tài như Nguyễn Như Thái, Hoàng Viết Tuyển đánh cho đám Dương Trọng Tế, Đinh Tích Nhưỡng, Hoàng Phùng Cơ tan tác, sau cùng những người này đều bị Chỉnh bắt và xử tử. Lê Chiêu Thống đốt phủ chúa Trịnh, thể hiện quyết tâm đoạt thực quyền, Trịnh Bồng phải cạo đầu làm sư sống lẩn lút, đi vân du khắp vùng Lạng Sơn, Cao Bằng. Trịnh Bồng về sau bị Lê Duy Chỉ dụ dỗ nên tham gia cùng với thế lực của hắn nổi loạn ở vùng Tây Bắc nhưng bị quân Tây Sơn đánh bại phải trốn sang vùng Thượng Lào rồi ông cùng hai con trai đều bị nhóm tù trưởng người Man hại chết. Sự thống trị và ảnh hưởng của họ Trịnh ở Bắc Hà chính thức chấm dứt vào năm 1791 sau cái chết của Trịnh Bồng.

Sau khi được tin thám báo là anh em Tây Sơn lục đục bất hòa, nghĩ rằng Tây Sơn không rảnh lo việc mặt bắc, nên Nguyễn Hữu Chỉnh ngày càng hiếp chế Lê Chiêu Thống không coi vua là gì, thế chân họ Trịnh trở thành thế lực quyền thần mới, y sai Trần Công Xán vào Phú Xuân ép Nguyễn Huệ phải trả đất Nghệ An do Võ Văn Dũng đang trấn giữ cho vua Lê, xúi giục tướng Nguyễn Văn Duệ phản lại Nguyễn Huệ, do Duệ rất trung thành với Nguyễn Nhạc. Tháng 4 năm 1788, Nguyễn Huệ liền phái Vũ Văn Nhậm, Ngô Văn Sở, Phan Văn Lân ra bắc diệt Nguyễn Hữu Chỉnh, Vũ Văn Nhậm tiến quân thần tốc đánh bại bắt sống Nguyễn Hữu Chỉnh và xử tử hắn, Lê Chiêu Thống bỏ trốn, được các đại thần trung thành như Lê Quýnh hộ giá chạy sang Quảng Tây cầu cứu nhà Thanh, yêu cầu quân Thanh vào can thiệp lấy lý do Tây Sơn là "ngoại bang xâm lược".

Nhưng lúc này thì Vũ Văn Nhậm cũng có những hành động lạm quyền như tự quyết việc tôn lập cho hoàng tôn Lê Duy Cận sau khi vua Lê Chiêu Thống bỏ trốn, tự đúc ấn chương riêng, xây đắp tu bổ lại thành Thăng Long, bị Ngô Văn Sở bí mật viết thư cấp cáo cho Nguyễn Huệ ở Phú Xuân, vì thế mà Nguyễn Huệ lại bắc tiến lần thứ hai mục đích để thanh trừng Vũ Văn Nhậm, sách Lê quý dật sử chép: "Tháng 6 năm 1788, Nguyễn Huệ đến Thăng Long. Nhậm tự mình đem tướng sĩ ra tận ngoài thành đón tiếp. Huệ ngờ vực và ghét Nhậm uy quyền quá trọng, giả thác có tội làm mất nhà Lê, nhân đấy bắt Nhậm giết đi, giải tán quân ngũ, cho Đại tư mã Trấn (tức Ngô Văn Sở) thay Nhậm làm trấn thủ".

Đa phần các sử gia sau này đều đánh giá đây là sai lầm chính trị của Nguyễn Huệ, càng khoét sâu vào những mâu thuẫn lục đục trong bộ máy của Tây Sơn thay vì có những động thái hòa giải vì Vũ Văn Nhậm là con rể của Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ đã sử dụng mạng của Vũ Văn Nhậm để thị uy và như một cách khéo lấy lòng dân Bắc Hà trong khi những bằng chứng và động cơ phản loạn của Vũ Văn Nhậm không hề rõ ràng. Sau khi xử lý Vũ Văn Nhậm và lập Lê Duy Cận làm giám quốc, Nguyễn Huệ lại rút về Phú Xuân do cảm thấy thời cơ để chiếm Bắc Hà chưa chín muồi, đúng lúc này thì một cơ hội mới đã tới. Lê Chiêu Thống và thế lực tàn dư họ Lê rước quân Thanh vào xâm lược Bắc Hà.

3.4. Bắc tiến lần ba- Đại phá quân Thanh

Năm 1788, Lê Chiêu Thống được các quan đại thần như Lê Quýnh hộ giá chạy được sang đất Quảng Tây của nhà Thanh, gặp được Tổng đốc Lưỡng Quảng Tôn Sĩ Nghị, âm mưu cầu viện nhà Thanh mang quân vào để can thiệp đánh đuổi Tây Sơn giành lại ngôi vua cho họ Lê, vua Càn Long chuẩn y, sai Tôn Sĩ Nghị làm chủ tướng, cùng các phó tướng Sầm Nghi Đống, Hứa Thế Hanh, Thượng Duy Thăng huy động Hán quân lục doanh từ cả Lưỡng Quảng và Vân Quý, hộ tống Lê Chiêu Thống về nam, chiếm đóng Thăng Long, cử Phúc Khang An lo việc hậu cần. Giai đoạn này, Nguyễn Ánh cũng âm mưu chở gạo từ Gia Định ra dâng hiến cho quân Thanh đánh Tây Sơn, nhưng việc đó không thành vì đoàn tàu gặp bão.

Nhận được tin cấp cáo, Bắc Bình vương Nguyễn Huệ xuất quân tiến ra Bắc Hà. Với lý do vua Lê đã bỏ nước và rước giặc về, để có danh nghĩa chính thống, Nguyễn Huệ lên ngôi Hoàng đế, lấy niên hiệu Quang Trung, tôn gọi là Quang Trung Hoàng Đế. Ngày 29 tháng 11 năm Mậu Thân (26 tháng 12 năm 1788), đại quân của hoàng đế Quang Trung tới Nghệ An, dừng quân tại đó hơn 10 ngày để tuyển quân và củng cố lực lượng. Để có thêm quân đánh Thanh, vua Quang Trung thi hành chính sách cưỡng bách tòng quân. Theo tác giả Hoa Bằng, tất cả đinh nam từ 12, 13 đến 60 tuổi đều phải đăng lính. Theo thư của giáo sĩ La Barette, tất cả nam từ 15 tuổi trở lên đều phải đi lính, người già và phụ nữ phải đi sửa cầu đường, cứ 3 suất đinh thì chọn lấy 1 người đi lính. Trong 10 ngày tuyển quân, Quang Trung đã có thêm khoảng mấy vạn quân, nâng tổng quân số lên tới 10 vạn. Theo Đại Nam chính biên liệt truyện, số quân cũ và mới của Quang Trung là 10 vạn, được tổ chức thành 5 đạo: tiền, hậu, tả, hữu và trung quân, ngoài ra còn có một đội tượng binh gồm 200 voi chiến. Quang Trung còn tổ chức lễ duyệt binh ngay tại Nghệ An để khích lệ tinh thần và ý chí quyết chiến, quyết thắng của tướng sĩ đối với quân xâm lược Mãn Thanh. Ngay sau lễ duyệt binh, Quang Trung tiến quân ra Bắc Hà. Việc cưỡng bức dân phu đi lính một cách tàn bạo này càng khoét sâu vào sự bất mãn và ác cảm của nhân dân Đàng Ngoài với nhà Tây Sơn.

Ngày 20 tháng 12 năm Mậu Thân (15 tháng 1 năm 1789), đại quân của Quang Trung đã ra đến Tam Điệp, Ninh Bình. Sau khi xem xét tình hình, Quang Trung nói với toàn quân rằng chỉ trong 10 ngày sẽ quét sạch quân Thanh. Sớm hơn cả dự kiến, chỉ trong vòng 6 ngày kể từ đêm 30 Tết âm lịch, quân Tây Sơn đã đánh tan quân Thanh bằng hàng loạt trận đánh tập kích, mai phục, thần tốc và chớp nhoáng mà trận Ngọc Hồi – Đống Đa là tiêu biểu. Trưa mồng 5 Tết Kỷ Dậu – 1789, quân Tây Sơn tiến vào Thăng Long. Tôn Sĩ Nghị thua trận dẫn tàn quân bỏ chạy, trên đường chạy liên tiếp bị quân Tây Sơn mai phục chặn đánh, Sầm Nghi Đống thắt cổ chết, Hứa Thế Hanh, Thượng Duy Thăng đều tử trận. Cuối cùng, Tôn Sĩ Nghị và Lê Chiêu Thống chạy thoát về Trung Quốc, Lê Chiêu Thống cùng đám đại thần được vua Càn Long cho an trí tại Yên Kinh, vẫn nuôi chí báo phục nhưng nhà Thanh từ chối không giúp do Phúc Khang An đã nhận hối lộ của nhà Tây Sơn nên tấu trình lên vua Càn Long, nhà Thanh còn chia rẽ phân tán chỗ ở của các cựu thần nhà Lê để hạn chế việc liên lạc, ít lâu sau ông buồn rầu chán nản rồi mắc bệnh qua đời, thọ 28 tuổi.

Mặc dù đánh bại quân Thanh, nhưng do các chính sách cưỡng bức lính và lao dịch tàn bạo đã khiến cho quân Tây Sơn càng mất lòng dân Đàng Ngoài, nhưng người còn hoài cảm với nhà Lê hơn, về phần Nguyễn Ánh thì đây là thời cơ tốt để chiêu binh bãi mã, chỉnh đốn lực lượng, củng cố phòng thủ Nam Bộ khi Nguyễn Huệ đang phải chiến đấu với quân Thanh và xử lý các công việc ở Bắc Hà.

Về phần Lê Chiêu Thống, giống như Nguyễn Ánh, ông bị các học giả Ngô Gia Văn Phái và các nhà sử học sau này chỉ trích là hành vi bán nước, rước voi về dày mả tổ, khi cầu cứu nhà Thanh mang quân vào cướp bóc Bắc Hà, Hoàng Lê Nhất Thống Chí viết rằng:  "Nước Nam ta từ khi có đế, có vương tới nay, chưa thấy bao giờ có ông vua luồn cúi đê hèn như thế". Tuy nhiên trong sách Lê Mạt Sự Ký, nhà nghiên cứu Nguyễn Duy Chính đã đưa ra các dẫn chứng thuyết phục cho thấy Lê Chiêu Thống bị lợi dụng danh nghĩa, hoàn toàn không biết gì về việc cầu viện nhà Thanh, tất cả đều do đám Lê Quýnh đạo diễn, đến khi biết thì mọi sự đã rồi. Dù sao thì hành động cầu viện quân Thanh của Lê Chiêu Thống đã phần nào tự phế bỏ đi tính chính danh của nhà Lê trung hưng, tạo cơ hội cho nhà Tây Sơn thâu tóm Đàng Ngoài.

Chỉ trong vòng 3 năm, mà hoàng đế Quang Trung đã lao lực quá độ thân chinh bắc tiến đến ba lần, trong tần suất thời gian tương đối ngắn và hành quân hơn 1000 cây số, đây được cho là nguyên nhân ít nhiều ảnh hưởng đến sức khỏe của ông sau này.

Giai đoạn này kéo dài trong 3 năm từ năm 1789 đến năm 1792 khi vua Quang Trung qua đời, bao gồm những sự kiện đáng chú ý như sau: (1) Những chính sách tiến bộ buổi đầu khai quốc; (2) Tình thế thù trong giặc ngoài bủa vây; (3) Kế hoạch nam tiến dang dở.

4.1. Những chính sách tiến bộ buổi đầu khai quốc

Năm 1789, nhà Lê trung hưng đã chính thức chấm dứt số mệnh lịch sử sau hơn 300 năm tồn tại sau sự kiện Lê Chiêu Thống đào thoát sang Trung Quốc cầu viện nhà Thanh, tình hình đó trước sự ủng hộ của giới tướng lĩnh và hào quang của em trai, đặc biệt sau khi tướng lĩnh thân tín là Nguyễn Văn Duệ và con rể Vũ Văn Nhậm bị triệt hạ, Nguyễn Nhạc đã quyết định thoái vị, trao lại binh quyền và đất đai cho Nguyễn Huệ, chỉ xin giữ lại đất Quy Nhơn để hưởng lộc, vua Quang Trung chấp thuận. Dù đang trong tình thế phải chống thù trong giặc ngoài, song vua Quang Trung vẫn kịp đề ra các chính sách tiến bộ về kinh tế, văn hóa- giáo dục, tôn giáo, hành chính- nhân khẩu:

+ Về thủ công nghiệp, Quang Trung chú trọng mở các xưởng đúc tiền, đúc vũ khí, đóng thuyền chiến, sản xuất những mặt hàng thiết yếu phục vụ nhu cầu của đất nước. Những xưởng đóng thuyền chiến phục vụ chiến tranh thời Quang Trung đã đóng được thuyền lớn mang nhiều đại bác, có thể chở được voi.

+ Về nông nghiệp, Quang Trung có một chính sách thuế đơn giản với thuế ruộng là chính: ruộng chia ra làm ba hạng để đánh thuế nhất đẳng điền (150 bát thóc), nhị đẳng điền (80 bát thóc), tam đẳng điền (50 bát thóc). Lại thu tiền thập vật, mỗi mẫu một tiền và tiền khoán khố mỗi mẫu 50 đồng. Ruộng tư điền cũng đánh thuế: nhất đẳng điền mỗi mẫu nộp 40 bát thóc, nhị đẳng điền mỗi mẫu 30 bát, tam đẳng điền mỗi mẫu 20 bát. Tiền thập vật cũng theo như ruộng công điền, còn tiền khoán khố thì mỗi mẫu phải nộp 30 đồng Các loại thuế khác như thuế điệu, thuế nhân đinh được giảm để giảm bớt gánh nặng của dân chúng và phòng ngừa tham nhũng. Ngoài ra, triều đình còn ban lệnh các địa phương phải đảm bảo giải quyết hết diện tích ruộng đất bỏ hoang, nếu hết thời hạn vẫn bỏ hoang không khai khẩn thì ruộng công sẽ chiếu theo ngạch thuế thu gấp đôi, nếu là ruộng tư thì thu thành ruộng công. Quang Trung cũng ra lệnh những người lang thang, ngụ cư ở những nơi nhất thiết phải trở về nguyên quán làm ăn, chỉ trừ những người đã sinh cơ lập nghiệp ở xã khác được từ ba đời trở lên. Những xã nào chấp chứa những người trốn tránh, vi phạm pháp lệnh trên thì bản thân người trốn tránh và cả xã trưởng sở tại cũng bị trừng phạt. Bọn lưu manh, những người trốn tránh lao động vào ẩn nấp trong các chùa cũng phải hoàn tục trở về quê hương làm ăn. Nhờ chính sách này, sản xuất nông nghiệp bước đầu được khôi phục. Đến vụ mùa năm 1791, mùa màng thu hoạch tốt, một nửa số địa phương trong nước khôi phục được cảnh như thời thái bình trước đây. Bài phú Tụng Tây Hồ của Nguyễn Huy Lượng phản ánh tình hình đó với những câu: "Tới Mậu Thân (1788), từ rỡ vẽ tường vân, sông núi khắp nhờ công đảng địch; qua Canh Tuất (1790), lại tưới cơn thời vụ, cỏ cây đều gội đức chiêm nhu".

+ Về ngoại thương, trong lần gặp với La sơn phu tử Nguyễn Thiếp tại Nghệ An cuối năm 1788, Quang Trung đã bày tỏ hoài bão của mình là muốn xây dựng một nền kinh tế công thương nghiệp phát triển, đảm bảo cung cấp mọi nhu cầu thiết yếu cho nhân dân. Sau ngày lên ngôi hoàng đế và quản lý cả khu vực Bắc Bộ, Quang Trung bãi bỏ chính sách trọng nông ức thương của chính quyền Lê-Trịnh trước đây áp dụng để tạo điều kiện cho hàng hóa lưu thông, thúc đẩy sản xuất phát triển. Do chính sách nâng đỡ của Quang Trung, tình hình công thương nghiệp bị đình trệ hàng thế kỉ đã được phục hồi và dần dần đã có những biểu hiện phát triển rõ rệt. Kinh tế công thương nghiệp càng được phục hồi và phát triển mạnh mẽ, nhất là trung tâm kinh tế Thăng Long. Đối tác ngoại thương lớn nhất khi đó vẫn như truyền thống là Trung Quốc. Năm 1790, ông cử người thương thuyết với Nhà Thanh để mở một thương điếm tại Nam Ninh (Quảng Tây) mua bán hàng hoá giữa hai nước. Ông khuyến khích giao thương giữa các thuyền của thương thuyền nước ngoài và các thương thuyền của Đại Việt.

+ Về thuế khóa, sau khi lên ngôi, Quang Trung cho thi hành những chính sách thuế khoá đơn giản và bãi bỏ nhiều thứ thuế phức tạp trước đây và giảm thuế cho người dân. Về thuế ruộng được chia làm hai loại, gồm ruộng công và ruộng tư với mức thuế khác nhau. Quang Trung cũng giảm nhẹ thuế đinh hơn thời các chúa Trịnh, chúa Nguyễn. Quang Trung chỉ giữ lại thuế đinh, bỏ hẳn thuế điệu, mỗi suất đinh hàng năm nộp chừng 1 quan 2 tiền (thời Chúa Trịnh thì mỗi suất đinh nộp 1 quan 2 tiền và 4 bát gạo, lại nộp thêm 6 tiền thuế điệu). Năm 1789, Quang Trung ra lệnh bãi bỏ thuế điệu cho nhân dân từ sông Gianh trở ra (tức khu vực Đàng Ngoài) nhằm mục đích "bớt thuế, thương dân".Về thuế thổ sản và thuế công thương nghiệp, Quang Trung cũng bãi bỏ một số mức thuế nặng nề trước đây để tạo điều kiện sản xuất và kinh doanh dễ dàng cho giới công thương. Riêng việc thông thương với Trung Quốc qua vùng biên giới thì được miễn thuế hoàn toàn.

+ Về văn hóa, giáo dục, chiêu mộ nhân tài giúp nước: Ngay trước khi mất, Quang Trung đã thể hiện hoài bão về việc bỏ chữ Hán mà chuyển dần sang sử dụng chữ Nôm trong thi cử và văn kiện hành chính. Quang Trung quy định các bài hịch, chiếu chỉ phải soạn bằng chữ Nôm; đề thi viết bằng chữ Nôm, và đến đệ tam trường các sĩ tử phải làm thơ phú bằng chữ nôm. Ông còn chủ trương thay toàn bộ sách học chữ Hán sang chữ Nôm nên năm 1791 đã cho lập "Sùng chính viện" để dịch kinh sách từ Hán sang Nôm.Theo sách Tây Sơn lược thuật, ông chọn một quan văn "5 ngày một lần vào cấm cung để giảng giải kinh sách".Ngoài ra, Quang Trung quan tâm đưa việc học đến tận thôn xã. Trong "Chiếu lập học" ông lệnh cho các xã "Phải chọn Nho sĩ bản địa có học thức, có hạnh kiểm đặt làm thầy dạy, giảng tập cho học trò". Lần đầu tiên trong lịch sử phong kiến Việt Nam, trường học được phổ biến xuống tận cấp xã. Quang Trung rất chú ý chỉnh đốn lại chế độ học tập và thi cử. Ông kiên quyết bài trừ lối thi cử nặng về học thuộc lòng sáo rỗng, công thức của các thời trước, thay vào đó là lối học thiết thực hơn nhằm đào tạo những người có năng lực hoạt động thực sự, theo đúng tinh thần "kết hợp học với hành" như đề nghị của Nguyễn Thiếp: "Theo điều học biết mà làm, hoạ may nhân tài mới có thể thành tựu, nhà nước nhờ đó mà được vững yên". Năm 1788, Quang Trung đã lệnh cho Ngô Thì Nhậm thay mình viết Chiếu Cầu Hiền, nhằm thu phục nhân tâm của các sĩ phu Bắc Hà có kinh nghiệm trong việc trị nước, kết quả là đã có một số danh sĩ lúc đó ra giúp nhà Tây Sơn như La Sơn phu tử Nguyễn Thiếp, Vũ Huy Tấn, Bùi Dương Lịch, Đoàn Nguyễn Thục và Phan Huy Ích. Tuy nhiên chính sách bỏ chữ Hán dùng chữ Nôm của ông cũng bị nhiều bậc túc nho phản đối gay gắt do họ cho rằng chữ Hán mới là tinh túy của hệ thống giáo dục Khổng giáo.

+ Về tôn giáo, Quang Trung có một chính sách tôn giáo rất tự do và rộng rãi:dù là người đề cao Nho giáo nhưng ông vẫn bảo đảm hoạt động cho các tôn giáo khác như Phật giáo và các tín ngưỡng khác. Về Công giáo, các giáo sĩ được tự do hoạt động, truyền đạo, xây dựng nhà thờ. Nhưng đồng thời ông cũng thi hành chính sách bài trừ mê tín dị đoan rất mạnh, chấn chỉnh lại việc tu hành: nhiều chùa ở các làng có mà người tu hành lạm dụng để truyền bá mê tín dị đoan bị đập bỏ để xây duy nhất một ngôi chùa ở huyện cấp trên, đồng thời những người tu hành không đạo đức, những kẻ lưu manh, lười biếng đều phải hoàn tục. Nhà sử học Trần Trọng Kim nhận xét những việc cải cách ấy rất có nghĩa lý, nhưng vì thủa ấy có nhiều sự chiến tranh, vả lại Quang Trung cũng không làm vua được bao lâu thì đã băng hà, cho nên thành ra không có công hiệu gì cả.

+ Về hành chính- nhân khẩu, Quang Trung chia Đàng Ngoài trước đây thành 13 xứ, Năm 1790, ông cho lập sổ theo dõi nhân khẩu (hay hộ khẩu).Người dân được phân 4 hạng theo lứa tuổi:9–17 tuổi là hạng "vị cập cách"; 18–55 tuổi là hạng "tráng"; 55–60 tuổi là hạng "lão"; 60 tuổi trở lên là hạng "lão nhiêu". Ông còn cho làm thẻ bài "Thiên hạ đại tín" bằng gỗ có khắc họ tên,quê quán của người mang không phân biệt giàu sang nghèo hèn.Chính sách này khiến cho nhân gian nhiễu động, nhiều người phải trốn vào rừng, về sau người kế vị ông đã từ bỏ chính sách tín bài này.

- Tại phía nam, Nguyễn Ánh sau khi chiếm được Nam Bộ và thu phục sự ủng hộ của cộng đồng người Hoa tại đây đã có tiềm lực kinh tế dồi dào phục vụ cho chiến tranh lâu dài với nhà Tây Sơn, luôn là cái họa sau lưng có thể bộc phát bất cứ lúc nào.

- Tại vùng biên giới phía bắc, sau khi Lê Chiêu Thống qua đời, em trai là Lê Duy Chỉ cùng một số cựu thần nhà Lê đã bí mật trở về nước, được sự che chở của các tù trưởng miền núi như Hoàng Văn Đồng, Nông Phúc Tấn và thế lực thổ hào ở đồng bằng còn mang nặng tư tưởng phục Lê như Trần Quang Châu ở Kinh Bắc, chúng hoạt động chống phá rất mạnh ở khu vực Cao Bằng, Tuyên Quang. Lê Duy Chỉ còn dụ dỗ Trịnh Bồng và bí mật liên kết với Vạn Tượng (Lào) để quấy phá vùng biên giới phía tây, vua Rama I của Xiêm vì cay cú sau trận Rạch Gầm- Xoài Mút nên khống chế vua Vạn Tượng phải giúp đỡ Lê Duy Chỉ, làm trung gian để Lê Duy Chỉ kết nối với Nguyễn Ánh, chúng lên sẵn kế hoạch 3 mặt giáp công, Lê Duy Chỉ cùng các tù trưởng miền núi từ phía bắc đánh xuống, Nguyễn Ánh từ trong nam đánh ra, liên quân Xiêm- Vạn Tượng tấn công vào hành lang phía tây Thanh Nghệ.

Đứng trước nguy cơ bị tấn công từ ba mặt, sau khi thực hiện thành công việc bang giao với nhà Thanh để ngăn chặn nhà Thanh giúp đỡ Lê Duy Chỉ, đầu năm 1791, Quang Trung tập trung đối phó với Lê Duy Chỉ và quân Vạn Tượng – Xiêm. Ông sai sứ sang Trấn Ninh, Quy Hợp để thăm dò tình hình nhưng bị vua Vạn Tượng bắt giữ và nộp cho Xiêm La. Xiêm La sai sứ mang cờ và trống của Tây Sơn vào Gia Định cho Nguyễn Ánh để khuyến khích Ánh ra quân. Quang Trung quyết định ra quân. Ông sai hoàng tử Nguyễn Quang Thùy đang trấn thủ Thăng Long cùng các tướng Bắc Hà mang quân đánh Lê Duy Chi; sai Trần Quang Diệu và Lê Trung mang quân đánh Trấn Ninh, Quy Hợp. Quang Thùy đánh lên Cao Bằng nhanh chóng đánh bại và bắt được cả Lê Duy Chỉ, Hoàng Văn Đồng và Nông Phúc Tấn mang về Thăng Long xử tử. Trịnh Bồng cùng hai con trai bị nhóm tù trưởng người Man hại chết ở đất Vạn Tượng.

Ở phía tây, Trần Quang Diệu cũng nhanh chóng diệt được thế lực cựu thần nhà Lê của Trần Phương Bính ở ven núi Hồng Lĩnh.Tới tháng 6 năm 1791, Quang Diệu mang 3 vạn quân sang Trấn Ninh bắt được các tù trưởng thiệu Kiểu, thiệu Đế. Tháng 8 năm đó, Quang Diệu đánh bại Quy Hợp. Tháng 10, quân Tây Sơn tiến sang Vạn Tượng. Vua Vạn Tượng là Chao Nan  không chống nổi phải bỏ trốn sang Xiêm. Trần Quang Diệu tiến vào Viêng Chăn đến tận biên giới Xiêm, các tướng Vạn Tượng là Tả Phan Dung, Hữu Phan Siêu tử trận. Tháng 10 năm 1791, Tây Sơn chiếm xong Vạn Tượng, nhưng quân Xiêm dàn trận định đánh úp, Trần Quang Diệu buộc phải rút về nước. Nguyễn Ánh ở Gia Định thấy tình thế không thuận lợi nên không dám ra quân.

4.3. Kế hoạch Nam Tiến dang dở

Tháng 2/1787, sau nhiều ngày lênh đênh trên biển vì gặp bão và một số rắc rối khác, Bá Đa Lộc và hoàng tử Cảnh mới đến được nước Pháp, đến tháng 5 họ mới được yết kiến vua Louis XVI, Bá Đa Lộc thay mặt Nguyễn Ánh đàm phán và ký với Pháp hiệp ước 10 khoản, nội dung chính là về việc vua Pháp cam kết cung cấp cho Nguyễn Ánh 4 chiếc tàu chiến loại frégaté cùng 1.200 bộ binh, 200 pháo binh và 250 lính Cafres (lính da đen châu Phi) và các phương tiện trang bị vũ khí tương ứng; ngược lại Nguyễn Ánh chấp thuận nhường cửa biển Đà Nẵng và quần đảo Côn Lôn cho Pháp, cho phép người Pháp được quyền tự do buôn bán và kiểm soát thương mại của người nước ngoài ở Việt Nam, mỗi năm sẽ đóng trả cho Pháp một chiếc tàu giống với loại tàu Pháp viện trợ đồng thời cung cấp lương thực và quân nhu thiết yếu cho Pháp khi Pháp có chiến tranh với một nước khác ở khu vực Viễn Đông. Tuy nhiên hiệp ước này vĩnh viễn không được thực hiện, vì chỉ hai năm sau chế độ quân chủ của vua Louis XVI đã bị lật đổ bởi cách mạng tư sản Pháp năm 1789.

 Bá Đa Lộc đã tự quyên góp tiền từ các thương gia có ý định đặt cơ sở buôn bán ở Đại Việt cùng với số tiền 15.000 franc Pháp của gia đình mình cho, đem mua súng đạn và tàu chiến cùng một số lính đánh thuê. Tháng 6 năm 1789, Bá Đa Lộc cùng Nguyễn Phúc Cảnh về đến Gia Định. Tiếp đó, các tàu buôn chở súng ống thuốc đạn cũng lục tục sang sau. Bấy giờ những người Pháp gồm Jean-Baptiste Chaigneau, Philippe Vannier, De Forcant, Olivier de Puymanel, Jean-Marie Dayot v.v.. cả thảy đến non 20 người theo Bá Đa Lộc sang gia nhập phe Nguyễn Ánh. Những người Pháp mà do Bá Đa Lộc chiêu mộ này ra sức giúp đỡ Nguyễn Ánh trong việc tiến hành du nhập kỹ nghệ, và xây dựng, sửa sang thành Gia Định, Vĩnh Long, Châu Đốc, Hà Tiên, Biên Hòa, Bà Rịa, huấn luyện cơ đội pháo thủ, tổ chức bộ binh và rèn luyện binh lính theo lối châu Âu, trung gian mua tàu chiến và vũ khí.

Nhờ sự giúp đỡ của lực lượng và khí tài Pháp này, mà tháng 8/1791, Nguyễn Ánh đã đánh bại, tiêu diệt hoàn toàn lực lượng thủy quân của Nguyễn Nhạc. Nguyễn Nhạc lúc này chỉ còn kiểm soát được Quy Nhơn, Phú Yên và Quảng Ngãi, mất Bình Thuận, Diên Khánh vào tay Nguyễn Ánh. Sau vụ đó, vua Quang Trung bực tức lên kế hoạch báo thù, tiêu diệt tận gốc Nguyễn Ánh, ông ra sức trấn an Nguyễn Nhạc và nhân dân trong vùng do Nguyễn Nhạc cai quản để chuẩn bị Nam tiến, ông còn thu dụng lực lượng hải tặc Tàu ô và liên kết với Thiên Địa hội và người Khách Gia (các tổ chức phản Thanh phục Minh lớn nhất khi đó), xúi giục họ quấy phá miền biên viễn phía Nam Trung Quốc để nhà Thanh bị cuốn vào các cuộc xung đột đó mà không rảnh tay can thiệp vào tình hình Bắc Hà. Quang Trung dự định phát động chiến dịch rất lớn,chia làm ba đường:

+ Nguyễn Nhạc và quân hải tặc Trung Hoa cùng theo đường bộ từ Phú Yên vào đánh Gia Định

+ Quân bộ của Quang Trung từ Phú Xuân đi thẳng qua lãnh thổ Vạn Tượng tới Nam Vang (Chân Lạp), từ đó cùng quân Chân Lạp kéo về Gia Định, bao bọc đường chạy của Nguyễn Ánh không cho sang Xiêm

+ Quân thủy của Quang Trung sẽ tiến vào đón lõng tận Hà Tiên đổ bộ lên đất liền để chặn đường rút của Nguyễn Ánh ra biển

Tuy nhiên kế hoạch chưa kịp thực hiện thì vua Quang Trung đột ngột qua đời vào tháng 9 năm 1792, để lại một tổn thất không gì bù đắp được, khi quá nhiều chính sách khôi phục đất nước sau thời kỳ binh đao, công cuộc chống thù trong giặc ngoài còn dang dở, cho đến nay nguyên nhân cái chết của vua Quang Trung vẫn là đề tài gây tranh cãi của giới sử học, nhưng giả thuyết phổ biến nhất là ông mắc chứng huyền vựng (tăng huyết áp gây tai biến mạch máu não dẫn đến đột quỵ) cộng thêm việc bắc tiến 3 lần liên tục trong 3 năm đã bào mòn sức khỏe của ông. Vua chỉ kịp dặn Trần Quang Diệu kế hoạch dời đô ra Nghệ An hay Phượng Hoàng Trung Đô nhưng kế hoạch này vì vướng chuyện chiến sự với quân Nguyễn, mà đã không bao giờ được thực hiện.

5. Suy yếu và sụp đổ

Giai đoạn này kéo dài trong 10 năm, từ năm 1792 sau khi vua Quang Trung qua đời đến năm 1802 sau khi vua Cảnh Thịnh (Nguyễn Quang Toản) bị Nguyễn Ánh bắt ở Bắc Hà, nhà Tây Sơn chính thức cáo chung, bao gồm các sự kiện chính như sau (1) Các cuộc thanh trừng nội bộ và chính trị suy đồi; (2) Từ chiến tranh giằng co đến thủy chiến Thị Nại- mồ chôn nhà Tây Sơn; (3) Các chiến dịch bắc phạt của Nguyễn Ánh và nỗ lực khôi phục và (4) Nguyễn Ánh trả thù nhà Tây Sơn.

5.1. Các cuộc thanh trừng nội bộ và chính trị suy đồi

Ngay sau khi vua Quang Trung qua đời, các huynh đệ và tướng lĩnh trong hàng ngũ Tây Sơn đã mất đi chất keo gắn kết, cộng thêm với những tỵ hiềm sẵn có trước đó, họ đã quay ra tranh đấu, thanh trừng lẫn nhau, vua Quang Toản còn quá nhỏ tuổi không kiểm soát được chính sự, lại thiếu quyết đoán và hay nghe lời xàm tấu, quyền lực rơi vào tay Bùi Đắc Tuyên- chú ruột Bùi Thị Xuân. Chứng kiến tình cảnh đó, một số tướng lĩnh như Phan Văn Lân, Đặng Xuân Phong, Nguyễn Văn Lộc, Lý Vân Bưu đã trao trả lại binh quyền lui về ở ẩn. Bản thân Bùi Đắc Tuyên kết oán với nhiều người, sợ có biến nên hắn đóng dinh phủ tại chùa Thiền Lâm (phía Nam sông Hương, Huế ngày nay), vì thế mà Thiền Lâm được xem là "dinh Thái sư". Toàn bá quan văn võ kể cả vua Quang Toản muốn trình việc gì với Bùi Đắc Tuyên thì phải thân hành lên chùa vào ban đêm vì ban ngày quan thái sư bận đánh bạc và ngủ.

Sự việc đầu tiên là Bùi Đắc Tuyên gièm pha, xàm tấu vua Cảnh Thịnh giết tướng Lê Văn Hưng. Đại tư mã Ngô Văn Sở can, nhưng không được. Quan Phụ chính Trần Văn Kỷ can thiệp, Bùi Đắc Tuyên nổi giận giáng chức, bắt đi coi ngựa. Sau đó  Tuyên lại sai Ngô Văn Sở ra Bắc Hà thay cho Đại đô đốc Võ Văn Dũng và gọi ông này về Phú Xuân. Võ Văn Dũng về gặp Trần Văn Kỷ và Phạm Công Hưng bày mưu diệt trừ Bùi Đắc Tuyên và cả Ngô Văn Sở (vì cho rằng Sở là vây cánh của Tuyên)

Năm 1795, Võ Văn Dũng cho quân vây chùa Thiền Lâm bắt sống Bùi Đắc Tuyên trong đêm, cho quân lùng bắt Bùi Đắc Trụ (con của Tuyên), rồi giả chiếu của Cảnh Thịnh ra Bắc Hà bắt Ngô Văn Sở, giải về Phú Xuân kết tội mưu phản rồi dìm tất cả xuống sông Hương cho chết đuối, trước tình cảnh Võ Văn Dũng ngang nhiên tự mưu sát hại các quan đại thần triều đình lúc đó, vua Cảnh Thịnh hoàn toàn bất lực. Võ Văn Dũng còn muốn nhắm cả vào vợ chồng Trần Quang Diệu và Bùi Thị Xuân, vì đây là những người thân tín ruột thịt của Bùi Đắc Tuyên, sợ họ sẽ báo thù.

Trần Quang Diệu khi ấy đang đi đánh Diên Khánh, nghe thấy tin dữ vội vã thu quân trở về Phú Xuân, đóng ở mặt nam sông Hương, hai bên Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu suýt nữa đã xảy ra giao chiến, Vua Cảnh Thịnh phải cho người ra khuyên giải, mâu thuẫn giữa hai đại tướng mới được thu xếp ổn thỏa, hai bên đồng ý giảng hòa, nhưng ít lâu sau Quang Toản nghe lời gièm pha lại rút bớt binh quyền của Trần Quang Diệu.

Ngay đến trong hoàng tộc Tây Sơn cũng xảy ra nạn nồi da nấu thịt, tháng 7 năm 1793, Nguyễn Ánh tấn công Quy Nhơn, Nguyễn Nhạc chống không nổi phải cầu cứu Phú Xuân, Quang Toản cho Lê Trung, Nguyễn Văn Huấn vào cứu giá nhưng nhân vụ đó lại tịch biên hết của cải, đất đai của Quy Nhơn để nhập vào Phú Xuân, chỉ cho con của Nguyễn Nhạc là Nguyễn Bảo được thừa hưởng một huyện nhỏ để ăn lộc, phá vỡ hẹn ước của vua Quang Trung với Thái Đức trước đó, Nguyễn Nhạc khi ấy đang ốm nằm liệt giường, biết chuyện vua cháu làm vậy, ông uất ức thổ huyết mà chết.

Nguyễn Bảo vì chuyện này mà nuôi chí hàng Nguyễn Ánh, viết thư hẹn với Nguyễn Ánh đề nghị phối hợp và chiêu dụ tướng cũ của cha vây đánh chiếm được thành Quy Nhơn định mang dâng cho Nguyễn Ánh, đồng thời viết thư chiêu dụ Lê Trung, Nguyễn Văn Huấn. Trần Quang Diệu từ Phú Xuân mang quân vào đánh, hạ thành Quy Nhơn, bắt được Nguyễn Bảo dìm xuống sông giết chết, Lê Trung mặc dù trước đó đã chủ động giao binh quyền cho Trần Quang Diệu, không tham gia vào vụ làm loạn của Nguyễn Bảo, nhưng vẫn bị bọn gian thần xàm tấu, ông cùng thiếu bảo Nguyễn Văn Huấn bị Cảnh Thịnh xử tử, con rể ông là tướng Lê Chất bất mãn chạy sang hàng Nguyễn Ánh.

Trong khi triều đình Tây Sơn suy đốn như thế thì các quan lại ở ngoài lại đua nhau bóc lột đục khoét nhân dân. Họ thường đàn áp thẳng tay cựu đảng họ Nguyễn ở Đàng Trong và họ Lê ở Đàng Ngoài có khi cả một làng bị đồ sát vì "Phù Lê" hoặc "Phù Nguyễn". Quân lính của Tây Sơn bây giờ không giữ kỷ luật như ở thời vua Quang Trung còn sống nữa, thường hay nhũng nhiễu ức hiếp dân chúng khiến nhân dân ngày một chán ghét. Về cuối đời vua Cảnh Thịnh, quan lại của triều đại Tây Sơn thối nát rẻ rúng đến nỗi trong dân gian Nam Hà có bài ca dao:

Dân chúng Bắc Hà cũng căm ghét tột độ nhà Tây Sơn, đương thời lưu truyền câu hát: "Lạy trời cho chóng gió nồm- Cho thuyền chúa Nguyễn dong buồm trảy ra." mong ngày quân Nguyễn tiến ra Bắc diệt Tây Sơn.

5.2. Từ chiến tranh giằng co đến thủy chiến Thị Nại- mồ chôn nhà Tây Sơn

Nguyễn Ánh sử dụng mối quan hệ hữu hảo của mình với vua Xiêm để mở thêm một cánh quân từ phía Tây: Nguyễn Ánh thuyết phục vua Xiêm cho Nguyễn Văn Thoại (vốn đang đi sứ ở Bangkok) sang Vạn Tượng nhằm cùng với nước này phối hợp đánh Tây Sơn và vua Xiêm đồng ý. Đến khoảng năm 1793, vua Xiêm cho phép Nguyễn Ánh đưa quân vào Vạn Tượng để tạo thêm nghi binh áp lực đối với khu vực trấn Nghệ An của Tây Sơn.Thời gian sau, tướng Nguyễn Văn Thoại cùng với vua Vạn Tượng Inthavong  đã rất thành công trong kế hoạch quấy rối Tây Sơn từ phía Tây (tuy nhiên việc này cũng khiến Xiêm trở nên nghi ngờ mối quan hệ Vạn Tượng-Nguyễn Ánh). Để cảm tạ sự giúp đỡ của Vạn Tượng, sau này lên ngôi vua Gia Long đã cắt Trấn Ninh cho Vạn Tượng.

Tháng 4 năm 1794, Quang Toản sai Phạm Văn Hưng và Trần Quang Diệu vào Quy Nhơn. Quân Nguyễn ban đầu gặp Tây Sơn là rút chạy khiến cho Tây Sơn tiến quân nhanh chóng: Tây Sơn đánh được tới tận vùng Ba Ngòi, Khánh Hòa và sau đó là thủy bộ phối hợp vây thành Diên Khánh (khi này do Nguyễn Phúc Cảnh và Bá Đa Lộc trấn giữ). Nguyễn Văn Hưng dẫn hơn 40.000 quân bộ tiến đánh Phú Yên, Trần Quang Diệu mang thủy quân đánh Nha Trang. Dựa vào thế thành kiểu mới vững chãi và việc Tây Sơn không có vũ khí công thành hiệu quả, quân Nguyễn thực hiện nội công ngoại kích khiến cho Tây Sơn bị tiêu hao nhiều sinh lực và buộc họ phải rút lui vào ngày 23 tháng 5. Thấy thế, Nguyễn Ánh liền cho quân đuổi theo truy kích tới tận đầm Thị Nại, nơi thủy binh của ông chiếm ưu thế và dồn ép mạnh quân Tây Sơn. Ngoài ra, một số cánh quân Nguyễn khác gồm cả thủy lẫn bộ đánh trận ở nhiều nơi, trong đó họ thắng vài trận quan trọng ở núi Chúa (nay thuộc Ninh Thuận) và Đại Cổ Lũy (Quảng Ngãi) nhưng chẳng thể giữ lâu vì sức của quân Tây Sơn vẫn còn mạnh.

Quân Nguyễn dẫu lâm vào thế phòng thủ cũng ra sức chống cự, nhiều lần kìm hãm, thậm chí là đánh lại được quân Tây Sơn nhưng vẫn không ngăn được dòng tiến quân của Tây Sơn. Tướng Lê Trung tiến sâu vào lãnh thổ của quân Nguyễn, đánh chiếm được đến tận Phan Rang. Tháng 2 âm lịch năm 1795, Nguyễn Ánh ra sức phản công: cho Thái tử Cảnh giữ Gia Định, ông chia các tướng trấn giữ nhiều nơi nhằm kiềm hãm Tây Sơn rồi tự mình đem binh đi cứu Diên Khánh, có lúc đánh ra tận Phú Yên để tạo gọng kiềm kẹp quân Tây Sơn. Mặc cho cố gắng vậy, cho tới thời điểm tháng 4 năm 1795, mọi nỗ lực của quân Nguyễn đã không thể phá được Tây Sơn mà chỉ tạo ra thế giằng co qua lại. Chiến cục giằng co này đặc biệt rõ ở các khu vực Ninh Thuận - Khánh Hòa; trong khi thành Diên Khánh vẫn bị Tây Sơn vây chặt. Đúng lúc này xảy ra vụ việc Võ Văn Dũng thanh trừng thế lực của Bùi Đắc Tuyên và lục đục với Trần Quang Diệu, tranh thủ nhà Tây Sơn mâu thuẫn nội bộ, quân Nguyễn phản công chiếm được Diên Khánh.

Tháng 3 năm 1797, Nguyễn Ánh thân chinh tấn công ra Quy Nhơn, trong khi Nguyễn Văn Trương đánh Phú Yên, Nguyễn Văn Thành và Võ Tánh tấn công Hội An, sau cùng vì Quy Nhơn được nhà Tây Sơn phòng thủ quá chặt, Nguyễn Ánh vòng lên đánh Đà Nẵng rồi Hải Vân. Quân Nguyễn định đánh lấy Chiêm Dinh (dinh Quảng Nam), quân Tây Sơn tập trung đông ở Đà Nẵng để phòng giữ.Nhưng được mấy tháng, quân Nguyễn lại rút về vì thuyền chở quân lương từ Gia Định bị ngược gió không lên kịp.

Tháng 7 năm 1799, Nguyễn Ánh lại tấn công Quy Nhơn, sai Lê Văn Duyệt và Tống Viết Phước chặn đánh Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu ở Quảng Ngãi, Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu thua trận, bị quân Nguyễn truy kích gắt gao. Sau cùng, Nguyễn Ánh hạ thành Quy Nhơn, đổi tên thành Bình Định, giao cho Võ Tánh và Ngô Tùng Châu giữ thành.

Vì Quy Nhơn là đất tổ của nhà Tây Sơn, nên Võ Văn Dũng và Trần Quang Diệu lập tức lên kế hoạch phản công tái chiếm, Võ Tánh cùng Ngô Tùng Châu kiên quyết tử thủ, cầm chân quân Tây Sơn gần 1 năm để quân chủ lực của Nguyễn Ánh vượt biển ra đánh Quảng Nam và Phú Xuân. Năm 1800, Nguyễn Ánh còn lệnh cho Nguyễn Văn Thụy và Lưu Phước Tường phối hợp với quân Vạn Tượng đánh xuống Nghệ An và Thanh Hóa tạo gọng kìm gây cản trở quân Tây Sơn ở phía Bắc.

Tháng 1 năm 1801, Lê Văn Duyệt cùng Võ Di Nguy chỉ huy quân Nguyễn tiêu diệt toàn bộ thủy quân của Võ Văn Dũng ở đầm Thị Nại, mặc dù tướng Võ Di Nguy bị trúng đạn pháo tử trận nhưng sĩ khí quân Nguyễn ngày một tăng lên chứ không hề thuyên giảm. Đến tháng 5 năm 1801, Nguyễn Ánh thành công hạ thành Phú Xuân, bắt được Phò mã Tây Sơn Nguyễn Văn Trị và Đô đốc là Phạm Văn Sách, rồi tiến vào cửa Eo, Nguyễn Văn Trương và Phạm Văn Nhân chỉ huy cũng đã lấy được cửa Thuận An rồi chờ đại quân của Nguyễn Ánh đến hội họp ở đó. Vua Cảnh Thịnh đem hết quân còn lại chống giữ. Quân Nguyễn nhân thế thắng tiến lên, quân Tây Sơn tan vỡ, bỏ chạy tan tác, hai hoàng đệ của vua Cảnh Thịnh là Quang Xuân và Quang Điện đều bị bắt. vua Cảnh Thịnh cùng Bùi Thị Xuân, Nguyễn Văn Tuyết bỏ chạy ra Bắc Hà.

Thảm bại tại trận Thị Nại đã gây ra tổn thất không thể đếm xuể cho nhà Tây Sơn, các chiến hạm của Phú Xuân đều ra tro, thuyền lớn thuyền nhỏ đến quá trưa mới tắt lửa. Theo thư tay viết lại của các giáo sĩ phương Tây, tính ra quân Nguyễn chết mất 4.000, nhưng quân Tây Sơn mất tới 20.000 lính và hầu hết cả hải đội hùng mạnh: thuyền buồm các loại bị mất 1.800 chiếc, 600 khẩu đại bác đủ cỡ và nhiều quân nhu, vũ khí, vàng bạc của binh tướng Tây Sơn rơi xuống đáy biển hết.

5.3. Chiến dịch bắc phạt của Nguyễn Ánh và nỗ lực khôi phục của Quang Toản

Tháng 5 năm 1801, vua Cảnh Thịnh được Bùi Thị Xuân, Nguyễn Văn Tuyết hộ giá vứt bỏ sắc ấn của nhà Thanh, đem theo vàng bạc châu báu cùng thái hậu Bùi Thị Nhạn chạy ra Nghệ An. Khi vừa ra khỏi cầu Phú Xuân vài dặm thì quân đều chạy tán ra bốn phía. Vua Cảnh Thịnh bèn cùng các em là Thái tể Nguyễn Quang Thiệu và Nguyên súy Nguyễn Quang Khanh cưỡi ngựa theo hướng lũy Động Hải. Ngày 5 tháng 5 qua sông Gianh, quân Nguyễn mất dấu không đuổi theo kịp phải rút về. Vua Cảnh Thịnh chạy thoát ra được Thăng Long, tuy nhiên vợ chồng Trần Quang Diệu- Bùi Thị Xuân bị đánh bại ở Nghệ An và bị bắt sống, Võ Văn Dũng trốn biệt tích, có thuyết nói rằng ông phải trốn lên vùng cao nguyên ở lẫn với người Thượng để tránh bị quân Nguyễn truy sát, có thuyết nói ông bị bắt ngay sau Cảnh Thịnh năm 1802.

Tại Thăng Long, vua Cảnh Thịnh cùng các quan đại thần như Ngô Thì Nhậm, Phan Huy Ích mưu tính việc cầu viện nhà Thanh để báo phục, tuy nhiên khi sứ nhà Tây Sơn đến nơi thì gặp sứ thần Trịnh Hoài Đức của quân Nguyễn cũng ở đó, vua Gia Khánh của nhà Thanh phát giác ra chuyện Tây Sơn khi xưa chủ mưu xúi giục bọn hải tặc Tàu ô cướp phá biên giới Quảng Đông và liên kết với các thế lực phản động như Thiên Địa hội, Bạch Liên giáo và người Khách Gia ở Quảng Đông nên nhận sắc của sứ Nguyễn, đuổi sứ thần Tây Sơn về.

Tháng 8 năm 1801, vua Cảnh Thịnh sai Quang Thùy kiểm điểm binh mã đến đóng đồn ở trấn Nghệ An. Tháng 11, để em là Quang Thiệu, Quang Thanh ở lại giữ Bắc Thành, còn bản thân đốc quân lính 6 trấn và lính Thanh, Nghệ cộng ba vạn người, tự làm tướng đem quân nam hạ, lấy Tiết chế Nguyễn Quang Thuỳ và Tổng quản Siêu làm tiên phong đánh lũy Trấn Ninh. Tư lệ Tuyết, Đô đốc Nguyễn Văn Kiêm tiến đánh lũy Đâu Mâu; Thiếu úy Đặng Văn Bằng, Đô đốc Lực liên kết với quân Tàu Ô dàn chiến hạm chắn ngang sông Gianh, binh thế ở ngoài biển rất đông, quân Nguyễn lui giữ Động Hải. Ngày 30 tết, vua Cảnh Thịnh đem đại quân vượt sông Gianh, nhưng Nguyễn Ánh đích thân dẫn quân chống trả, phía quân Nguyễn có Phan Văn Nhân và Đặng Trần Thường thống lĩnh quân bộ, Nguyễn Văn Trương đốc suát thủy quân, tháng 1 năm 1802, quân của Quang Thùy tiến sát lũy Trấn Ninh, nhưng bị đẩy lùi. Cảnh Thịnh lại đem hết quân tiến sát đến lũy Đâu Mâu,quân Nguyễn bắn súng và ném đá xuống làm cho quân Tây Sơn bị thương, chết rất nhiều, tướng Tây Sơn là Nguyễn Văn Kiên ra đầu hàng quân Nguyễn.

Trận thua ở sông Gianh đã lấy đi toàn bộ vốn liếng cuối cùng của nhà Tây Sơn, quân của Cảnh Thịnh không còn đến phần mười, khí giới và lương thảo đều bị quân Nguyễn tịch thu, nhà Tây Sơn không còn đủ khả năng tổ chức bất cứ chiến dịch phản công nào, chỉ có thể cầm cự yếu ớt thậm chí rút chạy.

Tháng 6 năm 1802, quân Nguyễn chiếm được Sơn Nam, uy hiếp mặt nam của Thăng Long, vua Cảnh Thịnh chạy lên Kinh Bắc sửa cung phủ, làm cầu phao giữa sông Cầu và sông Thương, để tiện đường lánh sang Lạng Giang, bị quân Nguyễn truy kích phải vượt sông Nhị Hà chạy lên đến Xương Giang. Trong trận chiến hộ giá này, vợ chồng đô đốc Nguyễn Văn Tuyết - Trần Thị Lan cùng thái hậu Bùi Thị Nhạn đều thua trận tự sát chết để không rơi vào tay giặc.

Quang Thùy tìm cách chạy đến trấn Bảo Lộc là nơi hiểm yếu để nghĩ bề chống giữ, nhưng quân lính trên đường đi đều tản mát hết cả, cùng đường đành tự thắt cổ chết ở cầu Quất Lâm. Ngày 17/6/1802, quân Nguyễn lấy Kinh Bắc, sang ngày hôm sau Lê Văn Duyệt tiến quân vào thành Thăng Long. Vua Cảnh Thịnh cùng em là Quang Thiệu chạy đến Lạng Giang thì bị dân địa phương bắt, đóng cũi giải về Thăng Long, nhà Tây Sơn chính thức mất, vợ của vua Cảnh Thịnh là Lê Ngọc Bình (em gái công chúa Lê Ngọc Hân) cũng bị bắt làm vợ Nguyễn Ánh.

Về phần Nguyễn Ánh, trước khi tiến hành chiến dịch bắc phạt, ông chỉ muốn tóm gọn vua tôi Tây Sơn, không có ý định chiếm giữ Bắc Hà lâu dài, mà muốn tìm một người họ Lê để giao lại chính quyền, nhưng mưu sĩ Đặng Đức Siêu đã hiến kế cho Nguyễn Ánh xưng đế rồi mới cất quân thảo phạt nhà Tây Sơn, bởi vì nhà Lê đã mất, đất Bắc Hà của nhà Lê là bị Tây Sơn chiếm, hợp thức hóa cho nhà Nguyễn việc lấy đất Bắc Hà từ tay Tây Sơn và thống nhất đất nước thành một dải kéo dài từ Lũng Cú đến mũi Cà Mau sau 250 năm chia cắt. Ngày 23/6/1802, Nguyễn Ánh lần đầu tiên đặt chân ra Thăng Long.

5.4. Nguyễn Ánh trả thù tàn bạo nhà Tây Sơn

Tháng 12 năm 1802, Nguyễn Ánh làm lễ Hiến phù, báo công với tổ tiên, trả thù hoàng tộc Tây Sơn và giới tướng lĩnh một cách tàn bạo, để báo thù cho việc nghĩa quân Tây Sơn năm xưa đã hành quyết tông tộc họ Nguyễn ở Gia Định, quật hài cốt lăng mộ của các đời chúa Nguyễn và thân phụ Nguyễn Phúc Luân của Nguyễn Ánh và đem vứt xuống sông Hương:

+ Quang Tự, Quang Điện, Nguyễn Văn Trị rồi các con của Nguyễn Nhạc gồm Thanh, Hán, Dũng bị giết ngay sau khi bị bắt, 31 người có quan hệ huyết thống với Nguyễn Huệ đều bị xử lăng trì.

+ Quang Toản và những người con khác của Nguyễn Nhạc, Nguyễn Huệ là Quang Duy, Quang Thiệu và Quang Bàn bị 5 voi xé xác, đầu bị bỏ vào vò và giam trong ngục tối.

+ Nữ tướng Bùi Thị Xuân và con gái bị voi giày, chồng bà là Trần Quang Diệu do trước đó đã có lần tỏ ra khoan thứ cho quân Nguyễn nên xin được Nguyễn Ánh tha cho mẹ già 80 tuổi trước khi bị xử chém ngang lưng.

+ Lăng mộ nhà Tây Sơn như các lăng của vua Thái Đức và vua Quang Trung bị quật lên, hài cốt bị giã nát quăng đi, đầu ba vua Tây Sơn (Thái Đức, Quang Trung và Cảnh Thịnh) và bài vị vợ chồng vua Quang Trung thì bị giam trong ngục tối.

Các quan văn khác của Tây Sơn như Ngô Thì Nhậm và Phan Huy Ích ra hàng thì cho đánh đòn và được tha về nhưng Ngô Thì Nhậm đã chết không lâu sau đó do bị đánh đòn quá nặng, Trần Văn Kỷ bị bắt ở Phú Xuân trước đó, trên đường áp giải ông đã nhảy xuống sông Hương tự vẫn, con cháu ông bị nhà Nguyễn tróc nã, tru di tam tộc. Phan Huy Ích được Gia Long mến tài, trọng dụng, tiếp tục làm quan cho nhà Nguyễn.

Nhà Nguyễn còn cho lùng sát dòng họ, họ hàng xa của một số danh tướng nhà Tây Sơn, tiêu biểu là dòng họ Bùi của nữ tướng Bùi Thị Xuân, và tiếp tục tra xét, sát hại các hậu duệ con cháu của vua Thái Đức và vua Quang Trung còn lẩn trốn trong dân gian trong hơn 30 năm sau đó đến tận đời vua Minh Mạng mới kết thúc.

Như vậy, tổng hợp kết cục của giới tướng lĩnh và văn thần nổi bật của nhà Tây Sơn như sau:

+ Tử trận: Võ Đình Tú, vợ chồng Nguyễn Văn Tuyết- Trần Thị Lan, Bùi Thị Nhạn, Quang Thùy.

+ Bị bắt xong tự sát: Đặng Xuân Bảo, Trần Văn Kỷ, Nguyễn Thị Dung, Huỳnh Thị Cúc.

+ Cáo binh, quy ẩn: Phan Văn Lân, Trương Văn Đa, Đặng Xuân Phong, Lý Vân Bưu, Nguyễn Văn Lộc, Nguyễn Quang Huy, Võ Văn Dũng (?), La sơn phu tử Nguyễn Thiếp.

+ Bị hành quyết : Vợ chồng Trần Quang Diệu- Bùi Thị Xuân, các con cháu trực hệ của vua Thái Đức và vua Quang Trung, Phan Văn Trị, Phạm Văn Tham, Phạm Văn Sách, Nguyễn Văn Danh, Ngô Thì Nhậm.

+ Chết trong các đợt thanh trừng nội bộ: Nguyễn Văn Duệ, Vũ Văn Nhậm, Lê Trung, Lê Văn Hưng, Nguyễn Văn Huấn, Ngô Văn Sở, Nguyễn Thung, Bùi Đắc Tuyên, Trương Mỹ Ngọc, Phạm Công Hưng.

+ Theo hàng quân Nguyễn: Lê Chất, Nguyễn Văn Trương, Phan Huy Ích.

Đây là nguyên nhân dễ thấy nhất, cái chết đột ngột của vua Quang Trung đã làm gián đoạn mọi chính sách, hoài bão của ông về thống nhất và xây dựng đất nước sau 250 năm binh đao chia cắt, và nhất là kế hoạch Nam tiến để tiêu diệt thế lực của Nguyễn Ánh, việc mất sớm của vua Quang Trung cũng để lại những khoảng trống quyền lực và lỗ hổng nội bộ khi ông không có đủ thời gian để bồi dưỡng năng lực cho Quang Toản và các con để lại những người thừa kế non nớt và chuyển vận hành từ chính quyền võ binh sang một nhà nước văn trị. Sau cùng quyền lực rơi vào tay những kẻ chuyên quyền, biến chất và ham tranh đấu như Bùi Đắc Tuyên, Võ Văn Dũng khiến cho bộ máy nhà nước ngày càng thoái hóa, chính sự suy đồi, vua Quang Toản và hoàng tộc nhà Tây Sơn gần như bất lực trước các phi vụ đấu đá, thanh trừng nội bộ của giới tướng lĩnh, khiến cho nhiều chỉ huy có tài như Lê Chất, Nguyễn Văn Trương chán ngán đã chủ động sang đầu quân cho Nguyễn Ánh, ngay đến trong hoàng tộc Tây Sơn cũng xảy ra nạn huynh đệ tương tàn, nồi da nấu thịt như giữa Quang Toản và Nguyễn Bảo giữa thời điểm chiến sự vô cùng căng thẳng nguy cấp, đáng lẽ phải là thời điểm củng cố hàn gắn sự đoàn kết trong nội tộc như hoàng tộc nhà Trần đã làm trong quá khứ, chủ động hòa giải mối hiềm khích giữa Trần Hưng Đạo và Trần Quang Khải khi phải đối mặt với quân Mông- Nguyên xâm lược.

Ngay đến khi vào thời điểm nguy cấp, Quang Toản và những cầm trịch bộ máy khi đó cũng đã đi vào "vết xe đổ'' là cầu viện ngoại bang can thiệp vào tình hình đất nước để mưu giữ cơ nghiệp (nhà Thanh), thứ mà trước đó họ đã sử dụng để chỉ trích Nguyễn Ánh hay Lê Chiêu Thống nhằm thu hút tính chính nghĩa trong mắt dân chúng.

Thực tế cái chết của vua Quang Trung không phải là nguyên nhân lớn nhất, bởi gần 10 năm sau ngày vua Quang Trung từ trần thì Nguyễn Ánh mới tiêu diệt tận gốc được nhà Tây Sơn, và nhà Tây Sơn vẫn tổ chức được ít nhiều các chiến dịch phản công nhưng đều thất bại do các chỉ huy chỉ biết đánh trận một cách chắp vá, thiếu cơ động, điển hình như cánh quân của Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng đã bị Võ Tánh và Ngô Tùng Châu cầm chân hơn 1 năm ở Quy Nhơn, tạo cơ hội cho Nguyễn Ánh đánh ra Phú Xuân, đầu não của vương triều, đầu đuôi không cứu ứng được cho nhau và sau đó bị Lê Văn Duyệt tiêu diệt hoàn toàn trong trận thủy chiến Thị Nại.

Mâu thuẫn nội bộ và sự bất cân xứng về tài năng lãnh đạo giữa ba anh em đặc biệt là Nguyễn Nhạc và Nguyễn Huệ khi vai trò hạt nhân của phong trào chuyển dần từ Nguyễn Nhạc sang Nguyễn Huệ, đồng thời cũng là nhân tố giúp Nguyễn Ánh lợi dụng để nhiều lần tái lập lực lượng và đánh chiếm Nam Bộ, biến nơi đây thành bàn đạp để trung hưng vương triều, khi Nguyễn Nhạc vì không ít lần ngờ vực sự trung thành Nguyễn Huệ mà ép Nguyễn Huệ lui binh ở Nam Bộ, tạo điều kiện cho Nguyễn Ánh thoát thân và tổ chức lại lực lượng, Nguyễn Huệ tuy bất mãn với anh nhưng do yếu tố tình cảm gia đình chi phối nên không nhẫn tâm có các hành động làm hại đến anh mình.

Ban đầu khi khởi sự, nghĩa quân Tây Sơn nghe theo lời khuyên của Trương Văn Hiến, đã lấy danh nghĩa diệt trừ Trương Phúc Loan, tôn phò hoàng tôn Nguyễn Phúc Dương, nhưng sau đó Nguyễn Nhạc lại theo hàng quân Trịnh của Hoàng Ngũ Phúc xin làm tiên phong đi đánh quân Nguyễn, rồi hành quyết Nguyễn Phúc Dương cùng các thủ hạ tại Nam Hà, ở Bắc Hà mặc dù trao trả chính quyền nhưng lại vơ vét tài sản hoàng gia của vua Lê khiến cho phong trào Tây Sơn trở nên bất tín nghĩa trong mắt dân chúng hai miền khi đó, một số lực lượng ban đầu theo Tây Sơn nhưng vì sự bất tín này mà đã quay lưng với Tây Sơn điển hình như Châu Văn Tiếp.

Các chiến dịch thảm sát cộng đồng người Hoa ở Cù Lao Phố và Chợ Lớn đã khiến cho cộng đồng này ra sức ủng hộ Nguyễn Ánh về mặt kinh tế và nhân lực, các nhân tài là học trò của nhà giáo người Hoa Võ Trường Toản đã có những đóng góp không nhỏ cho chính quyền của Nguyễn Ánh như Ngô Tùng Châu, Trịnh Hoài Đức, Lê Quang Định và Ngô Nhơn Tĩnh. Ngoài ra các hành động cưỡng bức tòng quân và lao dịch trong chiến dịch đánh quân Thanh cũng như những hành động đập phá Văn Miếu và bia tiến sĩ ở Quốc Tử Giám đã khiến cho tầng lớp sĩ phu Bắc Hà, những người có ảnh hưởng nhất trong bộ máy chính quyền Lê Trịnh lúc đó chống đối Tây Sơn quyết liệt hơn, khiến cho nhà Tây Sơn bị người dân cô lập ở cả hai miền đất nước.

Về mặt ngoại giao, nhà Tây Sơn đã không có chính sách hòa hoãn cần thiết với Xiêm La sau trận Rạch Gầm- Xoài Mút, khiến cho vua Xiêm tiếp tục giúp đỡ Nguyễn Ánh một cách gián tiếp sau này, về phần nhà Thanh, mặc dù nhà Tây Sơn tuy tỏ ra thần phục và có các động thái ngoại giao xoa dịu ngay sau trận thua của quân Thanh tại đồn Ngọc Hồi, nhưng lại bí mật dung dưỡng hải tặc Tàu ô và các thế lực phản động với nhà Thanh khi đó, khiến cho sau này nhà Thanh phát giác ra và kiên quyết không trợ giúp cũng như không tiếp tục công nhận tính hợp pháp của nhà Tây Sơn, biến Tây Sơn từ một chính quyền hợp pháp trở thành một thế lực phản loạn trong mắt nước lớn.