Chiến tranh Pháp - Đại Nam

Viết bài: Trần Phan - "Nats Blackfyre"

Hiệu đính: Hải Stark

Một trong những sự kiện nổi tiếng và có tầm ảnh hưởng nhất với lịch sử Việt Nam thời cận đại chính là cuộc xâm lược của nước Pháp vào lãnh thổ nước Đại Nam của nhà Nguyễn. Cuộc xâm lược này không chỉ chính thức chấm dứt thời kỳ độc lập hoàn toàn của nhà Nguyễn mà còn mở ra thời kỳ nước ta trở thành một nước thuộc địa nửa phong kiến. Vậy thì cuộc xâm lược ấy đã diễn ra như thế nào? Hãy cùng tìm hiểu trong bài viết ngày hôm nay.

Để có một cái nhìn tổng quan về cuộc chiến này, chúng ta cần phải hiểu về mối quan hệ giữa triều đình nhà Nguyễn với nước Pháp thời bấy giờ. 

Trước đó, trong cuộc chiến chống lại Tây Sơn, chúa Nguyễn Ánh đã nhận được sự trợ giúp của một số thủy thủ và giáo sĩ người Pháp (nổi bật nhất là Giám mục Pierre Pigneau de Behaine, tên tiếng Việt là Bá Đa Lộc). Sau khi tiêu diệt nhà Tây Sơn và lên ngôi trở thành vua Gia Long, ông vẫn duy trì quan hệ tốt với các quan sĩ Pháp và phong họ làm quan lại tại triều đình Huế. Tất nhiên những người Pháp này chủ yếu chỉ có chức tước suông chứ không được nắm thực quyền trong triều đình. 

Tuy nhiên theo thời gian, mối quan hệ giữa triều đình Nguyễn với người Pháp dần xấu đi. Năm 1817, nước Pháp đã phái thuyền đến để thăm dò bang giao, với đề xuất để nhà Nguyễn thi hành những điều ước đã ký kết trong Hiệp định Versailles năm 1787. Theo đó, để đổi lấy sự ủng hộ và giúp đỡ của nước Pháp thì nhà Nguyễn phải nhường cửa biển Đà Nẵng cùng quần đảo Côn Lôn lại cho Pháp. Vua Gia Long đã lấy cớ những thỏa thuận này vẫn chưa được Pháp thực hiện hoàn toàn để không phải cắt đất.

Sau khi vua Gia Long qua đời năm 1820, người kế vị là Minh Mạng lại không có cảm tình với người Pháp, đồng thời cũng có ác cảm với Công giáo ở châu Âu. Trong thời kỳ Minh Mạng nắm quyền, tín đồ Công giáo bị đàn áp quyết liệt. Với những người Pháp đã từng giúp vua Gia Long, Minh Mạng tỏ thái độ lạnh nhạt. Minh Mạng tuyên bố không cần phải ký thương ước giữa hai chính phủ, người Đại Nam vẫn đối xử tốt đẹp với người Pháp là đủ. Đồng thời, nhà vua cũng chỉ thỏa thuận mua bán với người Pháp nhưng không chấp nhận xây dựng đặt quan hệ ngoại giao chính thức với nước Pháp.

Bấy giờ trên toàn Đại Nam đã có nhiều người theo Công giáo (không có con số cụ thể, nhưng các ước tính cho rằng ít nhất phải có trên trăm nghìn người). Tuy vậy, thái độ của triều đình Huế và đại bộ phận dân chúng với những người theo Công giáo vẫn phần nhiều mang tính ác cảm và xa lánh. Do đó, người Pháp bắt đầu cảm thấy có trách nhiệm đảm bảo tính mạng cho họ. Những chính sách cấm đạo và đàn áp của triều đình Huế cũng tạo cho Pháp cái cớ để can thiệp bằng vũ lực. Ngay từ năm 1838, đã có sĩ quan Hải quân là Fourichon đề nghị nước Pháp gửi Hải quân tới can thiệp nhưng bị bác bỏ. Sau khi vua Minh Mạng qua đời năm 1841, người kế vị là vua Thiệu Trị có thái độ mềm mỏng hơn. Ông cho thả một số linh mục bị bắt và tỏ ý sẽ cho tàu sang châu Âu mua bán. Thế nhưng sự kiện đụng độ giữa tàu Pháp và tàu Việt ở Đà Nẵng năm 1847 đã khiến nhà vua tức giận. Thiệu Trị ra lệnh xử tử ngay tại chỗ tất cả người Âu bắt được tại Đại Nam.

Khi vua Tự Đức nối ngôi cuối năm 1847, triều đình Huế vẫn không thay đổi gì trong chính sách đối xử với người ngoại quốc. Nhà Nguyễn vẫn đi theo đường lối cai trị Nho giáo truyền thống, không có một biện pháp nào đối phó với phương Tây, ngược lại chỉ tiếp tục cho cấm đạo và hạn chế giao thương quyết liệt hơn trước.

Đối với Pháp, Việt Nam là một nước quan trọng trong chính sách giao thương và mở rộng tầm ảnh hưởng của họ. Từ nhiều thế kỷ trước, các nhà truyền đạo của Pháp đã đến Đại Nam để thực hiện các mưu đồ tôn giáo lẫn chính trị. Khi còn tại vị, Hoàng đế Pháp Napoleon I từng muốn có một căn cứ tại Việt Nam để hạn chế tầm ảnh hưởng của người Anh ở Ấn Độ, nhưng chưa thực hiện vì nhiều lý do.

Đến giữa thế kỷ 18, thì việc để mất Ấn Độ đã khiến nước Pháp lâm vào thế yếu trong cuộc tranh đấu với nước Anh. Pháp buộc phải mở rộng thuộc địa cùng địa bàn hoạt động để có thể mở rộng thông thương sang Trung Quốc, và Đại Nam là một quốc gia có vị trí chiến lược quan trọng. Người Pháp tin rằng việc chiếm được Đại Nam không chỉ đem đến vinh quang mà còn củng cố quyền lợi thương mại, khẳng định vị thế của một cường quốc thực dân.

Ngày 22 tháng 4 năm 1857, Napoleon III quyết định thành lập một hội đồng để xét lại Hiệp ước Versailles. Âm mưu của Pháp lúc đó là muốn dựa vào Hiệp ước Versailles để "hợp pháp hóa" việc mang quân sang đánh chiếm Đại Nam. Nhưng trong thực tế thì hiệp ước đó đã bị thủ tiêu ngay sau khi kí kết, Pháp lúc đó không có điều kiện thi hành vì còn lo đối phó với cách mạng trong nước. Tháng 7 năm 1857, Napoleon III quyết định can thiệp vào Đại Nam bằng vũ lực. Pháp đã lấy cớ trả thù việc triều đình Huế không tiếp nhận quốc thư của Pháp tháng 9 năm 1856. Mặt khác, họ còn lấy cớ "bênh vực đạo", "truyền bá văn minh Công giáo" để tranh thủ sự đồng tình ủng hộ của dư luận Công giáo ở Pháp và Đại Nam.

Năm 1857, Tự Đức lại cho xử tử hai nhà truyền giáo Tây Ban Nha. Đây không phải là đầu tiên nhưng cũng không phải là sự cố mới nhất, và lần trước chính phủ Pháp đã bỏ qua các hành động khiêu khích kiểu này. Nhưng lần này, Tự Đức hành xử không đúng thời gian, vì hiện đang diễn ra Chiến tranh Nha phiến lần 2 giữa các nước phương Tây với nhà Thanh ở Trung Quốc. Quân đoàn viễn chinh của Anh và Pháp được gửi đến vùng Viễn Đông để tham chiến, và kết quả là Pháp có thừa quân trong tay để can thiệp vào tình hình Đại Nam. Tháng 11 năm 1857, Napoleon III ra lệnh Đô đốc Charles Rigault de Genouilly đem một đoàn viễn chinh sang trừng phạt Đại Nam, có cả sự hỗ trợ của Tây Ban Nha. Đến chiều ngày 31 tháng 8 năm 1858 thì toàn bộ lực lượng trên đã có mặt trước cửa biển Đà Nẵng.

Sáng ngày 1 tháng 9 năm 1858, De Genouilly gửi tối hậu thư buộc quan Trấn thủ Đà Nẵng trong hai giờ phải giao nộp tỉnh thành. Thế nhưng liên quân Pháp - Tây Ban Nha không đợi trả lời mà đã nhanh chóng nổ súng bắn vào Đà Nẵng, chính thức mở màn cuộc xâm lược.

Khi đánh vào Đà Nẵng, người Pháp cho rằng họ sẽ được sự ủng hộ diện rộng của giáo dân trong khu vực. Tuy nhiên thực tế lại khác xa khi người Pháp không được toàn bộ giáo dân ở Đà Nẵng ủng hộ. Tất nhiên họ vẫn nắm lợi thế về vũ khí và lực lượng. Liên quân Pháp - Tây Ban Nha đánh Đà Nẵng có khoảng 3000 người. Trong khi đó, quân Nguyễn trấn thủ Đà Nẵng ban đầu có 2000 người, sau được chi viện thêm từ Huế, lên khoảng 7000 quân; nhưng sức chiến đấu kém hơn và vũ khí lạc hậu hơn hẳn. Liên quân Pháp - Tây Ban Nha gồm hai bộ phận: Bộ phận thứ nhất gồm ba tàu chiến, tập trung hỏa lực bắn vào các đồn ở Sơn Trà. Sau đó, bộ phận thứ hai sẽ nhanh chóng tiến gần vào cửa sông Đà Nẵng để bắn vào các đồn Đông và Tây ở đây.

Chỉ trong 2 ngày, cả hai đồn Đông và Tây đều bị vỡ, quân Pháp và Tây Ban Nha đổ bộ lên bán đảo Sơn Trà. Quân nhà Nguyễn phải vừa đánh vừa lui, lập phòng tuyến để ngăn quân địch tiến sâu vào nội địa. Vua Tự Đức nghe tin cũng ngay lập tức cử người đem quân đến chi viện. Tuy vậy, quân Nguyễn vẫn không cản được liên quân Pháp - Tây Ban Nha, phòng tuyến bị vỡ và quân địch tràn được vào nội địa. Triều đình bèn cử Nguyễn Tri Phương bấy giờ đang là Kinh lược sứ Nam Kỳ vào thay quyền chống địch.

Vì thấy rõ rằng quân triều đình kém xa về cả vũ khí và tinh thần chiến đấu, nên Nguyễn Tri Phương không chủ trương đánh chính diện. Thay vào đó, ông cho tiến hành chiến tranh phục kích và tiêu thổ, đồng thời cho quân đắp lũy để chặn quân địch ngoài mé biển. Sau nhiều tháng liền bị cầm chân, liên quân Pháp - Tây Ban Nha dần mệt mỏi và suy yếu vì khí hậu, bệnh tật và thiếu ăn. Bấy giờ có một số giáo sĩ khuyên De Genouilly nên đem quân đánh ra Bắc Kỳ để tranh thủ sự ủng hộ của giáo dân và các thế lực cũ còn trung thành với nhà Lê. Nhưng sau khi cân nhắc kỹ, De Genouilly không đồng ý mạo hiểm. Đến ngày 2 tháng 2 năm 1859, De Genouilly rút phần lớn quân vào miền nam, mở mặt trận mới ở Gia Định, chỉ để 1000 quân và 6 tàu chiến ở lại. Lý do quân Pháp đổi mục tiêu sang Gia Định là vì ở đây có hệ thống sông rạch chằng chịt thuận lợi cho thủy quân, nhiều sản vật, nhiều của cải và lúa gạo nhất Đại Nam. De Genouilly muốn chiếm Gia Định để có thể "vừa lập nghiệp, vừa phòng thủ", "vừa hành binh, vừa lưu thông thương mại dễ dàng".

Sáng ngày 16 tháng 2 năm 1859, 7 tàu chiến Pháp dàn trận trên sông Cần Giờ rồi bắn phá khiến quân Nguyễn phải rút chạy. Đến hôm sau, quân Pháp đã đến ngay trước thành Gia Định. Nhờ cho tàu thám thính và có sự chỉ dẫn của một giáo sĩ, nên quân Pháp hiểu khá rõ lực lượng và cách bố phòng của thành Gia Định. Đến sáng sớm ngày 18 tháng 2, De Genouilly cho đại bác trên tất cả các tàu chiến bắn yểm hộ rồi cho một cánh quân đổ bộ rồi dùng chất nổ phá thành. Pháo trên thành bắn xuống tàu chiến Pháp nhưng không hiệu quả. Sau khi đánh thủng được cửa đông, quân Pháp dùng thang cao leo vào thành rồi đánh giáp lá cà với quân Nguyễn. Đến 10 giờ trưa, Hộ đốc Võ Duy Ninh đang giữ trọng trách trấn thủ thành cho rằng đánh không nổi, nên ra lệnh lui quân, bỏ lại hầu hết súng đạn, thóc gạo và hơn trăm thuyền chiến gỗ trên sông Thị Nghè. Chỉ trong một buổi sáng, quân Pháp chiếm được thành Gia Định. Tuy vậy, vì không đủ quân giữ thành và không được giáo sĩ và giáo dân hỗ trợ nhiều, lại liên tục bị các đội nghĩa quân Việt bám sát và quấy rối, nên quân Pháp quyết định cho phá hủy thành Gia Định. Ngày 8 tháng 3, De Genouilly cho đặt mấy chục ổ thuốc nổ phá tung nhiều đoạn trường thành, đốt dinh thự, kho tàng và thóc lúa. De Genouilly chỉ để lại một số quân đóng giữ ở đồn Nam, còn lại đều rút xuống các tàu chiến. Đến ngày 20 tháng 4, De Genouilly lui tàu quay trở lại Đà Nẵng, vì lúc này quân Pháp ở đó đang nguy khốn vì thương vong và dịch bệnh.

Ngay sau khi trở lại Đà Nẵng, De Genouilly liền cho quân tấn công dữ dội đồn Điện Hải. Nguyễn Tri Phương cho quân đánh trả quyết liệt, nhưng vì vũ khí của đối phương quá mạnh nên đồn mất. Sau đó, quân Pháp tiếp tục chia ra đánh các đồn xung quanh. Quân Nguyễn dựa vào chiến lũy chống trả kịch liệt, nhưng thương vong nhiều do hỏa lực quân Pháp mạnh hơn hẳn. Nguyễn Tri Phương buộc phải cho lui quân về phòng tuyến thứ hai. Tuy vậy, phía quân Pháp gặp khó khăn do khí hậu và dịch bệnh, và tình hình quốc tế khiến chính phủ Pháp khó có thể chi viện.

Đến năm 1860, tình hình của Chiến tranh Nha phiến khiến chính phủ Pháp phải tái phân bổ lực lượng, kể cả số quân Pháp đang ở Nam Kỳ. Quân Pháp rút gần như toàn bộ khỏi Đà Nẵng, chỉ để lại 800 quân ở Gia Định. Chính phủ Pháp khi đó muốn rút quân khỏi Nam Kỳ hoàn toàn, nhưng De Genouilly đã cố gắng biện hộ cho việc chiếm Gia Định và chứng tỏ tiềm năng của Đại Nam trong việc trở thành một thuộc địa. Bộ trưởng Hải quân Pháp là Chasseloup-Laubat cũng tán thành ý kiến của De Genouilly. Do đó sau khi Chiến tranh Nha phiến lần 2 kết thúc bằng Hòa ước Bắc Kinh được ký kết, Pháp cử Léonard Charner đem hạm đội gồm 70 tàu chiến và 3500 quân quay lại Nam Kỳ. Mục tiêu đầu tiên của tướng Charner là làm sao hạ được Đại đồn Chí Hòa - công trình phòng thủ quan trọng do Nguyễn Tri Phương cải thiện và củng cố.

Về phía quân Nguyễn, thì Nguyễn Tri Phương biết rõ rằng quân Pháp có ưu thế vượt trội về súng đạn, nên giáp chiến trực tiếp là điều cần tránh. Ông lựa chọn chiến lược nửa công nửa thủ, tức dựng chiến lũy để bảo vệ binh lính và đồng thời bao vây dần quân Pháp. Trọng điểm phòng thủ ở Gia Định của quân Nguyễn chính là Đại đồn Chí Hòa cùng rất nhiều hệ thống đồn lũy phụ cận.

Lực lượng quân Pháp tiến đến gần Đại đồn Chí Hòa vẫn chưa tiến đánh ngay lập tức mà chỉ tập trung quan sát, thám thính tình hình rồi sau đó bố trí đại bác. 4 giờ sáng ngày 24 tháng 2 năm 1861, đại bác quân Pháp từ đất liền lẫn trên thuyền đồng loạt bắn vào Đại đồn Chí Hòa. Quân Nguyễn sau đó cũng nhanh chóng bắn trả. Hai bên đáp trả nhau bằng đại bác liên tiếp, rồi quân Pháp dùng bộ binh tấn công chiếm đồn. Quân Nguyễn bèn dùng tượng binh, nhưng voi chiến tỏ ra không hiệu quả trước đại bác và súng trường quân địch. Hai bên đánh nhau đến tận tối, nhưng quân Pháp mới chỉ tiến được hơn 1km và đến đêm thì phải ngừng lại. 5 giờ sáng hôm sau, quân Pháp tràn lên tấn công, xáp được gần Đại đồn. Song cách vách thành trăm thước thì gặp rất nhiều cạm bẫy, hào ụ, nên tiến rất chậm. Quân Pháp lúc này bị bắn chết và bị thương rất nhiều, nhưng vẫn quyết dùng thang và đứng trên vai nhau mà trèo lên vách đồn. Trên đồn và trong các lỗ châu mai, quân Nguyễn bắn chém dữ dội. Phần lớn các thang tre của Pháp vác theo đều bị đánh gãy, nhưng cuối cùng vẫn có một số lính Pháp vào được Đại đồn. Hai bên xông vào đánh giáp lá cà, giành giật nhau từng khu vực một.

Chiến sự giằng co quyết liệt, tuy nhiên lúc này thế trận lại đảo triều khi Nguyễn Tri Phương đột ngột bị thương, quân Nguyễn phải rút lui, Đại đồn Chí Hòa thất thủ. Sau đó đến tháng 4, quân Pháp tiếp tục chiếm được Mỹ Tho. Trong suốt năm 1861, Đô đốc Charner tiếp tục mở rộng việc chiếm đóng quanh Gia Định và Mỹ Tho cũng như bắt đầu xây dựng bộ máy hành chính để quản lý khu vực chiếm đóng. Về phía triều đình Huế, thì sau khi được tin Đại đồn Chí Hòa thất thủ, vua Tự Đức đã cử Nguyễn Bá Nghi làm Khâm sai Đại thần thay cho Nguyễn Tri Phương, đưa 4000 quân ra chi viện. Tuy nhiên, Nguyễn Bá Nghi cho rằng không thể chống đỡ nổi với quân Pháp nên đã gửi tấu về triều đình xin được giảng hòa. Quân Pháp chớp lấy thời cơ lại chiếm thêm được các vùng Biên Hòa, Định Tường và Vĩnh Long.

Tình hình thêm nguy cấp khi ở Bắc Kỳ bấy giờ xảy ra cuộc bạo loạn do Lê Duy Phụng cầm đầu. Y tự xưng là dòng dõi nhà Lê, tụ tập mấy vạn người làm loạn các tỉnh miền đông. Triều đình Huế cho rằng tình thế ở Bắc Kỳ nghiêm trọng hơn, nên muốn giảng hòa với Pháp để có thể đưa quân ra Bắc Kỳ dẹp loạn. Vua Tự Đức liền cử Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp dẫn đầu phái đoàn đi đàm phán với quân Pháp. Mặc dù trước đó vua Tự Đức đã căn dặn rằng: “Tạm thời khuất mình, tạm thời chịu phí, mà có thể cứu được quân dân, không bị mất đất đai thì nên lắm”. Bản ý của Tự Đức là nếu có thể nộp chiến phí để chuộc lại các tỉnh Nam Kỳ bị chiếm là tốt nhất, còn nếu quân Pháp muốn cắt đất thì phải cương quyết cự tuyệt. Thế nhưng trong quá trình đàm phán, Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp lại nhanh chóng nhượng bộ, ký Hòa ước Nhâm Tuất với nhiều điều có lợi cho Pháp. Trong đó đáng chú ý nhất là đồng ý nhượng ba tỉnh Gia Định, Định Tường, Biên Hòa và cả đảo Côn Lôn cho Pháp. Song song với đó, nhà Nguyễn phải bồi thường khoản chiến phí là 4 triệu franc trong 10 năm, mở cửa thông thương ở Đà Nẵng, Ba Lạt và Quảng Yên. Khi biết Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp làm trái ý mình mà chịu ký hòa ước cắt đất, vua Tự Đức rất thất vọng, lên tiếng chê trách và yêu cầu hai người tìm cách thương thảo để chuộc lại đất. Tuy vậy, người Pháp bắt đầu thấy được tiềm năng và lợi ích của các tỉnh Nam Kỳ, nên cự tuyệt mọi lời đề nghị chuộc đất của nhà Nguyễn. 

Hòa ước Nhâm Tuất được ký vào tháng 6 năm 1862 với nội dung Pháp nhận được miền đông Nam Kỳ đã dẫn đến bất mãn sâu rộng bên trong đất nước. Khắp đất Gia Định, các sĩ phu, quan lại trung thành với triều đình vẫn quyết tâm nổi loạn, cản trở quân Pháp làm chủ được vùng này, nổi bật nhất trong số đó là Bình Tây Đại Nguyên Soái Trương Định. Dẫu vậy, người dân không thể chiến đấu và ủng hộ nghĩa quân mãi được, bởi trên thực tế quân Pháp có khả năng dẹp loạn cướp bóc và đảm bảo an ninh các vùng. Người dân dần bị hấp dẫn bởi chính sách tự do buôn bán của người Pháp. Nếu như trong những năm 1862-1863, nghĩa quân Trương Định còn có được sự ủng hộ của nhân dân thì đến năm 1864, nghĩa quân dần thất thế và Trương Định bị giết chết vào tháng 8 năm 1864. Cái chết của Trương Định cũng đặt dấu chấm hết cho các cuộc nổi dậy ở miền đông Nam Kỳ.

Dù Phan Thanh Giản ra sức giao hảo thân thiện để đàm phán, nhưng phía Pháp viện cớ các tỉnh miền Tây có liên hệ với các tổ chức chống Pháp ở miền đông nên không đồng ý hòa đàm. Ngày 20 tháng 6 năm 1867, quân Pháp đánh chiếm Vĩnh Long, yêu cầu Phan Thanh Giản gửi thư khuyên các tỉnh An Giang và Hà Tiên đầu hàng. Trước sức mạnh áp đảo của Pháp về mặt quân sự, cho rằng không thể giữ nổi, Phan Thanh Giản đã quyết định giao thành, không kháng cự, với yêu cầu người Pháp phải bảo đảm an toàn cho dân chúng. Thế là chỉ trong 5 ngày, Pháp chiếm trọn 3 tỉnh miền tây Nam Kỳ mà không tốn một viên đạn. Sau khi thành mất, Phan Thanh Giản gói mũ áo, phẩm hàm, kèm theo sớ tạ tội và gửi về triều. Song chờ nửa tháng vẫn không thấy triều đình hồi âm. Lo lắng rồi thất vọng, Phan Thanh Giản uống thuốc độc tự vẫn. Đến lúc này, toàn bộ 6 tỉnh Nam Kỳ đã hoàn toàn nằm trong quyền kiểm soát của quân Pháp. 

Chiếm được Nam Kỳ xong, quân Pháp thấy sông Cửu Long không thuận tiện lắm cho việc giao thông với vùng Vân Nam của Trung Quốc. Bấy giờ Đại úy Francis Garnier của quân Pháp đã có quan hệ từ trước với một thương nhân Pháp tên là Jean Dupuis. Dupuis được Garnier cho biết rằng theo sông Hồng ở Bắc Kỳ có thể tới được Vân Nam khá thuận lợi nên đã tổ chức 1 đoàn thuyền và tự tiện lên Hà Nội, thuê thuyền nhỏ dỡ hàng hóa để thông thương sang Vân Nam vào năm 1872. Khi trở về, bởi có lệnh cấm từ trước nên Jean Dupuis bị các quan địa phương ngăn cản, trong khi đó thì Dupuis cho rằng có lệnh của các quan Trung Quốc là đủ. Đích thân quan đại thần Nguyễn Tri Phương phải ra bắc để khẳng định lại việc nghiêm cấm người Việt và người gốc Hoa giao thiệp với người phương tây, đồng thời không cho chở hàng đi Vân Nam và yêu cầu Dupuis phải rời khỏi Bắc Kỳ. 

Song song với đó, triều đình Huế lên tiếng yêu cầu phía Pháp phải bắt giữ Dupuis vì theo Hòa ước Nhâm Tuất 1862, Hà Nội nói riêng và Bắc Kỳ nói chung không phải vùng được phép thông thương, nhưng Dupuis kiên quyết đòi ở lại. Nhà Nguyễn phải cử quan Khâm sai Lê Tuấn cùng Nguyễn Văn Tường và Nguyễn Tăng Doãn vào Sài Gòn thương nghị với Pháp. Sau đó Đô đốc Marie Jules Dupré đã yêu cầu Garnier ra Bắc Kỳ để giải quyết vụ Dupuis. Garnier khi gặp Nguyễn Tri Phương có đề nghị ký 1 bản thương ước mở cửa sông Hồng cho việc thông thương nhưng Nguyễn Tri Phương từ chối do chưa có chỉ dụ từ triều đình ở Huế. Đến ngày 19 tháng 11 năm 1873, Garnier gửi tối hậu thư cho quan binh nhà Nguyễn trong thành Hà Nội phải hạ vũ khí đầu hàng, giao nộp thành và cho Dupuis được tự do đi lại.

Không nhận được câu trả lời nên rạng sáng ngày 20 tháng 11, Garnier cho đánh thành Hà Nội. Quân Pháp bất ngờ đánh chiếm vòng phòng thủ bên ngoài của hai cửa phía nam, và vượt qua cầu trước khi quân trú phòng kịp bắn xuống. Đồng thời, pháo từ các pháo thuyền cũng bắn lên, khiến cho binh lính phòng thủ, do không quen với đạn pháo, bỏ chạy tán loạn khỏi thành theo cửa tây. Cùng lúc đó, hỏa lực quân Pháp cũng bắn vỡ cửa nam, và chỉ trong một giờ, quân Pháp đã treo được cờ lên vọng lâu thành Hà Nội. Đích thân Nguyễn Tri Phương đứng trên tháp canh để đốc thúc binh sĩ chống trả dù đã bị bắn trọng thương ở bụng, nhưng vẫn không thay đổi được tình thế khi quân triều đình chống cự yếu ớt và nhanh chóng tan rã. Nguyễn Tri Phương bị bắt, ông từ chối để người Pháp chữa trị, tuyệt thực để chống đối và mất 1 tháng sau đó.

Việc thành Hà Nội thất thủ khiến triều đình Huế phản ứng mạnh mẽ. Vua Tự Đức sai Hoàng Tá Viêm đem 1000 quân ra bắc để chuẩn bị phòng ngự (nhưng cánh quân này nhanh chóng bị chặn lại sau khi quân Pháp chiếm được Ninh Bình). Để đáp trả, Garnier bèn cho quân đi đánh lấy các tỉnh xung quanh.

Để duy trì đường thông thương ra biển và kiểm soát tuyến đường chính giữa Hà Nội và Huế, Garnier cử Adrien-Paul Balny d'Avricourt đem tàu chiến Espignole đi đánh Hải Dương và Ninh Bình. Tổng đốc Hải Dương từ chối không chịu xuống thuyền chiến Espignole để gặp Balny. Quân Pháp bèn đổ bộ lên bờ, quan binh trong thành kháng cự mạnh nhưng không gây được thiệt hại nào đáng kể. Chẳng mấy chốc mà cổng thành bị vỡ, quân trong thành rút chạy, thành Hải Dương bị mất vào tay quân Pháp chỉ trong vòng hơn một tiếng đồng hồ giao tranh. Quân Pháp phá hủy, đốt hết binh trại trong thành, cướp được kho lương và tiền bạc; Phủ Lý - Hải Dương thất thủ.

Vì đinh ninh toán binh sĩ của Balny vẫn còn đang ở Phủ Lý - Hải Dương (vì không ai nghĩ là Balny có thể chiếm thành chỉ với một số ít quân như vậy); nên Garnier sai chuẩn úy Hautefeuille đem một tàu nhỏ với 8 thủy thủ và 2 lính dân vệ người Việt đến tăng cường để Balny chuẩn bị tiến chiếm thành Hải Dương. Khi đến Phủ Lý thì Hautefeuille hay tin thành Hải Dương đã bị toán quân của Balny chiếm, nên Hautefeuille đi tàu dọc theo sông Đáy ra Kẻ Sở để phá bỏ các chướng ngại vật do quân Nguyễn lập ra. Đến sáng sớm ngày 5 tháng 12 năm 1873, tàu của Hautefeuille đến trước thành Ninh Bình, bắn hai phát trọng pháo vào thành rồi chờ đợi trời sáng và phản ứng của quân trấn giữ.

Quân trú phòng xuất hiện rất đông trên tường thành, nhưng Hautefeuille vẫn dẫn quân nhảy lên bờ tiến đến cổng thành. Các ụ công sự trước cổng thành đã bị bỏ trống không có người chống giữ. Nhiều toán dân binh ào ra bao vây toán quân của Hautefeuille nhưng e sợ không dám tấn công. Hautefeuille nhờ vậy dễ dàng vượt qua cầu treo trước cổng thành. Quan Tuần phủ Ninh Bình đang đứng dưới lọng che trong nhà tiếp khách bên ngoài vòng thành để đón Hautefeuille thì bị bắt làm con tin để quân Pháp vào thành một cách an toàn và bắt trói tất cả các quan lại, thành Ninh Bình thất thủ chỉ trong chốc lát.

Đến ngày 10 tháng 12, nghe tin đã chiếm được Phủ Lý, Hải Dương và Ninh Bình nên Garnier tiếp tục đem quân đánh Nam Định. Quân Nguyễn chớp lấy thời cơ tấn công phục kích thủy quân Pháp nhưng không gây ra được thiệt hại nào đáng kể. Một toán quân Pháp với trọng pháo đổ bộ lên bờ để có thể dẫn dụ quân đồn trú đến, nhưng do quân binh trên thành Nam Định chống trả quyết liệt, toán quân này không thể tiến lên. Trước tình thế dó, quân Pháp lại tổ chức nhiều cánh quân đánh vào cửa thành phía đông cũng như vào các khu phố. Garnier cho quân trèo lên tường thành, quân lính trong thành hoảng sợ rút lui tìm đường chạy trốn về phía cổng thành phía nam, thành Nam Định nhanh chóng thất thủ.

Trong khi Garnier đánh thành Nam Định thì ở Sơn Tây, quân Cờ Đen do Lưu Vĩnh Phúc cầm đầu (vốn là nhóm cướp người Trung Quốc từ Quảng Tây xuống và được nhà Nguyễn bảo trợ) tìm cách chiếm lại đồn phòng thủ của quân Pháp ở Phủ Hoài và nhiều tiền đồn ở sát Hà Nội. Garnier phải cho một số binh lính quay lại tăng viện. Ngày 18 tháng 12 năm 1873, sau khi cử y sĩ Harmand giữ chức quản trị quân sự cùng với 25 lính thủy giữ thành Nam Định, Garnier quay trở về Hà Nội. Đến chiều ngày 19 tháng 12, Garnier tiếp đón đoàn thương nghị của nhà Nguyễn (có cả vài giáo sĩ đi cùng). Vì thế, Garnier niêm yết cáo thị tạm ngừng chiến để thương nghị tìm giải pháp hòa bình. Tuy vậy, vào ngày 21 tháng 12 khi đang nghị bàn với phái đoàn của triều đình Huế thì Garnier được tin báo là quân Cờ Đen phối hợp với quân Nguyễn đang tiến đến công thành Hà Nội. Garnier dẫn một toán quân ra chặn đánh, để 30 lính giữ cổng thành phía bắc còn bản thân tự lãnh trách nhiệm giữ cổng thành phía tây. Có khoảng vài trăm quân Cờ Đen xuất hiện trên đường lộ Phủ Hoài và đằng sau là quân nhà Nguyễn. Garnier cho quân dùng pháo bắn ra khiến đội hình quân Cờ Đen rối loạn, khiến quân nhà Nguyễn rút chạy. Tưởng đã thắng, Garnier bèn đem 18 lính đuổi theo. Trong lúc truy kích, Garnier bị ngã vào một cái hố nhỏ và bị quân Cờ Đen bao vây giết chết.

Garnier bị giết, quân Pháp ở thành Hà Nội lâm vào tình thế hoảng loạn, nếu không nhờ có linh mục Puginier và Dupuis thì quân Pháp đã bỏ thành theo đường thủy chạy về Sài Gòn. Tuy nhiên cái chết của đại úy Garnier cũng đặt dấu chấm hết cho cuộc phiêu lưu quân sự này tại Bắc Kỳ. Việc Garnier đem quân đánh Bắc Kỳ không phải là chủ trương hiện tại của chính phủ Pháp. Bởi vậy khi được tin quân Pháp đã đánh chiếm Hà Nội, thiếu tướng Dupré đã sai hải quân đại úy, kiêm chức thống soái việc hình luật ở Nam Kỳ là Philastre cùng đại diện triều đình Huế là Nguyễn Văn Tường ra điều đình mọi việc ở Bắc Kỳ. Tuy nhiên khi ra đến nơi thì hai người mới biết là Garnier đã bị quân Cờ Đen giết. Trước tình hình ấy, Philastre lên Hải Dương truyền trả thành lại cho phía Đại Nam, rồi lên Hà Nội làm giao ước trả lại cả bốn thành cho quan triều đình coi giữ. Còn những tàu bè và quân lính của Pháp ở các tỉnh thì thu cả về Hà Nội, rồi định ngày rút quân ra đóng ở Hải Phòng, đợi đến ngày ký Hòa ước xong thì rút về. Triều đình Huế và chính phủ Pháp sau đó ký kết hòa ước vào tháng 3 năm 1874 (tức Hòa ước Giáp Tuất). Theo đó, để Pháp lui binh khỏi Bắc Kỳ, nhà Nguyễn đồng ý cắt nhượng chủ quyền ở 6 tỉnh Nam Kỳ cho Pháp, chấp nhận việc ngoại giao phải lệ thuộc vào Pháp, mở cửa cho Pháp tự do buôn bán tại các cảng biển và trên sông Hồng, có quyền tự do truyền đạo. Chủ quyền lãnh thổ và nền độc lập của Đại Nam gần như mất hẳn sau hòa ước này.

Trong những năm 1876 và 1880 thì để đối phó với Pháp, triều đình Huế đã cử sứ thần sang cầu cứu với nhà Thanh; đồng thời chính thức chiêu mộ quân Cờ Đen của Lưu Vĩnh Phúc. Trong khi đó, tình trạng mất an ninh ở Bắc Kỳ bởi các lượng lượng người Hoa, nhất là quân Cờ Đen khiến chính phủ Pháp phải lựa chọn: Hoặc là đặt sự bảo hộ hoàn toàn ở Bắc Kỳ, hoặc là phải rút lui. Lựa chọn thứ 2 có thể làm nước Pháp tổn thất danh dự nặng nề nên ngay từ năm 1879, Thượng tướng Bernard Jauréguiberry đã yêu cầu gửi thêm 6000 quân sang Bắc Kỳ áp đặt nền bảo hộ nhưng chính phủ Pháp đã từ chối. Thống đốc Nam Kỳ Le Myre de Vilers trong năm 1882 cũng đã yêu cầu Đại tá Henry Rivière đem quân ra bắc để bảo vệ các thương gia người Pháp. Khi tới Hà Nội, Rivière liền có ý chiếm thành, dù Le Myre de Vilers trước đó đã bày tỏ sự phản đối.

Lấy cớ rằng triều đình Huế không tôn trọng Hòa ước Giáp Tuất 1874 khi giao thiệp với nhà Thanh và dung túng quân Cờ Đen, Rivière cho tàu chiến cùng hơn 400 quân đóng trại tại Đồn Thủy (trên bờ bắc sông Hồng, cách thành Hà Nội 5 km) nhằm uy hiếp. Tổng đốc thành Hà Nội bấy giờ là Hoàng Diệu đã hạ lệnh giới nghiêm và bố cáo các tỉnh xung quanh sẵn sàng tác chiến, đồng thời yêu cầu viện binh từ triều đình Huế. Tuy nhiên, phái chủ hòa trong triều đình lại khuyên vua Tự Đức chấp nhận mất Bắc Kỳ, miễn sao có thể giữ được ngôi vị. Tự Đức vì thế hạ chiếu quở trách Hoàng Diệu vì xung đột với người Pháp, nhưng Hoàng Diệu đã quyết sống chết với thành.

Sáng ngày 25 tháng 4 năm 1882, Rivière cho tàu chiến áp sát thành Hà Nội, đưa tối hậu thư yêu cầu Hoàng Diệu phá bỏ công sự phòng thủ, cho binh lính hạ vũ khí và đúng 8 giờ sáng các quan lại phải đến trình diện; sau đó quân Pháp sẽ vào thành kiểm kê rồi giao trả. Hoàng Diệu tiếp tối hậu thư, liền sai Tôn Thất Bá đi điều đình. Nhưng không đợi trả lời, lúc 8 giờ 15, Rivière đã cho các tàu nã đại bác vào thành để yểm trợ cho bộ binh. Ngay trong những phút đầu tiên, hoàng thân Tôn Thất Bá chạy trốn vào làng Mọc ở phía đông nam Hà Nội theo Pháp, thông báo tình hình trong thành cho địch. Đồng thời, Tôn Thất Bá cũng dâng sớ lên vua Tự Đức đổ tội cho Hoàng Diệu. Tuy vậy, quân Pháp vẫn vấp phải sự kháng cự quyết liệt của quân triều đình do Hoàng Diệu chỉ huy, phải rút ra khỏi tầm bắn để củng cố lại lực lượng.

Thế nhưng lúc đang đánh nhau ác liệt thì kho thuốc súng của Hà Nội nổ tung. Trong thành cháy lớn khiến quân lính hoang mang. Quân Pháp nhờ thế phá được cổng phía tây và tràn vào trong thành. Đa phần quan lại đều sợ hãi bỏ chạy hoặc trốn đi; riêng có Hoàng Diệu vẫn tiếp tục bình tĩnh dẫn đầu quân sĩ chiến đấu dù lực lượng ngày càng yếu đi, không thể giữ được thành nữa. Cuối cùng, Hoàng Diệu đã ra lệnh cho binh lính giải tán để tránh thương vong thêm. Một mình Hoàng Diệu vào hành cung, thảo tờ di biểu, rồi ra trước Võ miếu dùng khăn bịt đầu thắt cổ tự tử, thành Hà Nội lại rơi vào tay quân Pháp lần nữa. 

Đến cuối năm 1882, quân Thanh vượt biên giới Đại Nam, đến đóng ở Bắc Ninh và Sơn Tây. Nhà Nguyễn bấy giờ đã yêu cầu nhà Thanh can thiệp trong khi Đại sứ Pháp ở Bắc Kinh thương thảo với Tổng đốc Trực Lệ Lý Hồng Chương về việc phân chia Bắc Kỳ dọc theo sông Hồng giữa 2 nước. Đại tá Rivière sau đó đã quyết định cho quân đi đánh các vùng xung quanh. Ngày 23 tháng 3 năm 1883, Rivière để Berthe de Villers cùng 400 quân ở lại Hà Nội, sau đó đem quân đánh Nam Định. Tới ngày 25 thì Rivière đến Nam Định, một lần nữa kịch bản chiếm thành Hà Nội được lặp lại khi Tổng đốc Nam Định không tới gặp Rivière theo thư yêu cầu và lập tức quân Pháp chiếm thành Nam Định vào ngày 27 tháng 3. Sự kiện này đã khiến chính phủ Pháp lo lắng và một lần nữa ra lệnh cho quân Pháp chỉ được can thiệp khi thực sự cần thiết. Quyết định của chính phủ Pháp chứng tỏ người Pháp vẫn đang lưỡng lự trước việc mở một cuộc chiến tranh toàn diện ở Đại Nam.

Trong lúc Rivière ở Nam Định thì tại Hà Nội, lực lượng của de Villers bị tấn công trong đêm ngày 26 và 27 tháng 3. Tuy quân Pháp ở Hà Nội đẩy lui được hai cuộc tấn công buổi đêm này nhưng tình hình nghiêm trọng vẫn buộc Rivière phải trở về Hà Nội ngày 2 tháng 4, đồng thời đề nghị đô đốc Mayer, chỉ huy hải quân Pháp ở Trung Quốc, đưa quân ứng cứu. Sau khi nhận được yêu cầu cứu viện của Rivière, đô đốc Mayer lập tức đưa quân tới ứng cứu, lực lượng này tới Hà Nội ngày 14 tháng 5 năm 1883. Trong lúc đó người Pháp ở Hà Nội vẫn tiếp tục bị tấn công. Sau khi tiếp viện của Mayer tới nơi, quân Pháp bắt đầu quay lại phản công. Ngày 15 tháng 5, quân Pháp đốt khu vực đồn trú của quân Cờ Đen rồi tiến quân đến ngã ba sông Đuống. Tuy nhiên Rivière vẫn cảm thấy bất an và trong lúc chờ lực lượng cứu viện cho phép người Pháp chiếm Bắc Ninh và Sơn Tây, Rivière quyết định vào ngày 19 tháng 5 sẽ rút khỏi Hà Nội để tiến về Phủ Hoài theo hướng Sơn Tây. Tối ngày 18, Rivière cho triệu tập các sĩ quan Pháp để thông báo quyết định chuyển quân, cho rằng hành động này của quân Pháp không có gì bất thường nên sẽ ít bị đối phương chú ý. Tuy nhiên Rivière không ngờ rằng kế hoạch của mình đã bị một người hầu gốc Hoa nghe được.

4 giờ sáng ngày 19 tháng 5, lực lượng Pháp do Berthe de Villers chỉ huy bắt đầu xuất phát, Henri Rivière cũng có mặt trong đội quân này. Tới 6 giờ sáng thì các cuộc đụng độ giữa hai bên bắt đầu và quân Pháp chiếm được Cầu Giấy. Được thông báo trước về kế hoạch của người Pháp, quân Cờ Đen của Lưu Vĩnh Phúc đã phục sẵn với đại bác. Khi quân Pháp tiến gần làng thì lính Cờ Đen bắt đầu nổ súng, bắn chết được Berthe de Villers. Nhận thấy đối phương với lực lượng đông đảo có dấu hiệu chặn đường rút lui của mình, Rivière ra lệnh cho quân Pháp vừa đánh vừa lùi. Trong khi đang lùi quân thì một khẩu đại bác của quân Pháp bị rơi xuống ruộng lúa buộc Rivière phải chỉ huy quân kéo khẩu súng lên đường vì không muốn nó lọt vào tay địch. Lợi dụng lúc này, quân Cờ Đen tập trung bắn vào vị trí ấy và giết được Rivière. Đến 9 giờ 30 thì tàn quân Pháp rút về tới thành Hà Nội. Quân Pháp trong thành buộc phải cố thủ và phái người đi xin cứu viện. 4 ngày trước đó, Quốc hội Pháp cũng đã thông qua khoản ngân sách 5,5 triệu franc và cho phép gửi thêm quân ra Bắc Kỳ. Quân tiếp viện được tổ chức thành Quân đoàn viễn chinh Bắc Kỳ, đặt dưới quyền chỉ huy của tướng Alexandre-Eugène Bouet.

Tình thế quân Pháp ở Bắc Kỳ lúc này khá nguy ngập khi phía bắc có quân Thanh, trong khi chỉ huy là Rivière thì đã chết. Quân Pháp lúc đó chỉ có các trại lính nhỏ tại Hà Nội, Hải Phòng, Nam Định và các điểm bị cô lập tại Hòn Gai và Quy Nhơn tại Nam Kỳ. Bouet ngay lập tức thấy cần phải tấn công quân Cờ Đen và quân triều đình của Hoàng Kế Viêm. Bước đầu, Bouet cho rút các căn cứ bị cô lập tại Hòn Gai và Quy Nhơn. Ông ta cũng cho phép từ bỏ Nam Định khi thấy cần thiết, những cố gắng bảo vệ 3 cứ điểm chính. Đến ngày 19 tháng 7 năm 1883, quân Pháp ở Nam Định đã phản công và đẩy lui được đội quân của Hoàng Kế Viêm.

Sự xuất hiện của đô đốc Amédée Courbet vào tháng 7 năm 1883 cùng với lực lượng hải quân tiếp viện lớn càng củng cố thêm sức mạnh của quân Pháp tại Bắc Kỳ. Quân Pháp ở hoàn cảnh bắt buộc phải tấn công quân Cờ Đen và họ nhận ra rằng hành động quân sự ấy phải đi kèm một giải pháp với triều đình Huế. Nếu cần thiết, phải dùng vũ lực để có được sự công nhận bảo hộ của Pháp với Bắc Kỳ. Ngày 30 tháng 7 năm 1883, Đô đốc Courbet, tướng Bouet và François-Jules Harmand (người mới được bổ nhiệm là Tổng Ủy viên Hội đồng Dân Sự Bắc Kỳ) đã tổ chức hội nghị quân sự ở Hải Phòng. Cả ba đều thống nhất rằng nên khởi động sớm nhất có thể việc tiến đánh quân Cờ Đen đang đóng ở Phủ Hoài bên bờ sông Đáy và lực lượng của Hoàng Kế Viêm đối kháng với quân Pháp tại Nam Định. Dưới sự đề nghị của Harmand, cả ba quyết định đề nghị chính phủ Pháp cho phép thực hiện một cuộc tấn công thẳng vào kinh thành Huế, sau đó gửi tối hậu thư yêu cầu nhà Nguyễn phải chấp nhận sự bảo hộ của Pháp trên toàn đất Bắc Kỳ, hoặc sẽ bị tấn công ngay lập tức.

Triều đình Huế lúc này cũng không yên ổn vì vua Tự Đức đã qua đời vào tháng 7 năm 1883. Thời cơ không thể thuận lợi hơn nên đề xuất này được chấp thuận vào ngày 11 tháng 8. Đến ngày 18, một số tàu chiến của Courbet xuất hiện ở ngoài cửa biển Thuận An và bắt đầu nã đại bác công kích. Ngày 20, tàu chiến Pháp cập vào bờ, tiếp tục nã pháo vào các công sự phòng thủ và cho quân lính đổ bộ. Đến 8 giờ sáng thì thủy quân Pháp đã lên bờ toàn bộ, kéo sâu vào và bắt đầu bao vây đại đồn Trấn Hải của quân nhà Nguyễn. Quân Nguyễn cố gắng chống trả nhưng với ưu thế về hỏa lực, quân Pháp nhanh chóng chiếm được nhiều lũy phòng thủ. Đến cuối ngày thì hầu như toàn bộ quân Nguyễn trấn thủ trong các lũy đã bị đánh tan, thiệt hại đến hơn 2500 người trong quân Pháp chỉ thương vong vài chục. Việc cửa biển Thuận An bị chiếm đã buộc triều đình Huế phải ký Hòa ước Quý Mùi vào ngày 25 tháng 8. Theo đó, Đại Nam công nhận tính hợp pháp của sự chiếm đóng của Pháp tại Nam Kỳ, chấp nhận sự bảo hộ của Pháp đối với cả Trung Kỳ và Bắc Kỳ. Nhà Nguyễn vẫn tồn tại nhưng phải nằm dưới sự chỉ đạo của Pháp. Pháp sẽ có đặc quyền đóng quân đồn trú tại Huế, đồng thời được quyền đóng quân ở Đèo Ngang và cửa biển Thuận An. Trung Kỳ vẫn sẽ do triều đình Huế cai trị, nhưng Bắc Kỳ sẽ trở thành xứ bảo hộ của Pháp. 3 tỉnh Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh sẽ bị cắt khỏi Trung Kỳ và nhập vào Bắc Kỳ; tỉnh Bình Thuận cũng tương tự và được nhập vào Nam Kỳ.

Với phe chủ chiến trong triều đình Huế, việc ký kết không hẳn là chịu sự quy phục mà chỉ là cách hoãn binh vì ngoài Bắc hai bên còn giao tranh, lại thêm viện quân của nhà Thanh vượt biên giới sang ngày càng đông nên chưa hẳn là thua. Ở trong triều thì phụ chính Tôn Thất Thuyết bí mật phòng thủ đồn Tân Sở và sửa sang đường thượng đạo ra Bắc hầu tìm cách chống cự lâu dài. Súng ống, đạn dược, lương nong và cả một phần ba kho bạc triều đình cũng được ngầm chuyển lên Tân Sở nên Hòa ước Quý Mùi là cách mua thời gian đợi ngày phản công.

Trong lúc quân Pháp vừa đánh vừa thương nghị với triều đình nhà Nguyễn ở Huế thì ngoài Bắc Kỳ xảy ra đụng độ ác liệt giữa người Pháp với quân Cờ Đen. Vào ngày 15 tháng 8 năm 1883, 10 ngày trước khi Hòa ước Quý Mùi được ký; quân Pháp tại Bắc Kỳ bắt đầu tiến hành chiến dịch tấn công quân Cờ Đen ở Phủ Hoài rồi sau đó đánh thẳng lên Sơn Tây. Tuy nhiên, quân Cờ Đen đã đánh trả quyết liệt và tạm thời cản bước được quân Pháp. Đến tối, quân Cờ Đen quyết định bỏ Phủ Hoài để cố thủ ở đồn Phùng, xây dựng rất nhiều chiến lũy phòng thủ. Quân Pháp tạm thời không thể công hạ được đồn nên phải rút lui về Hà Nội.

Đến ngày 1 tháng 9, khi được tin về Hòa ước Quý Mùi và việc triều đình Huế thất thế; quân Pháp tổ chức tấn công quân Cờ Đen lần nữa do nhận thấy không thể bình ổn Bắc Kỳ bằng lệnh của triều đình nhà Nguyễn được. Mục tiêu của quân Pháp là đánh thành Sơn Tây do quân Cờ Đen trấn giữ. Bởi lúc bấy giờ ở Bắc Kỳ có hai trung tâm kháng Pháp mạnh là Sơn Tây và Bắc Ninh. Tuy nhiên không thể đánh Bắc Ninh trước được, vì ở đó lính thủy và lính bộ khó tiếp ứng nhau.

Ngày 25 tháng 9 năm 1883, Courbet lên làm Thống đốc quân vụ, kiêm chức Toàn quyền ở Bắc Kỳ, thay cho Toàn quyền Harmand xin về Pháp. Khi tới Hà Nội, Courbet cho thiết quân luật ngay. Ngày 3 tháng 12, viện binh từ Pháp sang là 3600 người. Cộng với lực lượng đang sẵn thì Courbet có trong tay gần 9000 quân. Tuy vậy, trước tình hình căng thẳng, Courbet vẫn điện về Paris xin thêm quân.

Ngày 11 tháng 12 năm 1883, Courbet ra lệnh tiến quân, chia làm hai đường thủy bộ với khoảng hơn 6000 người rầm rộ tiến về Sơn Tây. Ngày 14 tháng 12 năm 1883, cánh trái quân Pháp tiến theo con đê chính. Đến 9h30 họ đã ở trên con đường đê dẫn vào làng Phù Xa; bắt đầu từ đoạn này thì con đê tách làm hai nhánh phụ. Cả hai cánh của quân Pháp đều chiếm được những công sự nhỏ tiền tiêu của quân Cờ Đen, nhưng sau đó gặp sự phản kích dữ dội. Quân Pháp sau đó tập trung hỏa lực bắn vào các chiến lũy ở Phù Xa, phá hủy các khẩu đại bác của quân Cờ Đen. Cũng trong khoảng thời gian này, một bộ phận khác của quân Pháp đã di chuyển đến hai ngôi chùa ở phía tây làng Thiều Xuân; một bộ phận nữa của quân Pháp thì tiến vào làng Linh Chiểu. Quân Cờ Đen tiến ra từ cửa Tả hòng đánh vào sườn và sau lưng quân Pháp, hai bên đụng độ nhau ở Linh Chiểu. Trận đánh diễn ra ác liệt và quân Pháp không tiến được dù có pháo binh yểm trợ và đến đêm buộc phải rút lui.

Nhận thấy đại bác của quân Cờ Đen đều phải nạp đạn qua nòng và được gắn chặt vào bệ nên rất khó cơ động, lại hầu hết được bố trí ở hướng bắc và hướng đông nên quân Pháp quyết định thay đổi hướng tấn công vào hướng tây. Về quân Cờ Đen thì do thương vong nhiều nên đã quyết định lui về tuyến phòng thủ thứ hai. Nhiều lần quân Pháp tiến công nhưng không vượt qua để dụ quân phòng thủ tụ về. Quả nhiên quân Cờ Đen trúng kế mà tập trung cả về hướng bắc và hướng đông. Trong khi đó, lực lượng chính của quân Pháp lặng lẽ tiến về hướng tây. Đến 11h sáng ngày 16 tháng 12, quân Pháp tập trung hỏa lực đánh mạnh vào cửa tây của thành Sơn Tây. Đụng độ xảy ra rất ác liệt, hai bên giành giật nhau từng thước đất một. Quân Pháp đã vượt qua tường thành ngũ giác theo hướng Văn Miếu, nên phòng tuyến phía bắc và phía đông không còn ý nghĩa nữa. Đến 5h chiều, quân Pháp đã tới được phòng tuyến cuối cùng, cửa phía tây bấy giờ đã bị đại bác của Pháp phá huỷ hoàn toàn. Lúc này quân Cờ Đen thương vong rất lớn, bản thân Lưu Vĩnh Phúc cũng bị thương ở tay. Lợi dụng đêm tối, Lưu Vĩnh Phúc cho quân rút lui khỏi thành, rồi men theo đường núi đi Hưng Hoá. Vì đêm đã đến, nên quân Pháp cũng không dám đuổi theo mà lo củng cố lại công sự, đề phòng quân Cờ Đen tấn công trở lại. Quân Pháp thắng trận Sơn Tây, nhưng thương vong cũng lớn nhất trong mọi chiến dịch từng xảy ra ở Bắc Kỳ với 83 người chết. Dù vậy, vẫn ít hơn rất nhiều so với quân Cờ Đen với hơn 1000 thương vong.

Tin thắng trận Sơn Tây khiến chính phủ Pháp phấn khởi. 2 ngày sau, Quốc hội Pháp thông qua khoản viện trợ và cấp thêm 7000 quân để có thể mau chóng hoàn tất công cuộc chiếm đóng Bắc Kỳ.

Bấy giờ ở Bắc Kỳ vẫn còn lực lượng chính quy của nhà Thanh. Đứng trước tình hình ấy triều đình Huế chủ trương "Nước ta ở giữa hai nước lớn. Đối với nước Thanh thì nước ta là kẻ phiên phục ngàn năm, theo nghĩa không thể nào đoạn tuyệt. Mà đối với Pháp lại là nước xa lửa gần, thế buộc không thể dừng được, chi bằng cứ đứng trung lập, đợi hai bên hành động thôi". Do thái độ đó của nhà Nguyễn, Pháp ngày càng lấn tới trong âm mưu chiếm Bắc Ninh.

Giữa Pháp với nhà Thanh bấy giờ vẫn đang điều đình, nên dù có gửi viện quân nhưng chính phủ Pháp chủ trương chỉ được chiếm thêm Bắc Ninh và Hưng Hóa; vì nếu tiến xa hơn sẽ đụng độ quân Thanh, không có lợi cho việc hòa nghị. Để phòng xa sự quá tận tâm và hăng hái của Courbet nên đầu năm 1884, chính phủ Pháp cử Thống tướng Charles Millot sang thay, còn Courbet được thăng lên Trung tướng, lo coi quản hải quân để phòng giữ mặt biển.

Ngày 12 tháng 2 năm 1884, tất cả viện binh của Pháp đã tới Bắc Kỳ. Ngày 20 tháng 2 năm 1884, Pháp cho quân đánh lấy Phả Lại. Thấy phía đông của mình bị uy hiếp, quân Thanh ở Bắc Ninh cố ra sức phản công liên tiếp trong hai tuần, nhưng vẫn không lấy lại được vị trí trọng yếu này. Đến đầu tháng 3, quân Pháp bắt đầu tiến hành đánh Bắc Ninh. Hai cánh quân Pháp thì một cánh vượt qua sông tiến về phía đông trong khi cánh còn lại theo đường thủy đổ bộ đến hội quân. Hai cánh quân của Pháp sau khi hội binh thì lập tức chuẩn bị đánh vào các vị trí quân Thanh ở phía đông nam Bắc Ninh.

Quân Pháp cho đặt tất cả đại bác trên đồi cao chung quanh rồi nhất loạt bắn dữ dội vào phía trong thành. Quân Thanh nhanh chóng hoảng loạn, mất tinh thần nên nhanh chóng tháo chạy. Bấy giờ đường rút về phía Lạng Sơn đã bị uy hiếp nên quân Thanh phải chạy về hướng Thái Nguyên. Đến gần 6h chiều thì quân Pháp đã chiếm được thành Bắc Ninh. Lưu Vĩnh Phúc hay tin mang quân qua ứng cứu, nhưng vừa đến nơi thì thành Bắc Ninh vừa mất, nên buộc phải quay về Hưng Hóa. 

Chiếm xong thành Bắc Ninh, quân Pháp tiếp tục chia quân ra truy kích quân Thanh và mở rộng phạm vi chiếm đóng. Lúc bấy giờ, ở Thái Nguyên có khoảng 1000 quân Nguyễn do Thủ úy Nguyễn Quang Khoang cai quản và khoảng 5000 quân Thanh. Cuộc giao tranh đã diễn ra ở đây khá kịch liệt, cho đến khi Thủ úy Nguyễn Quang Khoang bị đạn chết, quân Nguyễn mới vội tháo chạy. Mấy nghìn quân Thanh cũng rút chạy theo hướng Tuyên Quang và Cao Bằng. Đến ngày 19 tháng 3 năm 1884, quân Pháp tràn vào thành Thái Nguyên tịch thu 31 khẩu đại bác cùng nhiều đạn dược, vàng bạc và quý vật khác; sau đó phá tan ba cửa thành và đốt hết các văn thư. Sau khi hạ được thành Thái Nguyên, quân Pháp quay về mạn sông Hồng để chuẩn bị đánh thành Hưng Hóa.

Hai bên giao chiến từ sáng ngày 11 tháng 4 đến khoảng 2h chiều thì quân Pháp qua được sông. Đến 9h sáng hôm sau, quân Pháp được tăng viện thêm, nâng lực lượng lên đến khoảng 7000 người, quân nhà Nguyễn không thể chặn được. Tướng nhà Thanh liệu thế không chống lại được, bèn cho binh lính rút về Yên Bái. Thấy vậy, Hoàng Kế Viêm cũng bỏ Hưng Hóa mà rút về Thục Luyện. Trong thành bấy giờ chỉ còn lại hơn 3500 quân Cờ Đen của Lưu Vĩnh Phúc và một số ít quân Nguyễn. Vì cả hai cánh quân Thanh và quân Nguyễn đều đã rút đi, nên Lưu Vĩnh Phúc lo ngại mà đem quân ra đóng bên ngoài thành. Quân Pháp biết được động tĩnh, bèn cho đại bác nã dữ dội vào thành khiến quân Cờ Đen cũng nhanh chóng rút chạy. Quân Pháp dễ dàng tràn được vào bên trong thành; sau đó thừa thắng tiếp tục đẩy lui được quân Cờ Đen khỏi Tuyên Quang vào đầu tháng 6.

Những thắng lợi ở Bắc Ninh, Hưng Hóa và Tuyên Quang đã tạo tiền đề cho phía Pháp buộc triều đình Huế vẫn đang hết sức rối ren ký thêm Hòa ước Giáp Thân vào ngày 6 tháng 6 năm 1884. Hòa ước này về cơ bản không khác nhiều so với Hòa ước Quý Mùi năm trước đó, chỉ sửa và bổ sung hai điều khoản mới: Chia Đại Nam ra làm ba xứ Bắc Kỳ - Trung Kỳ và Nam Kỳ dưới ba chế độ khác nhau (coi như ba nhà nước riêng). Trả các tỉnh Thanh Hoá, Nghệ An, Hà Tĩnh trước thuộc Bắc Kỳ nay thuộc về Trung Kỳ và trả tỉnh Bình Thuận trước thuộc Nam Kỳ hoàn lại cho Trung kỳ.

Sau khi ký Hòa ước Giáp Thân, quân Pháp ở Bắc Kỳ cho rằng chiến tranh đã kết thúc; bởi theo tờ quy ước được ký giữa Pháp và Trung Quốc ở Thiên Tân thì quân Thanh ở Lạng Sơn, Thất Khê và Cao Bằng sẽ phải rút toàn bộ về nước. Vì thế nên ngày 13 tháng 6, quân Pháp bắt đầu kéo lên tiếp quản các vùng trên. Nhưng khi quân Pháp đến bờ sông Hóa thì bị chặn lại. Ở phía bên kia cầu, quân Thanh và quân khởi nghĩa người Việt vẫn còn đang đóng giữ. Ngày 22, quân Pháp đến đồn Bắc Lệ. Đến hôm sau, khi thăm dò được một quãng sông không sâu lắm thì dưới làn mưa đạn, quân Pháp vẫn cố vượt sông và thương vong khá nặng. Trước tình thế căng thẳng, tướng nhà Thanh sai quân đưa thư, đại ý nói rằng đã biết có hòa ước, nhưng vì chưa được lệnh rút quân về, vậy xin hoãn lại mấy ngày nữa để đợi chỉ dụ của Bắc Kinh. 

Trận thua ở Bắc Lệ khiến người Pháp hoang mang, lo ngại. Chính phủ Pháp lập tức bày tỏ sự phản đối với triều đình nhà Thanh; sau đó vào tháng 7 và tháng 8 liên tiếp ra tối hậu thư yêu cầu quân Thanh rút khỏi Bắc Kỳ. Trước những yêu sách của Pháp, nhà Thanh không thể nào nhượng bộ được nữa, cuối cùng dẫn đến một loạt những cuộc giao tranh giữa hai bên kéo dài từ tháng 9 năm 1884 đến tháng 6 năm 1885. Kết quả cuối cùng là Pháp chiếm ưu thế và nhà Thanh buộc phải nhượng bộ.

Ngày 9 tháng 6 năm 1885, chính phủ Pháp và triều đình nhà Thanh ký Hòa ước Thiên Tân. Quân Thanh buộc phải rút lui hoàn toàn khỏi Bắc Kỳ, cũng tức là công nhận nền bảo hộ của Pháp với Đại Nam. Từ đây trở đi, Đại Nam không còn là chư hầu phiên thuộc của nhà Thanh nữa, mà trực tiếp nằm dưới quyền bảo hộ của chính phủ Pháp. Chiến tranh kết thúc; tuy một số quan lại, tướng lĩnh nhà Nguyễn cùng các sĩ phu yêu nước còn nổi dậy chống lại người Pháp, nhưng đến cuối thế kỷ 19, các lực lượng này cơ bản bị trấn áp. Cuộc chiến chống Pháp xâm lược của Đại Nam hoàn toàn thất bại. Đại Nam sau 457 năm giành lại độc lập từ nhà Minh bằng cuộc khởi nghĩa Lam Sơn; một lần nữa bị ngoại bang đô hộ, trở thành một đất nước thuộc địa nửa phong kiến dưới quyền cai trị của thực dân Pháp.

Và vừa rồi là toàn bộ nội dung của bài viết. Cảm ơn các bạn vì đã đọc.